이유
1. 원처분 개요

청구법인은 충청북도 청주시 OO동 OOOOOO 소재 토지 26,126㎡ 및 지상 공장용 건축물을 소유하고 있다.

처분청은 위 공장용 건축물의 부속토지중 구

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적과 테니스장 면적의 합계면적을 초과하는 토지를 비업무용부동산으로 판정하고

법인세법 제18조의3

제1항의 규정에 의한 지급이자를 손금불산입하여 94.6.1 청구법인에게 90.1.1～90.12.31 사업연도분 법인세 11,637,900원 및 동 방위세 2,309,200원, 91.1.1～91.12.31 사업연도분 법인세 15,950,710원, 93.1.1～93.12.31 사업연도분 법인세 62,380,960원을 경정고지 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.7.26 심사청구를 거쳐 94.11.15 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인의 주장

(1)

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목과

지방세법시행령 제84조의4

제3항 제6호 및

같은법시행규칙 제46조의5

에서는 공장용 건축물 부속토지에 대한 비업무용 여부를 판정함에 있어 공장입지 기준면적을 초과하는 토지중 기준면적의 10%(3,000㎡한도)까지는 업무용으로 본다고 규정하고 있으며 처분청 또한 ’90 사업연도에 대한 법인세 과세표준금액 및 세액 경정시 청구법인의 공장용건축물 부속토지에 대한 비업무용 여부를 판정하면서 공장입지 기준면적을 초과하는 토지중 기준면적의 10%까지는 업무용으로 본다는 공적인 견해표명을 한 바 있어 이에 따라 청구법인은 ’90사업연도 이후 사업연도부터 비업무용부동산에 대한 지급이지를 손금불산입하여 왔는데도 처분청이 종전의 견해와 다르게 공장입지기준면적을 초과하는 토지중 공장입지기준면적의 10%에 해당되는 토지도 비업무용부동산으로 보아 이 건 법인세를 과세한 것은

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목과

국세기본법 제18조

제3항에 위배되는 처분으로 부당하고

(2) 청구법인은 도시계획구역안에서 공장을 건축한 자에 해당하며

주차장법 제19조

의 규정에 따라 시설물의 내부 또는 그 부지안에 부설주차장을 설치하여야 됨으로,

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제3호 나목에 규정된 산식에 따라 계산된 면적은 업무용 토지에 해당되는데도 청구법인의 주차장이 공장구외(工場區外)에 위치하지 않는다고 하여 주차장면적도 비업무용부동산으로 판정하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 청구주장(1)과 같은 사유로 부당하다는 주장이다.

나. 국세청장 의견

(1) 청구법인의 공장건축물은

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목의 규정이 90.4.4 개정·시행되기 이전에 착공하여 준공된 것이므로 법인세법시행규칙 부칙(재무부령 제1818호)의 규정에 의하여 종전의 규정에 따라 비업무용부동산을 판정하는 것이고

(2)

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제3호 나목의 규정에 의한 주차장용토지는 당해건축물 및 그 부속토지와는 별도로 설치된 부설 전용주차장용 토지를 말하는 것이므로 청구법인과 같이 공장건축물의 부속토지내에 설치되어 있는 주차장에는 동 규정이 적용되지 않는다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 90.4.4 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목의 시행전에 착공된 공장용건축물의 부속토지에도 동 개정규정을 적용하여 공장입지기준면적 초과토지중 공장입지기준면적의 10%(3,000㎡한도)이내의 토지는 비업무용 부동산에서 제외되는 것인지 여부와

(2) 공장건축물의 부속토지 내에 있는 주차장용 토지도 공장입지기준면적과 별도로

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제3호 나목의 규정에 의하여 비업무용부동산에서 제외되는 것인지 여부를 가리는 데 있다.

나. 쟁점(1)에 대하여 관련법령 및 사실관계를 본다.

법인세법 제18조의 3

및

같은법시행령 제43조의2

의 규정에 의한 지급이자의 손금불산입과 관련하여 공장용건축물의 부속토지에 대하여 비업무용부동산 해당여부를 판정하는

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목의 개정내용을 보면

① 90.4.4 개정전

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목에서 공장용 건축물의 부속토지로서

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 토지는 비업무용부동산에 해당한다고 규정하고

공업배치법 제6조

제1호의 규정에 의한 상공부고시 제 87-14호에서는 기준면적율을 고시하고 있었다.

따라서

공업배치법 제6조

의 규정에 의한 기준면적을 초과하는 토지는 비업무용부동산에 해당됨을 알 수 있다.

② 90.4.4 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목에서는 공장용 건축물의 부속토지로서

지방세법시행령 제84조의4

제3항 제6호에 규정된 공장입지기준면적을 초과하는 토지는 비업무용부동산에 해당한다고 규정하고 지방세법시행령 「별표4」에서 공장입지기준면적을 규정하고 제1호 가목 단서에서 공장입지기준면적율을 초과하는 토지 중 공장입지기준면적의 10/100 이내의 토지(그 면적은 3,000㎡를 한도로 함)는 이를 공장입지기준면적으로 본다고 하고 있다.

