이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.5.4. 선박(부선) 강남8001호(현재 선박명 : 연성10001호, 이하 “쟁점선박”이라 한다)를 OOO원에 취득하고, 「지방세특례제한법」제64조 제2항 및 같은 법 시행령 제30조 제1항 제1호의 내항 화물운송용 선박으로 보아 1천분의 10 세율을 경감하여 산출한 취득세 OOO원, 농어촌특별세 OOO원, 지방교육세 OOO원 합계 OOO원을 신고·납부하였다. 나. 처분청은 취득세(선박) 감면자료 조사에 따라 2018.8.2. 부산지방해양수산청을 방문하여 쟁점선박이 2018.1.26. 내항화물 운송사업용 운항선박명세서에서 제외되었음을 확인하고 2018.8.16. 청구법인에게 기 감면한 취득세 등의 자진신고납부를 안내하였다. 다. 청구법인은 2018.8.17. 쟁점선박에 대한 감면분 취득세 OOO원, 신고불성실가산세 OOO원, 납부불성실가산세 OOO원 합계 OOO원을 기한 후 신고(1개월 초과 6개월 이내)하고 납부하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여 2018.9.12. 심판청구를 제기하였고, 처분청은 2018.10.1. 청구법인에게 기한 후 신고에 따른 과세표준 및 세액을 결정하여 통지하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 쟁점선박을 내항화물운송사업 등록증 상에 등재한 후 2017.5.11. 개인사업자인 ‘OOO’(2018년 2월 ‘주식회사 자원해상물류’로 법인 전환하였고, 이하 “임차인”이라 한다)과 용선계약을 체결하면서 임차인의 요청으로 임차인 운항선박으로 등재하였고, 그 후 임차인이 개인사업자를 폐업하고 주식회사 자원해상물류(이하 “자원해상물류”라 한다)를 설립하면서 쟁점선박에 대한 임차계약사항을 승계하기로 하였으나 자원해상물류가 운항선박으로 등재하지 아니하여 2018.1.26.부터 2018.5.7.까지의 기간 동안 운항선박에서 누락되었는바, 청구법인의 의도와는 상관없이 임차인 측의 부주의로 102일 간 내운항선박으로의 등재가 누락된 것임에도 이를 이유로 취득세 등의 추징대상으로 본 것은 부당하다. (2) 쟁점선박이 운항선박에서 누락된 시점에서 즉시 알려주지 않고 한참 경과된 후에야 취득세 등의 추징 사실을 알려주면서 가산세 합계 OOO원(이하 “이 건 가산세”라 한다)을 납부하도록 한 것은 부당하여 취소되어야 한다. 나. 처분청 의견 (1) 「지방세특례제한법」 제64조 제2항 및 같은 법 시행령 제30조 제1항에서 선박대여업자가 취득하는 내항 화물운송용 선박에 대하여 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하되, 다만, 취득일부터 1년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접 사용하지 않는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각.증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있고, 위 규정 소정의 ‘정당한 사유’란 법령에 의한 금지 제한 등 그 법인 마음대로 할 수 없는 외부적 사유로 인한 것이거나 또는 내부적으로 그 재산을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 하였음에도 불구하고 시간적인 여유가 없거나 기타 객관적인 사유로 인하여 부득이 해당사업에 사용할 수 없는 경우를 말한다. 「해운법」제12조 에 따르면 내항화물운송사업자가 선박의 증선, 감선 등 사업계획을 변경하려면 지방해양수산청장에게 미리 신고하도록 되어 있는 점에 비추어 보면 청구법인은 쟁점선박의 등록 누락을 사전에 인지하고 있었다고 보이고, 쟁점선박을 해당 사업에 사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다고 보기도 어려우며, 쟁점선박이 임차인의 폐업에 의하여 내항화물 운송사업용 운항선박 명세서에서 제외되었다 하더라도 이를 정당한 사유가 있다고 보기 어렵고, 직접 사용하는 경우에도 해당하지 않으므로 취득세 등의 추징대상에 해당한다. (2) 「지방세기본법」제57조 제1항에서 기한의 연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 못한 정당한 사유가 있는 경우 가산세를 부과하지 않는다고 규정하고 있다. 