이유
1. 사실 및 처분개요 청구법인은 택시운송업을 영위하는 영리내국법인이다. 처분청은 청구법인의 93, 94사업연도 법인세 조사과정에서 청구법인이 실제 운송수입금액일지와는 별도로 허위로 작성한 운송수입금액일지를 비치하고, 동 허위로 작성한 운송수입금액일지에 의거 수입금액을 산정하여 법인세 및 부가가치세를 신고한 사실과 실제 운송수입금액일지는 폐기처분한 사실을 조사·확인하고, 청구법인이 93, 94사업연도에 매입한 연료(LPG)수량을 조사하여 동연료매입수량을 기준으로 수입금액을 추계하여 청구법인의 93, 94사업연도 법인세 및 93년 제1기～94년 제2기 부가가치세를 경정하고, 95.12.16. 청구법인에게 별첨 1과 같이 93, 94사업연도분 법인세 72,405,790원 및 93년 제1기-94년 제2기분 부가가치세 37,353,480원을 고지(이하 “당초 처분” 이라 한다)하였다. 청구법인은 위 95.12.16자 과세처분에 불복하여 96.2.13. 처분청에 이의신청을 제기하였고, 동 이의신청에 대하여 처분청은 “93년, 94년 수입금액은 합리적인 추계방법을 적용하여 이를 경정결정하고 나머지 청구는 이를 기각한다”라고 결정한 후 재조사 결과 별첨 2와 같이 96.7.17. 청구법인에게 93사업연도분법인세 8,594,270원, 94사업연도분 법인세 30,391,610원, 94년 제1기분 부가가치세 174,270원, 94년 제2기분 부가가치세 4,542,390원을 추가로 결정고지(이하 “증액경정처분” 이라 한다)하였다. 청구법인은 위 95.12.16자 과세처분 및 96.7.17자 과세처분에 불복하여 96.5.20. 및 96.9.10. 심사청구를 거쳐 96.9.10. 심판청구를 하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 청구법인은 95.4월-6월까지 장부를 기장함에 있어 사실과 약간 다르게 기장하였을 뿐인데 처분청이 이를 오해하여 93년, 94년도에도 허위로 장부를 기장한 것으로 판단하여 다른 증빙자료에 의해 수입금액 등을 확인할 수 있음에도 청구법인이 매입한 연료수량을 기준으로 수입금액을 추계결정하였는바, 이런 경우에는 법인세법 시행령 제93조의 2 (추계결정의 경우 사업수입금액의 계산) 제1항에 의거 기장이 정당하다고 인정되어 그 기장에 의하여 조사결정한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 수입금액을 계산·결정하여야 함에도 불구하고, 당초 처분시 연간 총수입금액을 [연간연료매입량÷20리터(차량1회운행시의 차량별 연료소비량)×차량별 1회운행사납금] 또는 증액경정시 각사업연도 총수입금액을 [가스충전권발행매수×차량별 1회운행사납금-입금공제액(보조기사운행횟수×10,000원)] 의 방법으로 수입금액을 추계결정함은 부당하다. 만약, 처분청이 연간 연료매입량을 기준으로 수입금액을 환산하는 방법밖에 없다고 판단하였다면 청구법인의 실황을 충분히 조사하여 운전자 보수교육시 및 자동차 일제검사시 등 수입금액과는 무관하게 매입·소비되는 연료를 제외하여야 함에도 단순히 연간 연료매입량에 의거 수입금액을 추계한 것은 부당하므로 수입금액과는 무관하게 배급된 연료매입수량을 연간 매입한 연료수량에서 제외한 연료수량을 기준으로 하여 수입금액을 (추계)경정해야 한다. 한편, 청구법인이 제기한 이의신청에 대한 처분청의 재조사결정에 따른 결과 당초 처분보다 추가결정고지된 과세표준과 세액은 법령의 규정에 의한 불이익변경금지원칙에 위배되는 부당한 처분이므로 취소되어야 한다. 나. 국세청장 의견 이 건 사실관계를 보면, 청구법인은 실질적인 운송수입금액일지와는 별도로 허위의 세무신고용 운송수입금액일지를 작성하여 세무관서에 신고하였고, 실질적 운송수입금액일지는 폐기한 사실을 청구법인의 대표자가 확인하고 있어 처분청에서는 청구법인의 실질적인 운송수입금액의 확인이 불가능하여 「연간가스사용량/20ℓ」에 「1운행회수에 대한 사납금」을 곱하여 각 사업연도의 연간수입금액을 추계결정하는 한편 위 총수입금액과 청구법인이 신고한 수입금액의 차이를 매출누락액으로 보아 부가가치세를 과세하고 동 매출누락금액을 익금산입하여 법인세를 과세하였다. 