이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구인이 1994.3.21. OOO로부터 취득한 경기도 광명시 하안동 23-1 학교용지 10,999.7㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)에 대한 소유권이전 등기를 경료하기 위하여 2009.8.20. 등록세 비과세 신청을 하 자, 쟁점토지를 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정 되기 전의 것, 이하 같다) 제127조 제1항 제1호의 규정에 의한 학교법인이 학교사업 에 직접 사용하기 위하여 등기하는 부동산으로 보아 등록세를 비과세 하였 다가, 청구인이 「지방세법 시행령」(2009.9.21. 대통령령 제21737호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조 제1항에서 규정한「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자에 해당되지 아니 한다 하여 쟁점토지의 등기당시 가액OOO에 「지방세 법」제131조 제1항의 세율을 적용하여 2011.3.10. 청구인에게 등록세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 합계 OOO원(가산세 포함)을 부과고지 하였다. 나. 청구인은 이에 불복하여 2011.5.9. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 처분청 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 OOO가 택지를 개발하여 학교용지로 분양한 것으로, 학교설립을 조건으로 설립자에게만 분양하고 학교가 설립되면 학 교법인에게 무상으로 귀속되도록 분양약정된 것이며, 청구인 명의로 소 유권이전 등기가 경료되었지만 이는 학교법인의 설립자 내지 이사장의 자격에서 등기를 한 것이다. 청구인은 OOO에 학교법인 명의 로 등기할 수 있도록 협조요청을 하였으나, 중간생략등기가 법적으 로 허용되지 아니하므로 등기관련 필요서류를 제공받지 못하여 부득이 청구인 명의로 등기를 하였다가 2개월 만에 학교법인 명의로 소유권이전 등기를 경료한 것이므로 등록세를 비과세하여야 한다. OOO은 2010.8.19. 과징금부과처분 취소소송에서 중간생략등기 합의에 관한 법리가 적용될 수 없다는 점에서 과징금부과처분은 위법하 고, 원고가 장래 성립되는 법인(제3자)을 위해 계약을 체결하거나 그 법인을 대리하여 계약을 체결한 후 법인(제3자)이 원고의 행위를 추인하였으므 로, 원고가 소유권이전 등기를 신청하지 아니한 등기권리자임을 전제로 한 부과처분은 위법하므로 과징금 및 이행강제금의 부과처분을 취소함이 타 당하다고 판결한 바 있다(2010구합4422) 나. 처분청 의견 「지방세법」제127조 제1항과 같은 법 시행령 제79조 제1항 제2 호 및 제94조 제1항에 의하면「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득ㆍ등기 하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니하도록 규정 하 고, 동 규정에서「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의한 학교를 경 영하는 자라 함은「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」이 정하는 바에 따라 적법한 설립인가 또는 변경인가를 받은 자를 의미하는 것(대법원 2005두2070, 2006.1.26. 참조)인 바, 비록, 학교법인의 이사장이 학교법인 을 대표하고 사립학교법과 정관에 규정된 직무를 행한다 할지라도 이사장은 학교를 경영하는 자인 학교법인의 임원에 불과하다 할 것(광주고법 2003 누1263, 2004.7.22. 참조)이므로, 청구인이 1994.3.21. 쟁점토지를 취득하여 학교법인 OOO 명의로 등기하고자 하였으나 OOO가 「부 동산등기특별조치법」에 의해 중간생략 등기는 허용되지 않기 때문 에 등 기서류를 발급해 주지 아니하여, 2009.9.1. 청구인 명의로 등기를 하였다가 2009.11.5. 학교법인 OOO 명의로 등기를 하였다 하더라도 2009.9.1. 현재 쟁점토지를 청구인 명의로 등기한 사실이 부동산등기부등본에 나타나는 이상, 청구인은「초ㆍ중등교육법」및「고등교육법」에 의 한 학교를 경영하는 자에 해당되지 아니하므로 등록세 비과세 대상에 서 배제되어 등록세 납세의무가 있다 할 것이므로 가산세를 적용하여 등록 세 등을 부과고지한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 학교법인의 이사장 개인 명의로 취득·등기한 토지를 학교법인이 학 교 용도에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산으로 보아 취득세 등을 비 과 세할 수 있는지 여부 나. 관련법령 (1) 지방세법 (2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것) 제127조(용도구분에 의한 비과세) ① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112 조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과 하 지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등 기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다. 1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으 로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기 (2) 지방세법 시행령 (2009.9.21. 