이유
1. 원처분 개요 청구법인은 비영리법인인 학교법인으로서 충청북도 청주시 OO동 OOOOO 과수원 4,787㎡, 같은시 OO동 OOOOO 대 446㎡, OO동 OOOOOO 전 5,880㎡ 합계 11,113㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 77.5.28 증여를 원인으로 취득하여 89.5.27 OO동 OOO 대 6,174.4㎡로 토지구획정리사업법에 의한 환지예정지지정이 있은 후 90.8.22 청구외 OOO외 2인에게 902,375,600원에 양도하고, 90.3.1～91.2.28 사업년도분 법인세 과세표준 및 세액을 신고납부함에 있어서 양도가액을 902,375,600원, 취득가액(간주취득일인 89.1.1 현재 가액)을 환산가액 773,276,445원으로 하여 고정자산처분이익을 계산, 신고하였다. 처분청은 위 신고에 대하여 양도가액은 동 902,375,600원으로 하였으나 취득가액에 있어서는 쟁점토지의 89.1.1 현재 시가가 불분명한 것으로 본 후 같은날 현재의 기준시가(19,430,570원)보다 장부가액(20,894,445원)이 높다는 이유로 장부가액 20,894,445원을 취득가액으로 하여 고정자산 처분이익을 881,416,230원으로 계산, 92.6.16 청구법인에게 90.3.1～91.2.28 사업년도 해당분 법인세 361,653,120원을 부과처분하였다.(특별부가세는 조세감면규제법 제67조의 4 및 동법시행령 제55조의 3 에 의하여 면제함) 청구법인은 이에 불복, 92.8.14 이의신청을 하여 92.9.10 그 결정서를 받고 다시 92.10.15 심사청구를 하여 92.12.4 심사결정서를 받은 후 93.1.18 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 (1) 쟁점토지의 경우 교육청 회계처리규정상 수익용 기본재산으로 분류되었고 당초에는 수익사업용 고정자산이었으나 86.11.28 토지구획정리사업지구결정이후부터 양도시까지는 전혀 수익사업에 공한 사실이 없는 토지로서 구 법인세법 제1조 제1항 제6호(90.12.31 개정전의 것) 및 같은법시행령 제2조 에서 규정하고 있는 수익사업에 공하고 있지 아니한 고정자산임에도 처분청이 이를 수익사업에 공한 자산으로 인정하여 쟁점토지의 처분으로 인한 소득을 비영리법인의 수익사업에서 발생된 소득으로 보아 과세하였음은 부당하고(국심 92서2704, 92.9.9 참조), (2) 청구법인은 쟁점토지의 양도대금 902,375,600원을 학교운영에 충당하기 위하여 정기예금하고 그 수입이자를 교육사업에 사용하고 있는 바, 이는 실질적인 면에서 볼 때 쟁점토지의 양도대금을 학교교육사업을 위하여 기부한 것이라 할 수 있을 것이므로 조세감면규제법 제49조 (기부금등의 손금산입)의 적용에 의거 쟁점토지의 처분이익 전액을 손금산입함으로써 본 건 과세처분 취소하여야 하며, (3) 처분청이 이건 부과처분시 양도가액은 902,375,600원으로 하고, 취득가액은 77.5.28 증여받은 당시부터 계상된 장부가액 20,894,445원으로 하여 과세하였으나 법인세법 부칙(88.12.26, 법률 제4020호) 제14조에서 88.12.31 이전에 취득한 토지 및 건물의 취득가액은 장부가액과 89.1.1 현재 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다고 규정되어 있고 또한 상속세법기본통칙 38---9호에서는 “시가”란 재산의 현황에 따라 불특정다수인간에 자유로이 거래가 되는 경우에 통상 성립된다고 인정되는 가액을 말한다라고 규정하고 있음에 비추어 볼 때 87.11.27 신고된 토지구획정리사업 시행으로 북일면 소재의 농지에서 청주시로 편입되어 사실상 대지로 변경된 후에도 쟁점토지의 당초 취득당시인 과수원 및 농지상태였던 장부가액 그대로 20,894,445원을 89.1.1 시가로 본 처분은 부당하므로 청구법인이 신고한 환산 취득가액 773,276,445원을 취득가액으로 봄이 타당하며, 만약 이를 취득가액으로 볼 수 없다면 92.7.24 한국감정원이 89.1.1을 시점으로 평가한 1,210,182,400원을 간주취득일인 89.1.1 현재의 시가로서 취득가액으로 보아 법인세를 경정함이 타당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구법인은 쟁점토지를 77.5.28 취득한 후 수익사업용재산(임대)으로 전입하여 임대사업에 공하여 왔고 취득일로부터 양도일 현재까지 수익사업에 속하는 자산으로 구분 