이유
1. 원처분의 개요 청구인은 1962.5.8과 1963.5.20 각각 취득하여 보유하고 있던 경상남도 양산군 동면 OO리 OOOOO 답 760㎡와 같은곳 OOOOO 답 463㎡ 합계 2필지의 답 1,223㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 1995.5.25 공공용지로 한국토지개발공사에 양도하고 1995.7.28 양도차익 예정신고를 하면서 조세감면규제법에 의한 감면을 하고 양도소득세 1,542,350원을 신고납부하였다. 처분청은 1997.11.13 청구인이 감면받은 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세에 대하여 농어촌특별세 3,415,480원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 1997.12.2 심사청구를 거쳐 1998.3.6 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 쟁점토지는 보유기간이 15년 이상인 토지로서 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항 및 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항의 규정에 의하여 농어촌특별세를 비과세하여야 한다. 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항 및 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항의 규정에 의한 농어촌특별세의 비과세는 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호에 해당하는 자가 직접자경한 농지에 한하는 것으로서 쟁점토지의 경우는 청구인이 직접자경한 농지에 해당되지 않으므로 농어촌특별세 비과세 대상이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제16조 제8항의 규정에 의하여 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세가 감면되는 경우 그에 대한 농어촌특별세가 쟁점토지의 자경여부에 관계없이 비과세되는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 (1) 농어촌특별세법 제4조 (비과세) 제2호는 농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령이 정하는 것에 대하여는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제4조 (비과세) 제1항 제1호는 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면의 경우에는 동 감면 중 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지에 대한 양도소득세 등의 감면에 한하여 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은조 제7항은 “법 또는 이 영에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 해당 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법개정법률의 해당규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고 있고, (2) 한편, 조세감면규제법 부칙(93.12.31.법률 제4666호로 개정된 것) 제16조(양도소득세등에 관한 경과조치) 제8항에서는 “이법 시행 당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지 등을 1995년 12월 31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세 등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제57조·제88조의 2 및 제88조의 3의 규정에 의한다” 고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 전시 농어촌특별세법 시행령 제4조 제7항에 의하면 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 모두에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는 것이 아니라, 동 경과조치 중 농어촌특별세법 또는 같은 법 시행령에서 농어촌특별세를 비과세대상으로 규정한 것과 같은 취지의 감면규정에 한하여 농어촌특별세가 비과세되는 것이라 할 것이고, (2) 쟁점토지에 대한 양도소득세는 법률 제4666호 부칙 제16조(양도소득세 등에 관한 경과조치) 제8항에 의하여 면제되었고, 동 규정은 조세감면규제법 제63조 (공공사업용토지 등에 대한 양도소득세 등의 감면)에 대한 경과조치이므로, 동 경과조치에 의한 양도소득세의 면제에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부는 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면에 대하여 농어촌특별세가 비과세되는지 여부에 따라 판단하여야 할 것이다. (3) 농어촌특별세법시행령 제4조 제1항 제1호에서 조세감면규제법 제63조 의 규정에 의한 감면에 대하여는 농지소재지에 거주하는 자가 직접 경작한 농지에 대한 감면에 한하여 농어촌특별세를 비과세하도록 규정하고 있으므로 조세감면규제법(법률 제4666호) 부칙 제16조 제8항의 경과조치에 의한 감면의 경우에도 그와 같은 취지의 감면에 한하여 농어촌특별세가 비과세된다 할 것인바, 쟁점토지는 공부상 지목이 답으로서 농지인 것으로 보이나 청구인은 1978.10.3 이후 심판청구일 현재까지 서울특별시에 거주하여 청구인이 쟁점토지 소재지에 거주하면서 직접경작한 농지에는 해당되지 아니하고 청구인이 달리 쟁점토지를 직접경작한 사실을 입증할 만한 증빙서류도 제출하지 못하고 있으므로, 쟁점토지의 양도에 대한 양도소득세 감면분에 대하여는 농어촌특별세가 비과세되지 아니하는 것으로 판단된다.(국심96서2844, 96.11.19외 다수 같은 뜻임) 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.