이유
1. 원처분 개요 청구법인이 전라남도 여천시 OO동 OOOOOOO 외 16필지, 같은시 OO동 OOOOOO와 광주광역시 북구 OO동 OOOOOOOO 지상에 임대용아파트 110,835.6㎡와 이에 부수되는 상가 6,545.03㎡를 함께 신축하여 아파트는 임대하고 동 상가는 ’88년도 중에 778.58㎡를 분양(임대용아파트에 부수된 상가분양가액 440,771,704원)한 데 대하여 처분청은 위 상가의 양도는 특별부가세의 과세대상이라고 하여 94.3.16 청구법인에게 ’88사업년도(88.1.1～12.31)귀속 특별부가세 108,413,140원 및 동 방위세 13,503,110원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.5.10 이의신청 및 94.8.2 심사청구를 거쳐 94.11.10 심판청구를 하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 청구법인은 주택건설업체로서 ’88사업년도 중에 임대건설촉진법에 의한 임대아파트(국민주택규모 이하)와 부대복리시설(상가 점포 및 학원, 교회)을 신축하여 그중 부대복리시설은 분양하였는 바, 위 부대시설은 임대아파트를 건설하기 위하여는 필수적으로 건설하여야 하고 임대아파트를 신축하여 임대하는 것도 이 건 시행당시의 법인세법시행령 제124조의3 제5항에서 말하는 “주택을 신축하여 판매하는 경우”에 해당되는 것으로 해석하여야 하므로 임대아파트에 부수하여 신축한 부대시설의 판매로 인한 양도차익도 법인세법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항의 규정에 의거 특별부가세의 과세대상에서 제외하여야 한다(서울고법94구5269, 94.6.14). 나. 국세청장 의견 청구법인이 임대용아파트와 상가를 함께 신축하고 상가를 분양한 경우에 임대용아파트는 주택신축판매에 해당되지 않으므로 동 상가분양에 대하여는 특별부가세 과세대상이 되므로 처분청의 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건은 임대아파트에 부수된 상가를 분양한 데 대하여 특별부가세를 과세한 처분이 정당한지 여부를 가리는 데 쟁점이 있다. 나. 관계법령 이 건 시행당시의 관계법령을 보면, 법인세법 제59조의2 제1항에서는 “특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지·건물과 부동산에 관한 권리(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다”고 규정하고 있고, 같은법시행령 제124조의3 제3항에서는 “법 제59조의2 제1항에 규정하는 건물에는 그 건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다”고 규정하고 있다. 같은법시행령 제124조의3 제5항에서는 “주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착된 면적의 10배이내의 토지는 제1항 및 제3항에 규정한 토지 및 건물에서 제외한다”고 규정하고 있다. 또한, 제6항에서는 “제5항의 경우에 주택건물의 일부에 점포 등 다른목적의 건물이 설치되어 있는 경우에는 주택의 면적이 다른목적의 건물의 면적보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 보고, 그보다 작은 경우에는 그 전체를 주택으로 보지 아니한다”고 규정하고 있다. 다. 임대아파트에 부수된 상가를 분양한 데 대하여 특별부가세를 과세한 처분이 정당한지 여부 법인세법 제59조의2 제1항, 같은법시행령 제124조의3 제5항 및 제6항의 규정을 보면, “주택을 신축하여 판매하는 경우에는 그 주택 및 주택에 부수되는 토지로서 건물이 정착하는 면적의 10배이내의 토지”는 특별부가세의 과세대상에서 제외하고 있고, 또한 주택건물의 일부에 점포 등 다른목적의 건물이 설치되어 있거나 동일지번상에 주택과 다른목적의 건물이 설치되어 있는 경우에도 주택의 면적이 다른목적의 건물의 면적보다 같거나 그보다 큰 경우에는 그 전체를 주택으로 본다”고 규정함으로써 임대아파트를 신축하여 임대하다가 이를 판매하여 “주택신축판매”로 볼 수 있는 경우에는 그 임대아파트에 부수된 상가건물 양도의 경우에도 그 면적이 일정비율의 범위내에 해당되면 주택신축판매로 보아 특별부가세의 과세대상에서 제외하는 것이나, 법인세법 제59조의2 제1항, 같은법시행령 제124조의3 제5항, 제6항 규정의 취지가 주택자체가 판매되지 아니한 경우에도 주택으로 간주되는 다른목적의 건물만의 판매에 대하여 독립적으로 과세대상에서 제외된다는 취지로 볼 수 없는 것이고, 더구나 임대건설촉진법 제10조 및 동 시행령 제6조의 규정에 의하여 임대주택에 대하여는 일정기간 분양을 제한하고 있던 터이므로, 위 법인세법령의 주택신축판매에 대한 특별부가세의 과세제외 취지를 감안하더라도 임대아파트에 부수된 상가분양의 경우까지 그 적용범위를 확대할 수 없다고 판단된다(대법원 94누9054, 95.2.3 같은 뜻임). 따라서 처분청이 이 건 상가의 분양에 대하여 특별부가세 및 동 방위세를 과세한 것은 정당하다고 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.