이유
1. 처분개요 가. 처분청은 청구법인이 OOO 외 22필지 토지상에 신축 중인 938세대의 OOO 임대아파트(이하 “이 건 임대아파트”라 한다)가 OOO지방법원 OOO지원의 강제경매개시결정 촉탁을 원인으로 하여 청구법인 명의로 소유권보존등기(174세대는 2016.12.12., 764세대는 2016.12.14.) 되어 등록면허세 납세의무가 성립하였고, 이 건 임대아파트가 2016.12.14. 사용승인됨에 따라 취득세 등의 납세의무가 성립하였으나 등록면허세 및 취득세 등을 신고.납부하지 아니한 것으로 보아, 2017.1.25. 청구법인에게 이 건 임대아파트의 시가표준액 OOO, 지방교육세 OOO, 합계 OOO(가산세 포함, 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 각각 부과.고지하였다. 나. 청구법인은 2019.9.3. 이 건 임대아파트는 「지방세특례제한법」(2017.1.1. 법률 제13637호로 개정된 것, 이하 같다) 제31조 제1항 제2호에 따른 감면대상(전용면적 85㎡이하, 취득세 50%)이므로 기 납부한 이 건 제①등록면허세 및 취득세 등을 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.18. 이 건 취득세의 50%를 환급하고, 나머지 이 건 제①등록면허세에 대하여는 이를 거부하였다. 다. 처분청은 이 건 임대아파트에 대한 등록면허세 등을 과소부과한 것으로 보아, 2019.9.20. 청구법인에게 OOO을 과세표준으로 하고 위 지방세법령을 적용하여 산출한 등록면허세 등 OOO(이하 “이 건 제②등록면허세”라 한다)을 부과ㆍ고지하였다. 라. 청구법인은 이에 불복하여, 2019.10.28. 이 건 제①ㆍ②등록면허세 모두 「지방세특례제한법」제31조 제1항 제2호에 따라 감면하여야 한다는 이유로 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 「지방세법」제23조 제1호에서 취득을 원인으로 이루어지는 등기는 등록면허세 과세대상이 아니라고 규정하고 있고, 법원은 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지는 못하였으나 소유권 취득의 실질적 요건을 갖춘 경우에는 취득세 납세의무가 발생하는 취득행위가 존재하는 것이며(대법원 2014.1.23. 선고 2013두1808 판결, 같은 뜻임), 건축물 공사가 중단된 시점에서 이미 사회통념상 독립한 건축물이라고 볼 수 있는 형태와 구조를 갖추고 있었다면 원래의 건축주가 그 건물의 소유권을 원시취득한 것(대법원 2006.5.16. 선고 2005다68783 판결, 같은 뜻임)이라고 판결하고 있다. 청구법인은 먼저 이 건 임대아파트의 소유권보존등기를 경료한 후, 나중에 건축물 사용승인을 받았는바 이에 대한 경위를 살펴보면, 청구법인이 2017.2.17. 흡수합병한 OOO는 2013.12.17. 이 건 임대아파트 938세대의 신축공사를 착공하여 2016.8.28. 공사를 완료하였으나, 시공사인 OOO와 공사대금과 관련한 분쟁으로 대표이사가 해외로 도피하는 등의 사유로 사용승인 신청이 늦어지는 상황이었고, 이에 처분청이 이 건 임대아파트 입주민의 재산권 보호를 위해 OOO가 시행자인 OOO 주식회사를 대신하여 이 건 임대아파트의 사용검사를 받을 것을 권고하자 위 시공사가 2016.11.9. 동별 사용승인 신청을 하게 되었다. 그러자 OOO의 채권자인 OOO은 이 건 임대아파트의 사용승인 및 소유권보전등기가 되고, 입주자별 소유권이전등기가 경료하게 되면 본인의 채권OOO 확보가 어려워질 것을 우려하여 2016.12.2. OOO지방법원OOO지원에 강제경매개시결정 신청을 하여, 동 법원의 결정으로 2016.12.12. 174세대, 2016.12.14. 764세대에 대하여 OOO 명의로 소유권보존등기 되었고, 이후 2016.12.14. 이 건 임대아파트는 처분청으로부터 사용승인을 받았다. 처분청은 이 건 제①.②등록면허세는 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면대상이 아니라는 의견이나, 위 관련 규정과 법원 판례 및 사실관계 등을 종합하면, 이 건 임대아파트의 소유권보존등기는 사용검사일 보다 빠른 2016.12.12. 및 2016.12.14. 경료되었고, 그 이전인 2016.11.9. 동별 사용검사 신청과 2016.12.18. 신축공사가 완료되어 입주 가능한 상태가 되었는바, 청구법인 명의로 한 이 건 임대아파트의 소유권보존등기는 형식상 경매촉탁을 원인으로 한 것이나 실질은 원시취득을 원인으로 한 것이므로 「지방세법」제23조 에서 취득을 원인으로 하는 등기ㆍ등록은 등록면허세를 과세하지 않는다는 규정대로 해석하여 이 건 제①ㆍ②등록면허세에 대하여는 「지방세특례제한법」제31조 제1항 제2호의 규정에 따른 취득세 등의 감면을 적용하여야 한다. 