이유
1. 처분개요 가. OOO주식회사는 2001.3.27. 금융산업 구조조정 방안의 일환으로 OOO공적자금을 투입한 5개 금융기관인 청구법인, OOO지배 또는 경영관리 등의 목적으로 설립되었고, 2014.11.1. 청구법인에 합병되었으며, 2013사업연도에 100% 지분을 보유한 주식회사 OOO등의 자회사를 연결자법인으로 하여 연결납세에 따른 법인세를 신고·납부하였다. 나. 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)은 1997년경 「금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사(현 OOO)의 설립에 관한 법률」(이하 “자산관리공사법”이라 한다)에 따라 설립된 부실채권정리기금에 OOO출연금(이하 “쟁점출연금”이라 한다)을 납입하고, 회계상 유가증권으로 계상하였다. 다. 이후 쟁점법인은 금융감독원 권고에 따라 2000사업연도에 쟁점출연금 전액을 감액하면서 감액손실로 회계처리하였고, 이에 대해 별도의 세무조정 없이 각 사업연도 법인세를 신고하였으며, 2007사업연도 중 쟁점출연금의 감액손실 사유가 해소됨에 따라 쟁점출연금을 자산에 계상하면서 감액손실 환입으로 회계처리하였고, 익금불산입(기타)으로 세무조정하여 각 사업연도 법인세를 신고하였다. 한편 쟁점법인은 2008∼2013사업연도 중 부실채권정리기금으로부터 쟁점출연금에 대한 분배금을 지급받고, 익금에 포함하여 각사업연도 법인세를 신고하였고, 2012.11.22. 부실채권정리기금의 운용기간이 종료됨에 따라 2013.2.22. OOO‘잔여재산 반환을 위한 약정’을 체결하였다. 라. 청구법인은 2019.4.29. 2013사업연도에 쟁점출연금에 대한 잔여재산 가액 확정 및 분배가 완료되었으므로 쟁점출연금이 세무상 정당한 손금귀속시기인 2013사업연도의 손금으로 인정되어야 한다며 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2019.7.4. 쟁점출연금은 2000사업연도에 기 손금에 산입되었으므로 그 이후에 손금에 산입할 수 없다고 보아 경정청구를 거부하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2019.9.27. 이의신청을 거쳐 2020.2.21. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점법인이 1997년 부실채권정리기금에 납입한 쟁점출연금은 잔여재산 분배가 완료된 2013사업연도의 손금에 해당하므로 처분청이 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. (1) 「법인세법」 제16조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제13조 제2호에서 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액은 “잔여재산의 가액이 확정된 날”을 그 소득의 귀속시기로 규정하고 있는바, OOO2013년 2월 체결한 “부실채권정리기금 잔여재산 반환약정서”에 따라 잔여재산 배분을 완료하였고, 부실채권정리기금의 청산소득을 확정신고 완료하였으므로 쟁점출연금은 기금의 운용이 종료되고 잔여재산분배가 확정된 날이 속하는 사업연도인 2013사업연도의 손금에 해당한다. (2) 쟁점법인을 포함한 금융기관들은 부실채권정리기금에 출연금을 납입하는 시점에 쟁점출연금이 손금으로 인정받을 수 있는지 여부 및 그 손금귀속시기가 불분명하여 이에 대해 과세관청에 해석을 요청하였고, 이에 대해 과세관청은 쟁점출연금의 납입시점이 아닌 잔여재산 반환이 확정된 사업연도의 손금에 해당하는 것이라는 공적인 견해표시를 