청구법인은 실지 운행과는 관련없는 가스배급전표를 일부 발행하였으므로 이를 환산하여 매출로 본 처분이 부당하다고 주장하나 청구법인은 실지운행과 관련없는 가스사용량에 대하여 객관적 입증자료를 제시하지 못하고 있으므로 처분청이 위 방법에 의하여 추계 결정한 처분은 달리 잘못이 없으며, 한편 청구법인은 위 매출누락금액을 전부 익금산입함은 부당하므로 추계 결정한 연간 총수입금액에 표준소득율을 곱하여 산출한 것을 법인소득금액으로 하여 법인세를 결정하여야 한다고 주장하나 청구법인은 제장부가 없거나 명백히 허위인 경우가 아니고 다만 수입금액의 기장만을 허위로 신고한 것이어서 수입금액에 대응하는 필요경비에 대한 기장은 사실이므로 위 매출누락금액을 익금에 산입하여 법인세를 결정한 처분 또한 잘못이 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 택시운송업을 영위하는 청구법인이 실제 운송수입금액일지와는 별도로 허위로 작성한 운송수입금액일지를 비치하고 동 허위로 작성한 운송수입금액일지에 의거 수입금액을 계산하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였고 실제 운송수입금액일지는 폐기처분한 이 사건의 경우, 청구법인의 연간 가스충전권 발행매수를 기준으로 수입금액을 추계결정한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관계법령 (1) 법인세법 제32조 (결정과 경정) 제3항은 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하되 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다고 규정하고 있고, 동법시행령 제93조 (과세표준의 추계결정) 제1항 제1호는 “소득금액을 계산함에 있어서 필요한 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 때”를 위 법인세법 제32조 제3항 단서에서 규정하는 “대통령령이 정하는 사유”의 하나로 열거하고 있으며 제93조의2(추계결정의 경우의 사업수입금액의 계산)「내국법인의 각 사업연도의 사업수입금액을 장부와 기타 증빙서류에 의하여 계산할 수 없는 경우에 그 사업수입금액은 다음 각호에 게기하는 방법중 소관세무서장 또는 소관지방국세청장이 가장 적당하다고 인정하는 방법에 의하여 계산한 금액으로 한다. 1. 기장이 정당하다고 인정되어 기장에 의하여 조사결정한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법 2. 국세청장이 업종별로 조사한 사업효율을 적용하여 계산하는 방법 3. 국세청장이 사업별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율을 적용하여 계산한 생산량에 당해 사업연도중에 매출된 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법 4. 국세청장 또는 지방국세청장이 업종별로 정한 다음에 게기하는 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법 (가) 원단위투입량 (나) 비용의 관계비율 (다) 상품 회전율 (라) 매매총이익율」이라고 규정하고 있다. (2) 한편, 부가가치세법 제69조 (추계경정방법) 제1항은 「추계경정은 다음 각호에 게기하는 방법중 가장 적당하다고 인정되는 방법에 의한다. 1. 기장이 정당하다고 인정되고 신고가 성실하여 법 제21조 제1항의 규정에 의한 경정을 받지 아니한 동일업황의 다른 동업자와의 권형에 의하여 계산하는 방법 2. 