설령, 처분청 주장대로 이 건 임대아파트의 소유권보존등기가 등록면허세 과세대상에 해당한다 하더라도, 「지방세기본법」제20조 제1항에서 지방세관계법을 해석ㆍ적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 목적에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 청구법인 명의로 2016.12.14. 한 764세대의 소유권보존등기의 경우에는 이 건 임대아파트 사용승인일(2016.12.14.)과 같으므로 위 소유권보존등기 만이라도 위 규정에 따른 취득세 감면을 적용하여야 한다. 나. 처분청 의견 채권자의 촉탁등기를 원인으로 하는 소유권보존등기에 따른 취득과 무관한 등록면허세 납세의무와 사용승인 또는 사실상 사용에 따른 원시취득분 취득세 납세의무는 별개로 성립하는 것이고, 위와 같이 등록면허세와 취득세 납세의무가 모두 성립하는 경우 취득과 무관한 촉탁을 원인으로 한 소유권보존등기에 따른 등록면허세는 0.8% 세율을, 이후 건축물 사용승인에 따른 취득세는 「지방세법」 제15조 의 특례 세율인 2%를 적용하여야 할 것(행정자치부 지방세운영과-559, 2011.2.8.)이다. 채권자 강OOO이 이 건 임대아파트의 사용승인(2016.11.9.)이 진행 중인 사실을 인지하고, 2016.12.2. OOO지방법원 OOO지원에 강제경매개시 신청을 하여, 2016.12.12. 이 건 임대아파트 중 174세대, 2016.12.14. 764세대 합계 938세대에 대하여 각 강제경매개시결정 촉탁을 원인으로 소유권보존등기가 이루어졌으므로 이 때 등록면허세 납세의무가, 청구법인이 2016.8.28. 이 건 임대아파트 공사를 완료한 후 시공자 등과의 분쟁으로 건축물 사용승인을 받지 못하고 있다가 입주자 재산권 보호를 위한 처분청의 요구에 따라 시공사인 OOO가 위 시행자를 대신하여 2016.12.14. 사용승인을 받았으므로 이 때 취득세 납세의무가 각각 성립하였다. 청구법인은 건설임대사업자로서 이 건 임대아파트를 사실상 원시취득하였으므로 이 건 제①.②등록면허세 모두 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따라 감면대상이라고 주장하나, 이 건 임대아파트는 2016.12.14. 소유권보존등기 당시 미준공 건축물이고 「민법」제404조 및 「부동산등기법」제28조 의 규정에 따른 대위등기는 경제주체간 건전한 경제질서 유지와 채권자의 재산을 보호하기 위한 제도로서 이런 특별한 등기형태로 발생하는 납세의무의 성립은 일반적인 지방세 납세의무 성립에 대해 우선하여 적용되어야 하며, 이 건 아파트의 사용승인에 따른 원시취득과는 별개로 채권자가 이 건 임대아파트에 대한 강제경매를 신청함으로서 소유권보존등기가 됨에 따른 등록면허세의 납세의무는 그 원인과 결과에 대한 귀책이 모두 시행자를 흡수ㆍ합병한 청구법인에 있다고 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 제①ㆍ②등록면허세를 부과한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 이 건 제①등록면허세 부과처분에 대한 심판청구가 적법한지 여부 ② 이 건 제②등록면허세를 취득세로 보아 임대주택 감면을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료를 보면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 등기사항전부증명서에 의하면, OOO는 1996.8.23. 토목.건축공사업, 주택건설업 등의 사업을 영위하기 위하여 설립된 후, 2016.9.7. OOO로 상호가 변경되었고, 2017.2.17. OOO는 다시 청구법인에게 흡수.합병된 것으로 나타난다. (나) OOO는 2013.12.17. 이 건 임대아파트의 신축공사를 착공하였고, 2014.7.2. 건축 중인 이 건 임대아파트를 임대물건으로 하여 10년 건설임대사업자로 등록하였으며, 2016.8.28. 이 건 임대아파트 건축공사를 완료하였다. (다) 사용검사 신청서를 보면, 시공자인 OOO는 2016.11.9. 이 건 임대아파트의 사용검사를 신청한 것으로 나타난다. (라) 채권자인 OOO은 OOO지방법원 OOO지원에 2016.12.2. 이 건 아파트의 강제경매개시결정 신청을 하여, 2016.12.14. 강제경매개시 결정(2016타경21120, 청구금액 OOO)을 받았고, 이 건 임대아파트는 같은 날 강제경매개시결정 등기의 촉탁을 원인으로 OOO(2017.2.24. 청구법인 명의로 변경) 명의로 소유권보존등기 되었다. (마) 사용검사승인통보서를 보면, 처분청은 2016.12.14. 시공자인 OOO에게 이 건 임대아파트의 사용검사를 승인한 것으로 나타난다. (바) 처분청은 2017.1.25. 청구법인에게 이 건 제①등록면허세 등을 부과.고지하였고, 청구법인은 부과.고지일부터 90일이 경과한 2019.9.3. 