이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1995.5.20. ○○광역시와 할부원리금 납입방식으로 매입하는 계약을 체결한 ○○광역시 ○○구 ○○동 872-8번지 평동제1차산업단지내 토지 95,953㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다.)를 2004.9.30. 잔금을 완납한 후,2004.10.28. 이 사건 토지에 대한 취득가액을 10,922,791,690원(원금 9,781,660,900원, 할부이자 1,141,130,790원)으로 하여 취득신고하면서 지방세법 제276조의 규정에 의거 취득세 및 등록세를 감면받으므로, 그 취득세와 등록세의 감면세액에 대한 농어촌특별세 109,227,920원을 신고납부하였으나, 그 후 이 사건 토지에 대한 세무조사 결과 이 사건 토지에 대한 취득가액이 15,014,213,475원인 것이 확인됨에 따라 당초 신고한 취득가액과의 차액 4,091,421,785원(이하 “이 사건 건설자금이자”라고 한다.)에 대한 농어촌특별세 45,005,620원(가산세 포함)을 2006.1.12. 부과고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 건설자금이자는 2000.12.31. 지방세법시행령 개정 이전에 발생된 건설자금이자이므로 개정전의 법령을 적용하여야 하는데 개정된 법령을 적용하여서 소급과세금지의 원칙에 위배된다고 하면서 이 사건 토지를 할부원리금 납입방식으로 취득하였기 때문에 금융기관으로부터 별도로 특정 차입금을 차입하지 않고도 영업대금으로 입금된 운영자금으로 충분히 결제할 수 있는 회사로서 그 규모가 작거나 자금력이 어려운 회사가 아니며, 기업회계기준의 금융비용 자본화비용규정에 따라 결산시점에 장부에 반영한 1995년부터 1998년까지 이 사건 건설자금이자는 토지취득에 사용되었는지 여부가 불분명한 일반 차입금이자로서 이는 손금에 산입하여야 할 것을 잘못하여 자본계정에 산입한 것으로서 1998년도분은 수정신고를 통해서 이를 손금으로 세무조정을 한 사실에서 위 건설자금이자는 이 사건 토지취득과 관련이 없는 것을 확인할 수 있을 뿐만 아니라 이러한 사실에 대하여 과세처분의 적법성 및 과세요건 사실의 존재에 관한 입증책임이 과세관청에 있는데도 이를 따지지 않고 단순이 법인장부상 기장내용만 가지고 취득과 관련있는 것으로 보아 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이라고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인장부상 건설자금이자로 계상된 금액을 취득세 등 과세표준액에 포함한 처분이 적법한 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제276조제1항에서 「산업입지 및 개발에 관한 법률」에 의하여 지정된 산업단지와 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 의한 유치지역 및 「산업기술단지 지원에 관한 특례법」에 의하여 조성된 산업기술단지안에서 산업용 건축물·연구시설 및 시험생산용 건축물로서 대통령령이 정하는 건축물을 신축하거나 증축하고자 하는 자가 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 그 부동산에 대한 재산세는 당해 납세의무가 최초로 성립되는 날부터 각각 5년간 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으며, 지방세법 시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다)을 말한다고 하고 있고, 지방세법 시행령(2000.12.29. 대통령령 제1705호로 개정되기 전의 것) 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격은 과세대상물건의 취득의 시기를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 거래상대방 또는 제3자에게 지급하였거나 지급하여야 할 일체의 비용(소개수수료, 설계비, 연체료, 할부이자 및 법인세법 제16조제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함하되, 법인이 아닌 자가 취득하는 경우에는 연체료 및 할부이자를 제외한다)을 말한다고 하고 있으며, 법인세법(1998.12.28. 법률 제5581호로 개정 전의 것) 제16조(현행 법인세법 제28조제1항임)에서 그 제11호가목의 대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자는 내국법인의 각사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다고 하고 있고, 법인세법 시행령 제52조제1항에서 법 제28조제1항제3호에서 "대통령령이 정하는 건설자금에 충당한 차입금의 이자"라 함은 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입·제작 또는 건설(이하 이 조에서 "건설 등"이라 한다)에 소요되는 차입금(고정자산의 건설 등에 소요된 지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다)에 대한 지급이자 또는 이와 유사한 성질의 지출금을 말한다고 하고 있으며, 국세기본법 제20조에서 국세의 과세표준을 조사·결정함에 있어서 당해 납세의무자가 계속하여 적용하고 있는 기업회계의 기준 또는 관행으로서 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 것은 이를 존중하여야 한다. 