이유
1. 처분개요 청구인은 88.7.21 취득한 서울특별시 노원구 OO동 OOOOOOOO 외4필지 대지 1,092.85㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 94.6.30 서울특별시에 양도하고 95.5.31 확정신고시 쟁점토지는 공공사업용토지로 양도하였으므로 양도소득세 산출세액 191,364,148원에 대하여 100% 감면하는 것으로 신고하였으나 처분청은 쟁점토지는 94.1.1 현재 청구인의 보유기간이 15년 미만으로 감면한도액이 1억원이라고 하여 1억원의 초과액에 대하여 97.5.9 청구인에게 94년 귀속 양도소득세 100,024,460원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 97.7.10 심사청구를 거쳐 97.10.24 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 94.3.24 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호에서 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지를 양도한 경우에는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세를 면제하는 바, 감면종합한도액이 3억원이므로 전액 감면하여야 한다. 나. 국세청장 의견 조세감면규제법 부칙(93.12.31 법률 제4666호) 제16조 제3항에 의거 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역 안에 있는 토지등을 94년도에 양도한 경우에는 감면세액 1억원 한도내에서 양도소득세가 감면되는 것이며(같은 뜻 : 국세청 재일 46014-2488, 95.9.20), 조세감면규제법 부칙(93.12.31 법률 제4666호)제16조 제8항에서 15년 이전에 취득한 토지를 공공사업용 토지로 양도하는 경우에는 양도소득세 감면 종합한도액이 구법에 의하여 3억원이 되는 것이나 보유기간이 15년 미만의 토지의 경우에는 조세감면규제법 제119조 의 규정에 의하여 한도액이 1억원이 되는 것이다. 따라서 쟁점토지는 보유기간이 15년 미만으로 양도소득세 감면종합한도액이 1억원이므로 1억원 한도 초과액에 대하여 결정고지한 당초 처분에 달리 잘못이 없다고 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 92.12.28 사업인정고시된 토지(88.7.21 취득)를 공공사업용지로 94년중에 양도한 경우에 양도소득세 감면종합한도액이 얼마인지를 가리는데 있다. 나. 관련법령 93.12.31 법률 제4666호로 개정되어 94.1.1부터 시행된 구조세감면규제법 제63조 제1항에 「다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다. 1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로서 발생하는 소득 2～3(생략)」라고 규정하고 같은법 제119조 에 「개인이 제43조 ·제55조 ·제63조 내지 제66조·제70조 제71조 및 이 법 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다)내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다」라고 규정하고, 같은법 부칙 제16조 제3항에 「이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정 고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세 등의 감면 및 추징 등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다. 1. 1992년 12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다. 2. 제1호외의 경우로서 1993년 12월31일 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다」라고 규정하고, 같은조 제8항에 「이 법 시행당시 내국인이 15년 이전에 취득한 토지 등으로서 종전의 제57조 제1항 각호의 1에 해당하는 토지등을 1995년 12월31일 이내에 양도하는 경우 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 종전의 제57조·제88조의 2 및 제88조 3의 규정에 의한다」라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 쟁점토지는 92.12.28 건설부고시 제432호로 사업인정고시된 토지로 청구인이 88.7.21 취득하여 94.6.30 서울특별시에 공공사업용 토지로 양도하고 95.5.31 양도소득세 확정신고시 산출세액 191,364,148원에 대하여 100% 감면을 적용하여 자진신고를 하였으나 처분청은 감면종합한도액이 1억원이라 하여 이를 초과하는 금액에 대하여 이 건 과세하였음이 관련서류에 의하여 확인된다. 청구인은 전시 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호에서 92.12.31 이전에 사업인정고시된 지역안에 있는 토지를 양도한 경우에는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있어 감면종합한도액이 3억원이라고 주장하나 전시 조세감면규제법 제16조 제3항 제1호에 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 1994년도에 양도한 경우에는 양도소득세를 면제하는 것이지만 그 감면한도액은 전시 조세감면규제법 제119조 에 의하여 과세기간별로 1억원 한도내에서 양도소득세가 감면되는 것이고 다만 조세감면규제법 부칙 제16조 제8항에 95.1.1 당시 15년이전에 취득한 토지를 95.12.31 이내에 공공사업용지로 양도하는 경우에는 양도소득세 감면종합한도액이 개정전의 법에 의하여 3억원인 바, 95.1.1 당시 청구인의 보유기간이 15년 미만인 쟁점토지의 경우는 양도소득세 감면 종합한도액이 1억원이라고 할 것이므로 양도소득세 감면종합한도액 1억원을 초과한 감면신고 세액에 대하여 양도소득세를 과세한 당초 처분은 적법하다고 판단된다. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.