이유
1. 처분개요 가. 처분청은 OOO에서 유기농림산물, 유기축산물 등의 인증관련 업무를 영위하는 농업회사법인 유한회사 OOO(이하 “체납법인”이라 한다)가 2012년 제2기∼2016년 제1기 부가가치세를 체납함에 따라 2017년 11월 OOO(이하 “청구외 2인”이라 한다)을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 체납액의 각 33.3%씩 합계 OOO원을 납부통지하였다가 청구외 2인의 이의신청을 받아들여 제2차 납세의무자 지정을 취소하고, 2018.3.30. 2015년 제1기∼2016년 제1기 부가가치세 합계 OOO원에 대하여 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 청구인들의 지분(각 40%)에 해당하는 합계 OOO원에 대하여 납부통지하였다. 나. 청구인들은 이에 불복하여 2018.6.11. 이의신청을 거쳐 2018.12.24. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인들 주장 및 처분청 의견 가. 청구인들 주장 청구인 OOO이 명의를 대여하여 2015.3.11. 체납법인의 대표이사로 선임된 것은 사실이나 청구인들이 체납법인에 출자하여 사원이 된 사실은 없고, 2015.2.24. ‘임시주주총회의사록’ 및 2015.3.11. 16시 ‘조합원총회의사록’은 체납법인의 실질적 사원인 청구외 2인 등이 허위로 작성한 것으로서 2015.3.11. 이후 청구인들이 체납법인의 지분을 각 1,200좌(40%)씩 보유하였다는 내용은 사실이 아니다. 실제 사원총회는 2015.3.11. 10시에 개최되었으며 공증받은 ‘사원총회의사록’에 의하면 OOO이 이사로 참석하여 서명날인한 사실이 있고, 2017.1.18. ‘임시주주총회의사록’에 청구외 2인을 포함한 주주 5인이 자필로 서명한 반면 청구인들은 참석한 사실이 없는 점에서 처분청이 청구인들을 제2차 납세의무자로 지정한 것은 부당하다. 체납법인이 2017.1.31. 처분청에 제출한 ‘주식등변동상황명세서’에 의하면 체납법인의 총 출자지분 OOO좌 중 청구외 2인이 각 OOO좌(지분율 66.66%)를 보유하고 있는 것으로 나타나고, 청구인들은 사원으로 등재되어 있지 않다. 나. 처분청 의견 체납법인의 2015.3.11. 16시 ‘조합원총회의사록 제3호 의안’에서 청구인들이 자본총액의 각 40%를 출자하는 것을 청구인들을 비롯한 출석조합원 전원일치 합의로 의결하였고, 해당 의사록 및 출자자산내역서에 청구인들이 기명날인한 사실이 나타나므로 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정한 것은 적법하다. 체납법인이 2017.4.26. OOO법원에 OOO을 상대로 제기한 OOO취소소송의 증거로 사용하기 위해 제출한 2015.2.24. 및 2015.3.11. 16시 ‘임시주주총회의사록’이 허위로 작성된 것이라면 청구인들이 제출한 2015.3.11. 10시 ‘임시주주총회의사록’도 그 진위여부가 불분명한 것으로 볼 수 있고, 처분청이 2015.3.11. 16시에 개최된 ‘조합원총회의사록’에 근거하여 2015.3.11. 이후 체납법인의 지분은 청구인들에게 양도된 것으로 보아 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 납부통지한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 청구인들을 체납법인의 과점주주로 보아 제2차 납세의무자 지정 및 체납액 납부 통지한 처분의 당부 나. 관련 법률 국세기본법 제14조【실질과세】① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. 제39조【출자자의 제2차 납세의무】법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세ㆍ가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다. 다만, 제2호에 따른 과점주주의 경우에는 그 부족한 금액을 그 법인의 발행주식 총수(의결권이 없는 주식은 제외한다. 이하 이 조에서 같다) 또는 출자총액으로 나눈 금액에 해당 과점주주가 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수(의결권이 없는 주식은 제외한다) 또는 출자액을 곱하여 산출한 금액을 한도로 한다. 1. 무한책임사원 2. 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들(이하 "과점주주"라 한다) 다. 