취득세를 신고·납부 세목으로 규정한 취지는 취득세 과세대상이 되는 매매, 상속, 증여 등에 관한 사항을 납세자 본인이 가장 잘 파악할 수 있고 과세관청은 납세자가 그 사실을 신고하기 전까지 파악하기 어렵다는 점을 고려한 것이고, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이고, 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는바, 이 건 가산세를 부과한 것은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① (주위적) 쟁점선박에 대하여 감면받은 취득세 등의 추징대상에 해당하는 것으로 볼 것인지 여부 ② (예비적) 이 건 가산세가 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에서 다음과 같은 사실을 알 수 있다. (가) 청구법인은 인천지방해양수산청장에게 해상화물운송사업 등록을 하고 해상화물운송사업(부선, 예인선 등)으로 사업자등록을 하였으며, 2016.5.4. 쟁점선박을 취득한 후, 처분청에 내항화물운송사업자가 연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 화물운송용 선박으로 감면 신청을 하여 취득세율의 10%를 경감 받아 취득세 등 합계 OOO원을 신고· 납부하였다. (나) 청구법인은 2017.5.8. 임차인(OOO)과 부선 정기 용선계약을 체결하였는바, 그 주요내용은 다음과 같다. (다) 인천지방해양수산청장이 발급한 ‘운항선박명세서’와 ‘국적선사운항선박관리’ 등의 자료에 의하면, 아래 ＜표＞와 같이 쟁점선박은 당초 2016.5.25. 청구법인의 운항선박으로 등재되었다가 2017.5.31. 임차인의 운항선박으로 등재되었고, 2018.1.26. 운항선박에서 제외(감선)되었다가 다시 2018.5.8. 청구법인의 운항선박으로 등재된 것으로 나타난다. ＜표＞ 쟁점선박의 운항선박명세서 내역 (라) 청구법인이 제출한 전자세금계산서 내역에 의하면, 쟁점선박의 감선 기간(2018년 1월~2018년 5월)에 대한 월 용선료(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)를 임차인이 계속 지급한 것으로 나타난다. (마) 인천지방해양수산청 홈페이지 ‘항만물류(PORT-MIS)’ 상의 선박입출항 현황 자료에 의하면, 쟁점선박은 2018.1.1.부터 2018.4.6.까지 사이에 평택항에 6차례 입출항한 것으로 나타난다. (2) 한국표준산업분류표상 내항화물운송업의 범위를 보면, 아래와 같이 승무원이 딸린 선박의 임대를 포함하는 것으로 되어 있다. (3) 「지방세특례제한법」제64조 제2항 본문 및 제2호에서 화물운송용 선박에 대하여는 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하되, 다만, 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각.증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다고 규정하고 있다. (4) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 쟁점①에 대하여 살펴본다. (가) 처분청은 쟁점선박이 2018.1.26.부터 2018.5.10.까지의 기간에 운항선박명세서에서 제외되었음을 이유로 「지방세특례제한법」제64조 제2항 제2호의 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각.증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우에 해당하는 것으로 보아 감면받은 취득세 등의 추징대상에 해당한다는 의견이다. (나) 그러나 「해운법」제2조 제3호에서 “해상화물운송사업”이란 해상이나 해상과 접하여 있는 내륙수로에서 선박[예선(曳船)에 결합된 부선(艀船)을 포함한다]으로 물건을 운송하거나 이에 수반되는 업무(용대선을 포함)를 처리하는 사업이라고 규정하고 있고, 「한국표준산업분류」상 “내항화물운송사업”의 범위에 내항화물선박의 임대를 포함하고 있다. (다) 그런데 청구법인은 쟁점선박의 용선기간을 2017.5.11.부터 2018.5.10.까지로 하여 일반용선으로 임대하였는바, 비록 임차인이 그 용선기간 중에 법인전환을 하는 과정에서 일부 기간(2018.1.26.~2018.5.10.)이 운항선박명세에서 제외(감선)된 사실은 있으나, 청구법인은 해당 기간 동안에도 임차인으로부터 월 용선료(공급가액 OOO원, 부가가치세 OOO원)를 계속하여 지급받았고, 쟁점선박이 2018.1.1.부터 2018.4.6.