이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 1990.12.22～1996.10.22.간 연부취득한 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 대지 3필지 168,438㎡와 1996.10.5. 및 1997.10.6. 신축준공한 업무시설·판매시설용 건축물 9개동 45,624.6㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)을

지방세법 제280조

제5항의 유통사업용 부동산에 해당된다고 보아 취득세 및 등록세를 면제하고, 재산세 및 종합토지세를 50% 경감하였으나, 이건 부동산이 유통단지개발촉진법에 의하여 지정된 유통단지내의 부동산이 아니므로 감면대상이 아니라고 보아 기 감면한 취득세 1,156,549,380원, 등록세 2,573,853,330원, 재산세 51,207,980원, 종합토지세 266,438,680원, 교육세 492,504,870원, 농어촌특별세 39,965,350원, 합계 4,580,519,590원(가산세 포함)을 2000.4.11. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 취득세 등의 부과처분에 대한 취소를 구하면서 그 이유로,

첫째, 청구인은 1990.1.21. ㅇㅇ시로부터 유통산업근대화촉진법에 의한 유통단지조성사업시행자로 지정받아 동 사업을 시행하던 중 1995.12.29. 유통산업근대화촉진법이 폐지되면서 유통단지개발촉진법에 흡수되었고, 유통단지개발촉진법 부칙 제2조에서는 이 법 시행당시 다른 법령의 규정에 의한 인·허가를 받아 설치중인 유통시설 중 심의회의 심의를 거쳐 건설교통부장관이 인정하는 유통시설에 대하여는 이 법의 일부를 적용할 수 있다고 경과조치를 두었으므로 ㅇㅇ시에서는 동 경과조치에 따라 이건 부동산 소재지에 대한 유통단지로서의 지정절차를 이행하였어야 함에도 이를 추진하지 않았으며, 청구인으로서는 당시 지방세를 감면받고 있었으므로 동 지정절차를 추진하지 않은 것이므로 이건 부동산은 취득세등의 감면대상인 유통단지내 유통사업용 부동산으로 보아야 하며, 둘째, 가사 이건 부동산이 감면대상이 아니라 하더라도 이건의 경우 청구인이 감면신청을 하여 감면받은 것이 아니라 처분청에서 이건 부동산이 감면대상에 해당된다며 직권으로 감면처분을 한 것인데도 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 이건 부동산이

지방세법 제280조

제5항에 의한 유통단지내 유통사업용 부동산인지의 여부 및 이건 가산세 부과처분이 적법한지의 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 1995.12.6. 법률 제4995호로 신설된

지방세법 제280조

제5항제1호및제2호에서는 대통령령이 정하는 유통단지안에서 유통단지개발사업시행자가 유통단지를 개발하기 위하여 취득하는 부동산과 유통사업을 영위하고자 하는자가 취득하는 유통사업용 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 재산세와 종합토지세를 50% 경감한다고 규정하고 있고,

같은법시행령 제226조의2

제1항에서 대통령령이 정하는 유통단지라 함은

유통단지개발촉진법 제5조

의 규정에 의한 유통단지를 말한다고 규정하고 있으며,

유통단지개발촉진법 제5조

제1항에서 유통단지는 건설교통부장관이 지정하되, 다만, 대통령령이 정하는 규모(100만㎡ 이하)이하의 유통단지는 관할 시·도지사가 지정한다고 규정하고 있고, 유통단지개발촉진법 부칙 제2항에서 이법 시행당시 다른 법령의 규정에 의한 인·허가를 받아 설치중인 유통시설중 심의회를 거쳐 건설교통부장관이 인정하는 유통시설에 대하여는 이 법의 일부를 준용할 수 있다고 규정하고, 같은법시행령 부칙 제2항에서 당해 사업의 시행자가 법 부칙 제2항의 규정에 의하여 법의 일부를 적용받고자 하는 경우에는 당해 법령에 의한 사업계획서와 법의 일부를 적용받고자 하는 사유 및 그 조건 등에 관한 서류를 건설교통부장관에게 제출하여야 한다고 규정하고 있다.

다음으로 이건 취득세 등의 부과경위를 보면, 청구인은 1990.11.21. ㅇㅇ시로부터 유통산업근대화촉진법에 의한 유통단지조성사업시행자로 지정받은 후, 1991.6.26. 한국수자원공사와 이건 토지에 대한 연부계약을 체결하고 1996.12.22. 최종 연부금을 지급하였으며, 1993.1.21. 이건 건축물에 대한 건축허가를 받아 1996.10.5. 7개동을 준공, 사용승인을 받은 후, 1997.10.6. 나머지 2개동을 준공하여 사용승인을 받아 현재 화물터미널시설용으로 사용하고 있으며, 이 과정에서 1995.12.6.

