이유
1. 사실 청구인은 서울시 강남구 OO동 OOOOO에 주소를 둔 사람으로서 청구인이 서울시 동작구 OO동 OOOOO OOO 소재 대지 961평방미터와 동 지상건물 2,190평방미터를 89.4.3 양도하고 이에 대한 양도차익을 토지는 쌍방 실지 거래가액으로, 건물은 쌍방 기준시가에 따라 산정하고 89.5.31자로 처분청에 자산양도차익 예정신고를 한데에 대하여 처분청은 토지와 건물의 양도차익을 기준시가에 의하여 산정하고 90.2.16자로 청구인에게 89년 귀속양도소득세 30,604,510원 및 동 방위세 6,120,900원을 결정고지 하자 청구인은 이에 불복하여 90.4.12 심사청구를 거쳐 90.6.19 심판청구를 제기하였다. 2. 청구 주장 청구인은 87.8.13 청구외 OOO로부터 서울시 동작구 OO동 OOOOOO, OO, OOO에 세 필지의 대지 231.7평과 동 지상에 신축중인 상가건물(지하 1층, 지상 4층, 연건평 580.93평)을 매입할 시 대지 231.7평은 405,475,000원(평당 1,750,000원)에 신축중인 건물은 145,232,500원(평당 250,000원)으로 구분 매입하였고, 서울시 동작구 OO동 OOOOOO 소재 대지 59평은 87.8.13 청구외 OOO로부터 103,200,000원에 매입한 후 87.12.17 위 토지를 OO동 OOOOOO의 240평방미터, 동소 OOOOOO의 262평방미터, OOOOOO 대 264평방미터, 동소 OOOOOO의 195평방미터를 동소 OOOOOO에 합병하여 동 OOOOOO의 면적은 961평방미터로 되었으며, 신축중인 상가건물을 매입한 1,920.36평방미터(580.93평)는 87.10.26 준공되어 87.11.3 소유권 보존등기를 경료하였다. 위 지상에 별도건물인 철근콘크리트조 및 벽돌조 스라브지붕 2층주택 1동(269.64평방미터)을 88.11.22 증축하여 88.11.29 소유권 보존등기를 마친 후에 동 부동산을 임대업에 공하다가 89.4.6 청구외 OOO에 토지가액은 522,000,000원(평당 1,800,000원), 건물가액 528,000,000원(평당 800,000원), 계 1,050,000,000원을 일시불로 지급하기로 하고 양도한 후 89.5.31 자산양도차익 예정신고를 함에 있어서 토지는 양도 및 취득가액을 실지 거래가액으로 양도차액을 계산하고 취득가액이 불분명한 건물은 국세청 기준시가로 양도차액을 계산하여 89.5.31자로 자산양도차익 예정신고를 한 바 있고, 위 거래가액은 매매계약서 등 관련 증빙자료에 의하여 확인되고 있음에도 처분청은 확인되는 토지부분의 실지거래가액을 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 국세청장 의견 청구인은 쟁점토지를 87.8.13자 계약에 의거 평당 1,750,000원, 금 508,675,000원에 취득하여 89.4.3자 계약에 의거 평당 약 1,796,000원, 금 522,000,000원에 양도하였다는 청구주장은 취득 후 양도시까지의 기준시가에 의한 지가상승율이 25%인 반면, 청구주장의 지가상승율은 불과 2.6%에 불과하여 상가지역이 일반대지나 임야보다도 지가상승율이 높은 것이 일반적 사실이라는 점과 사회통념상으로 보아 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단되고, 청구인이 주장하고 있는 바에 따르면, 신축중인 상가를 인수한 관계로 건물의 취득(인수)가액이 평당 250,000원이어서 양도시의 평당 800,000원과는 큰 차이가 있으나 이는 신축중인 상가를 인수 후 청구인이 공사를 완공하는데 까지 상당한 재원이 소요되었으므로 사실상은 건물부분은 계약당사자간의 합의에 의해 토지 평당가액을 정하여 거래한 것이므로 사실상의 토지거래가액을 인정하여야 한다는 주장인 바, 이 건은 건물을 완공하는데 소요된 금액이 불분명할 뿐만 아니라 토지의 양도가액을 취득시의 가액과 근소한 차이로 양도했어야 할 특단의 사정도 엿보이지 아니하므로 청구주장은 신빙성이 있어 보이지 아니하여 쟁점부동산의 양도차익을 기준시가에 의해 산정하고 양도소득세를 과세한 당초처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다. 4. 