이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1997.5.7. 사회복지사업을 시행하기 위하여 취득(1997.8.12. 등기)한 ㅇㅇ 시 ㅇㅇ 구 ㅇㅇ 동 ㅇㅇ 번지 토지 1,499.9㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 지방세법 제107조 제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세와 등록세 등을 비과세 하였으나, 그 취득(등기)일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 1998.1.26. 청구외 사회복지법인 ㅇㅇ복지회(이하 “청구외 사회복지법인”이라 한다)에 증여하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 추징대상에 해당됨은 물론 법인의 비업무용토지에 해당된다고 보아 그 취득가액(1,047,680,150원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항, 제131조제1항제3호 및 지방세법 제112조 제2항의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 188,582,410원, 농어촌특별세 17,286,710원, 등록세 37,716,480원, 교육세 6,914,680원, 합계 250,500,280원(가산세 포함)을 1998.4.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1990.9.3. 민법 제32조 에 근거하여 설립된 비영리법인으로서 ㅇㅇ 시 ㅇㅇ 구 ㅇㅇ 동 소재에서 인가를 받지 않고 운영하고 있는 정신지체장애인시설(ㅇㅇ시설)을 이전할 목적으로 사회복지시설로 지정된 이건 토지를 서울특별시로부터 환매특약조건으로 취득한 후 사회복지사업관련부서와 사업수행에 필요한 업무협의를 하는 과정에서 사회복지법인이 아니면 시설건립 지원보조금(국비·지방비)을 지원 받기가 어렵다는 사실과 효율적인 사업을 수행하기 위해서는 사외복지법인 설립이 필수적이라는 사실을 알고 이사회의 의결을 거쳐 이건 토지를 포함한 총 2,548,430,000원을 출연하여 1998.1.10. 사회복지법인 설립허가를 받은 후 정신지체장애인 시설을 건축하여 사회복지사업에 사용하기 위하여 증여방식을 통하여 이건 토지를 청구외 사회복지법인에 소유권이전(1998.1.26. 등기)하였으나, 청구인의 경우 청구인의 이사장인 ㅇㅇ을 대표이사로 하여 청구외 사회복지법인을 설립하였고, 청구외 사회복지법인의 운영권이 사실상 청구인에게 있으므로 이건 토지를 청구외 사회복지법인에 증여하여 청구외 사회복지법인이 사회복지시설로 사용하는 경우 청구인이 직접 사용하는 것이 되고, 이건 토지를 취득(1997.5.7)할 당시 청구외 사회복지법인의 설립허가가 되었다면 청구인 명의로 소유권 이전을 하지 않고 막바로 청구외 사회복지법인 명의로 소유권 이전등기를 하였을 것인데도 사회복지법인 설립허가가 되지 아니하여 잠시 청구인 명의로 소유권 이전등기를 하였다가 청구외 사회복지법인 명의로 소유권 이전등기를 한 것이므로 정당한 사유가 있으며, 또한 사회복지관설치운영규정 제36조의 규정에 의거 사회복지법인의 운영에 관한 지도·감독을 지방자치단체로부터 받도록 하고 있고, 이건 토지를 당초 취득 목적대로 사회복지사업에 사용할 계획임에도 이건 토지를 청구외 사회복지법인에게 증여하였다는 이유로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구는 종교법인이 사회복지사업에 사용할 목적으로 토지를 취득한 후 사회복지법인이 아니면 사회복지사업을 영위할 수 없으므로 사회복지법인을 설립하여 토지를 증여한 경우 당해 사업에 사용하지 않는 것으로 보아 비과세된 취득세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로 가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면 지방세법 제107조 에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, ...취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년)이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득”이라고 규정하고, 지방세법시행령 제79조 제1항에서 “법 제107조제1호에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”라고 규정하고 있으며, 지방세법 제127조 제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, ...등기 또는 등록일로부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “제사·종교... 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기”라고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제94조 제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 ‘대통령령으로 정하는 비영리사업자’라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하고 있으며, 구지방세법 제112조 제2항에서 “대통령령으로 정하는 ... 법인의 비업무용토지...을 취득한 경우의 취득세율은 제1항의 세율의 100분의 750으로 한다...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제84조의4 제1항에서 “법 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용토지는 다음 각호의 1에 해당하는 토지를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제1호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 1년(다음 각목에 정하는 토지에 대하여는 당해 각목에서 정하는 기간)내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지...”