이유
1. 처분개요 청구법인은 서울특별시 성북구 OO동 OOO, OOO OOO구역주택개량재개발사업을 수행하는 법인으로서 92.12.31 성북구청으로부터 관리처분계획인가를 받아, 신축한 아파트 및 상가를 분양하던중 94.4.13 서울특별시 OOO동 OO OOO 및 OO, OO 일대가 건설부장관에 의하여 추가구역으로 지정되자 당초 본구역의 관리처분계획인가 당시(92.12.31) 체비시설로 되어 있는 아파트중 일부만 일반분양하고 나머지는 추가지역의 조합원들에게 분양될 것에 대비하여 보류시설로 일반분양을 유보하여 두었는바, 96.4.1 국민고충처리위원회에서 추가지역조합원들에 대하여도 본구역조합원들과 동등한 조건으로 본구역에 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 분양하도록 결정을 하자, 성북구청은 96.7.25 국민고충처리위원회의 결정에 따라 관리처분계획 변경인가를 하였다. 청구법인은 92.12.31 인가된 당초 관리처분계획에 의하여 92년 제2기～95년 제1기에 각 과세기간별로 부가가치세 과세사업(국민주택규모 초과분)과 면세사업(국민주택규모)의 공통매입세액을 안분계산한 후 부가가치세 과세대상 연면적에서 조합원지분이 차지하는 비율(이하 “면세비율”이라 한다)을 47.612%로 하여 이에 대한 매입세액을 공제하지 아니하고 부가가치세를 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 94.4.13 추가지역이 지정됨에 따라 본구역 체비시설중 일반분양분을 제외한 나머지 아파트는 추가지역의 조합원들에게 분양될 것으로 보고 면세비율을 58.613%로 계산하여 청구법인이 신고한 면세비율 (47.612%)과의 차이에 해당하는 매입세액 상당액을 청구법인이 부당공제받은 것으로 보아 이를 공제하지 아니하는 한편, 신고불성실가산세 268,231,370원을 포함하여 95.8.16 청구법인에게 92년 제2기 부가가치세 2,530,390원, 93년 제1기 부가가치세 4,480,400원, 93년 제2기 부가가치세 4,343,470원, 94년 제1기 부가가치세 276,877,410원, 94년 제2기 부가가치세 300,229,350원, 95년 제1기 부가가치세 1,359,597,600원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 95.10.14 이의신청, 95.12.13 심사청구를 거쳐 96.3.18 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 청구법인은 당초 관리처분계획(92.12.31)에 의하여 면세비율을 47.612%로 하여 부가가치세 신고를 하였고 96.7.25에 이르러서야 추가지역 지정에 따른 관리처분변경계획이 인가되어 확정되었는 바, 변경된 관리처분계획이 확정되기 전에 면세비율을 과소적용 신고하였다 하여 과소신고분에 대한 매입세액을 불공제하는 것으로 정산 경정하여 추징함은 부당하고, 설령 면세비율 과소신고분에 대한 매입세액 상당액을 불공제한다고 하더라도 처분청은 94.4.13 추가지역지정에 따른 조합원의 추가발생으로 인하여 이들이 본구역에 체비시설로 확보되어 있는 아파트중 이미 일반분양된 것을 제외한 나머지를 전부 분양받을 것으로 보아 면세비율을 58.613%로 하여 경정하였으나, 96.7.25 인가확정된 관리처분변경계획에 의하면 처분청이 조합원세대로 계산한 27세대가 일반분양하도록 되어 있어 면세비율이 57.274%이므로 이를 기준으로 재경정하여야 한다. (2) 청구법인은 당초 관리처분계획(92.12.31)에 의하여 부가가치세를 신고하였고 96.7.25에 이르러서야 추가지역 지정에 따른 관리처분변경계획이 인가되었는 바, 청구법인이 신고할 당시에는 관리처분계획이 어떻게 변경될지 여부가 불분명하였을 뿐만아니라, 관리처분계획의 확정은 구청 소관으로 청구법인의 권한범위를 넘는 것이므로 면세비율 과소신고분에 대한 매입세액을 불공제하는 것은 별론으로 하더라도, 신고불성실가산세를 부과하는 것은 부당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 당초 관리처분계획(92.12.31)에 의하여 청구법인이 신고한 면세비율은 47.612%이나, 94.4.13 추가지역이 지정됨으로 인하여 조합원이 추가발생되어 면세비율이 58.613%로 변경되었으므로 동 면세비율과 청구법인이 신고한 면세비율(47.612%)과의 차이에 해당하는 매입세액 상당액을 공제한지 아니한 처분은 잘못이 없다. (2) 청구법인은 부가가치세 신고를 하면서 면세비율을 정당하게 계산하고 이에 따른 매입세액을 공제하지 아니하여야 함에도 불구하고 면세비율을 과소하게 신고하여 매입세액을 과다하게 공제받았으므로 그 차액에 대하여 신고불성실가산세를 부과한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이건 심판청구의 다툼은 면세사업과 과세사업에 대한 공통매입세액의 정산시기가 도래한 것으로 보아 면세비율 과소신고에 따른 매입세액을 불공제하는 한편, 신고불성실가산세를 부과한 처분이 정당한지 여부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 부가가치세법 제17조 제2항 제4호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련되는 매입세액 포함)은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 동법 시행령 제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 「면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × (면세공급가액/총공급가액)」에 의하여 계산하도록 하면서 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산하도록 규정하고 있고, 동조 제4항에서 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 1. 