까지 평택항에 6차례 입출항한 사실이 확인되므로 쟁점선박이 내항화물운송사업에 사용되지 않았다고 단정하기는 어려워 용선기간 중의 일부기간이 운항선박명세에서 제외되었다는 것만으로 「지방세특례제한법」제64조 제2항 제2호의 “매각.증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우”에 해당한다고 보기 어렵다 할 것이다. (라) 따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 부과한 처분(기한 후 신고에 대한 결정·통지)을 한 것은 잘못이라고 판단된다(쟁점②에 대하여는 쟁점①이 인용되었으므로 심리를 생략한다). 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세기본법 제51조(기한 후 신고) ① 법정신고기한까지 과세표준 신고서를 제출하지 아니한 자는 지방자치단체의 장이 「지방세법」에 따라 그 지방세의 과세표준과 세액(이 법 및 「지방세법」에 따른 가산세를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 결정하여 통지하기 전에는 납기 후의 과세표준 신고서(이하 "기한후신고서"라 한다)를 제출할 수 있다. ② 제1항에 따라 기한후신고서를 제출한 자로서 지방세관계법에 따라 납부하여야 할 세액이 있는 자는 그 세액을 납부하여야 한다. ③ 제1항에 따라 기한후신고서를 제출받은 지방자치단체의 장은 「지방세법」에 따라 신고일부터 3개월 이내에 그 지방세의 과세표준과 세액을 결정하여야 한다. 다만, 그 과세표준과 세액을 조사할 때 조사 등에 장기간이 걸리는 등 부득이한 사유로 신고일부터 3개월 이내에 결정할 수 없는 경우에는 그 사유를 신고인에게 통지하여야 한다. 제57조(가산세의 감면 등) ① 지방자치단체의 장은 이 법 또는 지방세관계법에 따라 가산세를 부과하는 경우 그 부과의 원인이 되는 사유가 제26조 제1항에 따른 기한연장 사유에 해당하거나 납세자가 해당 의무를 이행하지 아니한 정당한 사유가 있을 때에는 가산세를 부과하지 아니 한다. (2) 지방세법 제20조(신고 및 납부) ① 취득세 과세물건을 취득한 자는 그 취득한 날(「부동산 거래신고 등에 관한 법률」제10조 제1항에 따른 토지거래계약에 관한 허가구역에 있는 토지를 취득하는 경우로서 같은 법 제11조에 따른 토지거래게약에 관한 허가를 받기 전에 거래대금을 완납한 경우에는 그 허가일이나 허가구역의 지정 해제일 또는 축소일을 말한다)부터 60일「상속으로 인한 경우에는 상속개시일이 속하는 달의 말일부터, 실종으로 인한 경우는 실종선고일이 속하는 달의 말일부터 각각 6개월(외국에 주소를 둔 상속인이 있는 경우에는 각각 9개월)」이내에 그 과세표준에 제11조부터 제15조까지의 세율을 적용하여 산출한 세액을 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고하고 납부하여야 한다. 제21조(부족세액의 추징 및 가산세) ① 취득세 납세의무가 제20조에 따른 신고 또는 납부의무를 다하지 아니하면 제10조부터 제15조까지의 규정에 따라 산출한 세액(이하 이 장에서 “산출세액”이라 한다) 또는 그 부족세액에 「지방세기본법」제53조 부터 제55조까지의 규정에 따라 산출한 가산세를 합한 금액을 세액으로 하여 보통징수의 방법으로 징수한다. (3) 지방세특례제한법 제64조(해운항만 등 지원을 위한 과세특례) ② 연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박에 대하여는 2018년 12월 31일까지 「지방세법」 제12조 제1항제1호의 세율에서 1천분의 10을 경감하여 취득세를 과세하고, 과세기준일 현재 화물운송용과 외국항로취항용에 사용하는 선박에 대하여는 2018년 12월 31일까지 재산세의 100분의 50을 경감한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 경감된 취득세를 추징한다. 1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 2년 미만인 상태에서 매각 . 증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 (4) 지방세특례제한법 시행령 제30조(화물운송용 선박 등의 범위 등) ① 법 제64조 제2항 각 호 외의 부분 본문에서 "연안항로에 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 화물운송용 선박과 외국항로에만 취항하기 위하여 취득하는 대통령령으로 정하는 외국항로취항용 선박"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 선박을 말한다. 1. 