이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO신발, 의류, 잡화 등의 제조 및 판매업을 영위하고 있는 법인으로 2015년 제2기∼2017년 제1기 부가가치세 과세기간 동안 OOO(이하 “OOO”라 한다)로부터 공급가액 OOO원의 매입세금계산서를 수취하고, 공급가액 OOO원의 매출세금계산서를 교부하였다(이하 해당 거래를 “쟁점거래”라 하고, 매입·매출세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다). 나. OOO세무서장은 2017.9.6.부터 2017.11.11.까지 OOO에 대한 조세범칙조사를 실시하여 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세(세금계산서불성실 가산세)를 추징하였고, OOO지방검찰청에 「조세범 처벌범」 위반 혐의로 OOO의 대표와 OOO를 고발하였으며, 청구법인의 관할 세무서에 과세자료를 파생하였다. 다. 처분청은 2018.1.23.부터 2018.6.18.까지 청구법인의 2013.7.1.∼2017.6.30. 과세기간에 대한 법인사업자 통합조사(이하 “종전세무조사”라 한다)를 실시한 결과, 쟁점거래가 세금계산서 수수대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 세금계산서불성실 가산세를 적용하여 2018.7.2. 2015년 제2기∼2017년 제1기 부가가치세 합계OOO원을 경정·고지하였으나, 2018.6.27. 조세범칙조사심의위원회는 청구법인 및 청구법인의 대표의 「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대해 무혐의 처분 결정(고발불가)을 하였다. 라. OOO검찰청장은 OOO세무서장이 고발한 OOO에 대하여 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 기소하였고, 이에 대해 OOO지방법원은 2019.11.22. OOO의 대표에 대하여 OOO원의 판결(이하 “관련 형사1심판결”이라 한다)을 선고하였으며, OOO검찰청장은 2019.12.13. 처분청에게 청구법인의 조세탈루 혐의가 발견되었으니 재조사를 통해 고발조치가 필요하다는 내용의 고발조치 의뢰공문을 발송하였다. 마. 처분청은 2019.12.24. 청구법인에게 다음과 같이 세무조사를 실시할 예정이라는 내용의 세무조사 사전통지 및 조세범칙조사 통지를 하고(이하 이 건 세무조사를 “쟁점세무조사”라 하고, 세무조사개시결정을 “쟁점세무조사개시결정”이라 한다), 2019.12.26. 세무조사를 착수하였으나, 청구법인의 납세자권리보호 요청에 따라 2019.12.30.부터 세무조사를 중지하였다가 2020.1.29. 세무조사를 재개하였고, 2020.1.31. 세무조사를 종결한 다음, 같은 날 OOO지방검찰청장에게 청구법인과 청구법인이 대표의 「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대해 고발하였으며, 2020.2.3. 청구법인에게 부과할 부가가치세는 없다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다. 바. 청구법인은 쟁점세무조사개시결정에 불복하여 2020.1.23. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 쟁점세무조사는 종전세무조사와 중복되고, 재조사금지의 예외사유에도 해당하지 않으므로 쟁점세무조사개시결정은 위법한 중복조사를 개시하는 것이어서 취소되어야 한다. (1) 쟁점세무조사개시결정은 납세의무자의 권리·의무에 직접 영향을 미치는 공권력 행사로서 심판청구의 대상인 행정처분에 해당한다. (가) 과세관청의 세무조사결정이 있는 경우, 납세의무자는 개별 세법에 따라 세무공무원의 질문, 장부 등 물건의 조사·제출 명령에 응하여야 하고, 이를 거부하거나 기피하는 경우에는 과태료에 처해지는 등 과세관청의 세무조사결정은 그 자체로서 납세의무자의 구체적인 권리·의무에 직접적인 변동을 초래한다. (나) 이에 대법원은 과세관청이 세무조사에 착수하기 전 단계에서 세무조사결정을 한 것만으로도 이를 항고소송의 대상이 되는 ‘처분’으로 인정하여 중복조사 등으로 인해 납세의무자의 권리침해가 예상되는 경우 사전에 이를 근본적으로 다투어 분쟁을 조기에 해결하도록 하였다(대법원 2011.3.10. 