하였으며(법인46012-733, 1998.3.25.), 최근 과세기준자문 회신 사례에서도 동일한 내용으로 공적인 견해표시를 하였는바(법령해석과-1400, 2018.5.24.), 이러한 과세관청의 해석을 신뢰하여 처리한 납세자의 행위는 당연히 보호되어야 한다. (3) 국세부과제척기간이 만료된 사업연도의 세무조정 오류가 「법인세법」상 원칙적인 손금 귀속시기에 해당하는 사업연도의 세무조정에 영향을 주지 않는다. (가) 쟁점법인은 2000사업연도에 쟁점출연금 전액을 감액손실로 회계처리하였고, 해당 감액손실에 대해 손금불산입 세무조정을 누락하여 각사업연도소득을 과소신고하였으나, 2000사업연도의 부과제척기간이 만료되어 현시점에서 쟁점법인이 수정신고 등을 통해 바로 잡을 수 없는 상황이다. (나) 과세관청의 유권해석(서면2팀-871, 2008.5.8.)에 의하면, “금융기관이 자산관리공사법 제39조 에 따라 부실채권정리기금에 출연금을 출연한 이후 당해 기금에서 손실이 발생하여 출연금 손상차손으로 회계처리하였으나, 이를 손금불산입으로 세무조정하지 아니하고 법인세 과세표준 신고를 한 경우로서 이에 대한 부과제척기간이 만료된 후, 부과제척기간이 만료되지 아니한 그 이후 사업연도에 기금의 순자산가액 회복으로 당해 출연금 손상차손을 환입처리한 경우, 당해 손상차손 환입액은 「법인세법」 제18조 제1호의 규정에 의하여 익금에 산입하지 아니하는 것임”으로 해석한바 있다. (다) 즉 부실채권정리기금 감액손실에 대한 손금불산입 세무조정을 누락하였음에도 불구하고, 부과제척기간이 만료된 경우, 이에 대해서는 별도의 처리를 할 수 없으나, 부과제척기간 내의 사업연도의 과세소득에 대해서는 세법에 따라 적절히 계상하여야 한다는 것으로 이는 결국 부과제척기간이 만료된 사업연도의 세무조정의 오류가 해당 항목의 「법인세법」상 원칙적인 손금귀속시기에 해당하는 부과제척기간 내 사업연도의 세무조정에 영향을 주지 않는다는 것을 의미한다. (라) 관련 심판례(조심 2008서951, 2009.12.30. 등)에서도 부과제척기간이 이미 경과한 사업연도분의 오류가 존재함에도 불구하고 신고한 손익은 그대로 두고, 부과제척기간이 경과하지 아니한 사업연도는 「법인세법」이 규정하는 바에 따라 재계산된(오류가 없는) 손익을 당해 사업연도의 손익으로 보는 것이 「국세기본법」에서 부과제척기간을 둔 취지에 비추어 합리적이라고 결정하였다. (4) 쟁점법인의 과거 세무조정 누락은 조세회피의 의도가 없는 단순한 세무조정 오류에 해당하고, 쟁점법인은 2000사업연도에 거액의 결손이 발생하여 이후 사업연도의 법인세 신고시에 전액 사용되지 못하고 5년이 경과되어 이월결손금이 소멸되었으므로 2000사업연도에 인식한 쟁점출연금을 손금산입한다 하더라도 2000사업연도와 그 이후 사업연도의 법인세 과세표준 및 산출세액은 변동이 없으며, 단지 2000사업연도부터 2014사업연도까지의 이월결손금 잔액만이 변동됨을 알 수 있다. 결손이 계속해서 발생하고 향후 동 결손금의 사용가능 여부도 불확실한 상황에서 쟁점법인이 손금불산입 세무조정을 누락한 것을 조세회피의 의도가 있다고 보기는 어려울 것이다. (5) 최근 조세심판원 선결정례와 대상법인의 사실관계는 일부 차이가 존재하므로 이 건 심판청구에서 적용할 수 없다. 최근 조세심판원 선결정례(조심 2018서4156, 2019.1.28.)에서 OO은행은 대상법인과 달리 2013사업연도에 부실채권정리기금의 청산시 세무조정계산서상 손금 추인할 유보가 존재하지 아니하여 손금산입하면서 기타로 소득처분하여야 한다고 주장하였으나, 쟁점법인은 분배금 전액을 세무상 배당수익으로 간주하여 출연금의 회계 및 세무상 장부가액 차이를 익금산입하여 유보로 소득처분하고, 최종 잔여재산가액이 분배되는 사업연도에 손금 추인하고자 하였다. 