라고 규정하고서, 라목에서 “제79조의 규정에 의한 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득한 토지는 3년”이라고 규정하고 있고, 같은항 제2호에서 “법인이 토지를 취득한 날부터 5년 이내에 정당한 사유없이 매각한 토지. 다만, 당해 법인의 고유업무에 직접 사용한 날을 합한 기간이 2년을 초과하는 토지는 그러하지 아니하다”라고 각각 규정하고 있다. 나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면 처분청은 청구인이 사회복지사업에 사용할 목적으로 취득·등기한 이건 토지에 대하여 취득세와 등록세 등을 비과세하였으나, 그 취득일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 당해 사업에 직접 사용하지 아니하고 청구외 사회복지법인에 증여하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고, 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 그런데 청구인은 사업복지시설로 지정된 이건 토지를 서울특별시로부터 환매특약조건으로 취득하였으나, 사회복지법인이 아니면 시설건립지원금을 보조받기가 어렵고, 효율적인 사업을 추진하기 위해서는 사회복지법인 설립이 필수적이라는 사실을 알고 이사회의 의결을 거쳐 재산(이건토지 포함)을 출연하여 사회복지법인을 설립한 후 당해사업에 사용하기 위하여 청구외 사회복지법인에게 이건 토지를 증여하였으나, 청구인이 사회복지법인을 설립하였고, 청구외 사회복지법인의 운영권이 청구인에게 있으므로 사회복지법인이 이건 토지를 사회복지시설로 사용하는 경우 청구인이 직접 그 사업에 사용하는 것으로 보아야 하고, 이건 토지 취득당시 사회복지법인 설립허가가 되지 아니하여 청구인 명의로 이전등기를 하였고 청구외 사회복지법인을 설립하여 소유권을 이전한 것이므로 정당한 사유가 있다고 보아야 하며, 이건 토지를 당초 취득목적대로 사회복지사업에 사용할 계획인데도 단지 사회복지법인에 이건 토지를 증여하였다는 이유만으로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 살피건대, 지방세법 제107조 제1호, 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제79조 제1항제1호, 제94조제1항에 의하면 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여는 취득(등록)세를 비과세하지만, 취득(등기)일로부터 3년이내에 정당한 사유없이 그 사업에 사용하지 아니하거나, 제112조제2항의 규정에 의한 법인의 비업무용 토지가 된 때에는 취득세와 등록세를 추징하도록 규정하고 있고, 구지방세법 제112조 제2항, 지방세법시행령 제84조의4 제1항제1호라목 및 제2호에 의하면 법인이 토지를 취득한 후 1년(비영리사업자가 취득한 토지는 3년)이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하거나 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 5년 이내에 정당한 사유없이 매각하는 경우는 법인의 비업무용토지로 보아 취득세를 중과세하도록 규정하고 있는 바, 여기에서의「정당한 사유」라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유를 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(같은 취지의 대법원 판결 1993.2.26. 92누8750)고 할 것이므로, 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분이 적법한지 여부를 살펴보면, 청구인은 사회복지사업에 사용할 목적으로 1997.5.7. 이건 토지를 취득한 후 1998.1.10. 정신지체 장애인의 재활치료사업을 영위할 목적으로 기본재산(이건 토지 포함)을 출연하여 사회복지법인설립 허가를 받은 후 이건 토지를 청구인이 설립한 청구외 사회복지법인에게 증여한 사실이 확인되고 있음을 볼 때, 비록 청구인이 이건 토지를 취득하기 전에 사회복지법인을 설립하고, 당해 사회복지법인 명의로 이건 토지를 취득할 수 있었음에도 이를 소홀히 한 잘못이 있으나, 청구인의 경우 종교 등을 목적사업으로 하는 비영리법인으로서 정신지체장애인 시설을 건축하기 위하여 사회복지시설로 지정된 이건 토지를 서울특별시로부터 환매특약조건으로 취득한 후 당해 사업에 직접 사용하기 위하여 제반사항을 검토하던중 사회전반의 전문화 추세에 맞춰 사회복지법인이 아니면 사회복지 사업을 효율적으로 수행할 수 없으므로 기본재산(이건 토지 포함)을 출연하여 청구외 사회복지법인을 설립하고 사회복지법인 설립허가 조건에 따라 이건 토지를 부득이 증여할 수 밖에 없었던 점과 청구외 사회복지법인 이 청구인으로부터 이건 토지를 증여받고 사회복지사업에 사용하기 위하여 1 998.2.28. 처분청으로부터 건축허가를 받은 후 1998.3.18. 처분청에 정신지체장애인 종별복지관 신축에 따른 보조금 예산계상신청서를 제출하는 등 당초 취득목적대로 사회복지사업에 사용하기 위하여 노력하고 있는 사실이 확인되고 있는 이상, 청구인이 이건 토지를 당해 사업에 직접 사용하지 못하고 청구외 사회복지법인에 증여하였다고 하더라도 정당한 사유가 인정됨에도 처분청은 단지 청구인이 이건 토지를 청구외 사회복지법인에 증여하였다는 이유만으로 비과세된 취득세와 등록세 등을 추징하고 법인의 비업무용토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다(같은 취지의 행정자치부 심사결정 제98-198호, 1998.5.27). 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1998. 7. 29. 행 정 자 치 부 장 관