쟁점특허권①ㆍ②는 비록 대표자등의 개인권리로 출원ㆍ등록되기는 하였으나, 그 성격상 청구법인의 주된 업태 및 업무수행과의 직ㆍ간접적인 연관성도 상당해 보여, 대표자의 청구법인에 대한 지위 또는 직무와 관련이 없다고 단정하기 어려운 점, 게다가 대표자는 쟁점특허권①ㆍ②를 출원하자마자 불과 몇 개월만에 쟁점거래를 통해 청구법인에게 이를 승계하였고, 그 거래대금으로는 청구법인에 대한 자신의 가지급금을 상환한 점 등에 비추어, 청구법인에게 법인세를 고지하고 쟁점금액은 대표자상여로 소득금액변동통지를 한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단됨

이유

1. 처분개요 가. 청구법인은 건설공사업체로, 2019.2020사업연도 중 대표이사 A(이하 “대표자”라 한다)로부터 대표자 명의로 출원된 업무관련 특허권 2개(이하 “쟁점특허권①.②”라 한다)를 합계 OOO원(이하 “쟁점금액”이라 한다)에 취득(이하 “쟁점거래”라 한다)하여 감가상각하고 있으며, 대표자에게 지급한 쟁점금액은 기타소득으로 원천징수를 하였다. 한편, 대표자는 (수령한) 쟁점금액을 청구법인에 대한 가지급금 상환 및 유상증자 재원으로 사용하였다. 나. 처분청은 쟁점거래에 대해, 청구법인이 쟁점특허권①.②를 창출한 것인데도, 대표자가 창출한 것으로 위장ㆍ취득한 것으로 보아, 쟁점거래를 부인하고 그 밖의 경정사항을 반영하여, 2023.8.10. 청구법인에게 아래 ＜표＞와 같이 법인세 경정ㆍ고지 및 소득금액변동통지(대표자상여) 처분을 하였다. (단위 : 원)

구분	처분 전체		쟁점특허권 관련
	법인세 고지세액	소득금액변동통지 (대표자상여)	법인세 고지세액	소득금액변동통지 (대표자상여)
2019사업연도	OOO	OOO	-	OOO
2020사업연도	OOO	OOO	-	OOO
2021사업연도	OOO	OOO	OOO	-
계	OOO	OOO	OOO	OOO