다만, 세법에 특별한 규정이 있는 것은 그러하지 아니하다고 하고 있고, 농어촌특별세 제5조제1항에서 농어촌특별세는 취득세 및 등록세 감면세액에 100분의 20의 세율을 곱하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다고 하고 있으며, 기업회계기준 제55조제4항에서 재고자산·투자자산·유형무형자산의 제조·매입 또는 건설에 사용된 차입금에 대하여 당해 자산의 제조매입 또는 건설완료시까지 발생된 이자비용과 기타 유사한 금융비용은 당해 자산의 취득원가에 산입한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 1995.5.20. 청구인은 ○○광역시와 이 사건 토지에 대하여 계약금액 10,922,791,690원에 할부원리금 납입방식으로 토지정산 때문에 본계약체결시까지 매매가계약을 체결한 다음 같은 날 원금 1,011백만원을, 1995.8.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 252백만원을, 1995.11.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 221백만원을, 1996.2.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 187백만원을, 1996.5.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 154백만원을, 1996.8.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 126백만원을, 1996.11.20. 원금 1,137백만원 및 95백만원을, 1998.2.20. 원금 1,137백만원 및 할부이자 69백만원을, 1998.5.20. 원금 809백만원 및 25백만원을, 1999.8.25. 할부이자 9백만원을, 그리고 2004.9.30. 할부이자 2백만원을 납부한 후 이 사건 토지를 취득하였고, 2004.10.25. 이 사건 토지에 대하여 본 계약을 당초 면적 3만평에서 현재면적으로 축소변경하여 체결하였으며, 2004.10.28. 이 사건 토지에 대하여 그 취득가액을 10,922,791,690원하여 취득신고 및 감면받고, 그 감면 세액에 대하여 농어촌특별세 109,227,920원을 신고납부하였으며, 그 후 세무조사결과 2006.1.12. 이 사건 건설자금이자(4,091,421,785원)에 대하여 농어촌특별세를 부과고지하였고, 2006.4월 이 사건 토지를 분양자인 광주광역시에 환매처분하였으며, 한편, 청구인이 제시한 법인장부 중 결산서상 건설자금이자자산별배부명세표 및 그 보조원장에서 1995년(47기) 124,856,550원이, 1996년(48기) 719,753,686원이, 1997년(49기) 1,315,346,979원이, 1998년(50기) 1,822,236,660원이 기재되었고, 제47기～50기 결산서상 장·단기차입금 명세서 및 외부감사인 감사보고서에서 이 사건 토지를 매입하기 위하여 특정차입금을 차입한 내역이 확인되지 않고 있으며, 제47기 법인세세무조정계산서에서 인천공장(토지 98,162.1㎡ 및 건물 56,646.5㎡)을 74,534백만원에 매각하여 입금된 사실이 확인되고 있고, 제47기 결산서 유형고정자산명세표상 시흥공장 15,011백만원(당초 64백만원), 천안공장 27,482백만원(당초 58백만원)이 증설하는 데 당초금액과의 차액만큼 소요된 것이 확인되고 있으며, 1998년분(50기)결산시 건설자금이자 1,822,236,660원을 자본계정에서 손금계정으로 세무조정신고사실을 자본금과적립금조정명세서(사업년도 2005.1.1.～12.31.) 및 서울지방국세청 세무조사결과통지서 자본금과적립금계산서(1997.12.1.～1998.11.30.)에서 확인되고 있고, 청구인의 해당기간 기별 매출규모는 제47기 192,892백만원 및 제48기 206,204백만원 및 제49기 211,266백만원 및 제50기 270,137백만원으로 결산서 손익계산서상에서 확인되고 있으며, 원재료 및 시설재의 구입을 위한 외화 차입금이 증가(1994년도 506억원⇒1998년도 869억원)되고 있는 사실 및 운전자금인 원화차입금도 이 사건 토지의 할부금 불입시점에 이후 계속 감소(1994년도 718억원⇒1998년도 470억원)되고 있는 사실등을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건설자금이자는 2000.12.31. 지방세법시행령 개정 이전에 발생된 건설자금이자이므로 개정전의 법령을 적용하여야 하고, 개정전의 법령에서는 고정자산매입에 불분명한 차입금은 취득세 과세표준에 포함되지 않아 이 사건 건설자금이자는 이 사건 토지의 취득과 무관한 일반차입금이라고 주장하여 살펴보면, 구지방세법 시행령 제82조의3제1항에서 취득세의 과세표준이 되는 취득가격에 법인세법 제16조제11호의 규정에 의한 건설자금에 충당한 금액의 이자(이하 “종전건설자금이자”라고 한다.) 