이유
1. 사실 및 처분개요 청구인이 82.6.5 상속을 원인으로 하여 취득한 대구광역시 북구 OO동 OOO 외 1필지 소재 전 계 4,611㎡(이하 “쟁점토지”라고 한다)를 93.12.22 대구광역시와 1,115,361,000원에 매매키로 계약을 체결하여 94.2.2 소유권이전등기 경료해주고, 94.3.30 처분청에 자산양도차익예정신고 하면서 양도당시(94.2.2) 시행된 조세감면규제법 제55조(자경농민에 대한 양도소득세 등의 면제) 및 제119조(양도소득세 감면종합한도)의 규정에 의거 8년이상자경농지인 쟁점토지의 양도소득세중 감면한도액 1억원을 공제한 203,341,230원을 납부세액으로 자진 신고한 후 동 세액을 94.3.31(103,341,230원)과 94.5.14(100,000,000원) 분납한 사실이 있다. 그 후 청구인이 94.11.7 처분청에 쟁점토지의 양도소득세는 계약당시(93.12.22)시행된 구 소득세법 제5조 제6호 라목의 규정에 의하여 비과세됨에도 이를 착오 납부하였음을 이유로 위 납부세액의 환급을 요구한 데 대하여 처분청은 94.11.9 (재산46300-984) 쟁점토지의 양도소득세는 그 양도당시(94.2.2)시행된 조세감면규제법에 의거 1억원만이 감면되고 나머지는 과세함이 적법하다는 이유로 청구인의 환급요구를 거부하였다가, 94.12.22 조세감면규제법 제119조가 개정되어 94.1.1～95.12.31까지 양도하는 8년이상 자경농지에 대한 양도소득세 감면종합한도가 당초 1억원에서 전액면제 하는 것으로 소급적용됨에 따라 95.1.20 청구인이 납부한 쟁점토지의 양도소득세 203,341,320원을 전액 환급결정 하면서 그 환급가산금은 “적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일”이라고 규정한 국세기본법 제52조 제5호의 규정을 적용하여 위 조세감면규제법 제119조의 개정시행일이 95.1.1인 것으로 보아 동일자부터 기산하여 계산한 1,647,060원을 환급하였다. 청구인은 위 94.11.9자 환급거부처분에 불복하여 95.1.6 심사청구를 거쳐 95.4.24 심판청구를 하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 소득세법 제27조에 “자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다”라고 규정하고 있는 바, 위 규정은 양도차익 및 과세표준을 계산하기 위한 법률이지 양도물건의 법률적용에 관한 규정은 아니다. 한편 조세감면규제법(93.12.31 개정된 것)부칙 제1조(시행일)에서 “이 법은 ’94.1.1부터 시행한다”라고 규정하고 있고, 제2조(일반적 적용례)에서 “이 법 중 소득세법 및 법인세법에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 개시하는 과세연도분 부터 적용한다”라고 규정하고 있으며, 제7조(양도소득세 등에 관한 적용례) 제1항에서 “이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있는 바, 위와 같이 시행일이 있고, 일반적용례가 있고, 경과규정이 있는 것은「양도」의 법률 적용에 있어서 계약당시의 법률을 적용하라는 것이다. 만일 위와 같이 적용하지 않는다면, 과세의 대상이 될 원인 행위를 한 이후에 세법이 납세자에게 불리하게 개정되고, 과세대상이 완성된 시점이 개정된 시행일 이후에 도래하게 된 경우에는 위의 일반법리에 따른 부칙 제2조를 그대로 적용하게 되면, 납세의무 존부와 그 내용에 관한 납세의무의 신뢰(금반언의 원칙)에 반하게 되므로 이러한 납세의무를 보호하기 위하여 위의 일반법리에 따른 위 부칙 제2조에 대한 예외를 규정할 필요에 의하여 위 부칙 제7조 제1항의 규정을 두게된 것이다. 따라서 쟁점토지의 양도에 대한 법률적용일은 당해 토지의 양도 계약일인 ’93.12.2이고, 계약당시의 법률인 구 소득세법 제5조 제6호 라목의 규정에 의하면 쟁점토지의 양도소득세는 비과세대상이므로 청구인이 착오납부한 세액에 대한 환급가산금은 국세기본법 제52조 제2호의 규정에 의하여 그 실제 납부한 94.3.31(납부액 103,341,320원)과 94.5.14(납부액 100,000,000원)을 가산일로 하여 환급하여야 한다. 나. 국세청장 의견 국세기본법 제52조 제5호의 규정에 의하면 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서 이자기산일은 그 법률의 시행일이라고 규정되어 있고, 조세감면규제법 부칙 제1조 제1항의 감면한도액에 대한 시행일이 95년1월1일로 규정되어 있는 바, 이 건 환급가산금의 기산일은 95년1월1일이 되며 청구인이 주장하는 납부일은 이를 환급가산금의 기산일로 볼 수 없다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점농지(8년이상자경농지)의 양도소득세 환급가산금을 산정함에 있어 당해토지의 양도소득세가 양도계약일 현재 시행된 구 소득세법 제5조 제6호 라목의 규정에 의하여 비과세됨을 전제로 기납부세액을 착오납부한 것으로 보아 그 납부일(94.3.31 및 94.4.14)로 부터 기산함이 타당한지, 아니면 양도일 현재 시행된 조세감면규제법 제55조의 규정에 의하면 감면됨을 전제로 동 조세감면규제법 제119조의 개정시행일(95.1.1)부터 기산함이 타당한지의 여부 나. 