이유
1. 원처분의 요지 처분청은 수산업협동조합법에 의하여 설립된 청구인이 2003.12.23 경상남도지사로부터 공유수면매립면허(어구시설 및 유통가공시설용지)를 받고 2004.4.2 공수수면매립 준공인가(2004-1호)를 받은 경상남도 ○○시 ○○동 2-4번지의 토지 5,107㎡(이하 “ 이 사건 토지”라 한다)에 대한 취득세 및 등록세를 지방세법 제266조 제5항의 규정에 의하여 과세면제하였으나, 이 사건 토지 취득일로부터 1년이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 있으므로 이 사건 토지의 취득가액(658,759,000원)에 지방세법 제112조 제1항과 같은법 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 17,280,560원 농어촌특별세 1,449,260원, 등록세 6,912,210원, 지방교육세 1,277,030원, 합계 26,989,060원(가산세 포함)을 2006.3.9 부과고지하였다 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 멍게생산어업인들의 숙원사업인 수산물처리저장시설(냉동, 냉장) 및 가공시설을 국비와 지방비 등의 보조금과 일부의 자비부담으로 신축하기 위하여 2002.12.23 경상남도지사로부터 공유수면매립면허(제2002-3호)를 받고 매립공사중인 2003.2.10 보조금을 지원받기 위하여 해양수산부장관과 수산업협동조합중앙회에 2004년도 수산물 처리 저장시설(냉동.냉장) 사업자 선정건의(총무 01101-33)를 하였으나 매립공사중이라는 사유로 사업자선정에서 제외됨에 따라 2004.1.28 2005년도 해양수산사업 대상자재신청(지도 01101-20)을 하고 2004.4.2 공유수면매립준공인가(경상남도 제2004-1호)를 받은 다음 2004.11.29 이 사건 토지와 연접된 국가소유(해양수산부)토지 1,652㎡를 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 2005.1.24 수산물처리저장시설의 총 사업비 20억원중 국비10억원, 도비 4억원, 시비4억원은 보조금으로, 자비부담은 2억원으로 하는 2005년도 해양수산사업대상자 확정통보(통영시 해양개발과-710)를 받고 2005.2.25 냉동·냉장 설계용역 설명회를 개최하여 2005.3.15 청구외 ○○건축사무소(대표 김○○)와 설계 계약을 체결하고, 2005.4.8 건축허가를 신청하여 2005.4.22 건축허가(신축허가 제31호)를 받고, 2005.7.7 청구외 ○○종합 건설주식회사(대표이사 김 ○○ 외1인)와 건축공사계약을 체결하여 2005.7.15 착공신고를 한다음 2005.7.28부터 착공하여 이 사건 심사청구일 현재까지 건축공사를 계속 진행중에 있으므로 이 사건 토지 취득일인 2004.4.2부터 1년이 경과한 2005.7.28 건축공사를 착공하게 된 사유가 연1회 개최하는 보조금지급예산 심의에서 수산물처리저장시설물의 부속토지가 매립중이라는 사유로 보조금지급대상에서 제외된것이고 공유수면매립준공인가 이후에는 총공사비 20억원중 18억원은 국비 및 도비 등의 보조금을 받고 2억원은 자비부담으로하여 건축공사중에 있으므로 이는 이 사건 토지 취득일로부터 1년이내에 고유목적사업에 직접사용하지 못한 정당한 사유에 해당된다고 주장하면서 이 사건 부과처분의 취소를 구하였다 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 수산업협동조합이 토지를 취득한 후 1년 이내에 고유업무에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있는지의 여부에 있다고 하겠다 먼저 관계법령의 규정을 보면 지방세법 제266조 제5항에서 농업협동조합법에 의하여 설립된 조합, 수산업협동조합법에 의하여 설립된 조합(어촌계를 포함한다) 산립조합(산립계를 포함한다) 및 엽연초생산협동조합(이들 조합의 중앙회를 제외한다)이 고유업무(법령에서 개별적으로 규정하는 업무와 법인등기부에 목적사업으로 정하여진 업무를 말한다)에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산(임대용 부동산을 제외한다)에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하고, 과세기준일 현재 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세를 면제한다 다만, 그 취득일부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년이상 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다 