이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2019.3.13. OOO 토지 9,306㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후, 2019.3.14. 쟁점토지를 종교단체가 종교행위를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 하여 「지방특례제한법」제50조 제1항에 따라 쟁점토지의 취득세 등을 면제받았다. 나. 이후, 청구법인은 유예기간(3년)이 경과되자 2022.5.13. 기 면제받은 취득세 OOO원, 지방교육세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하고, 유예기간 내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 취지로 2022.6.15. 경정청구를 제기하였으며, 처분청은 2022.7.25. 이를 거부하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.9.19. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 처분청의 성장관리방안(안)이라는 예측할 수 없는 외부적인 사정, 코로나19로 인한 재정 악화 등에도 불구하고 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으므로 추징처분을 면할 정당한 사유가 있다고 보아야 한다. 구체적으로 보면, 청구법인은 쟁점토지를 취득한 날부터 현재까지 고유목적인 종교시설을 건축하기 위해 건축설계·건축심의 그리고 건축허가 신청 및 건축허가, 건설업체 공사비에 대한 견적 의뢰 등 일련의 행위 등에 대해 최선의 노력을 기울여 진행해 왔다. 특히 쟁점토지를 취득한 직후부터 쟁점토지의 용도지역을 보전녹지지역에서 자연녹지지역으로 변경 허가를 받기까지 약 9개월이 소요되었고, 이후 처분청에서 쟁점토지에 종교시설을 건축할 수 없다는 통보를 받고 이 문제를 해결하는 데도 최소 4개월 이상이 소요되었다. 이러한 문제를 해결하고 2020년 8월에 건축심의를 접수하였으나 심의 과정에서 두 차례 반려로 인해 상당한 시간이 지체되었다. 또한 2021.9.17. 건축허가를 받았으나 그동안 코로나 전염병으로 인해 성금이 급감함에 따라 재정이 악화되었고, 여기에 더해 건축 자재비까지 폭등하여 2021.11.4. 종교시설의 규모를 축소하기로 결정하였다. 이에 따라 2022.2.23. 변경된 건축설계의 심의를 접수하였고, 2022.3.4. 건축심의를 거쳐 2022.6.23. 변경된 건축설계에 대한 건축허가를 받을 수 있었다. 이처럼 청구법인은 코로나19 확산이라는 예기치 못한 악재 속에서도 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하여 왔고, 성장관리방안(안)이라는 외부적 사유도 존재하므로 유예기간 내 직접 사용하지 못한 데는 정당한 사유가 있다고 할 것이다. 더욱이, 코로나19의 발병 및 확산으로 대면 예배 금지 또는 예배 신자 숫자 제한 등의 조치로 정신적·물질적으로 피해를 보았음에도 「조세특례제한법」에서 고용증가에 대한 세액공제 혜택을 유지하는 것과 달리 별다른 고려 없이 종전에 받은 취득세 감면혜택을 추징하는 것은 불합리하다. 나. 처분청 의견 정당한 사유의 유무를 판단할 때는 취득자가 그 자체의 자금 사정이나 수익 상의 문제 등으로 해당 사업에 직접 사용하지 아니하거나 처분한 경우에는 이에 포함되지 아니한다(대법원 2003.12.12. 선고 2003두9978 판결, 같은 뜻임). 청구법인은 2019.3.13. 쟁점토지를 취득한 이후 8개월이 경과한 후인 2019.11.13. 비로소 건축설계 계약을 체결하고 2021.9.17. 처분청으로부터 최초 건축허가를 받았으나, 자금사정 등으로 건축 규모를 축소하여 재설계하는 등의 과정 탓에 2022.9.7.이 되어서야 착공신고필증 교부를 받은 것으로 보이므로 여기에 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 더욱이 보전녹지지역이나 자연녹지지역 모두 종교시설을 건축할 수 있는 용도지역이고, 성장관리방안(안)의 경우에는 토지 소유자의 의견청취를 위해서 공문을 보낸 것에 불과하고, 이와 관련하여 처분청에서 쟁점토지에 대해서 법령상 제한을 가한 사실도 전혀 없으므로 이러한 사정을 외부적 사정이라고 볼 수도 없다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 유예기간 내에 직접 사용하지 못한 데에 외부적 사유가 있다고 보기 어렵고, 청구법인의 준비 부족이나 다른 내부적인 사정에서 비롯된 것으로 보이므로 여기에 추징처분을 면할 정당한 사유가 있다고 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점토지를 유예기간 내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인 및 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 내용이 나타난다. (가) 청구법인은 설계 공모 과정을 거쳐 2019.11.13. ㈜AAA와 쟁점토지 상에 종교시설 신축을 위한 설계계약을 체결하였다. (나) 청구법인은 2020.2.21. 