다. 청구법인은 이에 불복하여 2023.10.31. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 청구법인은 쟁점특허를 개발할 R＆D부서가 없고, 관련 지출 또한 없어 R＆D세액공제를 신청한 사실도 없을 뿐더러, 쟁점특허권을 취득하기 전까지는 관련 기술을 직접 사용한 적도 없는바, 쟁점특허권①.②는 대표자가 직접 개발하여 창출한 대표자 개인 소유의 재산권을 청구법인이 정당한 대가를 주고 취득한 것이다. (2) 쟁점특허권①ㆍ②는 대표자가 그간 쌓아온 영업노하우를 토대로 직접 창출하여 출원한 것으로, 대표자의 주된 직무는 경영 및 영업이어서 직무발명으로도 볼 수도 없으며, 출원비용도 대표자가 개인적으로 부담하였다. (가) 쟁점특허권①은 청구법인이 석면 등의 해체 공사를 할 때 작업자가 사용하는 받침대(작업공구) 제조와 관련된 특허로, 청구법인은 공사용역업체일 뿐, 공사에 필요한 공구 등을 직접 제조하는 제조업체는 아니므로, 청구법인의 고유 업무와도 직접적인 관련은 없다. (나) 쟁점특허권②는 청구법인의 공사업무와 관련되어 직무발명으로 볼 수 있을지라도, 그 개발 과정에 청구법인의 인적ㆍ물적자원이 전혀 사용되지 않았기에, 대표자 개인의 권리에 해당한다. (3) 청구법인은 거래를 통해 쟁점특허권을 취득하였음에도, 처분청은 이를 부인할 직접적인 증거나 근거는 제시하지 않은 채, 조세회피를 목적으로 한, 특수관계자 간 거래라는 등 오로지 자의적 추정에 근거한 과세근거만을 제시하고 있어 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 대표자는 청구법인의 대표이사로 청구법인에 소속된 자의 지위에서 청구법인의 업무와 관련하여 쟁점특허권을 창출한 것인데도, 마치 자신이 청구법인과 무관하게 개발한 것처럼 일단 자신명의로 출원한 다음 청구법인에게 양도하는 형식을 취해 부당한 조세회피를 야기함과 동시에 청구법인의 자금을 부당하게 유출하였다. (2) 쟁점특허권의 창출과 관련하여 대표자는 개인적으로 어떤 연구 활동을 수행하였는지, 연구개발을 위해 개별적으로 지출한 내역은 무엇인지 등 관련 증빙(연구개발노트, 실험일지 등)을 갖추고 있지 않는 반면, 쟁점특허권이 청구법인의 주력 공사인 석면해체 및 방수작업과 관련된 것이라는 점은 명백한바, 쟁점특허권의 창출은 대표자가 독자적으로 수행하였다기보다는 자신이 대표이사로 있는 청구법인의 대표이사 지위에서 수행하는 등 청구법인이 수행한 봄이 합리적이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점특허권①.②는 청구법인과는 별도로 대표자가 독립적으로 발명한 대표자 소유의 재산이라는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 국세기본법 제14조(실질과세) ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다. ② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다. ③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다. (2) 법인세법 제41조(자산의 취득가액) ① 내국법인이 매입ㆍ제작ㆍ교환 및 증여 등에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 다음 각 호의 구분에 따른 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산(대통령령으로 정하는 금융자산은 제외한다): 매입가액에 부대비용을 더한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산 또는 건설하거나 그 밖에 이에 준하는 방법으로 취득한 자산: 제작원가(制作原價)에 부대비용을 더한 금액 제52조(부당행위계산의 부인) ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 “부당행위계산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. (3) 법인세법 시행령 제72조(자산의 취득가액 등) ②법 제41조 제1항 및 제2항에 따른 자산의 취득가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 1. 타인으로부터 매입한 자산: 매입가액에 취득세(농어촌특별세와 지방교육세를 포함한다), 등록면허세, 그 밖의 부대비용을 가산한 금액 2. 자기가 제조ㆍ생산ㆍ건설 기타 이에 준하는 방법에 의하여 취득한 자산：원재료비ㆍ노무비ㆍ운임ㆍ하역비ㆍ보험료ㆍ수수료ㆍ공과금(취득세와 등록세를 포함한다)ㆍ설치비 기타 부대비용의 합계액 (4) 소득세법 제20조(근로소득) ① 근로소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 5. 종업원등 또는 대학의 교직원이 지급받는 직무발명보상금(제21조제1항 제22호의2에 따른 직무발명보상금은 제외한다) (5) 발명진흥법 제2조(정의) 이 법에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다. 2. “직무발명”이란 종업원, 법인의 임원 또는 공무원(이하 “종업원등”이라 한다)이 그 직무에 관하여 발명한 것이 성질상 사용자ㆍ법인 또는 국가나 지방자치단체(이하 “사용자등”이라 한다)의 업무 범위에 속하고 그 발명을 하게 된 행위가 종업원등의 현재 또는 과거의 직무에 속하는 발명을 말한다. 3. “개인발명가”란 직무발명 외의 발명을 한 자를 말한다. 제10조(직무발명) ① 직무발명에 대하여 종업원등이 특허, 실용신안등록, 디자인등록을 받았거나 특허등을 받을 수 있는 권리를 승계한 자가 특허등을 받으면 사용자등은 그 특허권, 실용신안권, 디자인권에 대하여 통상실시권을 가진다. 제15조(직무발명에 대한 보상) ① 종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리나 특허권등을 계약이나 근무규정에 따라 사용자등에게 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청이 제시한 자료를 정리하면 다음과 같다. (가) 쟁점거래의 현황은 아래 ＜표＞와 같다. (단위 : 백만원)

구분	등록일	발명자	쟁점거래일	거래가액	거래대금 사용처
쟁점특허권①	2019.7.17.	대표자	2019.9.3.	OOO	가지급금 상환
쟁점특허권②	2020.1.20.	대표자	2020.11.4.	OOO	유상증자