경리하여 왔으며 청구법인의 이사회회의록 상에도 수익용 기본재산으로 되어 있으며, 91.5.28 법인세 신고시에도 청구법인은 수익사업용 고정자산 처분익으로 신고한 사실로 보아 수익사업용 자산임이 명백하다 할 것이므로 쟁점토지에 대하여 고정자산처분이익을 계산 법인세를 과세한 처분은 정당하고, (2) 청구법인은 수익용 기본재산을 처분하여 다른 수익용 기본재산으로 대체처리하기 위하여 교육부의 승인을 받아 처분한 후 동 처분대금으로 정기예금에 예입하여 관리하여 오면서 동 정기예금에서 발생하는 수입이자를 학교운영비로 기부, 사용하였을 뿐 쟁점토지 대금을 회계처리상이나 실질내용상 학교 운영자금으로 기부한 사실이 없으므로 쟁점토지의 처분이익을 손금산입할 수 없으며, (3) 쟁점토지의 취득가액 계산을 법인세법 부칙 제14조의 규정에 따라 장부가액과 89.1.1 현재 상속세법시행령 제5조 제1항 후단(시가를 산정하기 어려운 경우) 및 제2항 제1호 규정에 의거 평가한 금액중 큰 금액인 장부가액 20,959,370원을 취득가액으로 하여 과세한 처분은 정당하고, 청구법인이 92.7.25 한국감정원에 의뢰하여 89.1.1 가격시점으로 평가받은 감정가액 1,210,182,400원은 쟁점토지를 90.8.22 양도한 가격이 902,375,600원임에 비추어 볼 때 시가로 볼 수 없어, 취득가액으로 할 수 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 이 사건은 (1) 청구법인(비영리법인 학교법인)의 기본재산인 쟁점토지의 처분으로 인한 수입이 구 법인세법 제1조 제1항 제6호(90.12.31 개정전의 것)에서 규정한 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입”에 해당되는지 여부와 (2) 쟁점토지의 처분이익을 청구법인이 운영하는 학교의 학교교육을 위하여 기부한 것으로 보아 각 사업년도 소득계산상 손금산입할 수 있는지 여부 및 (3) 쟁점토지에 대한 고정자산처분이익을 계산함에 있어서 89.1.1(간주취득일)현재의 취득가액을 어느가액으로 할 것인지 여부에 다툼이 있다 하겠다. 가. 쟁점(1)에 대하여 본다. 먼저 관련 법규정을 보면 법인세법 제1조 제1항에서 「국내에 본점 또는 주사무소를 둔 법인(이하 “내국법인”이라 한다)은 이 법에 의하여 법인세를 납부할 의무가 있다. 다만, 내국법인으로서 민법 제32조 또는 사립학교 제10조의 규정에 의하여 설립된 법인과 기타 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 민법 제32조 의 규정에 의한 법인과 유사한 설립목적을 가진 법인(이하 “비영리내국법인”이라 한다)에 대하여는 그 법인의 정관 또는 규칙상의 사업목적에 불구하고 다음 각호에 게기하는 수익사업 또는 수입에서 생긴 소득에 대하여만 법인세를 부과한다」고 하여 제6조(90.12.31 개정전의 것)에서는 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입(88.12.26 신설)」이라고 규정하고 있다. 살피건대, 청구법인이 제출한 87, 88, 89, 90(90.3.1～91.2.28) 사업년도 세입세출결산서등에 의하면 위 각 사업년도 기간중 쟁점토지로부터 임대수입이 발생된 바 없음은 인정되나, 이는 토지구획정리법에 의한 토지구획정리사업 때문이었던 것으로 인정되는 한편 그 전에 청구법인이 쟁점토지를 수익사업용 재산으로 전입하여 임대사업에 계속 공해왔고, 그 취득시부터 양도 당시까지 사립학교법시행령 제4조 제2항의 규정에 따라 수익용 기본자산으로 구분경리하여 왔으며, 91.5.28 법인세 과세표준신고시에도 쟁점토지의 매각으로 인하여 발생된 소득을 수익사업용 고정자산처분이익으로 신고한 사실등으로 볼 때 쟁점토지의 매각대금은 법인세법 제1조 제1항 제5호에서 정한 “수익사업용 고정자산의 처분으로 인한 수입”에 해당되는 것으로 인정된다. 따라서 쟁점토지의 처분소득에 대하여 법인세를 과세한 처분은 정당한 반면 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 나. 쟁점(2)에 대하여 본다. 조세감면규제법 제49조 제3항(92.12.8 개정전의 것)에 의하면 「 사립학교법 제10조 의 규정에 의하여 설립된 학교법인 또는 사회복지사업법 제7조 의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인이 당해 수익사업에서 발생한 소득을 그 법인이 운영하는 학교의 학교교육 또는 사회복지사업을 위하여 지출하는 기부금은 당해 사업년도의 소득금액의 범위안에서 이를 그 사업년도의 손금에 산입할 수 있다」고 규정되어 있다. 