이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.9.9. 충청북도 ○○군 ○○읍 ○○리 340-41번지 체육용지 4,115㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)을 취득하고 같은 날 그 취득가액(1,600,000,000원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.12.31. 제7843호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 등을 신고한 후 등록세 32,000,000원, 지방교육세 6,400,000원, 합계 38,400,000원은 2005.9.9.에, 취득세 32,000,000원, 농어촌특별세 3,200,000원, 합계 35,200,000원은 2005.10.10.에 납부하자 이를 수납하여 징수 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 ○○○마트 사업에 활용할 목적으로 이 사건 토지를 취득하였으나 처분청은 농협이 취득한 부동산을 ○○마트로 사용하는 것은 고유업무에 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다고 함에 따라 이 사건 취득세 등을 신고하고 납부하였는바, 지방세법 제266조 제5항에서 청구인의 고유업무에 대하여 법령에서 개별적으로 규정하는 업무 또는 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무라고 규정하고 있으므로 청구인의 고유업무에 관하여는 설립근거 법률인 농업협동조합법 제57조 및 농업협동조합 정관 제5조에 규정된 사업을 기준으로 판단하여야 하겠고, 이러한 고유업무에 직접 사용하는지 여부는 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용현황 등 사실관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 하겠으므로, 청구인의 사업개시 후 이 사건 토지의 실제 사용현황 등을 보고 그 고유업무에 직접 사용하는지 여부를 판단하여야 할 것임에도, 청구인의 운영하고자 하는 하나로마트 사업을 불특정다수인을 상대로 조합의 영리를 목적으로 하는 사업으로 보아 사업개시 전에 있는 이 사건 토지를 고유업무에 사용하지 아니할 것으로 간주하여 이 사건 취득세 등을 신고납부토록 한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 농협이 하나로마트용으로 사용하기 위하여 취득한 토지를 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되지 아니한 것으로 보아 취득세 등을 신고납부토록 한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제266조 제5항 본문에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합(어촌계를 포함한다), 산림조합(산림계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다. 이하 이 장에서 같다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용부동산을 제외한다. 이하 이 항에서 같다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 하면서, 그 단서에서 다만, 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있고, 농업협동조합법 제1조 에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제5조제3항에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하고 있고, 같은 법 제57조제1항에서 지역농협은 그 목적을 달성하기 위하여 다음 각호의 사업의 전부 또는 일부를 행한다고 하면서, 그 제2호 가목 및 나목에서 경제사업으로서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급 등의 사업과 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업으로 규정하고 있으며, 같은 법 제58조제1항에서 지역농협은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 그 사업을 이용하게 할 수 있되, 다만 제57조제1항제2호 나목(농업인이 아닌 자의 판매사업을 제외한다)·바목(...)의 사업외의 사업에 대한 비조합원의 이용은 정관이 정하는 바에 따라 이를 제한할 수 있다고 규정하고 있고, 그 제2항에서 조합원과 동일한 세대에 속하는 자, 다른 조합 또는 다른 조합의 조합원이 지역농협의 사업을 이용하는 경우에는 이를 그 지역농협의 조합원이 이용한 것으로 본다고 규정하고 있으며, 금왕농업협동조합 정관(이하 “정관”이라 한다) 제5조제1항제2호 가목 및 나목에서 조합은 경제사업으로서 조합원의 사업과 생활에 필요한 물자의 구입·제조·가공·공급등의 사업과 조합원이 생산하는 농산물의 제조·가공·판매·수출 등의 사업을 행한다고 규정하고 있고, 정관 제9조제1항제1호 및 제2호에서 우리 조합의 조합원은 조합의 구역안에 주소나 거소 또는 사업장이 있는 자로서 농업협동조합법(이하 “법”이라 한다) 제19조제3항의 규정에 의한 농업인의 범위에 해당하는 자와 농업· 농촌기본법 제15조 및 제16조의 규정에 의한 영농조합법인 및 농업회사법인으로서 그 주된 사무소를 조합의 구역안에 두고 농업을 경영하는 법인으로 한다고 규정하고 있으며, 그 제2항에서 조합원은 다른 지역농협의 조합원으로 가입할 수 없다고 규정하고 있고, 정관 제141조제1항에서 조합은 조합원의 이용에 지장이 없는 범위안에서 조합원이 아닌 자에게 제5조의 규정에 의한 사업을 이용하게 할 수 있다고 하면서, 그 제2항에서 1회계연도에 있어서 비조합원(판매사업의 경우는 비농업인)의 사업이용량은 각 사업별로 당해 회계연도 사업량의 2분의 1을 초과할 수 없다고 하면서, 다만, 제5조제1항제1호, 제2호가목·나목(농업인의 경우에 한한다)·바목 내지 차목, 제3호다목 내지 바목, 제4호, 제5호, 제7호, 제10호의 사업 및 그에 부대하는 업무에 있어서는 그 이용량을 제한하지 아니한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2005.9.9. ○○마트 건물 부지로 활용하기 위하여 이 사건 토지를 취득한 후 2005.12.9. 