이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 OOO을 신고·납부하고 2014.1.27. 「지방세특례제한법」 제24조 에 따라 감면을 신청하여, 처분청은 2014.3.19. 기 신고·납부한 취득세 등을 환급하였다. 나. 청구법인은 2014.3.31. 관련 계약서 등을 근거로 쟁점토지의 취득일자를 사실상 취득시기(1989.12.28.)로, 과세표준을 취득 당시 실제 거래가으로 인정하여 달라는 경정청구를 제기하였고, 처분청은 2014.6.10. 취득일자에 대한 청구주장을 인정하여 취득세 납부의무를 면책(부과제척기간 도과)하였으나, 과세표준에 대한 청구주장은 거부하고 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제124조 규정에 따른 구 등록세를 납부하지 않은 것으로 보아 2014.6.10. 청구법인에게 당초 과세표준을 기준으로 납부불성실가산세[2013.11.28.～2014.6.10.(194일)]를 포함한 등록세 OOO을 부과·고지하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2014.9.5. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 청구법인이 2014.3.31. 제기한 경정청구에 대하여 처분청은 매매계약서상 잔금지급일(1989.12.28.)을 취득시기로 인용하고도, 쟁점토지의 과세표준에 대해서는 매매계약서, 내부결재 서류(매매대금 지급일자 명시), 매도(수)자의 금융거래 내역, 결산보고서, 유형자산 재평가 내역(2011년) 등 실제 취득금액을 확인할 수 있는 서류가 존재함에도 불구하고, 보존기간 5년이 경과하여 폐기된 법인장부(원장, 보조장, 출납전표)가 존재하지 않는다는 이유만으로 실제 취득금액이 아닌 공시지가를 기준으로 등록세를 부과한 것은 부당하고, 쟁점토지에 대한 본등기 전 취득세 신고·납부 후 등기를 하였음에도 부동산 등기 전 등록세 미납을 이유로 납부불성실 가산세를 부과한 것은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 조세법률주의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙상 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않으므로, 청구법인이 제출한 내부결재 서류, 결산자료 등은 쟁점토지 의 취득가액이 구체적으로 기재되어 있거나 명백하게 확인이 가능하지 아니하여 사실상 취득가액으로 인정할 수 있는 객관적 자료에 해당하지 않으며, 기타 내부 결재 서류, 계획서 등은 「지방세법」에서 규정한 법인장부의 범위에 해당하지 않는바, 이에 근거하여 쟁점토지의 실제 취득가액을 인정하여 달라는 청구주장은 받아들이기 어렵다. (2) 가산세와 관련하여, 납부불성실가산세는 납부기한까지 과소납부한 경우에 이자 성격으로 부과되는 것이어서 이를 면제할 경우 납부기한 내에 취득세를 납부한 자와의 형평성에 문제가 발생하는바, 청구법인은 쟁점토지 등기 당시(2013.11.28.)의 취득세율(4%)로 취득세 등을 신고·납부(추후 환급)한 후 이를 첨부하여 등기 완료하였고, 2014.3.31. 경정청구를 할 때 비로소 매매계약서를 제출하여 쟁점토지의 취득 시기가 1989년으로 인정되었고 쟁점토지 등기 전에 구 등록세를 납부하지 아니하였으며, 그 외 가산세 면제사유가 있다고 볼 수 없는 이상, 이에 대한 납부불성실가산세 부과는 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁 점 ① 청구법인이 제시한 자료에 근거하여 쟁점토지의 사실상 취득가액을 인정할 수 있는지 여부 ② 등기 전 취득세를 신고·납부하였으므로 등록세 미납에 대한 납부불성실가산세 부과는 부당하다는 청구주장의 당부 나. 관련 법령 (1) 지방세법(2011.1.1., 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것) 제111조 ② 제1항의 규정에 의한 취득당시의 가액은 취득자가 신고한 가액에 의한다. 다만, 신고 또는 신고가액의 표시가 없거나 그 신고가액이 다음 각 호에 정하는 시가표준액에 미달하는 때에는 그 시가표준액에 의한다. ⑤ 다음에 게기하는 취득(증여·기부 그 밖의 무상취득 및 「소득세법」 제101조 제1항 또는 「법인세법」 제52조 제1항에 따른 거래로 인한 취득을 제외한다)에 대하여는 제2항 단서 및 제3항의 규정에 불구하고 사실상의 취득가격 또는 연부금액에 의한다. 1. 국가·지방자치단체 및 지방자치단체조합으로부터의 취득 2. 외국으로부터의 수입에 의한 취득 3. 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득 4. 공매방법에 의한 취득 5. 