처분청으로부터 ‘성장관리방안 수립 대상 지역 알림 및 의견제출 안내’라는 제목의 공문을 수령하였는데, 해당 문서에는 쟁점토지에 종교시설을 신축할 수 없다는 내용이 포함되어 있었고, 청구법인은 이에 대하여 동의할 수 없다는 의견을 처분청에 제출하였으며, 처분청은 2020.4.2. 청구법인의 의견을 반영하겠다고 회신하였고, OOO. 고시·공고된 성장관리방안에는 쟁점토지에 종교시설을 건축할 수 있는 것으로 되어 있다. (다) OOO도 도시건축공동위원회는 2020.9.10. 청구법인이 요청한 건축심의에 대해서 ‘재심의’로 결정하였는데, 그 구체적인 사유는 아래와 같고, 2021.2.18. 재심의하여 ‘조건부 동의’로 결정하였다. ＜재심의 사유＞ ㆍㆍㆍ (라) 청구법인은 2021.3.19. 쟁점토지에 종교시설 신축을 위한 건축허가를 신청하였고, 처분청은 2021.9.17. 이를 허가하였다. (마) 청구법인은 2022.2.23. 당초 허가받은 사항보다 건축물의 규모를 축소하여 건축심의를 요청하였고, 이후 심의 절차 등을 거쳐 2022.6.23. 변경된 신축 계획에 대한 건축허가를 받았으며, 변경된 사항은 아래와 같다. ＜건축허가 변경 내용＞ ㆍㆍㆍ (바) 청구법인은 2022.7.22. 착공신고서를 제출하였으나, 처분청으로부터 두 차례 보완 요구(공사감리자 지정 관련)를 받고나서 착공신고를 취하하였고, 2022.8.30. 다시 착공신고서를 제출하였으며, 처분청은 2022.9.7. 착공신고필증을 교부하였다. (사) 청구법인은 심리인 현재 건축공사를 진행 중이고, 2024년 4월까지 건축공사를 완료할 예정이라고 항변하였다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 처분청의 성장관리방안(안)이라는 예측할 수 없는 외부적인 사정, 코로나19로 인한 재정 악화 등에도 불구하고 쟁점토지를 직접 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였으므로 추징처분을 면할 정당한 사유가 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 성장관리방안과 관련된 사안은 약 2개월 내에 해소된 것으로 보이고, 그 내용도 건축행위의 제한이나 금지에 대한 사안이 아니라 단순한 의견 수렴 절차에 불과하므로 이를 법령 등의 금지·제한과 같은 외부적 사유로 보기 어렵고, 그 사안의 성격을 보더라도 유예기간 내에 직접 사용하는 데에 장애를 초래한 직접적인 이유로 보기도 어렵다. 또한, 청구법인은 쟁점토지를 취득하고 2년 6개월만에 건축허가를 받았으나, 코로나19로 인한 자금사정의 악화로 건축계획을 변경하면서 건축허가까지 9개월이 더 소요되었고, 그 과정에서 유예기간이 경과하였는데, 자금사정 등은 청구법인의 내부적인 사정에 불과하므로 정당한 사유에 해당하지 않는다. 설령, 앞선 모든 사정을 고려해본다 하더라도 청구법인이 제시한 완공 예정일이 쟁점토지의 취득일부터 5년가량 경과된 시점이라서 청구법인이 직접 사용을 위한 진지한 노력을 다하였다고 인정하기에는 무리가 있다. 따라서 청구법인이 쟁점토지를 취득일부터 3년 이내에 종교용으로 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다고 보기는 어려우므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제7항, 「국세기본법」제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세특례제한법 제2조(정의) ① 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 8. “직접 사용”이란 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등의 소유자 ( 「신탁법」 제2조 에 따른 수탁자를 포함하며, 신탁등기를 하는 경우만 해당한다)가 해당 부동산ㆍ차량ㆍ건설기계ㆍ선박ㆍ항공기 등을 사업 또는 업무의 목적이나 용도에 맞게 사용하는 것을 말한다. 