이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1999.12.29. ○○도 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지에 전자상거래 및 인터넷서비스업 등을 목적으로 법인설립등기를 하고 2002.8.23. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지로 전입한 후 2002.9.19. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 대지 701㎡, 같은 곳 대지 56㎡와 건축물 625.44㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득한 다음 소유권 이전등기를 하기 위하여 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내의 부동산 등기로 보아 그 취득가액(14,000,000,000원)에 지방세법 제138조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 등록세 126,000,000원, 지방교육세 25,200,000원, 합계 151,200,000 원을 2002.9.19. 신고납부함에 따라 이를 수납하여 징수 결정하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 이 사건 부동산을 2002.9.19. 취득하고 2002.9.27. 이 사건 부동산에 대한 건축주 명의변경을 받아 2002.11.5. 착공신고를 한 후 2002.11.29. 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 경료한 다음 2002.12.6. 처분청에 주택건설사업자등록신청서를 제출하여 2002.12.23. 주택건설사업자등록증을 교부 받아 현재 2층 골조공사를 하고 있으므로, 이 사건 부동산 취득 당시 주택건설촉진법 제6조 규정에 의한 주택건설사업자로 등록하지 아니하였다 하더라도 지방세법시행령 제101조 제1항제5호에서 주택건설용토지에 대한 유예기간을 3년으로 규정하고 있음으로 3년 이내에 주택건설사업자로 등록하는 경우에는 이 사건 부동산 등기일로 소급하여 등록세 중과대상에서 제외되는 주택건설사업자라 할 것인 데도 이 사건 부동산등기일 현재 주택건설사업자로 등록하지 아니하였다는 이유로 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내의 부동산 등기로 보아 중과세율을 적용한 등록세 등을 수납하여 징수한 것은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 청구인이 이 사건 부동산등기 당시 등록세 중과세 제외업종인 주택건설사업자에 해당되는 지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제138조 제1항에서 다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 100분의 300으로 하되 다만, 수도권정비계획법 제6조 제1항제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(공업배치및공장설립에관한법률의 적용을 받는 산업단지를 제외한다. 이하 이 조에서 대도시 라 한다)안에 설치가 불가피 하다고 인정되는 업종으로서 대통령령이 정하는 업종에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정한 다음 그 제3호에서 대도시내에서의 법인의 설립과 지점 또는 분사무소의 설치 및 대도시내로의 법인의 본점·주사무소·지점 또는 분사무소의 전입에 따른 부동산등기와 그 설립·설치·전입 이후의 부동산 등기라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제101조 제1항에서 법 제138조제1항 단서에서 대통령령이 정하는 업종 이라 함은 다음 각호에 해당하는 업종을 말한다고 규정하고 그 제5호에서 해외건설촉진법의 규정에 의하여 신고된 해외건설업(...중 략...) 및 주택건설촉진법 제6조 의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업(주택건설용으로 취득 등기하는 부동산에 한하며, 부동산을 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우에 한한다)을 규정하고 있으며, 같은 조 제2항에서 제1항의 규정에 의한 업종을 영위하는 자가 당해 업종에 사용하기 위하여 취득한 재산을 그 등기 또는 등록일로부터 정당한 사유 없이 1년(제1항 제5호의 규정에 의한 주택건설사업의 경우는 3년)이 경과할 때까지 당해 업종에 직접 사용하지 아니하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우와 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 업종에 사용 또는 겸용하는 경우에 그 해당부분에 대하여는 법 제138조제1항 본문의 규정을 적용한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 전자상거래 및 인터넷서비스업 등을 목적사업으로 1999.12.29. 설립되어 2002.8.23. ○○시로 전입한 법인으로서 2002.9.19. 이 사건 부동산을 취득한 다음 소유권 이전등기를 하기 위하여 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립 후 5년 이내의 부동산 등기에 해당되는 것으로 보아 등록세 등을 2002.9.19. 신고납부함에 따라 처분청은 이를 수납하여 징수 결정하였으며, 그 후 청구인은 이 사건 부동산에 대한 소유권 이전등기를 2002.11.29. 완료하고 2002.12.6. 처분청에 주택건설사업자등록신청서를 제출하여 2002.12.23. 주택건설사업자등록증을 교부 받아 현재 이 사건 부동산에 2층 골조공사를 하고 있는 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산 취득 당시 주택건설촉진법 제6조 규정에 의한 주택건설사업자로 등록하지 아니하였다 하더라도 주택건설용토지에 대한 유예기간 3년 이내에 주택건설사업자로 등록하는 경우에는 등록세 중과대상에서 제외되어야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제138조 , 같은법시행령 제101조 제1항 제5호가 대도시내에서의 인구집중이나 공해를 방지하기 위하여 대도시내의 법인설립, 부동산취득 등을 억제하기 위한 조세정책적인 이유에서 일정한 경우 등록세를 중과하면서 그 예외의 하나로 주택건설촉진법 제6조 소정의 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에 대하여 그 등록세의 중과를 배제하도록 규정하고 있는 바, 그 예외의 취지는 일정한 자격요건을 갖추고 연간 일정한 호수 이상의 주택건설실적이 있는 자에 대하여 건설교통부에 등록을 하게 한 다음 그 등록된 주택건설사업자로 하여금 주택의 건설기준이나 규모, 주택의 공급조건, 방법 및 절차에 관하여 엄격한 기준을 설정하여 이를 준수하게 하는 등의 규제를 함과 아울러 주택건설을 촉진함으로서 대도시내의 주택이 없는 국민의 주거생활의 안정을 도모하고 그 주거수준의 향상을 기하는데 있는 것으로서 건설교통부에 등록된 주택건설사업자에게 등록세 중과를 배제하도록 규정한 위 시행령 규정이 합리적인 이유 없이 미등록건설업자를 차별대우하여 헌법 제11조 에 위반하였다고 볼 수 없는 것(같은 취지의 대법원 판결 1992.11.10. 91누10077)으로서, 지방세법 제138조 제1항 및 같은법시행령 제101조 제1항제5호에서 주택건설촉진법 제6조 의 규정에 의하여 건설교통부에 등록된 주택건설사업에 대하여 등록세 중과를 배제하도록 규정하면서 주택건설용으로 취득한 부동산에 한하여 취득한 후 3년 이내에 주택건설에 착공하는 경우로 한정하고 있고, 청구인의 경우와 같이 이 사건 부동산에 대한 소유권이전등기일 현재 주택건설촉진법 제6조 규정에 의한 주택건설사업자로 등록하지 아니한 채 소유권이전등기를 한 경우에는 등록세 중과대상에서 제외되는 주택건설사업자로 볼 수 없다 할 것(같은 취지의 행정자치부 심사결정 2002.12.23. 제2002-397호)이므로, 처분청에서 이 사건 부동산등기를 대도시내에서 법인설립(전입) 후 5년 이내에 취득한 부동산 등기로 보아 청구인이 신고납부한 등록세 등을 수납징수 결정한 것은 적법하다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2003. 6. 30. 행 정 자 치 부 장 관