라규 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면 청구인은 수산물처리저장시설 및 가공시설을 신축하기 위하여 2002.12.23 경상남도지사로부터 공유수면매립면허(제2002-3호)를 받고 공유수면 매립공사중인 2003.2.10 국비 등의 보조금을 받기 위하여 해양수산부장관과 수산업협동조합중앙회에 수산물저장시설(냉동·냉장)사업자 선정 건의(총무 01101-33)를 하였으나 매립공사중이라는 사유로 사업자 선정에서 제외됨에 따라 2004.1.28 2005년도 보조금지급 대상자 지정을 재신청(지도 01101-20)하고 2004.4.2 공유수면매립준공인가(경상남도 제2004-1호)를 받은 다음 2004.11.29 공유수면매립토지중 이 사건 토지와 연접한 국가소유(해양수산부) 토지 1,652㎡를 취득하기 위하여 매매계약을 체결하고 2005.1.24 수산물처리저장시설 총사업비 20억원중 국비 등 18억원을 보조금으로 2억원을 자비부담으로 하는 보조금지원 대상자 확정통보(통영시 해양개발과-710)를 받고, 2005.2.25 설계용역설명회 개최, 2005.3.15 설계계약체결, 2005.4.8 건축허가 신청, 2005.4.22 건축허가(신축허가 제31호), 2005.7.7 건축공사 계약체결, 2005.7.28부터 착공하여 이 사건 심사청구일 2006.5.8까지 건축중에 있는 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다 그런데 청구인은 이 사건 토지 취득일인 2004.4.2부터 1년이 경과한 2005.7.28 건축공사를 착공하게 된 사유가 연1회 개최하는 보조금지급예산심의에서 공유수면매립중이라는 사유로 보조금지급대상에서 제외된것이고 공유수면매립준공인가 이후에는 총 공사비 20억원중 18억원은 국비 등의 보조금과 2억원의 자비부담으로 건축공사중에 있으므로 이는 이 사건 토지 취득일로부터 1년이내에 착공하지 못한 정당한 사유가 있다고 주장하므로 이에 대하여 보면 지방세법 제266조 제5항에서 수산업 협동 조합법에 의하여 설립된 조합이 고유업무에 직접사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만, 취득일로부터 1년 내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다라고 규정하고 있는바 동규정에서의 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한등 그법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내무적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당법인이 영리법인인지 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는데 걸리는 준비기간의 길고 짧음, 고유목적에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진진한 노력을 다하였는지 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야할 것(같은 취지의 대법원 판결, 95누18314호, 1996.03.12)이므로 청구인의 경우 경상남도지사로부터 어구시설 및 유통가공시설을 취득할 목적으로 2002. 12.23 공유수면매립인가를 받고 공유수면매립준공인가일인 2004.4.2이전인 2003.2.10과 2004.1.28 보조금 신청을 하였고 204.11.29 냉동·냉장 건축물의 부속토지로 사용하기 위하여 국가소유(해양수산부)토지 1,652㎡를 매매계약을 체결하였을 뿐만아니라 2005.1.24 수산물처리저장시설의 총공사비 20억원중 국비 등 18억원의 보조금 확정통보를 받고 자비 2억원을 확보한 후 2005.2.25 설계용역설명회 개최, 2005.3.15 청구외 ○○건축사무소(대표 김○○) 설계계약체결, 2005.4.8건축허가 신청, 2005.4.22 건축허가(신축허가 제31호)를 받고 2005.7.7 건축공사계약(○○종합건설주식회사 대표이사 김○○외 1인), 2005.7.15 착공신고, 2005 .7.28 착공하여 건축공사를 계속하고 있는 점 등을 종합하여 보면 공유수면 매립후에 이 사건 토지를 고유업무에 직접사용하기 위하여 정상적인 노력을 다하였다 보아야 하므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과 고지한 것은 잘못이 있다고 판단된다 따라서 청구인의 주장은 상당한 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다 2006. 7. 31 행 정 자 치 부 장 관