대통령령 제21737호로 개정되기 전의 것) 제94조(비영리사업자의 범위 등)① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대 통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영 리사업자를 말한다. 제79조(비영리사업자의 범위) ① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정 하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다. 2.「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교,「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청의 심리자료 및 청구법인의 항변자료 등에 의하면 다음과 같 은 사실들이 나타난다. (가) 청구인은 1992.6.1 OOO로부터 2,233,420,000원에 쟁점토지에 대한 분양계약을 체결하고 다음과 같이 분양대금을 납부한 후 1994.3.21. 쟁점토지를 취득하였다. (나) 청구인은 2009.8.20. 쟁점토지에 대한 소유권이전 등기를 경료 하기 위하여 등록세 비과세 신청을 하였고, 이에 따라 처분청은 「지방세법」제127 조 제1 항 제1호의 규정에 의한 학교법인이 학교사업에 직접 사용하기 위하 여 등기하는 부동산으로 보아 등록세를 비과세하였으며, 청 구인은 매매를 원인으로 하여 2009.9.1. 소유권이전 등기를 경료하였다. (다) 청구인은 1993.7.27. OOO으로부터 학교법인OOO설립 허가를 받았다. (라) 처분청은 청구인이 「지방세법 시행령」제79조 제1항에서 정 한「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자에 해당되지 아니한다 하여, 등기 당시 쟁점토지의 가액OOO에 「지방세법」제131조 제1항의 세율을 적용하여 2011.3.11. 청구인에게 등 록세 등 OOO원(가산세 포함)을 부과고지하였고, 청구인은 2009.11.5. 쟁점토지의 소유권을 학교법인 OOO에게 증여하였다. (2) 청구인은 다음과 같은 이유로 등록세 등을 비과세하여야 한다고 주장하고 있다. (가) 쟁점 토지는 OOO에서 택지를 개발하여 학교 용지로 분양한 것으로, 학교설립을 조건으로 설립자에게만 분양하고 학교 가 설립되면 학교법인에게 무상으로 귀속되도록 분양약정된 것인 바, 비록 잠시 동안 청구인 개인 명의로 소유권이전 등기가 경료되었지만 학교법 인의 설 립 자 내지 이사장의 자격에서 청구인의 명의로 등기를 한 것이다. (나) 청 구인은 OOO에 학교법인 명의로 등기할 수 있도록 협조요청을 하였으나, 중간생략등기가 법적으로 허용되지 아니하므로 OOO로부터 등 기관련 필요서류를 제공받지 못하여 부득이 청구인 명의로 등기를 하였다가 2개월만에 학교법인 명의로 소유권이전 등기를 경료한 것이므로 등록세를 비과세하여야 한다. (3) 살피건대, 지방세법 제127조 제1항 제1호, 동법시행령 제79조 제 1 항 제2호 및 제94조 제1항에서「초·중등교육법」및「고등교육법」에 따른 학교를 경영하는 자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 등기에 대하여는 등록세를 비과세하도록 규정하고 있고, 동 규정에서 ‘초·중등교 육법에 의한 학교를 경영하는 자’라 함은 초·중등교육법이 정하는 바에 따라 적법한 설립 인가(또는 변경인가)를 받은 자를 의미하는 것(대법원 2005두2070, 2006.1.26. 참조)인 바, 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이 전·변경 또는 소멸에 관한 사항 을 공부에 등기 또는 등록하는 경우에 등기 또는 등록이란 단순한 사실의 존재를 과세물건으로 하여 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부 과하는 세금으로, 그 등기 또는 등록의 유· 무효나 실질적인 권리귀속 여부와는 관계가 없는 것이므로 등기 또는 등록명의자와 실질적인 권리 귀속 주체가 다르다거나 일단 공부에 등재 되 었던 등기 또는 등록이 뒤 에 원인무효로 말소되었다 하더라도 위와 같 은 사유는 그 등기 또는 등록에 따른 등록세 부과처분의 효력에 아무런 영향이 없는 것(대법원 2000두7896, 2000.6.28. 참조)이라 할 것이다. 청구인의 경우 1992.6.1. OOO로부터 쟁점토지에 대한 분 양계약을 체결할 당시 신설되는 학교법인에게 무상으로 귀속시킨다는 조건으로 분양계약을 체결한 것이 아니라 매매를 원인으로 OOO와 청구인간에 직접 매매계약을 체결한 사실이 용지매매계약서 및 법원의 판결문(서울고등법원 2010누33483, 2011.4.16. 과징금부과처분취소소송)에 나타나는 바, 청구인이 OOO로부터 쟁점토지를 취득하여 2009.9.1. 개인명의로 소유권이전 등기를 경료한 것과 2009.11.5. 학교법인 OOO에 쟁점토지를 증여하여 학교법인 OOO이 쟁점토지에 대한 소유권이전 등기를 경료한 것과는 별개의 등기행위에 해당된다 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점토지에 대하여 청구인 개인 명의로 소유권이전 등기를 경료한 것에 대하여 학교법인이 목적사업에 직접 사용하기 위하 여 취득하는 부동산에 대한 등기에 해당되지 아니한다 하여, 비과세를 배제하고 등록세를 부과고지한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주 문과 같이 결정한다.