이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.7.6부터 2005.9.7까지 경기도 부천시 원미구 ○ 동 ○ 번지의 토지 7,212.2㎡상에 건축물 86,136.9㎡ (지하7층～지상12층, 동 부속토지를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.) 중 지하2층, 지하1층(일부), 2층 (일부), 3층, 4층 (일부), 5층, 6층, 8층 건축물 36,582.34㎡ 및 동 부속 토지 3,063.02㎡를 취득한 후 취득 가액 32,111,377,591원을 과세표준으로 하여 지방세법 제131조 제1항제3호(2)에서 규정한 세율을 적용하여 산출한 등록세 642,227,550원 지방교육세 128,445,510원 합계 770,673,060원을 신고 납부함에 따라 이를 수납하였으나, 2007.2.6～2.16. 처분청 세무담당 공무원(지방세무주사 ○○○ 외1)의 세무 조사 결과 청구인은 2005.12.29. 이 사건 부동산 중 5·6층과 8층에 지점을 각각 설치하고 이 사건 5·6층 지점은 같은 날 부천세무서장에게 사업자등록(등록번호 ○○○ - ○○ - ○○○○○ ; 업태 : 도소매 / 종목 : 대형할인점, 대형유통업)을 하였으며, 이 사건 8층 지점은 2006.2.16 부천세무서장에게 사업자등록(등록번호 ○○○ - ○○ - ○○○○○ ; 업태: 도 소매 / 종목 : 의류, 잡화, 볼링장, PC방, 전자오락실 등)을 하고 5·6층 지점 및 8층 지점 명의로 유통업 등을 영위하다가 이 사건 부동산을 등기한 날부터 2년 내인 2006.1.20. 이 사건 부동산 중 6층 을, 2006.11.28 5층과 8층 을 각각 청구 외 (주) ○○ 은행에게 매각한 사실을 확인하고(이 사건 부동산 중 매각한 5층, 6층, 8층을 “이 사건 쟁점부동산” 이라 한다.) 이 사건 쟁점 부동산의 등기를 대도시 내 지점설치 이전에 취득 하는 일체의 부동산 등기로 보아 이 사건 부동산 취득가액에서 이 사건 쟁점 부동산을 안분 하여 산출한 16,222,030,885원을 과세표준 으로 하고 지방세법 제138조제1항의 중과 세율을 적용하여 산출한 세액에서 기 신고 납부한 세액을 차감한 등록세 867,744,730원 지방교육세 160,571,280원 합계 1,028,316,010원 (가산세 포함)을 2007.6.11. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1999.7.14 부동산중개업 및 시행령이 정한 업무일체의 사업 등 (2005.4.12 부동산중개업 및 시행령이 정한 업무일체의 사업을 삭제하고 부동산 개발업, 부동산 컨설팅업, 도소매업, 대형할인점 운영업 등으로 목적사업 변경) 을 목적사업으로 서울특별시 영등포구 ○○○ 동 ○ 가 ○ - ○ 번지 소재에서 설립되어 2002.9.17. 이 사건 부동산 11층으로 본점을 이전 한 후, 2005.7.6부터 2005.9.7 까지 이 사건 부동산 중 지하2층, 지하1층 (일부), 2층(일부), 3층, 4층(일부), 5층, 6층, 8층을 실수요자에게 매각 하고자 취득하고 소유권이전등기를 하였 으나, 부동산 펀드 관련회사인 청구 외 ○○○ 자산운용(주)가 이 사건 쟁점 부동산을 매수하고자 하면서 층별 수익성 검토를 위하여 청구인에게 층별로 구분 손익을 요구함에 따라 부득이 하게 이 사건 부동산의 5·6층과 8층에 청구인의 지점을 설치하고 지점 명의로 사업자 등록을 한 것 일 뿐 실제로는 청구인의 본점에서 이 사건 쟁점 부동산의 매각 및 유통 업 등을 직접 관리하였을 뿐만 아니라 이 사건 쟁점 부동산에는 지점 설치와 관련한 어떠한 인적·물적 시설도 설치하지 않았음에도 처분 청이 이 사건 쟁점 부동산의 등기를 대도시내에서 지점 설 치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 한 것은 부당하다고 주장하면서 이 사건 등록세의 취소를 구하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인이 실수요자에게 매각할 목적으로 대도시내 유통업(백화점)용 부동산을 취득한 후, 매각을 촉진하고자 당해 부동산에 지점을 설치하고 지점명의로 사업자등록을 한 후 유통업 등을 영위하다가 부동산 등기일로부터 2년 내에 매각한 경우 등록세를 중과세한 것이 적법한지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조 제1항 본문은 “대도시 외의 법인이 대도시내로의 본점의 전입에 따른 등기의 경우 법인의 설립으로 보아 등록세 세율을 일반세율의 100분의 300으로 중과세 한다”라고 규정하고, 그 제3호에 “대도시내 에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분 사 무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기” 라고 규정하고, 같은법시행령 제102조 제2항에서 “ 법 제138조제1항제3호에서 "법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기"라 함은 당해 법인 또는 지점등이 그 설립·설치·전입 이전에 취득하는 일체의 부동산등기를 말 한다고 하고 그 후단에서 “지점 등이라 함은 행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장을 말 한다”라고 규정하고 같은 법시행 규칙 제55조2에서는 “행정자치부령이 정하는 사무소 또는 사업장”이라 함은 「법인세법」·「부가가치세법」」또는 「소득세법」의 규정에 의하여 등록된 사업장으로서 인적·물적설비를 갖추고 계속하여 사업이 행하여지는 장소를 말한다고 규정하고 있으며 같은법시행령 제101조 제1항제8호에서 「유통산업발전업」에 의한 유통산업은 대도시안에 설치가 불가피하다고 인정되는 업종으로 보아 대도시내 법인 중과세의 예외로 규정하고 있으나 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유없이 1년(제1항제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용하여 등록세를 중과세한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 쟁점 부동산 중 5층과 6층은 2005.7.11에, 8층은 2005.7.28 각각 취득등기를 한 후, 2005.12.29. 이 사건 부동산에 5·6층 지점과 8층 지점을 설치하고 5·6층 지점은 대형할인점을 업종으로, 8층 지점( ○○○ 지점)은 PC방, 전자오락실 등을 업종으로 부천세무서장 에게 사업자 등록을 하고 지점별로 2006년도 제 1·2기 부가가치세 신고를 한 사실, 2006년 3월부터 청구 외 ○○○ (대리), ○○ (대리), ○○○ (사원, 9월 퇴사 ), ○○○ (사원, 9월 입사) 등에게 ○○○ 팀 소속으로 급여를 지급한 사실 및 2006.1.20. 이 사건 쟁점 부동산 중 6층을 , 2006.11.28. 5층과 8층을 각각 청구 외 (주) ○○ 은행에게 매각한 사실은 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 쟁점 부동산의 경우 부동산 펀드 관련회사인 청구 외 ○○○ 자산운용(주)가 이 사건 쟁점 부동산을 매수하고자 하면서 층별 수익성 검토를 위하여 청구인에게 층별로 구분 손익을 요구함에 따라 부득이 하게 이 사건 부동산의 5·6층과 8층에 청구인의 지점을 설치하고 지점 명의로 사업자 등록을 한 것 일 뿐 실제로는 청구인의 본점에서 이 사건 쟁점 부동산의 매각 및 유통 업 등을 직접 관리하였을 뿐만 아니라 이 사건 쟁점 부동산에는 지점 설치와 관련한 어떠한 인적·물적 시설도 설치하지 않았음에도 처분 청이 이 사건 쟁점 부동산의 등기를 대도시내에서 지점 설 치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 한 것은 부당하다고 주장하고 있으나 지방세법 제138조 제1항제3호와 같은법시행령 제101조 및 제102조제2항의 규정 을 종합해보면, 대도시내에서 지점을 설치하고 지점 명의로 유통산업을 영위하는 경우에는 대도시내 법인 중과세 예외 대상에 해당하지만, 등기일부터 정당한 사유없이 당해 업종에 2년이상 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우에는 지방세법 제138조 제1항의 등록세 중과세율을 적용하여 등록세를 신고 납부하여야 하는 것이므로 청구인의 경우 대도시내에서 지점 설치 후 지점 명의로 유통업을 영위하다가 등기일부터 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 이 사건 쟁점 부동산을 매각한 이상 이 사건 쟁점 부동산의 등기는 등록세 중과세 대상이라 할 것이고 또한 청구인이 제출한 이 사건 5·6층지점과 8층지점의 부가가치세 신고서를 보면 이 사건 5·6층지점은 2006년도 제1기 예정신고에서 1,412,485,092원 제1기 확정신고에서 1,612,486,008원 제2기 예정신고에서 1,294,610,335원 제2기 확정 신고에서 1,675,674,392원을 매출로 신고하고, 이 사건 8층 지점 역시 2006년도 제1기 예정신고에서 9,827,501원 제1기 확정신고에서 220,860,637원 제2기 예정신고 에서 281,864,118원 제2기 확정신고에서 219,765,335원을 매출로 신고하고 청구인의 2006년 4월부터 12월까지 급여·상여대장을 보면, 청구인은 청구 외 ○○○ 등에게 ○○○ 팀 소속으로 4,807,000원을 급여로 지급하고 있으며 급여에 대한 계정별 원장에서도 ○○○ 팀 소속 직원의 급여 4,807,000원은 본점 임직원 급여 12,757,000원과 구분하여 별도로 기장하고 있으므로 이 사건 지점이 인적 ·물적 시설이 없는 형식상의 지점이라는 청구인의 주장은 받아들이기 어렵다고 할 것 인 바 처분청 이 이 사건 쟁점 부동산 에 대하여 대도시내 지점 설치에 따른 부동산 등기로 보아 등록세를 중과세 한 것은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관