이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인에게 1998년도분 종합토지세를 과세함에 있어서 과세기준일인 6.1.현재 청구인이 소유하고 있는 ○○도 ○○시 ○○읍 ○○리 ○○번지 외 4필지 토지 65,420㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)중 22,763㎡는 분리과세(공장용지로 신고된 면적) 대상토지로, 건설기계대여·정비업의 주기장용 부속토지 1,435.42㎡와 건축물(3,405.78㎡)의 부속토지 23,895.6㎡(3,405.78㎡×7배)는 별도합산 과세대상토지로, 잔여토지 17,381.12㎡는 종합합산 과세대상토지로 보아 산출한 세액에서 이미 부과한 세액을 차감한 종합토지세 5,553,250원, 지방교육세 1,110,650원, 농어촌특별세 831,630원, 합계 7,495,530원을 2003.5.28. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 토지는 하나의 울타리내에 있는 것으로서 공장(금속구조제제조업 : 업종별 공장입지기준면적율 15%)용 건축물 5,308㎡, 건설기계 정비·대여업에 사용되는 관리사무동 등 1,104㎡ 및 직업훈련원등 건축물 1,459.41㎡가 건축되어 있으므로 종합토지세를 과세함에 있어서 공장의 부속토지 42,463.99㎡{입지기준면적 : [5,308㎡×100/15×1.2]} 는 분리과세 대상토지로 과세하고, 건축물 3,405.78㎡의 부속토지 23,840.46㎡[3,405.78㎡×7배(도시계획 외의지역)]와 건설기계 정비·대여업에 사용되는 주기장용 최저면적 기준 956.95㎡[건설기계대여업 : 24㎡×(건설기계대수 : 21 대) 0.815 0.815 =286.95㎡+건설기계정비업 : 670㎡]의 1.5배인 1,435.42㎡는 별도합산대상토지로 과세하고, 나머지가 있으면 종합합산과세대상으로 하여야 함에도 1996.2.16. 공장등록시 공장의 부속토지 면적이 22,763㎡로 기재되어 있다는 사유로 공장입지기준면적을 적용하지 아니하고 등록면적만을 분리과세대상토지로 보아 종합토지세를 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 하나의 울타리내에서 공장과 건설기계정비업 등을 운영하는 경우 종합토지세를 과세함에 있어서 분리과세, 별도합산, 종합합산 면적을 어떠한 기준으로 판단하는 것이 타당한지 여부 에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것) 제234조의15제2항제3호 및 구 같은법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것) 제194조의15제1항제1호에서 산업입지및개발에관한법률에 의하여 지정된 공업단지 및 도시계획법에 의하여 지정된 공업지역안에 위치한 공장용 건축물의 부속토지로 공장입지기준면적 범위안의 토지는 종합토지세 분리과세 대상토지로 규정하고 있고, 같은 법 제234조의15제3항, 같은 법시행령 제194조의14제3항제3호에서 건설기계관리법에 의하여 건설기계사업의 허가를 받은 자가 그 허가조건에 따라 사용하는 건설기계대여업 또는 건설기계정비업 허가기준상의 주기장 또는 옥외작업장 면적의 1.5배에 해당하는 면적 이내의 토지를 건축물부속토지에서 제외하여 별도합산한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 이 사건 토지 65,420㎡상에는 공장용 건축물 5,308㎡, 정비고 1,200㎡, 관리사무동 526.41㎡, 직업훈련원 693㎡, 건설기계대여업 사무실 144㎡, 저장조 등 구축물 1,082.37㎡가 있으며, 공장용 건축물은 1996.2.16. 공장을 등록하였고, 그 외에도 1997.2.14. 건설기계정비업을 신고하였으며, 1997.3.11. 건설기계대여업을 신고하여 운영하고 있는 사실을 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 토지에 대한 종합토지세를 과세함에 있어서 공장 입지기준면적을 적용 산출한 공장용 건축물의 부속토지 42,463.99㎡는 분리과세 대상토지로, 건축물 3,405.78㎡의 부속토지 23,840.46㎡와 건설기계 정비·대여업에 사용되는 주기장용 최저면적 기준 956.95㎡ 의 1.5배인 1,435.42㎡는 별도합산대상토지로 과세하고, 나머지가 있으면 종합합산과세대상으로 하여야 함에도 공장의 부속토지 면적을 1996.2.16. 공장등록시 기재된 22,763㎡만을 분리과세대상토지로 보아 종합토지세를 부과 고지한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 관하여 보면, 이 사건 토지는 하나의 울타리안에 공장용 건축물과 건설기계 정비·대여업에 공여되는 주기장용 토지 및 기타 건축물의 부속토지가 함께 있는 상태이므로 구체적으로 공장용 토지, 건축물의 부속토지, 기타 토지가 구분되지는 않고 있다. 이러한 상태에서는 어떠한 기준에 따라 이를 안분계산할 수 밖에 없다 하겠는데 우선 전체 토지를 우선 주기장용 토지와 건축물 부속토지로 구분하고, 그 다음 건축물의 부속토지는 지상건축물 연면적을 기준으로 공장용 건축물의 부속토지와 기타 건축물 등의 부속토지로 안분한 후 분리과세 대상토지 및 별도합산 대상토지로 구분하고 기준면적을 초과하는 부분이 있다면 종합합산 대상으로 판단하는 것이 합리적이라 할 것이다. 주기장용 토지의 경우도 그 면적이 명확히 구분되어 있지 아니하므로 지방세법시행령 제194조의14 제3항제3호의 규정에 따라 주기장용 시설의 최저면적기준(956.95㎡)에 적용배율(1.5)를 곱하여 산정한 면적 1,435.42㎡를 주기장용 토지로 인정함이 타당하다 할 것이며, 나머지 토지 63,984.58㎡의 경우 전체 지상 건축물 연면적이 8,953.78㎡이고, 그 중 공장용 건축물 면적이 5,308㎡이므로 안분계산한 토지면적 37,931.48㎡는 공장 부속토지로서 이 면적은 공장입지기준면적으로 초과하지 아니하므로 모두 분리과세대상으로 보아야 할 것이며, 기타 건축물 부속토지 면적 26,053.1㎡의 경우 용도지역별 적용배율을 적용 계산하면 23,840.46㎡가 되므로 용도지역배율을 적용하여 계산한 면적 23,840,46㎡는 별도합산과세대상으로 보고, 용도지역별 배율을 적용하여 계산한 면적을 초과하는 토지 2,212.64㎡는 종합합산하는 것이 타당하다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2003. 11. 24. 행 정 자 치 부 장 관