이유
1. 사실 및 처분개요

청구조합은 91.9.30 설립 및 사업시행인가(서대문구 고시 제46호)받은 주택개량재개발조합인 바, 아파트와 부대복리시설 등을 건설하고자 기존 주택 및 상가를 철거하고 동 철거공사대금 등으로 93.7.10～93.9.17까지 3회에 걸쳐 청구외 주식회사 OO개발용역 등에 총 696,525,595원(부가가치세 69,652,559원 별도이며 이하 “쟁점공사비”라고 한다)을 지급하고 관련세금계산서를 교부받아 94.1.25 ’93년 제2기분 부가가치세 신고시 위 매입세액 69,652,559원을 환급세액으로 신고한 사실이 있다.

처분청은 쟁점공사비가 토지조성을 위한 경비로서 토지의 자본적 지출에 해당된다 하여 당해 매입세액을

부가가치세법 제17조

제2항 제4호 및

같은법시행령 제60조

제6항의 규정에 의거 공제배제하고 이에 대한 신고불성실가산세를 가산하여 94.2.16 청구조합에게 ’93년 제2기분 부가가치세 6,905,210원을 과세하였다.

청구조합은 이에 불복하여 94.4.16 심사청구를 거쳐 94.7.21 심판청구를 하였다.

2. 청구조합 주장 및 국세청장 의견

가. 청구조합주장

쟁점공사비는 토지조성을 위한 정지비가 아니고 기왕에 소유하고 있던 주택과 상가건물 등을 철거하고 이를 도시재개발사업법에 의하여 새로운 주택과 상가건물을 대체 취득함에 있어 필수적으로 발생되는 기존건물 등의 철거비용이므로 새로 취득하기 위한 주택과 상가건물에 귀속되는 건물의 자본적지출로 보아야 한다.

따라서 청구조합이 시행중인 주택개량사업 중에는 과세사업분과 면세사업분이 있으므로 쟁점공사비의 매입세액 69,652,559원을 「과세사업과 면세사업의 예정사용면적 비율」로 안분하여 별지 기재와 같이 과세사업(상가분양등)에 해당되는 매입세액 9,622,920원은 공제하여야 한다.

나. 국세청장 의견

쟁점공사비는 토지조성을 위한 토지의 자본적지출액에 해당되므로 당해 매입세액은 전액 면세재화(토지)에 관련된 세액으로 처분청이 동 세액을 전액 불공제한 데 잘못이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

주택개량재개발지구내의 기존건물 등의 철거비용이 토지의 자본적지출에 해당되는지 또는 당해토지 위에 신축하는 건물의 자본적지출에 해당되는지 여부

나. 관계법령

(1)

부가가치세법 제12조

(면세) 제1항에서 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면세한다고 규정하면서 그 제12호에서 “토지”를 규정하고 있고,

같은법 제17조

(납부세액) 제1항에서 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치 세액은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액에서 다음 각호의 세액(이하 「매입세액」이라 한다)을 공제한 금액으로 한다”고 규정하면서 그 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용되거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”이라고 규정하고 있고, 같은조 제2항 제4호에서 제12조의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고,

같은법시행령 제60조

(매입세액의 범위) 제6항에서 “법 제17조 제2항 제4호에 규정하는 매입세액에는 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액을 포함한다”고 규정하고 있다.

위 규정에 의하면 토지의 조성 등을 위한 자본적지출에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니함을 알 수 있는 바,

건축물이 있는 토지를 취득하여 토지만을 사용할 목적으로 그 지상건축물을 철거하는 경우 그 철거비용은 당해토지에 대한 자본적지출에 해당되므로 당해철거비용과 관련된 매입 세액은 공제할 수 없다 할 것이나 자기소유의 토지위에 새로운 건물을 신축할 목적으로 기존 건축물을 철거하는 경우 그 철거비용은 신축건물의 자본적지출에 해당된다고 봄이 타당하므로(법인세법 기본통칙 2-15-1...21 제4호 같은뜻) 당해 철거비용과 관련된 매입세액은 신축 건물이 과세사업에 공하는 경우 이를 매출세액에서 공제함이 타당하다고 풀이된다.

(2) 한편

부가가치세법 시행령 제61조

(매입세액의 안분계산) 제1항 본문에서 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 「공통매입세액」이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.

면세사업에 관련된 매입세액=공통매입세액×

”이라고 규정하고 있고,

같은조 제4항에서 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입세액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율”이라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

청구조합은 91.9.30 조합설립 및 사업시행인가(서대문구 고시 제46호)받은 주택개량재개발조합인 바 조합원들로부터 인도받은 재개발사업구역내의 토지위에 아파트와 부대복리시설 등을 신축하고자 기존건축물을 철거하고 동 철거공사비용으로 쟁점공사비를 지출한 사실에 대해서는 다툼이 없다.

위 다툼없는 사실과 관련하여 처분청은 쟁점공사비가 단순히 토지조성을 위한 정지비로서 토지의 자본적지출에 해당된다하여 관련 매입세액을 불공제하고 이 건 과세하였으나 쟁점공사비는 청구조합이 조합원들의 토지위에 새로운 건축물을 신축하기 위하여 지출한 비용이지 단순히 토지 그 자체의 효율성을 제고코자 지출한 것이 아니므로 이를 토지의 자본적지출로는 볼 수 없고 신축건물의 자본적지출로 봄이 타당하다.

그렇다면 청구조합은 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있고 이 건 과세기간(’93년 제2기분)중에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없으므로

부가가치세법시행령 제61조

제4항 제3호의 규정에 의하여 쟁점공사비의 매입세액 69,652,559원을 과세사업과 면세사업의 예정사용면적 비율로 안분계산하여 별지 기재와 같이 과세사업분 매입세액 9,622,920원을 공제함이 타당하다고 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.