총매입세액(공통매입세액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입세 액의 비율 2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율 3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율」을 규정하고 있으며, 동법시행령 제61조의2 제1항에서 「사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다. 가산 또는 공제되는 세액 = (총 공통매입세액 × [과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 면세공급가액/과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액] - 기공제세액) 또는 (총 공통매입세액 × [과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 면세사용면적/과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적] - 기공제세액)」을 규정하고 있고, 동조 제2항에서는 「제1항의 규정을 적용함에 있어서 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다」라고 규정하고 있다. (2) 부가가치세법 제22조 제4항에서 「사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액), 초과하여 신고한 환급세액 또는 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)의 100분의 10에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 제1호와 제2호가 동시에 해당하는 경우에는 그중 많은 금액에 대하여 이를 적용하고 제1호와 제2호의 금액이 같은 경우에는 제1호의 금액에 대하여 이를 적용한다. 1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때 2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하는 때」라고 규정하고 있다. 다. 먼저 이건 공통매입세액의 정산시기가 언제인가에 대하여 살펴본다. (1) OOO구역주택개량재개발사업과 관련한 사실관계를 살펴보면, 92.12.31 성북구청에 의하여 관리처분계획이 인가(성북구 고시 1992-81호)되었으나, 94.4.13 건설부장관에 의하여 본구역 인근에 위치한 서울특별시 성북구 OOO동 OO OOO 및 OO, OO 일대가 추가지역으로 지정(건설부고시 1994-116호)되고 96.4.1 국민고충처리위원회에서 추가지역조합원들이 제기한 민원(사건번호 95 고충1782)을 심리하여 이들에게도 본구역 조합원들과 동등한 조건으로 본구역에 체비시설로 확보하고 있는 아파트를 분양받을 수 있도록 조치할 것을 성북구청에 통보(조사이07000-41171, 96.4.1)하자 성북구청은 96.7.25 추가지역조합원들에게 본구역에 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 본구역 조합원들과 동등한 조건으로 분양받을 수 있도록 당초의 관리처분계획(92.12.31)을 변경하여 인가하였다(성북구 고시 96-68호 및 성북구 공문 재개58531-1623, 96.7.25 참조) 한편, 96.7.25 변경인가된 관리처분계획에 의하면, 당초 관리처분계획상 국민주택규모 초과분 체비시설 805세대중 595세대는 기일반분양되었고 156세대는 추가지역조합원 분양분, 5세대는 보류시설, 49세대는 체비시설로 분류되어 있으며, 더 나아가 체비시설 49세대의 내역을 보면, 재개발을 반대하는 조합원을 위한 유보분 19세대와 보다 높은 평수를 요구하며 소송중인 경우를 대비한 유보분 3세대등 22세대가 분양유보되었고 나머지 27세대는 일반분양하도록 되어있음을 알 수 있다.