(나) 감정평가법인이 평가 및 예측한 쟁점특허권①ㆍ②의 평가액과 청구법인의 미래 사업 가치에서 쟁점특허권의 기여 비율(기술기여도)은 아래 ＜표＞와 같다. (단위 : 백만원, %)

설명	평가액	기술기여도
[쟁점특허권①] 공사작업 중 작업자가 올라가서 작업하는 발판 제조 기술(높낮이 조절 및 이동 가능)	OOO	34.99
[쟁점특허권②] 방수작업 시 스프레이를 이중으로 도포하여 빠르게 경화시키고 내구성도 높이는 방수기법	OOO	27.19

(다) 청구법인은 쟁점특허권①ㆍ②의 출원을 전ㆍ후하여 가지급금 정리를 전문으로 하는 컨설팅업체(피케이컨설팅)와 용역계약을 하고 쟁점거래에 대한 컨설팅을 받았는바, 그 현황은 아래 ＜표＞와 같다.

구분	출원일자	등록일자	계약일자	용역수수료
쟁점특허권①	2019.3.28.	2019.7.17.	2019.2.12	OOO원
쟁점특허권②	2019.4.29.	2020.1.20.	2019.9.24.	OOO원

(라) 쟁점특허권①ㆍ②를 등록할 때까지의 대표자의 사업 및 근로 이력은 다음과 같다.

상호	구분	종목	시작	종료
B	사업	간판제작	1994.10.4.	1996.6.30.
C	근로	방수공사, 시설물유지관리	2001	2005
D	사업	시설물유지보수, 방수, 코팅	2005.7.7.	2006.6.30.
청구법인	사업	석면해체, 시설물유지보수, 방수	2006.6.19.	계속
E	사업	일반건축공사	2010.4.21.	2012.5.23.
F	사업	비철금속제련	2010.9.1.	2017.6.30.

(마) 대표자(배우자 및 자녀 포함)의 청구법인에 대한 지분은 53.25%(2019년)∼72.42%(2018년)이며, 청구법인이 고용한 상용근로자의 수는 26명(2021년)∼30명(2019년)이다. (바) 쟁점특허권에 대한 처분청의 의견은 다음과 같다.

ㅇ쟁점특허권의 개발을 대표자 개인 활동으로 인정할 증거는 없는 반면, * 대표자는 개발과정에서 관련하여 지출한 비용의 개인지출 내역 미제출반면, 쟁점거래와 관련한 컨설팅비용은 전액 청구법인이 부담 -청구법인의 주된 업무인 공사(석면해제 및 방수) 관련 기술들로, 청구법인의 사업경험 등에 기초한 개발로 봄이 합리적이다. ㅇ특허 등 개발이 반드시 연구전담자의 존재를 요구하는 것은 아니고, 오히려, 대표자는 청구법인 직원의 직무를 정하는 지위인 점을 고려하면, 굳이 담당부서나 직무에 따라 달리 판단할 이유는 없다. ㅇ설령, 대표자가 개발 과정에서 일정 부분 관여한 사실이 있더라도 -쟁점특허권이 청구법인의 사업과 관련된 이상, 법인에 소속된 자라면법인의 업무수행을 한 것일 뿐, 대표자의 개인권리로 보기 어렵다. -또한, 대표자는 청구법인의 대표이사이자 최대주주이기에 특수관계 거래인 쟁점거래 자체에 대한 공정성도 기대하기 어렵다. ㅇ쟁점거래에 앞서 컨설팅을 받고, 거래대금이 대표자 개인의 가지급금 상환 및 유상증자 대금으로 사용한 점까지 고려하면, -애초부터 법인자금을 부당ㆍ유출하기 위해 계획하였음이 인정된다.

(2) 청구법인의 항변을 정리하면 다음과 같다.