국세청장이 업종별로 투입원재료에 대하여 조사한 생산수율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산한 생산량에 그 과세기간중에 공급한 수량의 시가를 적용하여 계산하는 방법 3. 국세청장이 업종별로 생산성에 대하여 조사한 영업효율이 있는 때에는 이를 적용하여 계산하는 방법 4. 국세청장 또는 소관지방국세청장이 업종별로 정한 다음의 기준중의 하나에 의하여 계산하는 방법 가. 원단위투입량 나. 비용의 관계비율 다. 상품회전율 라. 매매총이익율 마. 부가가치율 5. 추계경정대상사업자에 대하여 제2호 내지 제4호의 비율을 산정할 수 있는 경우에는 이를 적용하여 계산하는 방법 6. 주로 최종소비자를 대상으로 거래하는 음식 및 숙박업과 서비스업에 대하여는 국세청장이 정하는 입회조사기준에 의하여 계산하는 방법」이라고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 이 건 관련 처분청의 부과처분과 청구법인의 불복청구경위 및 그에 따른 당심의 본안심리대상 처분 또는 심리가능 여부를 살펴보면, (가) 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사결과 95.12.16 동 법인에게 당초 처분을 하였고 이에 불복하여 동 법인이 96.2.13 동 처분에 대한 이의 신청을 제기하였으며 그에 대한 96.3.22 재조사결정이 난 후, 청구법인은 당초처분을 대상으로 96.5.20 심사청구를 제기하였고 이에 대한 심사결정(기각)이 내려진 뒤 96.7.17 처분청이 동 법인에게 증액경정처분을 결정고지하였으며, (나) 청구법인은 당초 처분을 대상으로 96.9.10 심판청구를 제기하였고 이와 별도로 96.9.10 증액경정처분에 대한 심사청구를 제기하고 96.11.8 그에 대한 결정(기각)이 난 뒤 달리 심판청구는 제기하지 아니하고 97.4.16 당초처분에 대한 심판청구에 청구취지를 추가(청구확장)하였다. (다) 이 건의 경우 다수의 판례 및 선결정례가 인정하는 흡수설에 의하면, 처분청이 과세처분을 한 뒤에 과세표준과 세액에 오류 또는 탈루가 있음을 발견하여 이를 경정하는 처분을 하는 경우 그것이 증액경정인 때에는 처음의 과세처분에서 결정한 과세표준과 세액을 그OO 두고 증액부분만을 결정하는 것이 아니라 처음의 과세처분과 세액을 포함하여 전체로서 증액된 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로, 증액경정처분이 되면 당초 처분은 흡수되어 독립된 존재가치를 상실하여 당연히 소멸하는 것으로 보아야 하므로 증액경정처분에 대하여 별도로 전심절차를 거쳐야 하는 것이 원칙이나(대법원 95누 7758, 95.11.10 같은 뜻임), 이 건에서와 같이 청구법인이 당초 과세처분에 대하여만 심판청구를 제기하고 증액경정처분에 대하여는 심사청구결정을 받은 후 청구기한 내에 심판청구를 제기하지 아니하였더라도 당초 처분과 증액경정처분의 위법사유가 공통된 경우 당초 처분에 대하여 적법한 전심절차를 거친 이상 같은 사유로 전심절차를 거치게 하는 것은 납세의무자에게 이중부담을 강요하게 되어 가혹한 것이므로, 납세의무자는 증액경정처분에 대하여 심리중인 당초 처분에 청구취지를 변경하여 불복할 수 있다고 보아야 할 것이다.(대법원 90누 1892, 90.8.28외 다수 같은 뜻임) (라) 따라서, 청구법인이 97.4.16 당심판소에서 심리중인 당초 처분에 청구취지를 추가·보완(청구확장)한 사실이 확인되므로 이 건의 증액경정처분도 당초 처분과 함께 본안심리함이 타당하다고 판단된다. (2) 처분청의 당초 처분과 증액경정처분에 의한 청구법인의 93, 94사업연도 수입금액 추계방법을 살펴보면, (가) 처분청은 청구법인의 93, 94사업연도 법인세 조사과정에서 청구법인이 실제 운송수입금액일지와는 별도로 허위로 작성한 운송수입금액일지를 비치하고 동 허위로 작성한 운송수입금액일지에 의거 수입금액을 계산하여 법인세 및 부가가치세를 신고한 사실과 실제 운송수입금액일지는 폐기처분한 사실을 조사하여 동 사실을 청구법인의 대표이사 OOO으로부터 확인받고, 청구법인의 연료(LPG) 구입처인 OO에너지프라자(주) OO충전소(경기도 의정부시 OO동 OOOOO)로부터 93.1.1-94.12.31. 