처분청으로부터 건축허가서를 교부받은 다음 2006.2월경 착공신고(착공예정일 2006.2.10)를 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 농협이 취득한 토지를 그 고유업무에 직접 사용하는지 여부는 실제 사용현황 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 할 것임에도, ○○마트 사업을 영리목적의 사업으로 보아 사업개시 전에 있는 토지를 고유업무에 사용하지 아니할 것으로 간주하여 취득세 등을 신고납부토록 한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다고 규정하고 있고, 여기에서 “고유업무에 직접 사용”이라 함은 부동산의 사용용도가 법령 또는 법인등기부상에 규정된 당해 법인의 공익성을 띤 고유의 목적사업 그 자체에 직접 사용되는 경우만을 말한다 하겠으므로, 조합이 부동산을 취득하고 농업협동조합법에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부등본에 목적사업으로 정하여진 업무에 직접 사용한다면 취득세 등의 감면대상에 해당된다고 보아야 하겠고, 농업협동조합법 제1조 에서 이 법은 농업인의 자주적인 협동조직을 바탕으로 농업인의 경제적·사회적·문화적 지위의 향상과 농업의 경쟁력강화를 통하여 농업인의 삶의 질을 높이고, 국민경제의 균형있는 발전에 이바지함을 목적으로 한다고 규정하여 조합의 설립목적을 규정하고 있고, 같은 법 제5조에서 조합은 영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무를 하여서는 아니된다고 규정하여 그 업무범위에 대한 한계를 설정하고 있으나, 같은 법 제57조는 조합의 목적달성을 위한 사업범위를 열거하고 있고, 그중에는 구매사업, 판매사업, 신용사업 등의 수익사업을 할 수 있도록 되어 있으며, 여기에서 “영리 또는 투기를 목적으로 하는 업무”라 함은 조합 자체의 이윤획득 또는 잉여금 배당목적의 업무를 말하고 이는 구성원인 조합원을 대상으로 하여 조합의 영리목적으로 사업을 해서는 안 되는 것과 조합원과 관계없는 사업경영으로 조합자체의 영리를 도모하는 것을 금지하는 취지라고 해석되고 또한, 농업협동조합법 제58조 는 사업을 비조합원에게 이용하게 하는 것도 허용하되, 다만 일정사업에 대하여는 정관으로 비조합원의 이용을 제한할 수 있도록 규정하고 있는 것뿐이므로, 어느 사업에 대하여 비조합원이 조합원과 다름없이 이를 이용하는 것이 허용되어 있다고 하더라도 농업협동조합법규와 정관에 합치되는 한 이를 영리목적을 위한 사업이라고 단정할 수는 없다(대법원 판결 92누10630, 1993.5.14) 하겠으므로 비조합원의 사업이용량이 관련법령 및 정관에서 정한 범위 이내인 경우에 한하여 고유업무에 직접 사용하는 것으로 봄이 타당하다 할 것인바, 행정자치부 심사결정례(제2003-6호, 2003.1.27, ; 제2003-246호, 2003.11.4. ; 제2006-121호, 2006.3.27)에서 보듯이 청구인이 운영하고자 하는 ○○마트 사업 중 조합원의 영농과 생활에 필요한 물자를 조합원(준조합원 포함)에게 공급하는 「생필품 매장」은 다른 농업협동조합이 실제 운영하고 있는 현황으로 미루어 볼 때 일반 판매시설과 마찬가지로 조합원·비조합원 구분없이 불특정 다수인을 상대로 영업을 하는 판매시설로서 일반인의 이용에 아무런 제한이 없을 뿐만 아니라 일반 판매사업자의 판매시설과 비교하여 차이가 있다고 보기도 어렵다 하겠으므로 고유업무에 직접 사용하는 부동산이라고 볼 수는 없다 하겠고, 조합원등 농업인이 생산한 농축산물을 소비자에게 직접 판매하는 「농축산물 매장」은 그 나목에서 규정하고 있는 판매사업에 해당된다고 보는 것이 타당하다 하겠으므로 비조합원의 사업이용량이 농업협동조합법 및 정관에서 정한 제한된 범위 이내인 경우에는 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것이나, 청구인의 경우 이 사건 토지상에 건물 신축공사를 하고 있을 뿐, 심사청구일 현재 ○○마트 사업을 개시하고 있지 아니하여 그 사용면적과 비조합원의 사업이용량을 정확히 측정할 수 없을 뿐만 아니라 이 사건 토지 취득일부터 유예기간 1년이 경과하지도 아니하였으므로, 처분청은 유예기간 경과 후의 실제 사용현황, 비조합원의 사업이용량 등을 기준으로 법령에서 정한 고유업무에 직접 사용하는지 여부를 판단하여야 할 것임에도, 청구인의 ○○마트 사업을 불특정다수인을 상대로 하는 영리목적의 사업으로 보아 이 사건 토지 취득이 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 해당되지 아니한 것으로 판단하여 청구인이 이 사건 취득세 등을 신고하고 납부하자 처분청이 이를 수납하여 징수 결정한 처분은 잘못이라 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 4. 24. 행 정 자 치 부 장 관