사실관계 및 판단 (1) 체납법인은 2006.4.3.부터 OOO에서 OOO관련 인증업 등을 영위하는 농업회사법인으로, 대표자는 법인설립시 OOO이고, 2007.10.23. OOO로, 2012.2.10. OOO로 변경되었으며, 2015.4.16. 이후 현재까지 청구인 OOO으로 등기되어 있다. (2) 체납법인의 체납세액 및 청구인들에 대한 제2차 납세의무 지정금액은 아래 ＜표1＞과 같다. ＜표1＞ 체납액 및 제2차 납세의무 지정금액 (3) 이의신청 결정서OOO 기재내용에 의하면 국세통합전산망을 통하여 확인되는 체납법인의 연도별 사원현황은 아래 ＜표2＞와 같다. ＜표2＞ 체납법인의 연도별 사원현황 (4) 청구외 OOO 등은 2017년 11월 체납법인의 제2차 납부의무 지정 통지를 받고 이의신청을 하면서 자신들은 체납법인의 과점주주가 아니고 2015.2.4. 이후 체납법인의 대표자는 OOO이라는 내용이 기재된 확인서와 청구인 OOO과 OOO이 이사 및 대표이사로 취임하고 각 OOO를 출자한 내역이 아래 ＜표3＞과 같이 첨부된 조합원총회(2015.3.11. 16시)의사록을 제출하였다. ＜표3＞ 출자자산 내역 (5) 체납법인이 2017.1.31. 처분청에 제출한 ‘주식등변동상황명세서’에 의하면 총 발행좌수 OOO좌의 사원 현황은 아래 ＜표4＞와 같으며, 체납법인의 2017.1.18. 14시 ‘임시주주총회의사록’에는 OOO, OOO(대리인 OOO), OOO(대리인 OOO), OOO, OOO이 사원으로 참석하여 의사록에 기명날인한 것이 나타난다. ＜표4＞ 사원 현황 (6) 체납법인의 인증기관 지정취소에 대한 OOO법원 판결OOO에서 OOO이 체납법인에 대하여 한 인증기관 지정취소 처분 취소청구는 받아들여지지 않았고, 동 판결서에는 체납법인이 “OOO은 원고의 주주명부에 형식적으로 등재된 명목상의 주주일 뿐만 아니라, 이 사건 처분 전 이미 주주로서의 지위를 포기한다는 포기각서를 작성하였음에도 체납법인 내부의 업무상 착오로 주주명부에서 삭제되지 않은 것에 불과하다”고 주장한 것으로 나타나고, 판단 부분에는 “OOO은 2011.12.30. 개최된 원고의 조합원 총회에서 현금 OOO원을 출자하여 전체 OOO좌 중 OOO좌를 취득하는 것으로 의결한 사실을 인정할 수 있을 뿐, 체납법인이 제출한 증거들만으로는 OOO이 단지 명의만 대여한 형식상의 주주(사원)라고 인정하기에 부족하므로 체납법인의 주장은 받아들일 수 없고, 결국 OOO이 종전 자신의 지분을 포기하는 내용의 포기각서를 제출한 적이 있더라도 체납법인의 주주총회에서 그 승인이 가결되지 않은 이상 그 효력이 발생하였다고는 볼 수 없고, 또한 주주명부 등에 그와 같은 변동에 대한 기재가 없는 이상 이를 제3자에게 대항할 수는 없는 것이어서 OOO이 주주의 지위를 상실하였다는 취지의 주장 역시 받아들일 수 없다”는 내용이 기재되어 있다. (7) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 「국세기본법」상 출자자의 제2차 납세의무는 당해법인의 경영을 사실상 지배하거나 당해법인의 100분의 50을 초과하는 주식에 관한 권리를 사실상 행사할 수 있는 지위에 있는 자에 대하여만 그 의무를 지울 수 있는 것인바, 처분청이 주주(사원)명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등의 자료에 의하여 주식의 소유사실을 입증하지 않은 점, 체납법인이 2017.1.31. 처분청에 제출한 주식등변동상황명세서의 주주 7명과 2017.1.18. 임시주주총회 의사록에 기재된 주주 7명은 일치하고 청구인들은 주주로 등재되어 있지 않은 점, 체납법인이 2017.1.24. 당시 ‘주주등변동상황명세서’에 주주로 등재된 OOO이 인증심사원 업무를 수행한 것을 사유로 OOO으로부터 인증기관 지정취소 처분을 받고 제기한 소송OOO에서 ‘체납법인 내부의 업무상 착오로 OOO을 주주명부에서 삭제하지 않은 것’이라고 주장하여 청구인들이 등재되어 있지 않음은 물론 OOO이 등재된 주주(사원)명부 존재사실을 인정하였던 점 등을 종합하여 볼 때, 청구인들을 체납법인 지분의 실지 소유자이거나 체납법인의 경영을 실질적으로 지배한 자로 보기는 어렵다고 할 것이므로 처분청이 청구인들을 체납법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 체납세액 납부를 통지한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.