기간동안 청구법인에게 판매한 택시연료 판매수량을 조사하여 [연간 연료매입량÷20ℓ(차량1회 운행시의 차량별연료소비량)×차량별 1회운행 사납금] 의 방법에 의하여 각 사업연도별 수입금액을 추계하였고, (나) 증액경정처분시에는 동 법인의 95.6.1～95.6.28 기간중의 가스충전권발행매수와 같은 기간 실질장부상에 기재된 차량운행횟수가 각 1,165회로 일치하는 점에 착안하여 동 충전권발행매수를 조사대상기간중의 동 법인 소유차량들의 차량운행횟수로 파악하고 보조기사 입금공제액을 제외하여 [가스충전권발행매수 × 차량별 1회운행사납금 - 입금공제액(보조기사의 운행횟수 × 10,000원)] 의 방법에 의하여 동 법인의 93, 94사업연도 수입금액을 추계결정하였고, 각 추계방법에 대응하는 총손금은 장부 및 증빙에 의거 실지조사하여 각 사업연도 동 법인의 소득금액을 계산하여 이 건 법인세 및 부가가치세를 결정·증액경정한 사실이 확인된다. (3) 청구법인은 연간 가스충전권 발행매수를 기준으로 수입금액을 추계결정한 처분이 부당하다고 주장하나, 청구법인이 실제 운송수입금액일지와는 별도의 허위 운송수입금액일지를 보관하고 동 허위로 작성한 운송수입금액일지에 의거 수입금액을 계산하여 법인세 및 부가가치세를 신고하고 실제 운송수입금액일지는 폐기처분한 것은 법인세법시행령 제93조 제1항에서 규정하는 장부 또는 증빙서류가 없거나 그 중요한 부분이 미비 또는 허위인 경우로 수입금액을 추계결정할 수 있는 경우에 해당되며, 기사들의 교육시, 자동차 검사시 등의 경우에 가스티켓을 추가로 지급함으로써 수입금액과는 무관하게 매입·소비하였다고 주장하는 연료와 관련하여서는 OOO 등 17명의 확인서(소견서)만을 제출하였을 뿐 청구법인 주장사실을 확인할 수 있는 구체적인 증거자료(수입금액과는 무관하게 사용·소비한 연료수량, 금액 등을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료)는 전혀 제출하지 못하고 있고, 또한 차량고장이나 기사부족으로 인한 운휴시의 입금공제액을 확인할 수 있는 증거자료도 제출하지 못하고 있으므로 연간 가스충전권 발행매수을 기준으로 수입금액을 추계하여 법인세 등을 부과한 과세처분은 타당하다고 판단된다. (4) 한편, 청구법인의 당초 처분과 관련한 이의신청에 대한 처분청의 재조사결정에 따라 이를 실시한 결과 동 법인에게 추가고지된 부분의 불이익변경금지원칙에 위배여부를 살펴보면, (가) 국세기본법 통칙 7-1-17...55에 의하면 불이익변경금지원칙은 명문규정이 있는 심판청구뿐만 아니라 심판청구 및 이의신청 단계에도 원칙적으로 적용되나 이 건의 경우 이의신청에 대한 재조사결정에 따라서 증액경정처분이 이루어졌다 하더라도 그 이의신청의 주문에서 재조사하라고 결정한 주문자체가 청구법인에게 불이익한 것은 아니라 할 것이다. (나) 또한, 처분청은 당초 처분에 불복한 이의신청에 대하여 재조사 결정을 한 후에도 납세자가 신고한 과세표준과 세액의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 국세기본법 제26조의 2 제1항 제3호에 규정된 국세부과제척기간이 경과되기 전까지는 언제든지 이를 경정결정할 수 있다 할 것이므로(대법원 92누 893, 92.7.14 같은 뜻임), 이에 따라 과세한 이 건 증액경정처분은 위법한 처분으로 볼 수 없다고 판단된다. 라. 결 론 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.