이유
1. 원처분의 요지

처분청은 청구인이 재산세 과세기준일(5.1.) 및 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지상의 복지관용 건축물 외 2동의 건축물에 대하여 재산세와 종합토지세 등을 비과세 하였으나, 그 후 세무조사결과 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번상의 제1복지관 건축물 7,504.69㎡ 중 2,816.7㎡(이하 “제1쟁점 건축물”이라 한다)와 같은 동 ㅇㅇ1번지 상의 제2복지관 건축물 2,390㎡중 1,195㎡(이하 “제2쟁점 건축물”이라 한다), 그리고 같은 동 ㅇㅇ번지 상의 건축물 12,533.92㎡중 717.15㎡(이하 “제3쟁점 건축물”이라 한다)와 제1 내지 제3쟁점 건축물의 부속토지 4,501.3㎡(제1쟁점 건축물 : 2825.6㎡, 제2쟁점 건축물 : 1195㎡, 제3 쟁점 건축물 : 480.7㎡)을 교육용에 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있으므로 비과세한 재산세 및 종합토지세 등의 추징대상에 해당된다고 보아, 제1 내지 제3쟁점 건축물의 부속토지에 대한 시가표준액(2000년 : 1,278,395,455원, 1999년 : 1,260,756,194원, 1998년 : 693,040,001원, 1997년 : 1,078,677,165원)에

지방세법 제234조의16

제3항 제3호의 세율을 적용하여 산출한 종합토지세 10,479,580원, 도시계획세 4,980,540원, 지방교육세 2,095,900원, 농어촌특별세 1,571,920원, 합계 19,127,940원을 2001.9.10. 부과 고지하였고, 제1 내지 제3쟁점 건축물의 시가표준액(1999년 : 299,257,857원, 2000년 : 1,074,726,975원)에

지방세법 제188조

제1항 제2호 제(4)목의 세율을 적용하여 산출한 재산세 4,121,940원, 도시계획세 2,747,950원, 공동시설세 4,212,730, 지방교육세 824,370원, 합계 11,906,990원을 2001.10.12. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 제1복지관과 제2복지관을 신축한 후 청구인이 별도로 설립한 (사)

ㅇㅇ

대학교 ㅇㅇ조합(이하 “ㅇㅇ조합”이라 한다)으로 하여금 관리운영토록 하고, 그 잉여금은 대학교에 기부하여 학교 후생복지향상에 사용하도록 약정을 체결하였으며, 이러한 약정에 따라 ㅇㅇ조합은 위탁받은 후생복지시설을 운영하면서 일부는 직영하고, 일부는 임대 또는 위탁하고 있는 것으로서 이러한 모든 사업이 청구인의 구성원들의 후생복지향상을 위한 것이므로 처분청이 이 사건 제1 및 제2쟁점 건축물과 그 부속토지에 대하여 수익사업 또는 유료로 사용하게 하고 있다하여 비과세한 재산세 및 종합토지세 등을 추징한 처분은 부당하며, 제3쟁점 건축물과 그 부속토지의 경우에도 이공대학의 구내식당으로서 임대차계약상 주방기기 등의 시설비용을 청구인이 부담하고 있으며, 임대수입도 학생들의 후생

복지증진을 위하여 재투자하고 있는 상태로서 이를 수익사업으로 보아 비과세한 재산세 및 종합토지세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구는 학교법인이 건축물의 일부를 임대한 경우 비과세한 재산세 및 종합토지세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제184조 본문 및 제1호, 제234조의12 본문 및 제2호,

지방세법시행령 제135조

제1항 및 제136조, 제194조의6 제1항 및 제2항, 제79조 제1항 제2호에서 초·중등교육법 및 고등교육법에 의한 학교를 경영하는 자가 그 사업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세 및 종합토지세를 부과하지 아니하지만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하거나 유료로 사용하게 하는 경우에는 그 사용부분에 대하여, 당해 부동산을 그 목적에 사용하지 아니하는 경우에는 그 사용하지 아니하는 부분에 대하여 재산세 및 종합토지세를 부과한다고 규정하면서 같은 법시행령 제78조의2 제1항에서 대통령령으로 정하는 수익사업이라 함은

법인세법 제3조

제2항의 규정에 의한 수익사업을 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.12.31. 신축한 이공대학 건축물의 지하 1층 구내식당과 매점인 이 사건 제3쟁점 건축물 및 그 부속토지에 대하여 2000.3.30. 청구 외 (주)ㅇㅇ국토개발과 일시불로 총 임대료 114,100,000원을 지급하기로 하는 내용의 임대계약을 체결하여 청구 외 (주)ㅇㅇ국토개발에서 이를 운영하고 있으며, 또한 청구인은 (사)ㅇㅇ대학교ㅇㅇ조합(이하

ㅇㅇ

조합 이라 한다)과 1998.11.25. 약정을 체결하여 청구인의 구내 매점 등 후생복지시설을 ㅇㅇ조합이 사용하고 그에 따른 사용료를 지급하도록 하였고, 이러한 약정에 따라 ㅇㅇ조합은 제1복지관과 제2복지관 건축물의 일부에 대하여 매월 고정된 금액의 임대료를 받거나 매출액에 따른 일정비율의 수수료를 받기로 하는 등의 형태로 제3자에게 제과점, 안경점, 종합매장, 식당 등으로 사용토록 하고 있으며, ㅇㅇ조합은 이러한 임대수입과 관련하여 법인세 등을 신고하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 제1·2복지관 및 이공대학 건축물내의 후생시설인 이 사건 제1 내지 제3쟁점 건축물과 그 부속토지에 대하여 이를 임대 또는 직영하면서 그 수입을 후생복지사업에 재투자하고 있으므로 수익사업 및 유료로 사용하게 하는 것으로 보아 비과세한 재산세 및 종합토지세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하고 있으나, 청구인의 경우 제3쟁점 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 청구인이 이를 직접 임대하였고, 제1·2쟁점 건축물 및 그 부속토지에 대하여는 별도의 법인인 ㅇㅇ조합에 사용토록 하고 사용료를 받기로 하였던 사실과 ㅇㅇ조합이 청구인으로부터 사용허가를 받은 학교구내의 편의시설 등을 임대료 및 수수료 등을 받고 제3자에게 사용토록 하였으며, 그에 따른 수익금 중 일부를 기부금 명목으로 청구인에게 지급하고 있는 사실을 볼 때, 이 사건 제1 내지 제3쟁점 건축물과 그 부속토지는 모두 수익사업에 해당하는 부동산 임대업 또는 유료로 사용하게 하는 부동산에 해당된다고 보아야 할 것이고, 청구인이 이러한 수익금을 학교의 후생복지사업에 재투자한다고 하여 이를 달리 볼 것은 아니라 하겠으므로, 처분청이 이 사건 제1 내지 제3쟁점 건축물과 그 부속토지에 대하여 비과세한 재산세 및 종합토지세 등을 추징한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법

제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 12. 17.

행 정 자 치 부 장 관