선고 2009두23617 판결). (다) 조세범칙조사는 일반적인 세무조사개시결정의 경우보다 납세의무자의 구체적인 권리·의무에 미치는 영향이 더욱 중대하므로 조사 종료 후 개별 조세범칙처분에 대하여 다투기에 앞서 조세범칙조사 결정 자체에 대하여 다툼으로써 조사대상자의 권리침해를 사전에 예방하고, 분쟁을 조기에 근본적으로 해결해야 할 필요성이 더욱 크게 요청된다. 더욱이 「국세기본법」 제81조의4 규정은 그 대상이 되는 세무조사에 “「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다”고 규정함으로써 조세범칙조사에 대해서도 「국세기본법」에서 정하는 제한이 그대로 적용된다. (라) 세무조사결정을 항고소송의 대상이 되는 처분으로 인정한 대법원 판시의 취지와 조세범칙조사개시결정이 납세자의 권리·의무에 미치는 영향의 직접성·중대성 등에 비추어 보면 위법한 조세범칙조사 개시결정에 대해서는 조세심판청구를 통해 불복할 수 있다고 해석함이 합리적이다. (2) 쟁점세무조사는 조사대상 과세기간 및 세목이 종전세무조사와 중복되고, 재조사금지의 예외사유에도 해당하지 않으므로 재조사금지 원칙에 반하여 위법하다. (가) 쟁점세무조사는 검찰로부터 전달받은 관련 형사1심판결의 내용에 근거하여 착수한 것이므로 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제2호의 재조사를 할 수 있는 예외적인 사유에 해당하지 않는다. 1) 쟁점세무조사는 조사대상 세목(부가가치세) 및 조사대상기간(2015.7.1.∼2017.6.30.)이 중복되므로 「국세기본법」이 원칙적으로 금지하는 재조사에 해당한다. 2) 처분청은 「국세기본법」 제81조의4 제2항 제7호 및 같은 법 시행령 제63조의2 제2호 ‘과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우’로서 재조사가 예외적으로 허용된다는 의견이나, 해당 조항은 종전 ‘각종 과세자료의 처리를 위한 재조사의 요건’을 보다 명확하게 한 것으로서 해당 자료에 ‘최초 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료’ 및 ‘최초 세무조사에서 작성하거나 취득한 과세자료를 토대로 사실관계 인정 여부에 대한 판단만을 달리하여 이루어진 자료’는 포함되지 않는다는 것이 대법원의 확고한 입장이다(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결). 3) 그런데 관련 형사1심판결은 OOO의 자백에 따라 OOO세무서가 OOO을 고발한 내용을 그대로 인정한 것에 불과하다. 위 판결은 종전세무조사에서 조사팀이 이미 확보하여 조사하였던 자료를 토대로 「조세범 처벌법」 위반 혐의 등에 대한 판단만이 이루어졌을 뿐, 새로운 진술이나 자료에 기초한 판단이 이루어지지 않았다. 이러한 내용은 이미 청구법인에 대한 과세사실판단자문위원회 및 조세범칙조사심의위원회 단계에서 모두 고려된 사항일 뿐이다. 4) 따라서 쟁점세무조사는 새로운 진술이나 자료를 기초한 것이 아니라 처분청이 종전세무조사 당시 이미 확보하여 조사하였던 과세자료의 내용과 동일한 사실에 기초하여 생성된 자료, 즉 기존자료의 반복에 불과하므로 그 처리를 위해 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않는다. 5) 최근 법원(OOO법원 2019.1.16. 