(이상 별지 관리처분계획 변경내용 참조) (2) 처분청은 94.4.13 추가지역이 지정되면서 본구역 체비시설(총 1,586세대중 국민주택규모 초과분은 805세대)중 이미 일반분양된 595세대를 제외한 나머지 210세대는 모두 추가지역조합원들에게 분양될 것으로 보고 95년 제1기를 정산시기로 하여 이건 경정처분을 하였음이 처분청의 과세자료에 의하여 확인된다. (3) 서울시주택개량사업업무지침에 의하면 국민주택규모 초과주택은 50%까지만 조합원에게 분양할 수 있도록 되어 있고, 본구역의 국민주택규모 초과주택은 이미 본구역조합원들이 50%를 분양받은 상태이기 때문에 추가지역 조합원들로서는 본구역에 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 분양받는다 하더라도 위 서울시 지침에 의하여 국민주택규모 이하의 아파트를 분양받을 수밖에 없게 되자, 추가지역 조합원들이 국민고충처리위원회에 자신들도 본구역 조합원들과 동등한 조건으로 아파트를 분양받을 수 있도록 조치해달라고 민원을 제기하고 96.4.1 동 위원회가 이러한 민원을 수용함에 따라 96.7.25에 이르러서야 성북구청이 조합원들의 요구사항을 수용한 관리처분계획을 변경인가한 것임을 알 수 있다. 위와같은 점들을 종합하여 볼 때, 94.4.13 추가지역이 지정될 당시에는 추가지역 조합원들이 본구역에 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 분양 받을지 여부 및 본구역의 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 분양받는다 하더라도 어떠한 평형의 아파트를 분양받을지 여부는 불분명한 상태였고, 96.7.25 관리처분변경계획이 성북구청에 의하여 인가됨으로써 비로소 동 관리처분계획의 내용대로 추가지역조합원들에게도 본구역의 체비시설로 확보되어 있는 아파트를 분양받도록 확정된 것이라 할 것이다. (4) 전시 부가가치세법 시행령 제61조의2 제1항 및 제2항의 규정에 의하면 공통매입세액의 정산시기가 도래하는 과세기간, 다시말하면 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 정산하도록 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 당초 92.12.31 관리처분계획에 의한 면세비율이 94.4.13 추가지역 편입에 따라 예정면세비율로 변경되었다고 볼 수 있고 예정면세비율에 의한 사용면적은 변경된 관리처분계획이 인가됨으로 인하여 비로소 확정되었다고 할 것이므로 동 관리처분계획이 확정된 과세기간인 96년 제2기를 정산시기로 봄이 타당한데도 처분청은 95년 제1기를 정산시기로 오인하여 확정치가 아닌 예측치에 의하여 정산한 것으로 보인다. 그렇다면, 이 건 부가가치세 과세처분은 96.7.25 인가된 관리처분변경계획의 내용에 의하여 면세비율을 재계산하고 청구법인이 신고한 면세비율과의 차이에 해당하는 매입세액 상당액에 대하여 96년 제2기에 정산하는 것이 타당하다고 판단된다 라. 다음으로 신고불성실가산세를 부과한 처분이 적법한지에 대하여 본다. (1) 정산시기가 도래하였는데도 신고를 하지 아니하거나 과소하게 신고를 한 경우에 신고불성실가산세를 부과하는 것은 별론으로 하고, 정산시기가 도래하지 아니하였는데 정산시기가 이미 도래한 것으로 보아 신고불성실가산세를 부과한 것은 잘못된 것으로 판단된다. 더 나아가 정산시기에 정당하게 신고를 한 이상 정산시기 이전에 신고한 내용과 비교하여 추가로 납부하여야 할 세액이 발생하는 경우에도 이는 정산시기 이전에는 납세자가 예측할 수 없는 것이므로 당해 추가납부세액에 대하여는 부가가치세법 제22조 의 규정에 의한 신고불성실가산세를 적용하지 아니하는 것이 타당하다고 판단된다.(국세청 예규 46015-2254, 95.11.29, 같은 뜻임) (2) 앞서 살펴본 것처럼 이건의 경우 정산시기가 96년 제2기인데도 처분청은 정산시기를 95년 제1기로 오인하여 정산하였으므로 청구법인이 신고한 면세비율(47.612%)과 처분청이 계산한 면세비율과의 차이에 해당하는 매입세액 상당액만큼 과소신고한 것으로 보고 신고불성실가산세를 부과한 처분은 위법하다고 하겠다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 【 별 지 】 관리처분계획 변경내용 (1) 당초 관리처분계획 (92.12.31)
구 분
세대수
참여조합원
분????? 양
조합원
분? 양
체비시설
보류시설
재개발
임? 대
비???? 고
계
4,294
637
1,582
1,586
124
365
13평형
365
365
24평형
684
396
288
체비분양유보
27평형
507
241
6
256
4
체비분양유보
33평형
986
708
237
41
44평형
480
240
202
38
50평형
1,008
504
478
26
56평형
264
124
125
15
(2) 변경된 관리처분계획 (96.7.25)
구 분
세대수
참여조합원 분 양
조합원
분? 양
기일반
분? 양
체비
시설
기처리된
보류시설
승인
보류
재개발
임? 대
비?? 고
계
4,509
637
1,792
595
226
124
555
580
13평형
580
580
215가구증가
24평형
684
396
291
27평형
507
241
6
4
253
33평형
986
762
177
41
6
추가구역54가구
44평형
480
284
147
10
38
1
추가구역44가구
50평형
1,008
589
363
29
26
1
추가구역85가구
56평형
264
151
85
10
15
3
추가구역2OO구
< 변경된 관리처분계획중 체비시설 내역 >
33평형
44평형
50평형
56평형
계
세?? 대?? 수
177
10
29
10
226
추가조합원분
1
9
10
20
조합원소송분
1
3
4
일반분양분
175
7
20
202
* 관리처분계획중 33평형 이하가 국민주택규모임