쟁점출연금의 유보는 2009∼2010사업연도 분배금 수령 및 한국채택국제회계기준을 적용하면서 회계상 감액한 유가증권에 대해 세무상 장부가액을 그 평가하기 전의 가액으로 조정함에 따라 발생된 유보로서 2000사업연도의 감액손실 회계처리 및 2007사업연도의 감액손실환입 회계처리와는 전혀 무관한 것이므로 부실채권정리기금의 청산시점인 2013사업연도의 손금으로 유보를 추인하는 것이 타당하다. 나. 처분청 의견 쟁점법인은 2000사업연도에 쟁점출연금을 회계상 손실계상하였음에도 손금불산입 세무조정을 누락하였기 때문에 이를 2013사업연도에 손금으로 산입하면 이중으로 손금처리되므로 청구법인의 경정청구를 거부한 당초 처분은 정당하다. (1) 쟁점출연금의 손금귀속시기는 기금의 운용기간이 종료되고, 잔여재산분배가 완료된 2013사업연도이나, 쟁점출연금을 감액손실로 계상한 2000사업연도 및 순자산가액을 회복하여 환입처리한 2007사업연도 세무조정도 함께 고려하여야 한다. (가) 쟁점법인은 2000사업연도에 쟁점출연금의 감액사유가 발생하자 쟁점출연금 전액을 감액하여 비용으로 회계처리하였으나, 손금불산입 세무조정을 하지 않았고, 2007사업연도에 순자산가액이 회복하자 출연금 전액을 감액손실환입으로 회계처리하고 익금불산입하여 기타로 소득처분하였다. (나) 위와 같이 쟁점법인이 2000사업연도에 손금불산입 세무조정을 누락하였기 때문에 이를 2013사업연도에 손금으로 산입하면 이중으로 손금처리되므로 이를 거부한 당초 거분은 정당하다. (2) 최근 심판결정례(조심 2018서4156, 2019.1.28.)와 쟁점법인이 사안이 다르다는 주장은 쟁점과 관련이 없는 주장일 뿐만 아니라 근거 없는 주장에 불과하다. (가) 쟁점법인이 손금을 추인하고자 하는 유보는 2009∼2010사업연도의 분배금 수령액 및 한국채택국제회계기준을 적용하면서 회계상 감액한 유가증권에 대하여 「법인세법」 제42조 제1항에 따라 그 자산의 세무상 장부가액을 그 평가전의 가액으로 조정함에 따라 발생된 세무상 유보라고 주장하나, 이와 관련한 증빙을 제출한 바가 없어 사실관계에 부합하는지 확인할 수 없다. (나) 법인이 자본금과적립금조정명세서(을)표상 관리하는 특정 유보잔액은 추인될 사유가 발생한 사업연도에 △유보로 추인되어 없어지는 것이지 청구법인의 주장과 같이 유보잔액이 발생한 사업연도에 법인의 의도나 목적에 따라 관련된 유보잔액이 추인되는 것이 아니다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점출연금을 2013사업연도의 손금에 산입할 수 있는지 여부 나. 관련 법령 (1) 법인세법 제16조【배당금 또는 분배금의 의제】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 금액은 법인으로부터 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 금액으로 보고 이 법을 적용한다. 4. 해산한 법인의 주주 등(법인으로 보는 단체의 구성원을 포함한다)이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로서 취득하는 금전과 그 밖의 재산의 가액이 그 주식 등을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액 제18조【평가이익 등의 익금불산입】다음 각 호의 수익은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니한다. 6. 