등 취득에 소요된 직접·간접비용을 포함한다고 규정하였다가 2000.12.29. 대통령령 제1705호로 개정된 현행 지방세법 시행령 동조동항에서 위 종전건설자금이자를 건설자금에 충당한 금액의 이자 등 취득에 소요된 직접·간접비용(이하 “현행건설자금이자”라고 한다.)이라고 규정하고, 위 신구 규정에서 종전건설자금이자는 법인세법 시행령 제52조제1항에서 그 명목여하에 불구하고 사업용 고정자산의 매입에 소요되는 차입금라고 하면서 그 매입에 소요된 지의 여부가 분명하지 아니한 차입금을 제외한다고 하고 있지만 현행건설자금이자에 대하여 아무런 정의를 규정하고 있지 않고 있으므로 이는 2001.1.1. 시행부터는 고정자산이외에 재고자산 등까지도 법인장부상 계상된 것이라면 인정한다는 취지(세정 13407-246호, 2001.3.5.)라고 볼 수 있고, 그렇다면 특정차입금만 건설자금이자범위로 보는 법인세와 달리 특정차입금이 없어도 회사평균이자율로 계산한 것을 금융비용자본화하라는 기업회계기준에 따라서 장부상에 기장된 것을 그 이자의 범위로 보아야 할 것으로서, 청구인은 이 사건 토지를 1995.5월에 할부원리금납부방식으로 매매가계약을 체결하고, 그 후 토지 등이 정산확정된 2004.10월 본계약을 체결하였는데 이는 연부취득과 같이 대금지급기간이 2년 이상 이지만 계약당시 계약목적물이 위치적·물량적으로 불확정한 경우이므로 장차 택지매매계약을 체결할 것을 예약한 것에 불과한 선수협약 형태를 취하고 있고, 이러한 선수금은 추후 본계약을 이행할 것을 전제로 지급되는 금액이어서 연부금액과 같이 취득에 의제되는 가액이 아니기 때문에 1995년부터 1998년까지 결산서상에 반영된 이 사건 건설자금이자는 비록 2001.1.1. 이전에 기장하였더라도 연부취득이 아닌 이상 2004.9월에 이 사건 토지를 취득한 때를 기준으로 그 이전에 당해 물건을 취득하기 위하여 지급한 일체의 비용에 해당된다고 봄이 상당하다 할 것이므로 이때는 개정된 관련 지방세법령을 적용받아서 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 청구인의 주장을 받아들일 수 없다고 할 것이며, 한편, 이 사건 건설자금이자는 이 사건 토지 취득과 무관한 일반차입금이자라고 주장하나 이 사건 건설자금이자는 현행 지방세법령을 적용받고 있고, 현행건설자금이자는 그 적용범위를 특정차입금은 물론 일반차입금까지도 포함할 수 있도록 되어 있어서 장부기장방식의 적정여부를 떠나 기업회계기준에 의하여 법인장부상 건설자금이자계정에 기장되면 국세기본법 제20조의 기업회계 존중원칙상 인정하여야 할 것으로서 이렇게 처분청에서 장부상 관련계정에 기장된 것에 의하여 취득세과세표준으로 삼은 이상 그 입증책임의 의무를 다하였다고 볼 수 있고, 오히려 장부상 기장내용이 잘못되었다고 하는 입증책임은 청구인에게 있다고 할 것인바, 청구인의 경우, 관할관청의 세무조사시 법인 결산서상 건설자금이자자산별배부명세표 및 보조원장에서 1995년(47기) 124,856,550원, 1996년(48기) 719,753,686원 1997년(49기) 1,315,346,979원, 1998년(50기) 1,822,236,660원, 합계 3,982,193,875원이 이 사건 토지를 취득하는데 소요된 건설자금이자로 기장된 사실이 확인되는 것을 보면,비록, 제47기～50기 결산서상 이 사건 토지를 특정한 차입금이 기재된 사실이 확인되지 않고, 차입금 계정상 외화차입금은 증가한 반면 운전자금차입금은 오히려 계속 감소하고 있으며, 제47기 법인세세무조정계산서에서 인천공장매각대금이 입금되었고, 해당기별 매출규모가 1,929억원에서 2,700억원까지 회사의 규모가 상당한 사실들에서 이 사건 건설자금이자는 이 사건 토지를 취득하는 데 소요된 비용인지가 불분명한 일반차입금이라고 볼 수도 있지만 현행 지방세법령을 적용받을 뿐만 아니라 기업회계기준에 의하여 일반차입금의 일부를 이 사건 토지에 대한 건설자금이자로 배분하여 특정하게 한 것이 분명하게 보이고 이렇게 관련 계정에 기장한 것이 잘못되었다는 명백한 자료가 보이지 않는 이상 실질과세의 원칙상 처분청에서 이 사건 건설자금이자를 취득세과세표준에 포함한 것은 잘못이 없다고 하겠고, 특히, 청구인이 그동안 기업회계기준을 잘못 적용하였다고 하여 1998년분(50기) 결산시 건설자금이자 1,822,236,660원을 자본(자산)계정에서 손금계정으로 세무조정신고사실이 자본금과적립금조정명세서 및 서울지방국세청 세무조사결과통지서 자본금과적립금계산서에서 확인되고 있다고 하더라도 당초 그것이 건설자금이자로 배분된 점이외는 별다른 특정명목의 일반차입금이라는 사실을 입증함이 없이 단지 기장과목을 이전한 것을 가지고는 건설자금이자를 자산계정이 아닌 영업외비용으로 계상하였다하더라도 취득원가에 포함되어야 할것(행정자치부 심사청구결정 제2006-16호, 2006.1.23.)이다. 다만 2006.1월 이 사건 건설자금이자에 대하여 농어촌특별세를 부과고지함에 있어 그 과세표준(4,091,421,785원)에는 건설자금이자이외에 당초 납부한 농어촌특별세 109,227,920원이 포함되어 있는 것이 장부상 확인되고 있으므로 이 부분(109,227,920원)에 대하여 이 사건 농어촌특별세를 부과한 처분은 잘못이 있다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 6. 27. 행 정 자 치 부 장 관