이유
1. 원처분 개요

청구인은 인천시 북구 OO동 OOOOO, OOOOO 대지 1,139.9㎡ 및 건물 3,271.98㎡를 89.12.30 OOOO조합중앙회 인천시지회(지회장 OOO : 이하 “매수자”라 한다)에게 2,100백만원에 양도하고 부가가치세를 신고납부하지 아니하였다.

처분청은 위 양도가액 중 토지가액과 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아,

부가가치세법 시행령 제48조의2

제3항 단서규정에 의하여 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 토지가액과 건물가액으로 안분계산하여, 92.9 청구인에게 89년 제2기분 부가가치세 187,502,120원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 92.11.11 심사청구를 거쳐 93.2.16 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

청구인은 위 부동산을 양도할 때에 부동산매매계약서에 토지와 건물의 가액을 구분하여 2,100백만원에 양도한 것은 아니지만, 매수자가 위 부동산을 감정한 가액비율로 안분하여 기장하고 있는 장부가액 445,976,000원을 건물양도가액으로 보아 이 건 부가가치세를 부과하여야 한다는 주장이다.

국세청장은 위 부동산의 건물가액과 토지가액을 구분하지 않고 매매계약을 체결한 사실에 대하여 다툼이 없는 이 건에 있어서, 매수자가 자체 감정한 토지·건물가액을 기준으로 안분하여 기장한 건물가액을 실지거래가격으로 볼 수 없으므로, 지방세 시가표준액을 기준으로 안분한 가액으로 과세한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 다툼은 사업자가 사업용 건물을 그 부수토지와 함께 양도하는 경우, 매매계약서상 건물과 토지의 가액이 구분표시되지 아니하였다하여 지방세 과세시가표준액으로 건물가액을 안분하여 부가가치세를 과세한 처분이 정당한지의 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법시행령 제48조의2

(과세표준의 안부계산) 제3항에서 “사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 및 기타 구축물의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 과세시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다”라고 규정하고 있다.

다. 사실관계

1) 청구인은 위 부동산을 양도하면서 부동산매매계약서에 매매대금을 2,100백만원으로 약정하면서 토지가액과 건물가액을 구분표시하지 아니하였고, 이에 대한 다툼은 없다.

2) 매수자가 위 부동산에 대한 매매계약을 체결하기 이전인 89.12.8에 자체감정한 감정서에 의하면 대지가액 2,393,790천원, 건물가액(시설물포함) 645,440,000원으로 감정한 사실이 확인된다.

3) 매수자에게 확인한 위 부동산의 업무용 고정자산 관리대장 및 원장 기표내용에 의하면, 매수자는 자체 회계처리요령 제61조 (일괄매매자산의 회계처리)에 따라 시가평가액을 기준으로 안분비례방법에 의하여 각 자산별 가액을 계산하여 토지가액은 1,654,024,000원, 건물가액은 445,976,000원으로 기장하였음을 알 수 있다.

라. 관련법령 및 사실관계를 모두어 본다.

1) 일반적으로 매매계약서상의 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 동 계약서상에 토지의 가액과 건물의 가액이 구분표시되어 있으며, 구분 표시된 토지와 건물가액이 당해 토지·건물의 규모와 형태, 이용도와 효용도, 인근토지 및 건물의 공급가액 등에 비추어 합당하다고 인정되는 경우에는 동 계약서상의 건물가액을 공급가액으로 하는 데에는 하등의 문제가 없다고 할 것이나, 매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액인지의 여부가 불분명하고 구분표시된 토지의 가액과 건물의 가액이 당해 토지 및 건물의 규모와 형태, 사회통념 등에 비추어 합당하지 않다고 인정되는 경우에 그 계약서상에 표시된 건물가액을 건물의 공급가액으로 할 수는 없다고 할 것이다(91서665, 91.6.11외 다수 같은 뜻임).

2) 한편, 부동산매매계약서상에 기재된 매매금액이 실지거래가액임이 확인되고 매매계약서 체결전에 공인감정기관의 감정을 받은 가액이 있거나 거래당사자중 일방 또는 쌍방이 국가·지방자치단체 또는 법인으로서 거래 당사자가 토지·건물가액을 관련 장부에 구분하여 기장하고 있고, 동 기장내용을 신뢰할 수 있는 경우 등에는 그 감정가액 또는 거래당사자의 기장금액중에서 건물가액 상당을 그 실지거래가액으로 보는 것이 지방세법상 과세시가표준액으로 안분하여 계산한 가액을 공급가액으로 하는 것보다는 보다 더 합리적이라고 할 것이다.(같은 의견 : 국심 91구2155, 92.1.18외 다수)

3) 그렇다면 이 건의 경우 부동산 매매계약서상 토지와 건물가액을 구분하여 표시하지 아니하였다 하더라도, 매수자가 정부투자기관인 공신력이 있는 법인으로써 실지거래가액이 확인될 뿐만 아니라, 매수자가 자체 감정가액을 기준으로 실지거래가액을 토지와 건물로 안분하여 기장하고 있는 가액은 신빙성이 있다고 보아야 할 것이므로, 매수자가 위 부동산의 실지거래가액 2,100백만원을 자체감정평가기준에 따라 감정한 가액으로 안분계산하여 기장한 건물의 가액 445,976,000원(부가가치세 포함)을 건물의 실지거래가액으로 보아 부가가치세를 과세함이 타당하다고 판단된다.

마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.