무상(無償)으로 받은 자산의 가액과 채무의 면제 또는 소멸로 인한 부채(負債)의 감소액 중 대통령령으로 정하는 이월결손금을 보전하는 데에 충당한 금액 제40조【손익의 귀속사업연도】① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다. (2) 법인세법 시행령 제13조【배당 또는 분배의제의 시기】법 제16조 제1항의 규정에 의한 이익을 배당받았거나 잉여금을 분배받은 날은 다음 각 호의 날로 한다. 2. 법 제16조 제1항 제4호의 경우에는 당해 법인의 잔여재산의 가액이 확정된 날 제18조【이월결손금】① 법 제18조 제6호에서 "대통령령으로 정하는 이월결손금"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 1. 법 제14조 제2항에 따른 결손금(법 제44조의3 제2항 및 제46조의3 제2항에 따라 승계받은 결손금은 제외한다)으로서 법 제13조 제1호에 따라 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액 (3) 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률(1997.8.22. 법률 제5371호로 제정된 것) 제38조【부실채권정리기금의 설치】금융기관이 보유하고 있는 부실채권등의 효율적인 정리를 위하여 공사에 부실채권정리기금(이하 "기금"이라 한다)을 둔다. 제39조【기금의 조성】① 기금은 다음 각호의 재원으로 조성한다. 1. 금융기관의 출연금 2. 공사로부터의 전입금 3. 부실채권정리기금채권의 발행으로 조성한 자금 4. 한국은행으로부터의 차입금 5. 제4호외의 자로부터의 차입금 6. 기금운용수익 및 그 밖의 수입금 ② 금융기관은 제1항 제1호의 규정에 의한 출손금을 기금에 출연하여야 한다. ③ 제1항 제4호의 규정에 의하여 기금이 한국은행으로부터 자금을 차입하는 경우에 기금은 「한국은행법」제85조 의 규정에 의한 정부대행기관으로 지정된 것으로 본다. ④ 제2항의 규정에 의한 금융기관의 출연금은 금융기관의 부실채권보유비율등을 감안하여 금융기관별로 정하되, 출연금의 산정방법과 출연시기 및 방법등 출연금의 출연에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ＜부칙, 1997.8.22. 법률 제5371호＞ 제1조【시행일】이 법은 공포 후 3월이 경과한 날부터 시행한다. 제2조【기금의 운용기간 등】③ 제1항의 규정에 의한 기금의 운용기간이 종료된 후 채권 및 차입금의 원리금 상환과 인수자산의 정리 등이 완료된 때에는 기금의 잔여재산을 제39조 제1항 제1호 및 제2호의 규정에 의한 출연비율 등을 감안한 처리기준에 따라 당해 기관에 반환하여야 한다. (4) 금융기관부실자산 등의 효율적 처리 및 성업공사의 설립에 관한 법률 시행령(1997.11.19. 대통령령 제15511호로 제정된 것) 제22조【출연금의 산정방법 등】① 법 제39조 제4항의 규정에 의한 금융기관별 출연금은 금융기관별로 당해 금융기관의 납입자본금의 100분의 30의 범위 안에서 부실채권 보유비율 등을 기준으로 하여 산정한다. 이 경우 제9조 제1항 단서의 규정을 준용한다. ② 제1항의 규정에 의한 출연금은 이를 현금으로 납입하여야 한다. ③ 출연금의 구체적인 산정기준 및 납입시기는 위원회가 정한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점법인이 쟁점출연금을 부실채권정리기금에 출연하여 잔여재산 분배를 받고, 회계처리 및 세무조정한 내용은 다음과 같다. (가) 쟁점법인은 자산관리공사법에 따라 설립된 ‘부실채권정리기금’에 1997년 OOO백만원(금융기관별 출연비율 0.88%)의 출연금을 납입하였다. (나) 청구법인은 2000사업연도 중 당시 금융감독원이 은행권에 출연금의 감액을 권고함에 따라 쟁점출연금 전액을 ＜표1＞과 같이 회계처리 및 세무조정하였다. ＜표1＞ 출연금 평가손실 발생에 따른 회계처리 및 세무조정 (단위 : 백만원) (다) 이후 2007사업연도 중 부실채권정리기금의 순자산가액 회복으로 쟁점출연금의 감액손실 사유가 해소됨에 따라 쟁점법인은 쟁점 출연금을 ＜표2＞와 같이 회계처리 및 세무조정하였다. ＜표2＞ 순자산가액 회복에 따른 회계처리 및 세무조정 (단위 : 백만원) (라) 쟁점법인은 2007사업연도 세무조정의 타당성과 관련하여 과세관청의 유권해석(서면2팀-871, 2008.5.8.)