「해운법」제24조 에 따라 내항 화물운송사업을 등록을 한 자(취득일부터 30일 이내에 화물운송사업을 등록하는 경우를 포함한다) 또는 같은 법 제33조에 따라 선박대여업을 등록한 자(「여신전문금융업법」에 따른 시설대여업자가 선박을 대여하는 경우를 포함하며, 이항 이 항에서 “선박대여업의 등록을 한 자”라 한다)가 취득하는 내항 화물운송용 선박 (5) 해운법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 3. “해상화물운송사업”이란 해상이나 해상과 접하여 있는 내륙수로에서 선박[예선(曳船)에 결합된 부선(艀船)을 포함한다. 이하 같다]으로 물건을 운송하거나 이에 수반되는 업무(용대선을 포함한다)를 처리하는 사업(수산업자가 어장에서 자기의 어획물이나 그 제품을 운송하는 사업은 제외한다)으로서 「항만운송사업법」 제2조 제2항에 따른 항만운송사업 외의 것을 말한다. 4. "용대선(傭貸船)"이란 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하는 자 사이 또는 해상여객운송사업이나 해상화물운송사업을 경영하는 자와 외국인 사이에 사람 또는 물건을 운송하기 위하여 선박의 전부 또는 일부를 용선(傭船)하거나 대선(貸船)하는 것을 말한다. 제24조(사업의 등록) ① 내항 화물운송사업을 경영하려는 자는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 등록하여야 한다. ④ 제1항 또는 제2항에 따라 등록한 사항을 변경하려는 경우에는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 해양수산부장관에게 변경신고를 하여야 한다. 제59조(과태료) ③ 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자에게는 100만원 이하의 과태료를 부과한다. 1. 제7조 제1항, 제11조 제1항, 제11조의2 제1항, 제12조 제1항, 제18조, 제24조 제4항, 제26조 제1항, 제28조 제2항 또는 제29조 제2항에 따른 신고를 하지 아니한 자 (6) 해운법 시행규칙 제16조(해상화물운송사업 등록의 신청 등) ① 법 제24조 제1항 또는 제2항에 따라 해상화물운송사업을 등록하려는 자는 별지 제11호 서식의 해상화물운송사업 등록신청서(전자문서로 된 신청서를 포함한다)에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 해양수산부장관 또는 지방해양수산청장에게 제출하여야 한다. 1. 선박국적증서 및 선박검사증서 사본(사용할 선박을 확보한 경우로서 외국국적 선박인 경우만 해당하며, 「선박안전법 시행령」 제2조 제1항 제3호 가목에 해당하는 선박의 경우는 제외한다) 2. 사업계획서(총톤수 100톤 미만의 선박만으로 내항화물운송사업을 등록하려는 경우에는 제출하지 아니한다) ③ 제1항 제2호에 따른 사업계획서에는 다음 각 호의 사항을 기재하여야 한다. 1. 항로의 출발지ㆍ기항지 및 종착지와 이들 사이의 거리를 표시한 항로도(외항 정기 화물운송사업만 해당된다) 2. 사용할 선박의 명세 3. 항로별 운항횟수 및 출발ㆍ도착 시간(외항 정기 화물운송사업만 해당된다) 4. 사업개시 후 3년간의 사업연도별 예상수지(외항 정기 화물운송사업과 외항 부정기 화물운송사업만 해당된다) 5. 사업에 필요한 시설 제16조의2(해상화물운송사업의 등록사항 변경신고) ① 법 제24조 제4항에 따라 해상화물운송사업의 등록사항 변경신고를 하려는 자는 별지 제11호의2 서식의 해상화물운송사업 등록사항 변경신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여 해양수산부장관 또는 지방해양수산청장에게 제출하여야 한다. 1. 선박국적증서 및 선박검사증서 사본{외국 국적의 선박( 「선박안전법 시행령」 제2조 제1항 제3호 가목에 해당하는 선박은 제외한다)에 관한 변경의 경우만 해당한다} 2. 변경사유 및 변경사실을 증명하는 서류 (7) 상법 제827조(항해용선계약의 의의) ① 항해용선계약은 특정한 항해를 할 목적으로 선박소유자가 용선자에게 선원이 승무하고 항해장비를 갖춘 선박의 전부 또는 일부를 물건의 운송에 제공하기로 약정하고 용선자가 이에 대하여 운임을 지급하기로 약정함으로써 그 효력이 생긴다. ③ 선박소유자가 일정한 기간 동안 용선자에게 선박을 제공할 의무를 지지만 항해를 단위로 운임을 계산하여 지급하기로 약정한 경우에도 그 성질에 반하지 아니하는 한 이 절의 규정을 준용한다.