쟁점 이 건의 다툼은 양도한 부동산중 토지분에 대한 취득 및 양도가액을 청구인이 주장하는 가액으로 인정할 수 있는지의 여부를 가리는 데 있다 하겠다. 5. 심리 및 판단 청구인이 87.8월에 동작구 OO동 OOOOOO외 2필지의 부동산(대지 231.7평, 신축중인 상가건물 580.93평)을 청구외 OOO로부터, 같은 달에 위 토지의 인근지역인 OO동 OOOOOO의 대지 59평을 OOO로부터 각각 취득한 후 위 토지 4필지를 OOOOOO로 합병한 후(총면적 : 961평방미터) 동소에 2층 건물(면적 269.64평방미터)을 신축하여 88.11.29자로 청구인 명의로 소유권 보존등기를 마친 후 위 부동산(건물 2,190평방미터, 대지 961평방미터)을 89.4.6 청구외 OOO에게 양도하고 89.5.31자로 처분청에 자산양도차익 예정신고를 하면서 건물가액은 기준시가로, 토지가액은 실지 거래가액(양도가액 : 522,000,000원, 취득가액 : 508,675,000원)으로 신고한 데 대하여, 처분청은 청구인이 신고한 토지분의 실지 거래가액은 신빙성이 없다 하여 이를 부인하고 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하고 이 건 양도소득세를 부과하였는 바, 청구인은 토지분의 실지 거래가액이 매매계약서 등에 의하여 확인되고 있음에도 이를 부인한 처분은 부당하다고 주장하고 있어 청구주장 토지분의 실지 거래가액을 인정할 수 있는지의 여부에 대하여 보면, 청구인 제시 매매계약서에 의하면 쟁점토지를 평당 1,750,000원에 취득하여 이를 1,795,660원에 양도한 것으로 되어 있으나 취득내용을 보면, 공유지분이 아닌 위 토지를 청구외 OOO, OOO로부터 취득하면서 같은 날짜에 계약서가 이루어 졌고, OOO 소유 3필지의 토지는 대로변에 위치하고 있고, OOO 소유 토지는 OOO 소유토지와 인접은 하고 있으나 대로나 소로도 접하지 아니한 토지를 동일가액으로 매매가 이루어 졌다고 주장하고 있는 점, 청구외 OOO로부터 취득한 부동산의 매매계약서상 토지와 건물의 구분가액이 적정가액으로 볼 수 있는 여타의 입증자료도 있지 아니할 뿐만 아니라 취득시의 거래금액을 입증할 수 있는 구체적인 소명자료는 있지 아니한 점, 또한 양도가액도 계약서장 토지와 건물가액이 구분(토지 : 522,000,000원, 건물 : 528,000,000원)은 되고 있으나, 이 건 부동산을 양도하기 약 4개원전의 한국감정원의 평가액(토지 : 522,784,000원, 건물 : 441,701,900원)과 비교해 보면, 계약서상의 토지가액은 위 감정가액 보다는 낮고 건물가액은 감정가액 보다 매우 높은 가액으로 되어 있는 점, 청구인이 이 건 토지를 소유하고 있는 동안의 지가상승율을 보더라도 기준시가에 의한 지가상승율은 24.9%인데 반면 청구 주장의 지가상승율은 2.6%에 불과한 점 등 제반사항을 고려 해 볼 때 청구주장의 실지 거래가액이 신빙성 있다고는 보기 어려우므로 처분청이 청구인의 신고금액(토지분)을 부인하고 기준시가를 적용하여 양도차익을 산정하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 6. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.