을 제출하였다. (마) 부실채권정리기금은 쟁점법인에게 ＜표3＞과 같이 2008년 12월 추정 잔여재산 중 일부를 최초로 반환하고, 이후 2013년까지 수차례에 걸쳐 잔여재산을 반환하였으며, 쟁점법인은 해당 분배금을 각 사업연도 소득금액(익금)에 포함하여 법인세 신고를 하였다. ＜표3＞ 분배금 수령에 따른 회계처리 및 세무조정 (단위 : 백만원) ※ 배당금 수익 또는 처분이익으로 회계처리하였고, 일부 쟁점출연금의 반환으로 회계처리한 것은 익금산입하여 유보로 소득처분함 (2) 청구법인의 경정청구 및 처분청의 거부처분에 대한 내용은 다음과 같다. (가) 청구법인은 2019.4.29. 2013년에 쟁점출연금에 대한 잔여재산 가액 확정 및 배분이 완료되었으므로 쟁점출연금은 세무상 정당한 손금귀속시기인 2013사업연도에 손금으로 인정되어야 한다며 경정청구를 제기하였다. (나) 쟁점출연금의 귀속시기에 관해 제출한 유권해석(법인46012-733, 1998.3.25., 법령해석과-1400, 2018.5.24.)은 아래와 같고, 쟁점출연금의 손금 귀속시기가 2013사업연도라는 점에 대한 다툼은 없다. (다) 청구법인은 2000사업연도에 손금불산입 세무조정을 하였어도 이월결손금이 5년이 경과하여 소멸되었을 것이라고 주장하나, 결손금의 발생 및 소멸여부를 확인할 수 있는 자료는 제출하지 아니하였다. (라) 처분청은 2019.7.4. 쟁점출연금은 2000사업연도에 감액손실에 대한 세무조정을 누락하였기 때문에 이를 2013사업연도에 손금으로 산입하면 ＜표4＞와 같이 이중으로 손금처리가 된다며 경정청구를 거부하였고, 아래 법령해석과의 해석내용(법령해석과-1400, 2018.5.24.)을 제시하였다. ＜표4＞ 처분청이 제시한 이중손금 내역 (단위 : 백만원) (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점출연금의 잔여재산 분배가 완료된 2013사업연도에 손금에 산입해야 한다고 주장하나, 쟁점법인의 당초 결손금 발생 및 소멸시기에 대한 자료를 제출하지 아니하여 2000사업연도 세무조정 오류로 인해 당해 사업연도 결손금에 반영된다 하더라도 기존 결손금으로 인해 이후 사업연도에 이월결손금 공제가 불가능하였는지 여부가 확인되지 아니하는 점, 해당 결손금은 향후 자산수증이익이나 채무면제이익이 발생할 경우 일반적인 공제기한의 제한 없이 이를 상계할 수 있는 점, 청구법인이 세무조정 오류로 위와 같은 세무상의 제반이익을 향유하였음에도 부과제척기간 경과로 인하여 원천적으로 당초 세무조정 오류를 시정하지 못하면서 다시 쟁점출연금의 손익귀속시기에 따른 세무상 손금을 주장하는 것은 신의칙에 반한다고 볼 수도 있는 점, 처분청이 제시한 우리 원의 선결정례와 이 건은 출연금 납입 후 분배금을 수령한 것에 대한 회계처리 및 세무조정이 다를 뿐 그 외 사실관계가 다르지 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다(조심 2019서3372, 2020.4.23., 조심 2018서4156, 2019.1.28., 같은 뜻임). 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.