제50조(종교단체 또는 향교에 대한 면제) ① 종교단체 또는 향교가 종교행위 또는 제사를 목적으로 하는 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 면제한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 면제된 취득세를 추징한다. 1. 해당 부동산을 취득한 날부터 5년 이내에 수익사업에 사용하는 경우 2. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 3년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 3. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (2) 지방세특례제한법 시행령 제25조(종교 및 제사를 목적으로 하는 단체에 대한 면제대상 사업의 범위 등) ① 법 제50조제2항 본문에서 “대통령령으로 정하는 건축물의 부속 토지”란 해당 사업에 직접 사용할 건축물을 건축 중인 경우와 건축허가 후 행정기관의 건축규제조치로 건축에 착공하지 못한 경우의 건축 예정 건축물의 부속토지를 말한다. (3) 국토의 계획 및 이용에 관한 법률 시행령 제56조의2(성장관리방안의 대상지역 등) ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수가 법 제58조 제4항에 따라 개발행위의 발생 가능성이 높은 지역을 대상지역으로 하여 기반시설의 설치ㆍ변경, 건축물의 용도 등에 관한 관리방안(이하 “성장관리방안”이라 한다)을 수립할 수 있는 지역은 법 제58조 제3항 제2호 및 제3호에 따른 유보 용도 및 보전 용도 지역으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 지역으로 한다. 1. 개발수요가 많아 무질서한 개발이 진행되고 있거나 진행될 것으로 예상되는 지역 2. 주변의 토지이용이나 교통여건 변화 등으로 향후 시가화가 예상되는 지역 3. 주변지역과 연계하여 체계적인 관리가 필요한 지역 4. 「토지이용규제 기본법」 제2조 제1호에 따른 지역ㆍ지구등의 변경으로 토지이용에 대한 행위제한이 완화되는 지역 5. 그 밖에 제1호부터 제4호까지에 준하는 지역으로서 도시ㆍ군계획조례로 정하는 지역 제56조의3(성장관리방안의 수립절차) ① 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 법 제58조 제5항에 따라 성장관리방안에 관하여 주민의견을 들으려면 성장관리방안의 주요 내용을 전국 또는 해당 지방자치단체의 지역을 주된 보급지역으로 하는 둘 이상의 일반일간신문과 해당 지방자치단체의 인터넷 홈페이지 등에 공고하고, 성장관리방안을 14일 이상 일반이 열람할 수 있도록 하여야 한다. ② 제1항에 따라 공고된 성장관리방안에 대하여 의견이 있는 자는 열람기간 내에 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수에게 의견서를 제출할 수 있다. ③ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 제2항에 따라 제출된 의견을 성장관리방안에 반영할 것인지 여부를 검토하여 그 결과를 열람기간이 종료된 날부터 30일 이내에 해당 의견을 제출한 자에게 통보하여야 한다. ④ 특별시장ㆍ광역시장ㆍ특별자치시장ㆍ특별자치도지사ㆍ시장 또는 군수는 법 제58조 제5항에 따라 성장관리방안에 관하여 해당 지방의회의 의견을 들으려면 의견 제시 기한을 밝혀 성장관리방안을 해당 지방의회에 보내야 한다. 제71조(용도지역안에서의 건축제한) ① 법 제76조 제1항에 따른 용도지역안에서의 건축물의 용도ㆍ종류 및 규모 등의 제한(이하 “건축제한”이라 한다)은 다음 각호와 같다. 14. 보전녹지지역안에서 건축할 수 있는 건축물 : 별표 15에 규정된 건축물

＜보전녹지지역안에서 건축할 수 있는 건축물(제71조 제1항 제14호 관련)＞

2. 도시ㆍ군계획조례가 정하는 바에 의하여 건축할 수 있는 건축물(4층 이하의 건축물에 한한다. 다만, 4층 이하의 범위안에서 도시ㆍ군계획조례로 따로 층수를 정하는 경우에는 그 층수 이하의 건축물에 한한다)

마. 「건축법 시행령」 별표 1 제6호의 종교시설

16. 자연녹지지역안에서 건축할 수 있는 건축물 : 별표 17에 규정된 건축물

＜자연녹지지역안에서 건축할 수 있는 건축물(제71조 제1항 제16호 관련)＞

2. 도시ㆍ군계획조례가 정하는 바에 의하여 건축할 수 있는 건축물(4층 이하의 건축물에 한한다. 다만, 4층 이하의 범위안에서 도시ㆍ군계획조례로 따로 층수를 정하는 경우에는 그 층수 이하의 건축물에 한한다)

라. 「건축법 시행령」 별표 1 제6호의 종교시설