이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2012.2.11. OOO건축물 109,934.22㎡(이하 “이 건 건축물”이라 한다)를 신축으로 취득하고, 취득세를 신고하면서 이 건 건축물 중 2011.12.31.까지 분양계약을 체결하지 못한 사업시설용 건축물 87,982.89㎡(이하 “쟁점건축물”이라 한다)에 대하여 취득세를 75% 감면받은 후, 2015.10.21. 쟁점건축물은 구「서울특별시 시세 감면조례」에 따라 취득세의 감면율을 100%로 적용하여야 하므로 기 납부한 취득세 등의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.10.26. 이를 거부하였다. 나. 청구법인은 이에 불복하여 2015.10.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점건축물을 취득(2012.2.11.)하여 법정신고기한(2012.4.11.) 내에 취득세를 신고납부하고, 법정신고기한일부터 3년이 경과된 후인 2015.10.21. 경정청구를 하였으나, 청구법인은 형식적인 요건상 경정청구를 한 것이지 사실상은 처분청에 사후 감면신청을 한 것이고, 「지방세특례제한법」 제98조 에서 지방세의 감면을 받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 지방세 감면신청을 하여야 하며, 지방자치단체의 장이 감면대상을 알 수 있을 때에는 직권으로 감면할 수 있다고 규정하고 있고, 「지방세기본법」제79조 에서 납세자의 지방세환급금 등에 관한 권리는 이를 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 아니하면 시효로 인하여 소멸한다고 규정하고 있는 등 청구법인은 5년 이내에는 감면이나 부과취소 사유 발생시 처분청에 환급을 신청할 수 있으며, 신청방식이 환급신청이거나 사후 감면신청, 경정청구신청 등의 형식에 구애를 받지 않는다 할 것인바, 처분청의 직권부과취소 및 변경이 가능한 5년 이내에는 감면신청을 받아 감면요건을 충족하였다면 감면할 수 있는 것이므로 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 청구한 이 건 심판청구는 적법하다. (2) OOO(이하 “감면조례”라 한다)가 「지방세특례제한법」으로 개정되어 삭제되었는바, 개정된 「지방세특례제한법」제58조의2 지식산업센터 감면에 대한 부칙 제6조는 감면조례에서 삭제되기 직전인 2011.12.31.까지 “지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여만” 개정 전의 감면조례로 감면을 하도록 되어 있는데 이는 건축허가 및 착공과 분양공고 당시 당초 감면조례를 신뢰한 납세의무자에 대한 신의를 저버린 행위로 종전의 감면조례에 의하면 취득세 면제대상이 되어야 할 쟁점건축물이 감면조례의 삭제로 납부대상이 되었다면, 납세의무자의 기득권 내지 신로보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전의 조례에 따라 취득세를 감면함이 신의성실의 원칙에 합당하다 할 것이다. 또한, 부칙에 일반적 경과조치 규정으로 “이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 시세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 규정하고 있고, “이 조례 시행 당시 감면 또는 추징하여야 할 사유가 발생한 시세에 대하여는 적용시한 경과 후에도 이 조례의 규정에 따라 감면 또는 추징한다”고 규정하여 장래에 대하여도 감면이 유효함을 규정하고 있으므로 납세의무자에게 유리한 종전 조례의 규정을 적용하여 취득세를 면제하여야 한다. 특히, 「지방세특례제한법」제58조의2 지식산업센터 감면에 대한 부칙 제6조에서 “지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여만” 종전 감면규정을 적용하도록 되어 있는 규정은 2011년 건설경기 침체로 시공순위 100위권 내의 건설업체 중 21개사가 워크아웃 및 법정관리 상태에 있을 정도로 극도의 건설경기 침체기라 분양이 전혀 되지 않는 시기에 “분양한 부동산에 대하여만” 종전 감면규정을 적용하는 것은 명백한 납세자의 신뢰보호에 위반된다 할 것이다. 나. 처분청 의견 OOO 제12조 제1항(이하 “쟁점조항”이라 한다)에서 “지식산업센터의 설립자가 그 목적에 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세를 면제한다”고 규정하면서 부칙 제1조에 시행일을, 부칙 제2조에서 적용시한(2011.12.31.