기 납부한 이 건 제①등록면허세의 일부를 환급하여야 한다는 이유로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2019.9.18. 이를 거부하였으며, 청구법인은 이에 불복하여, 2019.10.28. 심판청구를 제기하였다. (사) 행정안전부가 지방자치단체에 통보한 「지방세법」(2010.3.31. 법률 10221호로 개정된 것) 중 등록면허세 등의 세율 적용과 관련한 운영지침을 보면, 채권자가 채권확보를 위하여 건축 중인 건축물을 대위등기 하는 경우 등록면허세 세율은 0.8%, 완공 후 사용승인을 받은 경우 취득세 세율은 2%를 적용하는 것으로 되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 「지방세기본법」제91조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심판청구를 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받았을 때에는 통지받은 날)부터 90일 이내에 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 제100조에서 이 장에서 규정한 사항을 제외한 이의신청 및 심사청구와 심판청구에 관하여는 「국세기본법」제7장을 준용한다고 규정하고 있으며, 「국세기본법」제65조 제1항 및 제81조에서 심판청구가 청구기간(90일)이 지난 후에 청구되었을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있다. 청구법인은 2017.1.25. 처분청으로부터 이 건 제①등록면허세 등의 부과처분을 받고 이로부터 90일을 경과한 2019.10.28. 심판청구를 제기한 점, 청구법인은 2019.9.3. 처분청에 이 건 제①등록면허세의 경정청구를 하였고 처분청은 2019.9.18. 이를 거부하였으나, 청구법인은 이 건 제①등록면허세를 법정기한 내에 신고·납부하지 아니하였으므로 이 건 제①등록면허세는 경정청구대상에 해당하지 아니하고 처분청의 거부 통지는 심판청구의 대상이 되는 거부처분이라기 보다는 단순 민원의 회신 성격으로 보는 것이 타당한 점 등에 비추어, 이 건 제①등록면허세 등의 부과처분에 대한 심판청구는 그 처분일부터 90일을 경과하여 제기되어 부적법하다고 판단된다. (3) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자가 임대할 목적으로 공동주택을 건축하는 경우 그 공동주택에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2018년 12월 31일까지 감면한다고 규정하면서 그 제2호에서 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따라 8년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택을 20호(戶) 이상을 취득하는 경우에는 취득세의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있다. 청구법인은 이 건 제②등록면허세를 취득세로 보고 위 조항에 따라 감면하여야 한다고 주장하나, 「지방세법」제23조 제1호 단서에서 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 등록면허세 과세대상에서 제외한다고 규정하고 있고, 청구법인은 이 건 아파트의 취득일인 사용승인일 이전에 채권자 대위로 인하여 이 건 아파트의 소유권을 청구법인 명의로 보존등기하였는바, 이 건 아파트의 소유권보존등기는 취득시기 이전에 채권자의 대위등기 요청에 따른 법원의 결정에 의하여 한 것으로서 취득을 원인으로 한 것이 아니므로 취득세 과세대상이 아닌 등록면허세 과세대상으로 보는 것이 타당한 점, 「지방세특례제한법」제31조 제1항에서 취득세의 감면만을 규정하고 있을 뿐 등록면허세의 감면을 규정하고 있지 아니한 점 등에 비추어, 이 건 제②등록면허세는 「지방세특례제한법」제31조 제1항에 따른 감면대상으로 보기 어려우므로 처분청이 이 건 제②등록면허세 등을 부과한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 부적법한 청구에 해당하거나 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항, 「국세기본법」 제81조 , 제65조 제1항 제1호 및 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 (1) 지방세기본법 제34조(납세의무의 성립시기) ① 지방세를 납부할 의무는 다음 각 호의 시기에 성립한다. 1. 취득세: 취득세 과세물건을 취득하는 때 2. 등록면허세 가. 