이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 국가로부터 정부출연금을 지원받아 국책사업(정보통신산업 기반조성사업, IT기업의 창업·성장 지원 등)을 수행하면서 부동산 임대업을 수익사업으로 함께 영위하고 있는 비영리법인으로, 국책사업과 관련된 매입세액은 불공제하고, 청사관리비용(전기료, 냉·난방비, 청소관리비 등)에 대하여 건물 사용면적에 따라 공통매입세액으로 안분계산하여 2013년 제2기 부가가치세 신고시 OOO을 환급신청하였다. 나. 처분청은 OOO 고유목적사업의 재원인 정부출연금은 과세사업과 관련없다 하여 공통매입세액 안분계산시 면세공급가액 및 총공급가액에 포함한뒤 공급가액비율로 안분계산하여 OOO을 환급결정하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처 분청 의견 가. 청구법인 주장 2013년 제2기 부가가치세 신고분의 관리비는 면적에 따라 청구되고있으므로 해당 매입세액은 공통매입세액이 아닌 과세/면적에 따른 직접 매입세액이며, 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액비율로 안분하면 출연금 등 면세공급가액이 대부분(98% 이상)이어서 실제 임대사업에 사용되는 면적비율(67% 이상)에 비해 매입세액불공제세액이 과다하게 계산되는 불합리한 결과가 발생하고, 관리비는 면적에 따라 정액으로 청구되는데 반해 이에 대한 매입세액은 출연금 등의 면세공급가액 비율에 따라 불공제되는 매입세액이 변동되는 결과가 되므로 면적에 따라 청구되는 관리비는 공통매입세액이 아닌 직접 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여 공제하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 청구법인이 당초 공통매입으로 신고하였던 도시가스요금이나 전기요금 등은 면적이 아닌 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 청구법인 명의로 매입을 받고 임차인들에게 3.3㎡당 OOO을 월관리비로 받고 있으므로 이를 과세사업과 관련된 직접 매입으로 볼 수 없으며, 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구법인의 청사관리비용에 대해 사용면적에 따라 구분가능한 매입세액으로 보아 면적으로 안분하여야 한다는 청구주장의 당부 나 . 관련 법령 : <별지> 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인의 2013년 제2기 부가가치세 과세기간에 대한 공통매입세액 안분계산내역은 아래 표<1>, 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다. <표1> 공통매입세액 안분계산 내역 <표2> 부가가치세 신고내역 (2) 처분청은 OOO 2013년 제2기 부가가치세 공통매입세액 안분계산시 면세비율을 공급가액 비율로 안분하여 과다 매입세액 OOO을 추가로 불공제하고, 과소신고가산세 OOO을 경정하여 환급세액을 OOO으로 결정하였는바, 공통매입세액 안분계산 내역은 아래 <표3>과 같다. <표3> 공통매입세액 안분계산 내역 (3) 청구법인이 제시한 공통매입 내역 및 임대면적 비율은 아래 <표4>와 같다. <표4> 공통매입 내역 및 임대면적 비율 (4) 청구법인이 제시한 임대차 변경 계약서OOO를 보면, 주식회사 OOO 3층(계약면적 578.51㎡)를 월임대료 OOO, 월관리비(부가가치세 포함) OOO에 임대한 것으로 나타난다. (5) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 공통매입세액 안분계산시 면적비율을 적용하는 것은 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공하는 경우 신축 또는 취득관련 매입에만 적용되는 것이나 청구법인은 이에 해당하지 아니하므로 공급가액 비율로 안분하는 것이 타당하다는 의견이나, 「부가가치세법 시행령」제61조 제1항은 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 면세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 안분계산하도록 규정하고 있고, 비영리공공법인 소유건물을 고유목적사업과 부동산임대사업에 사용하는 경우 공통매입세액의 안분계산은 면적에 따라 계산되는 관리비 등 실지귀속이 분명한 매입세액은 사용면적에 따라 안분계산하는 것이 타당한바(조심2004전2092, 2004.11.3., 같은 뜻임), 이 건의 경우 면적에 따라 청구되는 관리비를 공통매입세액으로 보아 공급가액 비율로 안분하는 경우 정부출연금 등 면세공급가액이 대부분(98% 이상)이어서 실지 임대사업에 사용되는 면적비율(32%)에 비해 부가가치세 매입세액 불공제세액이 과다하게 산정되는 점, 청구법인은 월관리비를 부가가치세를 포함하여 평당 계산하여 수령하는 점 등에 비추어 상기 <표4> 공통매입 내역 및 임대면적 비율의 공통매입가액 중 건물위탁관리용역비 및 기타 건물유지관리비의 경우에는 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보이므로 사용면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 다만, 당초 공통매입으로 신고하였던 가스요금 및 전기요금의 경우에는 원칙적으로 사용량에 따라 부과되는 요금으로 임대분과 자가사용분에 대한 별도 계량기가 없어 월관리비에 포함하여 임차인들로부터 수령하는 등 실지귀속을 구분할 수 있는 것으로 보기 어려우므로 공급가액 비율로 안분계산하는 것이 타당하다 할 것이다. 따라서, 처분청은 건물위탁관리용역비, 기타 건물유지관리비에 대하여 실지귀속에 따라 면적을 기준으로 안분계산하는 것이 타당한 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 , 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. <별지> 관련 법령 (1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정된 것) 제40조 [공통매입세액의 안분] 사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 "공통매입세액 안분기준"이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다. (2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정된 것) 제81조 [공통매입세액 안분 계산] ① 법 제40조에 따라 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우로서 실지귀속(實地歸屬)을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)이 있는 경우 면세사업등에 관련된 매입세액은 다음 계산식에 따라 안분하여 계산한다. 다만, 예정신고를 할 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제82조에서 같다)의 비율에 따라 안분하여 계산하고, 확정신고를 할 때에 정산한다.

면세사업등에 관련된 매입세액

=

공통매입세액

×

면세공급가액

총공급가액

④ 제1항을 적용할 때 해당 과세기간 중 과세사업과 면세사업등의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 해당 과세기간에 대한 안분 계산은 다음 각 호의 순서에 따른다. 다만, 건물 또는 구축물을 신축하거나 취득하여 과세사업과 면세사업등에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1. 총매입가액(공통매입가액은 제외한다)에 대한 면세사업등에 관련된 매입가액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업등에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업등에 관련된 예정사용면적의 비율