까지 적용)을 명시하여 시행일부터 적용시한까지만 한정하여 효력이 발생하는 것으로 규정하고 있어 이 시세감면조례를 적용받기 위해서는 2011년 이전에 부동산을 취득한 경우에 감면대상에 해당한다 할 것이고, 지식산업센터에 대한 감면이 OOO」에서 「지방세특례제한법」으로 이관되면서 부칙 제6조 지식산업센터 등에 대한 감면 적용특례로 “지식산업센터를 분양 또는 임대하는 경우로서 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대하여는 제58조의2의 개정규정에도 불구하고 취득세를 면제한다”고 규정하였으며, 행정안전부 2012년 시행 지방세법령 적용요령(지방세운영과-290, 2012.1.30.)에서 「지방세특례제한법」제58조의2 의 규정 관련 부칙 제6조의 “분양한”이란 “분양계약한”의 의미라 할 것이므로 2011년도에 분양계약이 완료된 경우에 한정하여 적용한다고 하였는바, 청구법인이 2012.2.11. 이 건 건축물을 지식산업센터로 신축취득하고 그 중 2011.12.31.까지 분양계약을 체결하지 못한 미분양 분에 대하여 2012.1.1. 시행된 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항을 적용하여 취득세 75% 감면을 신청하고 자진신고 납부한 것은 적법하므로 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 이 건 심판청구가 적법한지 여부 ② 청구법인이 2012.2.11. 취득한 쟁점건축물이 「서울특별시 시세감면조례」제12조 제1항의 취득세 면제대상에 해당되는지 여부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 건축물에 대한 건축물관리대장 및 분양공고 자료 등에 의하면 청구법인은 OOO을 받아 2010.6.21. 분양공고하였으며, 2012.2.11. 이 건 건축물 109,934.22㎡를 신축으로 취득하였다. (2) 청구법인의 취득세 신고납부내역 및 경정청구서, 처분청의 거부처분통지서 등에 의하면 청구법인은 2012.2.29. 이 건 건축물에 대한 취득세를 신고납부하면서 이 건 건축물 중 지원시설부분에 해당하는 21,951.33㎡는 일반세율로, 사업시설용에 해당하는 쟁점건축물 87,982.89㎡는 「지방세특례제한법」제58조의2 제1항에 따라 감면율 75%를 적용하여 신고.납부하였으며, 취득세의 법정신고기한 만료일인 2012.4.11.부터 3년이 경과한 2015.10.21. 경정청구를 하였고, 처분청은 2015.10.26. 거부처분을 하였다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「지방세기본법」(2015.5.18. 법률 제13293호로 개정되기 전의 것) 제51조 제1항에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 최초 및 수정신고한 지방세 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 지방자치단체의 장에게 청구할 수 있다고 규정하고 있는바, 청구법인은 이 건 건축물 취득 후 취득세의 신고납부기한일부터 약 3년 6개월이 경과한 2015.10.21. 경정청구를 제기하였으므로 이 건 경정청구는 청구기한을 경과한 부적법한 경정청구에 해당되고, 처분청이 2015.10.31. 청구법인에게 한 거부통지는 적법한 경정청구에 대한 거부처분이라기보다는 민원회신 성격으로서 심판청구의 대상이 되는 처분으로 보기 어려운 점 등에 비추어 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당한다. 또한, 청구법인은 「지방세기본법」 제58조 및 제79조에 따라 처분청은 지방세환급금의 소멸시효기간인 5년 이내에는 직권부과취소 및 변경이 가능한바, 이는 경정청구기한을 5년으로 연장한 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 해당 규정은 납세의무자가 비록 감면신청을 하지 아니하였다 하더라도 감면대상임이 명백한 경우에는 처분청이 직권으로 감면처리를 할 수 있고, 감면대상으로 확정되어 지방세환급사유가 발생한 경우에는 그 환급청구권의 소멸시효기간을 5년으로 한다는 것이므로 경정청구기한을 5년으로 연장한 것으로 보아야 한다는 청구주장은 받아들이기 어렵다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.