이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 2010.12.29. 증여를 원인으로 취득한 OOO에 대하여 종교단체인 청구법인이 해당 사업에 직접 사용하고자 취득하는 부동산으로 보아「지방세법」(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것, 이하 같다) 제107조 제1호 및 제127조 제1호에 따라 취득세와 등록세를 비과세하였다. 나. 처분청은 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 3년(이하 “유예기간”이라 한다)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않고 다른 용도로 사용하고 있다고 보아 2015.4.14. 이 건 부동산의 시가표준액 OOO을 청구법인에게 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2015.7.3. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인에게 2010.12.29. 이 건 부동산을 증여한 OOO는 2000.4.3. 이 건 부동산을 취득하여 종교(예배당 등)용도로 직접 사용하다가 교회 재산의 투명한 관리를 위하여 재단법인인 청구법인을 설립한 후, 이 건 부동산을 청구 법인의 명의로 변경하였을 뿐, 이 건 부동산은 청구법인의 당초 설립 목적대로 이 건 교회가 계속하여 교회 용도로 직접 사용하고 있는바, 이는 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용하는 것이라 할 것임에도 청구법인이 이 건 교회를 취득한 후에도 이 건 교회가 이 건 부 동산을 예배당 등의 용도로 사용한다는 사실만 으로 이를 유예기간 내에 정당한 사유 없이 해당 사업에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 청구법인의 설립 목적과 이 건 부동산의 사용 관계 등을 전혀 고려하지 아니하고 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호의 “직접 사용”을 자의적으로 해석한 것에 불과할 뿐 아니라 구 행정안전부도 교회가 재단법인으로 소유권을 증여한 후에도 계속하여 증여 전과 동일하게 종교시설로 사용하고 있는 경우에는 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각이나 다른 용도로 사용하는 것으로 보기 어려우므로 당해 재산은 재단법인이 종교용도에 직접 사용하는 것이 합리적이라고 해석 (지방세운영-2607, 2011.6.5.)하고 있고, 감사원심사청구(2015-242, 2015.6.25.) 에서도 개별교회가 교회용 부동산의 실질적 소유권을 보유하면서 그 취득일부터 계속하여 2년 이상 종교용도(예배당 등)로 직접 사용하고 있는 사실이 확인되는 경우, 당해 부동산을 그 취득일부터 2년 이내에 소속 유지재단에 증여하였다고 하여 이를 다른 용도로 사용하는 것으로 보아 면제한 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이라고 결정한 바 있으므로 이 건 취득세 등도 구 행정안전부의 해석 및 감사원 심사청구 결정 사례의 결정 취지에 따라 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인의 공동회의록에서 청구법인과 이 건 교회의 관계는 별도의 기관으로 표기되어 있고, 회계처리도 각각 하는 것으로 되어 있으며, 청구법인의 해산 시 잔여재산도 이 건 교회가 아닌 유사법인에 기증하거나 국가 또는 지방자치단체에 귀속하는 것으로 되어 있으므로 청구법인과 이 건 교회는 별개의 독립된 주체로 보아야 할 것이고, 이 건 부동산과 같이 지방세를 비과세 받은 부동산의 경우 비과세 충족 요건은 당해 취득자가 해당 용도에 직접 사용하는 것에 한정하는 것이 합리적이라 할 것이므로 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 후에도 이 건 교회가 이 건 부동산을 예배당 등의 용도로 직접 사용하는 경우 에는 청구법인이 해당 용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 없는바 처분청이 청구법인에게 이 건 취득세 등을 부과한 처분은 정당하며, 구 행정안전부 질의회신(지방세운영-2607, 2011.6.5.)은 이 건과 사실관계가 다른 사항에 대한 회신이므로 이 건에 그대로 적용할 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 청구법인이 이 건 부동산을 유예기간 내에 종교용도에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부 나. 관련 법률 (1) 지방세법(2010.1.1. 법률 제9924호로 개정된 것) 제1조의2【해석의 기준 등】① 이 법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다. 제107조【용도구분에 의한 비과세】다음 각 호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용 하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용 하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다. 1. 