선고 2018누35713 판결)이 “최초 세무조사에 이미 조사된 자료와는 별개의 자료라고 하더라도 이미 조사된 자료의 내용과 동일한 사실에 기초하여 생성된 자료라면 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 새로 밝혀진 경우에 해당하지 않는다.”고 판시한 것에 비추어 보면 이 건에 대해 재조사를 진행할 사유는 없다. (나) 쟁점세무조사를 통해 추가적인 국세의 부과·징수와 납세관리의 필요성을 인정하기 어려우므로 재조사를 착수할 필요성이 인정되지 않는다. 이 건은 쟁점세금계산서가 사실에 부합하는 지 여부 즉, 질서범이 문제가 될 뿐 조세탈루가 있는 사안이 아니고, 종전세무조사에서도 부가가치세 가산세만 부과되었고, 본세는 부과되지 않았다. 따라서 조세탈루가 문제되지 않는 이 건에 있어 추가적인 ‘국세의 부과·징수나 납세관리의 필요성’을 상정하기 어렵다는 점에서 재조사를 착수할 필요성이 인정되지 않는다. (다) 그 밖에 재조사가 예외적으로 허용되는 다른 사유도 존재하지 않는다. 1) 「국세기본법」 제81조의4 제2항 각 호 및 같은 법 시행령 제63조의2 각 호는 재조사가 허용되는 예외적인 경우를 열거하고 있으나, 이 건은 위 사유 어디에도 해당하지 않는다. 2) 특히 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제4호에서는 “ 「조세범 처벌절차법」제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 명백한 자료가 있는 경우, 다만 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다.”고 규정하고 있는데, 해당 규정은 이 건과 같이 이미 조세범칙조사심의위원회에서 조세범칙처분이 무혐의로 의결된 사안에 대하여 재차 세무조사(조세범칙조사 포함)를 진행할 수 없다는 취지를 분명하게 하기 위하여 입법된 규정이라는 점에서 쟁점세무조사개시결정의 위법성은 명백하다. 나. 처분청 의견 쟁점세무조사는 ‘처분청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우’ 또는 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하므로 재조사를 할 수 있는 예외적인 경우에 해당한다. (1) 쟁점세무조사는 OOO지방검찰청에서 처분청에게 청구법인 및 대표자의 사실과 다른 세금계산서 수수혐의에 대해 고발의뢰를 하여 세무조사개시결정을 하였던 것이다. 「조세범 처벌법」에 따른 범칙행위는 「조세범 처벌법」 제21조 에 의해 세무공무원의 고발이 있어야 검사는 공소를 제기할 수 있다. 쟁점세무조사개시결정은 국세의 부과·징수를 위한 것은 아니나, 청구법인의 조세범칙행위(세금계산서 발급의무 위반 등)를 처벌하기 위한 것인데, 이는 세금계산서 거래질서 확립을 위하여 납세관리의 필요성이 명백히 인정된다 할 것이다. (2) OOO지방검찰청은 사실과 다른 세금계산서 발급혐의에 대한 새로운 진술이나 추가 자료를 발견하여 고발의뢰를 한 것이다. (가) 청구인은 관련 형사1심판결에 대해 ‘이미 조사된 자료의 내용과 동일한 사실에 기초하여 생성된 자료’임을 주장하며 대법원 판결(대법원 2018.6.19. 선고 2016두1240 판결)을 인용하였으나, 행정처분에 대한 적격여부만 판단하는 감사원의 감사와 달리 OOO지방검찰청은 별도의 관련 사건(2018형제58721호) 수사 중에 사실과 다른 세금계산서 발급 혐의에 대한 아래와 같은 추가 자료를 발견하였고, 해당 자료를 고발의뢰 사유에 명시하였다. 1) 해당 고발의뢰 사유는 청구법인 직원 OOO의 진술과 OOO에 대한 관련 형사1심판결이다. 관련 형사1심판결의 판결문에는 처분청의 종전세무조사에 포함되지 않은 증인 OOO의 법정진술이 증거의 요지에 포함되어 있다. 2) OOO은 청구법인(계열사포함)에서 장기간(1995년부터 2016년 12월까지) 근무하였고, 근무 기간 중 청구법인과OOO가 체결한 상표사용계약과 거래를 담당한 책임자로 범칙행위 혐의의 핵심 당사자이며, 범칙행위의 직접적 관련자이므로 그의 진술은 사실판단의 중요자료이다. 