「공인중개사의 업무 및 부동산 거래신고에 관한 법률」 제27조의 규정에 의한 신고서를 제출하여 동법 제28조 의 규정에 의하여 검증이 이루어진 취득 제124조(납세의무자) 등록세는 재산권 기타 권리의 취득·이전·변경 또는 소멸에 관한 사항을 공부에 등기 또는 등록(등재를 포함한다. 이하 같다)하는 경우에 그 등기 또는 등록을 받는 자에게 부과한다. 제130조 ① 부동산·선박·항공기·자동차 및 건설기계에 관한 등록세의 과세표준은 등기·등록 당시의 가액으로 한다. ② 제1항의 규정에 의한 과세표준은 조례가 정하는 바에 의하여 등기·등록자의 신고에 의한다. 다만, 신고가 없거나 신고가액이 제111조제2항 각호의 규정에 의한 시가표준액에 미달하는 경우에는 시가표준액을 과세표준으로 한다. ③ 제111조 제5항의 규정에 해당하는 경우에는 제2항의 규정에 불구하고 동조 동항의 규정에 의한 사실상의 취득가액을 과세표준으로 한다. 다만, 등기·등록당시에 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 그 가액이 달라진 경우에는 변경된 가액을 과세표준으로 한다. (2) 지방세법 시행령(시행 2011.1.1., 대통령령 제22395호, 2010.9.20., 전부개정되기 전의 것) 제82조의3(취득가격의 입증등) ① 법 제111조 제5항 제3호에서 "판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것"이라 함은 다음 각 호에 정하는 것을 말한다. 1. 판결문 : 민사소송 및 행정소송에 의하여 확정된 판결문(화해·포기·인낙 또는 의제자백에 의한 것은 제외한다) 2. 법인장부 : 법인이 작성한 원장·보조장·출납전표·결산서 제99조의2 ① 법 제130조 제3항 단서의 규정에 의하여 자산재평가 또는 감가상각 등의 사유로 변경된 가액을 과세표준액으로 할 경우에는 등기·등록일 현재의 법인장부 또는 결산서 등에 의하여 입증되는 가액을 과세표준액으로 한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 1989.12.28. OOO과 쟁점토지에 대하여 다음의 내용과 같은 매매예약계약 및 매매계약을 체결하고 다음 <표1>과 같이 소유권이전청구권 가등기하였다. (나) 청구법인은 다음과 같은 내용의 부동산 매매예약 완결 약정서를 첨부하여 2013.11.28. 취득세 등 OOO을 신고 납부하고, 위 <표1>과 같이 소유권이전 등기를 완료하였다. (다) 청구법인은 2014.1.27. 쟁점토지에 대하여 「지방세특례제한법」 제24조 규정에 따라 OOO이 해당 사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 감면 신청하였고, 처분청에서는 이를 인정하여 2014.3.19. 기 납부한 취득세 등을 환급(환급이자 포함)하였다. (라) 청구법인은 쟁점토지의 실거래가액을 증빙하기 위해 다음의 자료를 제출하였다. 1) 청구법인의 고정자산 중 토지가 총액으로 표시된 1988년·1989년도 결산보고서 2) 쟁점토지의 취득일자, 면적, 매입원가 등이 표시된 OOO사업부지 매입내역(엑셀자료) 3) OOO 토지등거래계약신고서(예정금액 포함) 등의 각종 내부결재 자료 (2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살펴본다. (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살피건대, 「지방세법」 제111조 제5항과 같은 법 제130조 제3항은 개인에 비해 법인 자료 등의 신뢰성을 인정하여, 예외적인 경우에 시가표준보다 낮은 금액을 가액으로 인정하는 특혜적 성격의 규정으로서, 같은 법 제111조 제5항 제3호 및 같은 법 시행령 제82조의3 제1항 제2호는 엄격하게 해석하여 열거규정으로 보아야 하는바, 청구법인이 제시한 기타 내부 결재 서류, 계획서 등은 「지방세법」에서 규정한 법인장부의 범위에 포함되는 것으로 볼 수 없으므로, 등록 당시 쟁점부동산의 시가표준액을 가액으로 하여 등록세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다고 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살피건대, 청구법인은 쟁점토지에 대한 소유권이전등기 전에 구 등록세(2%)가 포함된 취득세(4%)를 신고납부한 것으로 볼 수 있다 하겠으나, 다만, 처분청이 위 취득세 신고납부금액에 대한 환급결정을 하면서 그 납부일부터 환급결정일까지 환급이자 성격의 환급가산금을 산정하여 청구법인에게 환급하였는바, 그 후 처분청이 구 등록세를 부과하면서 신고불성실가산세를 제외하고 위 환급가산금에 상응하는 납부이자 성격의 납부불성실가산세만을 적용한 것은 불합리하다고 보기 어려우므로, 처분청의 등록세 부과처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제123조 제4항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.