이유
1. 원처분 개요 청구인이 서울특별시 중구 OO로OO OO외 4필지 대지 1,963.1㎡ 및 동 지상 학교건물 7,428.8㎡를 학교법인 OO학원으로부터 90.1.31 취득하여, 근린생활시설 및 업무시설로 용도변경하고 대수선 및 증축공사를 실시한 후 OO빌딩(이하 ”쟁점부동산“이라 한다)이라 칭하고, 93, 94년도중에 분양한 것에 대하여 부동산매매의 표준소득율(코드번호 703012; 25%)을 적용하여 93년귀속 종합소득세 57,329,500원 및 94년귀속 종합소득세 148,184,370원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 96.8.12 심사청구를 거쳐 96.12.2 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 쟁점부동산의 양도는 부동산매매업중 건물신축판매(소득율코드번호 703022; 17%)에 해당되므로 부동산매매의 표준소득율(코드번호 703012; 25%)을 적용하여 과세한 것은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인은 90.1.31일 청구외 학교법인 OO학원으로부터 학교건물을 매수하여 건축공사비만 4,640,753,056원을 투입하여 낡은 건물을 기둥만 남기고 전부철거하여 쟁점부동산을 사실상 신축하여 분양하였으므로 건물신축 판매로 보아 표준소득율(코드번호 703022; 17%)을 적용하여야 한다고 주장하나, 청구인이 제시한 심리자료중 건축허가신청서 및 허가서와 공사도급계약서를 보면 기존 학교교사였던 쟁점부동산을 업무시설 및 근린생활시설로 용도변경을 위한 대수선공사임을 알 수 있는 바, 이는 전시한 건축법상 신축에 해당된다고 볼 수 없다고 보이므로 부동산 매매의 표준소득율을 적용하여 과세한 처분은 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점부동산의 분양에 대하여 부동산매매의 표준소득율을 적용하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다. 나. 관련법령 소득세법 제92조 제1항에서 “부동산매매업자의 토지등 매매차익은 그 매매가액에서 제45조의 규정에 의한 필요경비를 공제한 금액으로 한다.”고 규정하고, 제2항에서 “제1항의 매매차익에 대한 산출세액은 그 매매차익에 제70조 제3항 각호에 규정하는 세율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고 있으며, 한편, 같은법 시행령 제142조 제1항에서는 “토지등 매매차익과 세액의 결정은 다음 각호에 의한다. 1. 부동산매매업자가 매매차익예정신고시 제출한 증빙서류 또는 비치·기장한 장부와 증빙서류에 의하여 토지등 매매차익을 계산할 수 있을 때에는 그에 의하여 조사·결정한다. 2. 제169조 제1항 각호에 해당하는 경우에는 토지등 매매차익은 제141조 규정에 불구하고 매매가액에 표준소득율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.”고 규정하고, 같은조 제2항에서는 “제1항 제2호에서 매도한 토지등의 실지거래가액을 확인할 수 있는 경우에는 실지거래가액을 매매가액으로 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제115조에 규정한 기준시가를 매매가액으로 한다.”고 규정하고 있다. 그리고, 건축법 시행령 제12조 제1항 제1호에서 “「신축」이라 함은 건축물이 없는(기존 건축물이 철거 또는 괴멸된 경우를 포함한다) 대지에 새로이 건축물을 축조하는 것(부속 건축물만 있는 대지에 새로이 주된 건축물을 축조하는 것을 포함하되, 개축 또는 재축의 경우를 제외한다)을 말한다.”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 1) 청구인은 서울특별시 중구 OO로OO OO 소재 대지 1,963.1㎡ 및 동 지상 학교건물 7,428.8㎡를 90.1.31 학교법인 OO학원으로부터 취득하여, 대수선 및 증축허가와 업무시설 및 근린생활시설로 용도변경허가를 받아 4,640,753,056원의 공사비를 투입하여 93.10 쟁점부동산을 준공한 후 93년 및 94년도에 걸쳐 분양하였으며, 처분청은 이 건 분양수입금액에 대하여 청구인이 당초 종합소득세 확정신고시에 적용하여 신고한대로 부동산매매(코드번호 703012)의 표준소득율을 적용하여 소득금액을 산출, 종합소득세를 과세하였음이 부동산매매계약서, 건축허가신청서 및 허가서, 건축준공검사서, 공사도급계약서, 종합소득세신고서 및 결정결의서등 관련서류에 의하여 확인되고 있으며, 쟁점부동산의 분양사업이 부동산매매업에 해당되고, 청구인이 이 건 사업에 대한 종합소득세를 신고함에 있어 매매차익을 계산할 수 있는 증빙서류등의 제출이 없어 그에 의하여 결정할 수 없으므로 매매가액에 표준소득율을 적용하여 과세한 사실에 대하여는 청구인과 처분청간에 다툼이 없다. 2) 청구인은 90.1.31일 청구외 학교법인 OO학원으로부터 학교건물을 매수하여 건축공사비만 4,640,753,056원을 투입하여 낡은 건물을 기둥만 남기고 전부 철거하여 쟁점부동산을 사실상 신축하여 분양하였으므로 건물신축판매로 보아 표준소득율(코드번호 703022)을 적용하여야 한다고 주장하나, 쟁점부동산은 당초 학교건물이었던 것을 완전철거후 신축한 것은 아니며 대수선공사 허가를 득하여 공사 및 용도변경하였고, 청구인도 당초 종합소득세 확정신고시에 건물신축판매로 보지 아니하고 신고한 사실등을 종합하여 볼 때, 부동산매매(코드번호 703012)로 표준소득율을 적용하여 과세한 처분은 타당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.