지방세법 제280조

제5항에서 유통사업용 부동산에 대한 감면규정이 신설되자, 처분청은 이건 부동산이 동 규정에 의한 취득세 등의 감면대상이라고 보아 1996.1.1. 이후 행해진 이건 토지 및 건축물의 취득·등기에 대한 취득세와 등록세를 면제하고, 96년도분부터 재산세와 종합토지세를 50% 경감하였으나, 추후 이건 부동산이 유통산업개발촉진법에 의하여 유통단지로 지정되지 아니하여 감면대상에 해당되지 않는다는 사실을 확인하고 가산세를 포함한 이건 취득세 등을 추징하였음을 제출된 증빙자료를 통하여 확인할 수 있다.

다음으로 청구인의 주장에 대하여 차례대로 살펴본다. 첫째, 청구인은 이건 부동산 소재지가 유통단지개발촉진법에 의한 유통단지로 지정받지 않은 사실은 인정하면서도 처분청에서 동 법의 부칙에 의한 경과조치에 따라 이건 부동산 소재지에 대한 유통단지 지정절차를 이행하지 않았고, 청구인은 지방세를 감면받고 있었으므로 동 지정절차를 추진하지 않은 것이므로 이건 부동산은 유통단지내 유통사업용 부동산으로 보아야 한다는 주장에 대하여 보면,

지방세법 제280조

제5항 및

유통단지개발촉진법 제5조

에서, 건설교통부장관 또는 시·도지사가 지정한 유통단지내의 유통사업용 부동산에 대하여 취득세등을 감면한다고 규정하고 있고, 1995.12.29. 제정된 유통단지개발촉진법 부칙 제2항 및 같은법시행령 부칙 제2항에서는 다른 법령의 규정에 의한 인·허가를 받아 설치중인 유통시설 대하여 유통단지로 지정받기 위해서는 당해 사업시행자가 사업계획서와 사유 및 조건 등에 관한 서류를 건설교통부장관에게 제출하여야 한다는 경과조치규정을 두었으며, 이에 건설교통부에서 1998.4.21. 동 부칙에 의한 「경과조치사업 인정추진계획(안)」을 마련하여 산업자원부에 협의공문을 발송하자, 같은해 4.27. 산업자원부에서는 청구인에게 유통단지 지정을 받기 위한 필요한 조치를 취하도록 당부하였음에도 불구하고 청구인이 아무런 조치를 취하지 아니함으로써 유통단지로서의 지정을 받지 못한 이상 그 귀책사유는 청구인에게 있다 할 것이며, 이건 부동산이 취득세 등의 감면대상인 유통단지내의 유통사업용 부동산에 해당된다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다.

둘째, 청구인은 처분청이 이건 부동산이 감면대상에 해당된다며 감면조치를 취한 후에 법령해석에 착오가 있었다고 하여 추징하면서 가산세를 부과하는 것은 부당하다고 주장하여 이를 살펴보면, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고, 납세의무등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서, 이와 같은 제재는 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을때 등 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(같은 취지의 대법원 판결 1996.2.9. 95누3596호 판결 참조)할 것인 바, 제출된 증빙자료를 보면, 청구인은 1996.10.5. 이건 건축물중 7개동의 사용승인을 받은 이후 처분청에 30일이내에 취득세와 등록세를 신고납부하려고 하자, 처분청은 이건 건축물의 경우

지방세법 제280조

제5항에 의한 취득세와 등록세 면제대상에 해당

된다며 1996.11.2. 등록세 감면확인서를 발급해 주고 농어촌특별세만을

납부토록 하는 세액고지서를 발부하는 등 취득세 등을 감면하는 조치를 취하였다가 추후 관계법령의 해석에 착오가 있음을 발견하고 감면하였던 취득세 등을 추징하면서 이건 취득세 등에 대한 납세지연의 책임을 물어 가산세를 부과한 것은 잘못이라 하겠다.(같은 취지의 행정자치부 심사결정례 96-278, 1996.7.25)

따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로

지방세법 제77조

제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2000. 7. 25.

행 정 자 치 부 장 관