청구법인은 증인 OOO의 법정진술이 종전세무조사에 확보된 자료가 아님을 인정하면서 진술에 대해서는 “홈쇼핑 거래를 담당한 청구법인의 직원인 OOO이 재화거래인 상품매매방식으로 세금계산서를 수수한 것이 타당하다는 취지로 진술한 것에 불과하다”고 주장하나, 2018.12.3. OOO이 OOO지방검찰청의 조사시 작성한 신문조서의 내용을 보면, 쟁점거래가 정상거래라는 청구법인의 주장이 사실이 아니라는 OOO의 진의를 쉽게 파악할 수 있다. 3) 따라서 핵심 관련인의 새로운 진술을 증거로 채택한 관련 형사1심판결은 이미 조사된 자료의 내용과 동일한 사실에 기초하여 생성된 자료가 아닌 새로운 진술이나 자료를 기초하여 생성된 자료에 해당한다. (나) 관련 형사1심판결 이후 OOO의 대표 OOO은 ‘1심판결 양형의 과함’과 ‘영리 목적에 대한 해석’에 대해 항고 중으로 항고의 대상이 아닌 쟁점세금계산서 수수에 관한 1심 법원의 판단은 최종 확정이 예상된다. 따라서 청구인의 사실과 다른 세금계산서 수수행위는 형사판결에 의해 인정된 사실에 해당하므로 특별한 사정이 나타나 있지 않은 한 이를 배척할 수 없어 관련 형사1심판결은 ‘조세범칙행위의 혐의를 입증할 수 있는 명백한 자료’에 해당한다. (3) 쟁점세무조사는 「국세기본법 시행령」 제63조의2 제4호의 단서조항이 적용될 여지가 없다. 청구법인은 「국세기본법 시행령」 제63조의2 의 제4호의 단서조항 ‘ 「조세범 처벌절차법」제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다’를 적용하여 재조사를 진행할 수 없다고 주장하나, 단서조항의 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호는 같은 법 제3조(조세포탈)에 해당하는 “조세범칙조사 실시”에 관하여 조세범칙심의위원회가 범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우를 말하는 것이고, 청구법인은 종전세무조사시 조세범칙조사심의위원회가 “조세범칙처분의 결정( 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제2호)”에 따라 무혐의 통지를 한 것이므로 단서조항을 적용할 수 없다. (4) 처분청은 쟁점세무조사 개시부터 종결까지 청구법인에게 직접적인 질문조사권을 행사한 사실이 없고, 청구법인의 권익을 침해한 사실이 없다. 만약 쟁점세무조사개시결정을 위법부당하다고 보아 처분청의 고발과 수사기관의 공소가 불가하여 청구법인에 대한 사법적인 판단이 이루어지지 않을 경우, 거래 일방인 OOO만 형사처벌을 받는 심각한 불공정한 결과를 초래하게 된다. 이는 조세공평의 원칙에 반하는 예외적인 경우에는 재조사를 허용한 재조사 금지의 취지를 거스르는 것이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점세무조사개시결정은 위법한 중복조사를 개시하는 것이어서 취소되어야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다. 다만, 다음 각 호의 처분에 대해서는 그러하지 아니하다. 1. 「조세범 처벌절차법」에 따른 통고처분 2. 「감사원법」에 따라 심사청구를 한 처분이나 그 심사청구에 대한 처분 제81조의4(세무조사권 남용금지) ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사(「조세범 처벌절차법」에 따른 조세범칙조사를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다. ② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다. 1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우 3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우 4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제5항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다) 5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우 6. 