제 사(祭祀)·종교·자선·학술·기예(技藝) 기타 공익사업을 목적 으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용 하기 위한 부동산의 취득 제127조【용도구분에 의한 비과세】① 다음 각 호의 1에 해당하는 것 (제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사 용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제 사(祭祀)·종교·자선·학술·기예(技藝) 기타 공익사업을 목적 으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용 하기 위한 부동산에 대한 등기 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 교회는 2010.7.11. 청구법인을 설립하여 이 건 교회의 재 산을 출연하고자 임시공동회의를 개최하였다고, 그 회의록은 아래와 같다 . (2) OOO로, 목적 사업을 성경신학 수립·연구·저술, 선교활동, 성경신학서적 번역, 성경 신학 연구원 배양 등으로 하는 청구법인의 설립을 승인하였고, 청구법인은 2010.12.22. 설립 등기를 마쳤다. (3) 처분청이 제출한 청구법인과 이 건 교회의 고유번호증의 주요 내역은 아래와 같다 (4) 청구법인은 2010.12.29. 이 건 부동산을 이 건 교회로부터 증여를 원인으로 취득한 후, 처분청으로부터 종교단체가 해당사업에 직접 사용 하고자 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 면제받았다. (5) 처분청 세무담당공무원이 2014.12.21. 이 건 부동산에 대한 사용현황을 조사하고 작성한 출장복명서의 주요 내용은 아래와 같다. (6) 위의 출장복명서에서 청구법인의 담당자)는 이 건교회가 이 건 부동산에 입주하지 않았고, 청구법인이 종교용도로 직접 사용하고 있다고 답변한 것으 로 나타나고 있으나, 청구법인의 주장과 처분청의 의견을 종합하여 보면, 이 건 부동산은 청구 법인과 특수관계에 있는 이 건 교회가 예배당 등의 용도로 사용한 것으로 보인다. (7) 이 건 교회의 인터넷 홈페이지를 보면, 이 건 교회의 소재지는 OOO로 이 건 부동산의 소재지와 동일하고, 이 건 교회가 이 건 부동산(예배당)에서 진행하는 예배 등의 시간표(일부)는 아래와 같다. (8) 「지방세법」제107조 제1호 및 제127조 제1항 제1호에서 종교 등을 목적 으로 하는 단체(비영리사업자)가 해당 사업에 사용 하기 위하여 취득 및 등기하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 비과세하되, 취득일부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니 하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대 하여는 비과세한 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있다. (9) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 종교를 목적으로 하는 단체가 당해 부동산을 해당 사업에 사용한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용 되는 것을 뜻하고, 그 사업에 사용의 범위는 당해 비영리사업자의 사업 목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적 으로 판단하여야 하는 점 , 개별교회가 교회법에 따라 소속 유지재단에 부동산을 증여한 후에도 사실상의 소유권을 유지하면서 계속하여 교회용도로 사용 하는 경우 이는 소속 유지재단에 당해 부동산의 소유권을 이전한 것이 아니라 명의신탁한 것에 불과한 것으로 볼 수 있는 점 , 이 건 교회의 경우 이 건 부동산을 청구법인에게 실제로 증여하였다기 보다는 교회 재산이 특정인에게 사유화되는 것을 방지하고 투명한 관리를 위하여 청구법인을 설립하여 형식적으로 이 건 부동산을 증여한 것으로서 그 사용 현황은 증여하기 전과 달라진 것이 없다고 보이는 점, 청구법인의 경우 이 건 교회와 달리 별도의 정관을 가지고 있는 재단법인이라고 하더라도 이 건 교 회의 회의록 등을 보면 대표자 선출 등 청구법인의 관리·운영에 관한 대부분의 사항이 이 건 교회에 위임되어 있는 것으로 보아 청구법인 과 이 건 교회는 그 형식적 구분에 관계없이 사실상 동일한 종교단체로 보는 것이 타당하다고 보이는 점, 이 건 교회가 이 건 부동산을 증여한 후에도 증여하기 전과 같이 예배당 등으로 사용하고 있다고 하더라도 그 사용은 청구법인이 해당 용도에 직접 사용하는 것으로 보는 것이 해당 조항을 합목적적으로 해석하여 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 않도록 하여야 한다는 「지방세법」제1조의2 의 취지에 부합한다고 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 이 건 부동산을 취득한 날부터 유예기간 내에 그 용도에 직접 사용하지 않은 것으로 보아 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 잘못이 있다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로「지방세 기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.