청구법인은 수익용 기본재산을 처분하여 다른 수익용 기본재산으로 대체처리하기 위해 교육부의 승인을 받아 쟁점토지를 처분한 후 그 처분대금을 정기예금하여 관리하여 오면서 동 정기예금에서 발생하는 수입이자를 학교운영비로 기부 사용하고 있을 뿐, 쟁점토지의 매각대금자체를 회계처리상으로나 실질내용상 학교운영자금으로 지출, 기부한 사실이 없다. 따라서 쟁점토지의 매각대금을 기부금으로 손금산입하여야 한다는 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 다. 쟁점(3)에 대하여 본다. 먼저 관련 법규정을 보면 법인세법 부칙(88.12.26 법률 제4026호) 제14조(수익사업용 고정자산의 취득가액산정에 관한 특례)에서 「제1조 제1항 제6호의 개정규정을 적용함에 있어서 88.12.31 이전에 취득한 토지 및 건물(부속시설물과 구축물을 포함한다)의 취득가액은 장부가액과 89.1.1 현재로 상속세법 제9조 제1항의 가액으로 평가한 금액중 높은 금액으로 할 수 있다.」고 규정되어 있고, 89.1.1 당시의 상속세법 제9조 (상속재산의 평가) 제1항은 「상속재산의 가액, 상속재산의 가액에 가산할 증여의 가액 및 상속재산의 가액중에서 공제할 공과 또는 채무는 상속개시의 현황에 의한다.(이하생략)」 규정하였고, 상속세법시행령 제5조 (상속재산의 평가방법)는 「제1항: 법 제9조에 규정한 상속개시당시의 현황에 의한 가액 또는 상속세 부과당시의 가액은 각각 그 당시의 시가에 의하되 시가를 산정하기 어려울 때에는 제2항 급지 제5항에 규정하는 방법에 의한다. 제2항: 유형재산(유가증권을 공제한다)의 평가는 다음 각호에 의한다. 제1호: 토지·건물의 평가 (가) 국세청장이 정하는 특정지역에 있어서는 배율방법에 의하여 평가한 가액에 의한다. (나) “가” 이외의 지역에 있어서는 지방세법상의 과세시가표준액에 의한다.」고 규정하였으며, 또한 법인세법시행규칙 제16조의 2 (시가)에서는 「영 제40조 제1항·영 제41조 제1항·영 제46조 및 동법 제116조 제2항·제4항의 규정을 적용함에 있어서 시가가 불분명한 경우에는 감정평가에 관한 법률 제6조의 규정에 의한 인가를 받고 감정회사가 감정한 가액에 의하고, 감정한 가액이 없는 경우에는 상속세법시행령 제5조 제2항 내지 제6항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 증권거래소에 상장되지 아니한 주식은 상속세법시행령 제5조 제5항의 규정을 준용하여 평가한 가액에 의한다.」고 규정하고 있다. 다음 사실관계를 보면 ① 쟁점토지는 청구법인이 취득한 후 양도전에 토지구획정리사업법에 의한 구획정리사업시행중에 있는 토지이었다. - 77. 5. 8 : 취득(원인: 증여) - 86. 7.28 : 지적고시(건설부) - 87.11.28 : 토지구획정리사업지구결정(건설부) - 87.11.27 : 토지구획정리사업시행신고(청주시) (-89. 1. 1.) : 간주취득일) - 89. 5.27 : 환지예정지지정(⇒OO동 OOO 대 6,174.4㎡) -90. 8.22 : 청구외 OOO외 2인에게 양도 (-91. 9.24 : 환지처분) ② 토지등급내용은 종전토지 OO동 OOOOO 과수원(4,787㎡)의 경우 84.7.1에 126등급(2,090원/㎡)으로 수정되고, 같은 OO동 OOOOO 대(446㎡) 및 OOOOOO 전(5,880㎡)의 경우 각각 85.7.1에 119등급(1,490원/㎡)으로 수정된 후 그후 등급수정이 없었으며, 환지예정지로 지정된 OO동 OOO (대 6,174.4㎡)에 대하여 89.11.4 잠정등급 194등급(57,500원㎡)이 설정되었다. ③ 청구법인이 신고하고 처분청이 시인한 쟁점토지의 90.8.22 양도가액은 902,375,600원이다(이 금액은 다음 한국감정원 감정가액의 74.6%에 상당하는 금액이다). ④ 89.1.1 현재 쟁점토지의 장부가액은 20,894,445원이다. ⑤ 89.1.1 현재 쟁점토지의 기준시가는 19,430,570원이다. ⑥ 쟁점토지(환지된 OO동 OOO 대 6,174.4㎡)에 대하여 한국감정원이 89.1.1 시점으로 소급감정한 가액은 1,210,182,400원이다.(감정실시일: 92.7.25) ⑦ 청구법인의 주장중 환산가액부분은 그 계산내용이 불분명하고 법인세법상 청구주장처럼 환산할 수 있는 법적근거가 없다. 89.1.1 현재의 각 가액비교

