이유
1. 원처분의 요지 처분청은 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 청구인이 1996.5.27. 협동화단지 조성목적으로 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 1필지 토지 6,945㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제291조제1항제9호의 규정에 의거 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하였으나, 취득일부터 1년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 경감된 취득세 등의 추징대상 및 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 그 취득가액(528,338,790원)에 구지방세법(1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조제2항 및 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 88,760,910원, 농어촌특별세 6,974,080원, 등록세 9,510,100원, 교육세 1,743,510원, 합계 106,988,600원(가산세 포함)을 2000.6.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 1996.5.27. 이건 토지를 취득한 후 사도개설(6m)에 따른 부지를 확보하여 1997.8.20. 건축허가를 받은 후 1997.11.월부터 부지조성공사를 진행하던중 시공업체의 부도로 공사가 지연되었으나, 1999년도에 부지조성공사를 완료하고, 2000.1.21. 건축설계변경허가를 받는 등 고유업무에 직접 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였으므로 법인의 비업무용 토지로 볼 수 없으며, 둘째, 이건 토지의 경우 수익사업을 영위하기 위하여 취득한 토지로서 취득후 3년간 연평균 수입금액이 당해 토지가액의 100분의 3이상이 되는데도 청구인이 비영리법인이 아니라는 이유로 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 토지를 취득한 후 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있는지와 청구인이 지방세법시행령 제79조 의 규정에 의한 비영리법인에 해당하는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면, 구지방세법 제112조 제2항 및 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 후 1년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있고, 구지방세법시행령 제84조의4 제4항제1호에서 제79조의 규정에 해당하는 비영리법인이 고유의 업무를 수행함에 필요한 경비를 마련할 목적으로 수익사업을 영위하기 위하여 취득하는 토지로서 수익금액이 취득후 3년간 연평균 당해 토지가액의 100분의 3이상인 토지는 법인의 비업무용 토지로 보지 아니한다고 규정한 다음, 지방세법시행령 제79조 제1항제1호 내지 제7호에서 「비영리사업자의 범위」를 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체 등을 규정하고 있으나, 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 협동조합의 경우는 비영리사업자의 범위에서 제외하고 있다. 다음으로 이건의 경우를 보면, 처분청은 중소기업협동조합법에 의하여 설립된 청구인이 1996.5.27. 협동화단지 조성목적으로 취득한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세의 100분의 50을 경감하였으나, 그 취득일부터 4년이 경과한 이건 부과처분일 현재까지 정당한 사유없이 건축공사를 착공하지 아니하고 나대지 상태로 방치하고 있으므로 경감된 취득세 등의 추징대상 및 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아 취득세 등을 부과 고지하였음을 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 부지조성공사를 시행하던중 시공업체의 부도로 공사가 지연되었으나, 그후 부지조성공사를 완료하고 건축설계 변경허가 등을 받는 등 정상적인 노력을 다하였으므로 법인의 비업무용 토지로 볼 수 없다고 주장하나, 청구인의 경우 이건 토지 취득일(1996.5.27.)로부터 1년이내에 고유업무에 직접 사용함에 있어서 별다른 장애사유가 없는데도 1년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하여 이미 법인의 비업무용 토지가 되었고, 그 후 취득일부터 1년 3개월이 경과한 1997.8.20. 건축허가를 받고서도 1997.11.4.부터 부지조성공사를 진행하다가 시공업체의 부도를 이유로 1999년도에서야 부지조성공사를 완료하였을 뿐만 아니라, 2000.1.21. 건축변경허가를 받았음 에도 4년 2월이 경과한 이건 심사청구일(2000.8.19.) 현재까지 나대지 상태로 방치하고 있는 점을 보면, 정당한 사유가 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 둘째, 이건 토지의 경우 수익사업용 토지로서 취득후 3년간 연평균 수입금액이 100분의 3이상이 되는데도 청구인이 비영리법인이 아니라는 이유로 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하나, 「 지방세법시행령 제79조 의 규정에 의한 비영리법인」이 수익사업을 영위하기 위하여 취득한 토지로서 그 수익금액이 3년간 연평균 당해 토지가액의 100분의 3이상인 경우 비업무용 토지에서 제외하고 있으나, 청구인의 경우 지방세법시행령 제79조 에서 규정하고 있는 비영리법인에 해당되지 아니하므로, 이에 대한 청구인의 주장도 받아들일 수 없다 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2000. 9. 26. 행 정 자 치 부 장 관