제81조의11 제3항에 따른 부분조사를 실시한 후 해당 조사에 포함되지 아니한 부분에 대하여 조사하는 경우 7. 그 밖에 제1호부터 제6호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 (2) 국세기본법 시행령 제63조의2(세무조사를 다시 할 수 있는 경우) 법 제81조의4 제2항 제7호에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 부동산투기, 매점매석, 무자료거래 등 경제질서 교란 등을 통한 세금탈루 혐의가 있는 자에 대하여 일제조사를 하는 경우 2. 과세관청 외의 기관이 직무상 목적을 위해 작성하거나 취득해 과세관청에 제공한 자료의 처리를 위해 조사하는 경우 3. 국세환급금의 결정을 위한 확인조사를 하는 경우 4. 「조세범 처벌절차법」 제2조 제1호에 따른 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우. 다만, 해당 자료에 대하여 「조세범 처벌절차법」 제5조 제1항 제1호에 따라 조세범칙조사심의위원회가 조세범칙조사의 실시에 관한 심의를 한 결과 조세범칙행위의 혐의가 없다고 의결한 경우에는 조세범칙행위의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료로 인정하지 아니한다. (3) 조세범 처벌법 제3조(조세 포탈 등) ① 사기나 그 밖의 부정한 행위로써 조세를 포탈하거나 조세의 환급ㆍ공제를 받은 자는 2년 이하의 징역 또는 포탈세액, 환급ㆍ공제받은 세액(이하 “포탈세액등”이라 한다)의 2배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 3년 이하의 징역 또는 포탈세액등의 3배 이하에 상당하는 벌금에 처한다. 1. 포탈세액등이 3억원 이상이고, 그 포탈세액등이 신고ㆍ납부하여야 할 세액(납세의무자의 신고에 따라 정부가 부과ㆍ징수하는 조세의 경우에는 결정ㆍ고지하여야 할 세액을 말한다)의 100분의 30 이상인 경우 2. 포탈세액등이 5억원 이상인 경우 제21조(고발) 이 법에 따른 범칙행위에 대해서는 국세청장, 지방국세청장 또는 세무서장의 고발이 없으면 검사는 공소를 제기할 수 없다. (4) 조세범 처벌절차법 제5조(조세범칙조사심의위원회) ① 조세범칙사건에 관한 다음 각 호의 사항을 심의하기 위하여 지방국세청에 조세범칙조사심의위원회(이하 “위원회”라 한다)를 둔다. 1. 「조세범 처벌법」 제3조 에 해당하는 조세범칙사건에 대한 조세범칙조사의 실시 2. 제14조 제1항에 따른 조세범칙처분의 결정 제13조(조세범칙처분의 종류) 조세범칙사건에 대한 처분의 종류는 다음 각 호와 같다. 1. 통고처분 2. 고발 3. 무혐의 제14조(조세범칙처분에 대한 위원회 심의) ① 지방국세청장 또는 세무서장은 제7조 제2항에 따라 위원회의 심의를 거치거나 국세청장 또는 관할 지방국세청장의 승인을 받아 조세범칙조사를 실시한 조세범칙사건에 대하여 조세범칙처분을 하려는 경우에는 위원회의 심의를 거쳐야 한다. 다만, 제9조 제1항 제2호의 사유가 있는 경우에는 지방국세청장은 국세청장의 승인을, 세무서장은 관할 지방국세청장의 승인을 받아 위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점세무조사와 관련된 경과내용은 OOO과 같다. (가) 처분청은 2018.1.23.부터 2018.6.18.