ㅇ청구법인은 쟁점특허권을 개발할 수 있는 연구부서나 연구인력 등 관련된 인적.물적 시설을 전혀 갖추고 있지 않다. -청구법인의 직원들 전부 연구활동과 무관한 (공사) 현장근무자들로,각자의 이력을 살펴보더라도, 쟁점특허권을 개발할 인력은 찾기 어렵다. ㅇ대표자는 2006년 청구법인을 설립하기 전, 약 8년(1998∼2005)간 시설물유지ㆍ보수ㆍ방수업체(C)에 근무한바, 그러한 경험을 토대로 쟁점특허권①ㆍ②를 개발할 수 있었으며, -쟁점특허권을 개발하는 과정에서 대표자는 스스로의 노력 외에 청구법인의 인적.물적 시설의 도움은 전혀 받은바가 없다. ㅇ컨설팅은 대표자가 이미 장기간에 걸쳐 개발해 온 쟁점특허권의 등록을 위한 것으로, 컨설팅을 받았다는 이유로 대표자가 개발한 무형자산이 갑자기 청구법인이 개발한 것으로 변경되는 것은 아니다. * 컨설팅계약일(2019.2.12.)과 특허출원일(2019.4.29.)을 고려하면, 계약당시 이미 쟁점특허권이 개발된 상태였음은 쉽게 알 수 있다. * 특허출원 및 등록과정에서 소요된 수수료 2,243만원은 모두 대표자가 개인적으로 지출하였다(2019.3.12.∼2020.9.16. 증빙제시). ㅇ처분청은 설령 대표자의 노력으로 쟁점특허권이 창출되었다 하더라도,청구법인에 소속된 지위에서 발생한 것으로, 대표자 개인이 아닌 청구법인의 권리가 되어야 한다는 취지로 주장하나, -법인종사자의 발명이더라도 직무관련성에 따라 판단하여야 하는데, -쟁점특허권①은 공사기술이 아닌 건축기자재와 관련된 것으로, 청구법인이 건축기자재 제조업체가 아닌 공사업체에 해당하는 이상,쟁점특허권①은 청구법인의 고유목적사업(공사용역)과 무관할뿐더러,대표자의 지위(청구법인 대표이사)와도 무관하다. ㅇ다만, 쟁점특허권②는 청구법인의 공사업무와 연관된 것이어서직무발명으로 볼 여지가 전혀 없는 것은 아니나, -대표자는 개발과정에서 청구법인의 어떠한 물적ㆍ인적자원도 사용하지 않았기에, 그 권리는 대표자 개인의 권리로 보장되어야 하며, -청구법인이 대표자로부터 그 권리를 취득하고 지급한 금액은 직무관련보상금으로 봄이 타당하다. * 「발명진흥법」 제15조 제1항은 종업원등은 자신의 직무발명에 대하여 정당한 보상을 받을 권리가 있다고 규정하고 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점특허권①.②에 대해, 대표자가 개인적 경험 등에 기초하여 발명하여 출원.등록한 무형자산으로, 대표자에게 정당한 대가를 지급하고 취득한 쟁점거래에는 아무런 문제가 없다고 주장하나, 쟁점특허권①.②는 비록 대표자등의 개인권리로 출원ㆍ등록되기는 하였으나, 그 성격상 청구법인의 주된 업태 및 업무수행과의 직.간접적인 연관성도 상당해 보여, 대표자의 청구법인에 대한 지위 또는 직무와 관련이 없다고 단정하기 어려운 점, 특히 쟁점특허권①.②는 청구법인의 설립일(2006년)로부터 13년여 경과된 2019년에 출원되었는데, 대표자가 청구법인의 설립자이자 지배주주(최대주주)였던 점을 고려하면, 설령 쟁점특허권①.②의 발명에 대표자의 개인적인 노력이 상당부분 반영되어 있다 하더라도, 이는 청구법인과 무관한 것이라기보다는 오히려, 청구법인의 대표이사 지위에서 파생되었거나 그와 관련하여 출원된 것으로 봄이 합리적인 점, 게다가 대표자는 쟁점특허권①.②를 출원하자마자 불과 몇 개월만(같은 과세연도인 2019년)에 쟁점거래를 통해 청구법인에게 이를 승계하였고, 그 거래대금으로는 청구법인에 대한 자신의 가지급금을 상환한 점 등에 비추어, 처분청이 쟁점특허권①.②를 대표자가 아닌 청구법인이 창출한 것으로 보아 쟁점거래를 부인한 다음, 청구법인에게 법인세를 고지하고 쟁점금액은 대표자상여로 소득금액변동통지를 한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」 제80조의2 및 제65조 제1항 제2호에 따라 주문과 같이 결정한다.