따라서 공장입지기준면적율에 의한 공장입지기준면적을 초과하는 토지 중 공장입지기준면적 10/100에 해당되는 토지로서 3,000㎡ 이내의 토지는 비업무용토지에서 제외된다.

③ 그리고, 법인세법시행규칙 부칙(재무부령 제1818호, 90.4.4) 제4조 제2항에서 이 규칙 시행(90.4.4)전에 착공한 건축물의 부속토지에 관하여는 종전의 제18조 제3항 제2호의 규정에 의한다고 규정하고 있다.

청구법인은 청구법인의 공장용건축물의 부속토지에 대하여 90.4.4 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목을 적용하여 비업무용부동산 해당여부를 판정하여야 된다고 주장하고 있으나 청구법인의 공장용건축물은 이 개정 규정이 시행되기 이전에 착공하여 기 준공된 것이므로 개정 부칙(재무부령 제1818호) 제4조 제2항의 규정에 의하여 종전의 규정(90.4.4 개정전의 규정)이 적용되는 것인데도 청구법인은 이를 오해한 것으로 보인다.

이 건 과세처분은 세법의 새로운 해석에 의한 소급과세로서

국세기본법 제18조

제3항의 규정에 위배된다는 주장도 하고 있으나 처분청의 세무공무원이 청구법인의 법인세과세표준금액 및 세액을 조사하면서 신고내용의 오류를 발견하지 못하고 경정하였다고 하여 이를 “세법의 해석 또는 국세행정이 일반적으로 납세자에게 받아들여진” 경우라고 할 수 없다 할 것이고, 이 건 법인세과세처분은

법인세법 제32조

제2항 및 제3항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 경정한 것이므로 정당하다고 판단된다.

다만, 공장용건축물 중 90.4.4 이후 증축된 부분에 대하여는 90.4.4 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목의 규정이 적용되는 것이므로(같은취지 : 국세청 법인 46012-599, 93.3.11) 청구법인의 공장용건축물중 90.4.4 이후 증축된 부분에 대한 공장입지기준면적의 10%(3,000㎡한도)에 해당되는 부속토지는 비업무용부동산에서 제외되어야 할 것이다.

다. 쟁점(2)에 대하여 관련법령 및 사실관계를 본다.

90.4.4 개정전

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제3호 나목에서 주차장법의 규정에 의하여 주차장시설을 갖추어야 할 건축물의 대지 경계로부터 통행거리 200m 이내에 있는 당해건물의 전용주차장용토지로서 “건물연면적 ÷ 150㎡ × 15㎡ × 2㎡에 의하여 계산한 면적이내의 토지는 비업무용부동산에서 제외한다고 규정하였다가 90.4.4 개정된 동 규정에서는 주차장법에 의한 건축물부설주차장으로서 “건물연면적 ÷ 150㎡ × 13.75㎡ × 2㎡에 의하여 계산한 면적이내의 토지는 비업무용부동산에서 제외하되 다만 건축물의 내부 및 제2호의 규정에 의한 부속토지에 상당하는 토지안에 설치된 주차장이 있는 경우에는 위의 계산면적에서 당해 주차장의 연면적을 차감한 면적이내의 토지를 비업무용부동산에서 제외한다고 규정하고 있다.

청구법인은 청구법인의 공장용건축물의 부속토지에 주차장이 설치되어 있으므로

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제2호 가목의 규정에 의한 공장기준면적(공장입지기준면적)과 별도로 주차장용토지도 비업무용부동산에서 제외되어야 한다고 주장하나,

① 90.4.4 개정된

법인세법시행규칙 제18조

제3항 제3호 나목에서 “건축물의 대지경계로부터 통행거리 200m 이내에 있는 당해 건물의 전동주차장용 토지”라고 하고 있으므로 동 규정은 건축물의 부속토지와 분리된 별개의 당해 건축물의 전용주차장이 있는 경우에 적용되는 것으로 해석되고,

② 90.4.4 개정된 동 규정에 정하고 있는 산식에 의하면 계산된 면적에서 건축물의 부속토지 안에 있는 주차장의 면적을 차감하도록 하고 있어 청구법인과 같이 쟁점공장용 건축물의 부속토지 안에 있는 주차장이 설치되어 있는 경우에는 공장입지기준 면적과 별도로 주차장용 토지가 비업무용토지에서 제외될 수 있는 여지가 없다고 판단된다.

그리고 청구법인은 청구주장(1)과 같은 이유로 이 건 법인세과세처분이

국세기본법 제18조

제3항의 규정에 위배된다고 주장하고 있으나 이 부분은 쟁점(1)에 대한 심리내용과 같이 이유없다고 할 것이다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.