관계법령 (1) 국세기본법 제52조(국세환급가산금)에서 “세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음 날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 “국세환급가산금”이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다. 1. 착오납부·이중납부 또는 납부후 그 부과의 취소·경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다. 2.～4. : 생략 5. 적법하게 납부된 후 법률의 개정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 법률의 시행일”이라고 규정하고 있다. (2) 93.12.31 개정으로 삭제된 구 소득세법 제5조 제6호 라목에서 8년 이상 자경한 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 비과세 한다고 규정하고 있다. (3) 94.12.31 신설한 조세감면규제법 제55조(자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제) 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 바에 따라 농지 소재지에 거주하는 거주자”가 8년이상 자경한 농지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있고, 같은법 제119조(양도소득세 감면의 종합한도)에서 “개인이 제55조의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 않는다”고 규정하고 있으며, 같은법 부칙 제7조(양도소득세 등에 관한 적용례) 제1항에서 “이 법 중 양도소득세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다. 한편 94.12.22 개정된 조세감면규제법 제119조(양도소득세 감면의 종합한도) 제2항에서 “제55조의 규정에 의하여 1996년1월1일 이후 양도분에 대하여 감면할 양도소득세액이 과세기간 별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다”고 규정하고 있고 같은법 부칙 제1조(시행일) 제1항에서 “이 법은 1995년1월1일부터 시행한다. 다만, 제61조 제2항 제6호, 제119조 및 별표의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다”고 규정하고 있고 동 부칙 제4조(양도소득세 등에 관한 적용례) 제3항에서 “제119조의 개정규정은 1994년1월1일 이후 양도분부터 적용한다”고 규정하고 있다. (4) 소득세법 제27조 및 같은법시행령 제53조(양도 또는 취득의 시기)제1항 제1호에서 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기는 당해자산의 대금을 청산한 날로 하되 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부등에 기재된 등기접수일로 한다고 규정하고 있다. 다. 부동산 양도소득에 대한 세법규정이 계약일과 양도시기 사이에 개정된 경우, 어느 때의 법령을 적용하여야 하는지 8년자경농지에 해당되는 쟁점토지의 양도소득세 환급가산금의 기산일과 관련하여 청구인은 쟁점토지의 양도소득세를 계약일(93.12.22) 현재 시행된 구 소득세법 제5조 제6호 라목의 규정을 적용하여 비과세하여야 하므로 청구인이 자진납부한 세액은 착오납부한 것이 되므로 국세기본법 제52조 제2호의 규정에 의하여 납부한 날(93.3.3 및 94.5.14)로부터 기산하여야 한다는 주장이고, 처분청은 쟁점토지의 양도소득세는 양도일(94.2.2) 현재 시행된 조세감면규제법 제55조(93.12.31 신설된 것)를 적용하여 감면해야 하는데, 청구인이 자진납부한 양도소득세액을 환급결정하게 된 사유가 동 세액 납부후 95.1.1 조세감면규제법 제119조가 개정(감면종합한도 : 1억원⇒무제한)되어 소급 적용됨에 따른 것이므로 국세기본법 제52조 제5호의 규정에 의하여 위 법령개정시행일인 95.1.1로 부터 기산하여야 한다고 주장한다. 앞서 본바와 같이 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제7조(양도소득세 등에 관한 적용례) 제1항에서 “이 법 중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다”라고 규정하고 있는바, 소득세법 제27조, 같은법시행령 제53조 소정의 취득시기 및 양도시기에 관한 규정이 자산의 양도차익의 계산을 위한 기준시기가 됨은 물론 과세요건 내지 면세요건에 해당하는지 여부를 가리는데 기준시기도 되고 나아가 법령 적용의 기준시기가 됨에 비추어 볼 때(대법원 92누4291, 92.6.26 외 다수 같은 뜻) 위 조세감면규제법 부칙상의 “양도하는 분”의 의미도 그 원인행위인 매매계약의 체결등을 가리키는 것이 아니라 그 양도시기가 도래하여 양도소득의 과세요건이 완성된 것을 가리킨다 할 것이다. 따라서 처분청이 이 건 환급가산금의 기산일을 계산함에 있어 쟁점토지의 양도소득세가 양도일 현재 시행된 조세감면규제법 제55조의 규정에 의하여 감면됨을 전제로 동 법 제119조의 개정시행일인 95.1.1부터 기산함은 적법·타당하다 할 것이어서 이를 다투는 청구인의 주장은 이유없다고 판단된다. 라. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.