장 부 가 액

기 준 시 가

한국감정원

소급감정가액

20,894,445원

19,430,570원

1,210,182,400원

살피건대 첫째, 청구법인의 주장중 환산가액 773,276,445원을 89.1.1 현재의 가액으로 하여야 한다는 주장은 그 계산내용이 불분명하며 법인세법상 법적근거가 없는 주장이고, 둘째, 쟁점토지에 대한 89.1.1경 매매실례가액이 없고, 한편 한국감정원의 감정가액 1,210,182,400원은 92.7.25 감정하면서 89.1.1 시점으로 소급감정한 가액일 뿐만 아니라 90.8.22 양도시 쟁점토지의 양도가액이 902,375,600원임에 비추어 볼 때 이 소급감정가액을 시가로 채택하기는 어렵다 하겠으므로 이 건의 경우는 89.1.1 현재 시가가 불분명한 경우로서 상속세법 제9조 제1항에 의하여 평가한 쟁점토지의 89.1.1 현재의 가액은 기준시가에 의한 19,430,570원이 된다 하겠으며, 셋째, 쟁점토지의 장부가액(20,894,445원)과 89.1.1 현재의 기준시가(19,430,570원)를 비교하면 장부가액이 기준시가보다 높은 것이 확인되는 바, 이상내용을 모두어 볼 때 쟁점토지에 대한 89.1.1 현재의 취득가액은 29,894,445원으로 함이 적법한 것으로 인정된다. 따라서 쟁점토지의 양도에 따른 고정자산처분이익을 계산함에 있어서 89.1.1 간주취득일 현재의 취득가액을 20,894,445원으로 한 처분은 정당한 반면 이와 다른 청구주장은 이유없는 것으로 판단된다. 이 건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.