등록에 대한 등록면허세 : 재산권 등 그 밖의 권리를 등기 또는 등록하는 때 (2) 지방세법 제15조(세율의 특례 등) ② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득에 대한 취득세는 중과기준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 취득물건이 제13조 제1항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 300을, 같은 조 제5항에 해당하는 경우에는 중과기준세율의 100분의 500을 각각 적용한다. 8. 그 밖에 레저시설의 취득 등 대통령령으로 정하는 취득 제23조(정의) 등록면허세에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 1. "등록"이란 재산권과 그 밖의 권리의 설정ㆍ변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기하거나 등록하는 것을 말한다. 다만, 제2장에 따른 취득을 원인으로 이루어지는 등기 또는 등록은 제외하되, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 등기나 등록은 포함한다. 제24조(납세의무자) 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 등록면허세를 납부할 의무를 진다. 1. 등록을 하는 자 제28조(세율) ① 등록면허세는 등록에 대하여 제27조의 과세표준에 다음 각 호에서 정하는 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다. 다만, 제1호부터 제5호까지 및 제5호의2의 규정에 따라 산출한 세액이 해당 각 호의 그 밖의 등기 또는 등록 세율보다 적을 때에는 그 밖의 등기 또는 등록 세율을 적용한다. 1. 부동산 등기 가. 소유권의 보존 등기: 부동산 가액의 1천분의 8 (3) 지방세법 시행령 제30조(세율의 특례 대상) ② 법 제15조 제2항 제8호에서 "레저시설의 취득 등 대통령령으로 정하는 취득"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 취득을 말한다. 5. 건축물을 건축하여 취득하는 경우로서 그 건축물에 대하여 법 제28조 제1항 제1호 가목 또는 나목에 따른 소유권의 보존 등기 또는 소유권의 이전 등기에 대한 등록면허세 납세의무가 성립한 후 제20조에 따른 취득시기가 도래하는 건축물의 취득 (4) 지방세특례제한법 (2017.1.1. 법률 제13637호로 개정된 것) 제31조(임대주택 등에 대한 감면) ① 「공공주택 특별법」에 따른 공공주택사업자 및 「민간임대주택에 관한 특별법」에 따른 임대사업자(임대용 부동산 취득일부터 60일 이내에 해당 임대용 부동산을 임대목적물로 하여 임대사업자로 등록한 경우를 말한다. 이하 이 조에서 "임대사업자"라 한다)가 임대할 목적으로 공동주택(해당 공동주택의 부대시설 및 임대수익금 전액을 임대주택관리비로 충당하는 임대용 복리시설을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 건축하는 경우 그 공동주택과 임대사업자가 임대할 목적으로 건축주로부터 공동주택 또는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제2조 제1호에 따른 준주택 중 오피스텔(그 부속토지를 포함한다. 이하 이 조에서 "오피스텔"이라 한다)을 최초로 분양받은 경우 그 공동주택 또는 오피스텔에 대해서는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 지방세를 2018년 12월 31일까지 감면한다. 다만, 토지를 취득한 날부터 정당한 사유 없이 2년 이내에 공동주택을 착공하지 아니한 경우는 제외한다. 2. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따라 8년 이상의 장기임대 목적으로 전용면적 60제곱미터 초과 85제곱미터 이하인 임대주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다)을 20호(戶) 이상 취득하거나, 20호 이상의 장기임대주택을 보유한 임대사업자가 추가로 장기임대주택을 취득하는 경우(추가로 취득한 결과로 20호 이상을 보유하게 되었을 때에는 그 20호부터 초과분까지를 포함한다)에는 취득세의 100분의 50을 경감한다. (5) 민법(법률 제14409호로 2016.12.20. 개정된 것) 제404조(채권자대위권) ① 채권자는 자기의 채권을 보전하기 위하여 채무자의 권리를 행사할 수 있다. 그러나 일신에 전속한 권리는 그러하지 아니하다. ② 채권자는 그 채권의 기한이 도래하기 전에는 법원의 허가없이 전항의 권리를 행사하지 못한다. 그러나 보전행위는 그러하지 아니하다. (6) 부동산등기법(법률 제13953호로 시행 2016.8.4. 개정된 것) 제28조(채권자대위권에 의한 등기신청) ① 채권자는 「민법」제404조 에 따라 채무자를 대위(代位)하여 등기를 신청할 수 있다. ② 등기관이 제1항 또는 다른 법령에 따른 대위신청에 의하여 등기를 할 때에는 대위자의 성명 또는 명칭, 주소 또는 사무소 소재지 및 대위원인을 기록하여야 한다.