까지 청구법인의 2013.7.1.∼2017.6.30. 과세기간에 대한 법인사업자 통합조사를 실시하였고, 그 결과 쟁점거래가 세금계산서 수수대상에 해당하지 아니하는 것(상표사용 로열티 거래분만 실거래이고, 나머지는 실물거래 없이 허위로 세금계산서를 수수함)으로 보아 세금계산서불성실 가산세를 적용하여 2018.7.2. 2015년 제2기∼2017년 제1기 부가가치세 합계 OOO원을 경정·고지하였다. (나) 처분청은 종전세무조사 종결 전 쟁점세금계산서 수수행위와 관련하여 청구법인의「조세범 처벌법」 위반 혐의에 대해 조세범칙조사심의위원회에 심의를 요청하였고, 조세범칙조사심의위원회는 2018.6.27. 아래와 같이 범칙혐의에 대한 소명부족 및 확증을 얻을 수 없다는 이유로 무혐의(고발불가) 결정을 하였다. (다) OOO지방검찰청장은 OOO세무서장이 고발한 OOO에 대하여 「조세범 처벌법」 위반 혐의로 기소하였고, 이에 대해 OOO지방법원은 2019.11.22. OOO 대표자에 대하여 징역 1년 6개월 및 벌금 OOO원을 선고하였다. (라) OOO지방검찰청장은 2019.12.13. 처분청에게 청구법인의 조세탈루 혐의가 발견되었으니 재조사를 통해 고발조치가 필요하다는 내용의 고발조치 의뢰공문을 발송하였다. (마) 처분청은 2019.12.24. 청구법인에게 다음과 같이 세무조사를 실시할 예정이라는 내용의 세무조사 사전통지 및 조세범칙조사 통지를 하였다. (바) 처분청은 2019.12.26. 세무조사를 착수하였으나, 청구법인의 납세자권리보호 요청에 따라 2019.12.30.부터 세무조사를 중지하였다가, 2020.1.29. 세무조사를 재개하였고, 2020.1.31. 세무조사를 종결하였다. 부가가치세 범칙조사 재조사 보고서에 기재된 내용은OOO과 같다. 처분청은 2020.1.31. OOO지방검찰청장에게 청구법인과 청구법인의 대표를 「조세범 처벌법」 위반 혐의 대해 고발하였고, 2020.2.3. 청구법인에게 부과할 부가가치세는 없다는 내용의 세무조사 결과통지를 하였다. (사) 청구법인이 2020.1.29. 세무조사개시결정의 취소를 구하며 제기한 행정소송에 대해 1심 법원(현재 2심 계류중)은 2020.11.12. 아래와 같은 사유로 소를 각하한 것으로 나타난다(OOO법원 2020.11.12. 선고 2020구합50465 판결). (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세무조사개시결정은 위법한 중복조사를 개시하는 것이어서 취소되어야 한다고 주장하나, 처분청은 2020.1.29. 중지되어 있던 세무조사를 재개하고, 2020.1.31. 쟁점세무조사를 종결한 다음, 같은 날 청구법인을 고발조치하였으며, 2020.2.3. 세무조사 결과통지까지 마친 이상 동일한 세무조사를 재개할 여지가 없는 점, 처분청은 쟁점세무조사를 통해 쟁점법인을 고발조치한 것 이외에 과세표준을 증액하거나 경정·고지 등의 과세처분을 한 사실이 없는바, 쟁점세무조사가 중복조사로 위법한지 여부에 따라 영향을 미칠 후행 과세처분이 없는 점(설령 쟁점세무조사가 중복조사라 하더라도 위법한 세무조사로 인해 취소되어야 할 과세처분이 없음), 한편 청구법인의 주장을 위법한 중복조사에 기인한 청구법인에 대한 고발조치를 취소해야 한다라는 것으로 본다 하더라도, 처분청이 「조세범 처벌법」 위반혐의로 고발한 행위 자체만으로는 법적효과가 발생한다고 볼 수 없어 형사고발의 취소를 주장하는 심판청구는 「국세기본법」 제55조 제1항에서 규정한 위법 또는 부당한 처분 등을 받은 자의 불복으로 볼 수도 없다 할 것이고, 청구법인은 진행중인 형사사건에서 처분청의 고발조치의 적법여부와 관련하여 쟁점세무조사개시결정이 위법 여부를 다투는 등으로 권리구제를 받을 기회가 있는 점 등에 비추어 쟁점세무조사개시결정의 취소를 구하는 이 건 심판청구는 부적법한 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.