이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2005.2.7. 강원도 철원군 ○○ 읍 ○○ 리 ○ 번지 소재에 지하1층 지상2층 연면적 1081.72 ㎡(이하 “이 사건 건축물”이라고 한다)를 신축 취득 한 것에 대하여 지방세법 제287조 제2항의 규정에 따라「의료법」 제41조의 규정에 의하여 설립된 청구인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 과세면제 하였으나, 2006.11.29 ～ 12.8. 강원도의 정기종합감사 결과 청구인은 이 사건 건축물을 의료업에 직접 사용 하지 아니하고 장례식장으로 사용하고 있음을 확인 하고 이 사건 건축물 취득가액 620,000,000원 을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제 1항 및 같은 법 제131조제 1항 제4 호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 14,880,000원 , 농어촌특별세 1,364,000 원, 등록세 5,952,000원, 지방교육세 1,091,200원, 합계 23,287,200원 (가산세 포함)을 2007.5.29. 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 1988년부터 의료취약지역인 강원도 철원지역에 11개과 병상 100개로 종합병원을 설립하여 운영하고 있는 의료법인으로 이 사건 건축물은 건강검진센터 및 환자 편의시설로 신축하였으나 병원 운영의 효율을 도모 하고자 건강검진센터를 기존 장례식장으로 옮기고 이 사건 건축물에 장례식장을 이전 설치한 것으로 이는 단순한 건강검진센터와 장례식장의 자리바꿈에 불과함에도 처분청이 이를 의료업에 직접 사용 하지 아니하는 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세 등을 부과 고지 하는 것은 부당하다고 주장하는 한편 , 이와 별도로 이 사건 건축물이 의료업에 직접 사용 하는 것에 해당 하지 아니한 다고 하더라도 청구인의 고의 또는 과실없이 이 사건 취득세 등의 면제를 신청하여 처분청 세무 담당공무원이 면제 처분을 한 것이므로 이 사건 취득세 등의 신고납부 불성실 가산세는 취소되어야 한다고 주장 하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 의료법인이 취득한 부동산을 장례식장으로 사용 하고 있는 경우 의료업에 직접 사용하고 있는 것으로 볼 수 있는지 여부와 과세 면제된 취득세 등을 추징하는 경우 가산세를 부과하는 것이 적법한지 여부에 있다고 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제287조 제2항에서 「의료법」제48조 의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득 하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하지만 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유없이 의료업에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다 고 규정하고 있다 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 「의료법」제48조 의 규정에 의하여 설립되어 1988년부터 의료취약지역인 강원도 철원지역에 11개과 병상100개로 종합병원을 운영하고 있는 의료법인으로서 병원 운영의 효율성을 도모하고자 이 사건 건축물을 장례식장으로 사용하고 있는 사실과 처분청이 이 사건 건축물에 대하여 의료업에 직접 사용하지 아니하는 것으로 보아 기 과세한 취득세 등에 가산세를 포함하여 부과 고지한 사실은 제출된 관련 증빙자료에서 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 이 사건 건축물의 경우 건강검진센터 및 환자 편의 시설로 사용하고자 신축하였으나 병원 운영의 효율을 도모하고자 건강검진센터를 기존 장례식장으로 옮기고 이 사건 건축물에 장례식장을 이전 설치한 것으로 이는 단순한 건강검진센터와 장례식장의 자리바꿈에 불과함에도 처분청이 이를 의료업에 직접 사용 하지 아니하는 것으로 보아 기 과세 면제한 취득세 등에 가산세를 포함하여 부과 고지 하는 것은 부당하다고 주장하고 있으나 의료법 제49조 제1항제4호에서 의료법인은 의료업무 외에「장사 등에 관한 법률」제25조제1항에 따른 장례식장의 설치·운영을 부대사업으로 할 수 있다고 규정하고 있음을 볼 때 장례식장 설치 운영 사업은 의료법인의 부대 사업 일 뿐 지방세법 제287조 제2항에서 규정하고 있는 “의료업 ”에 해당되지 아니하므로 이 사건 건축물은 취득세 등의 과세면제 대상에 해당되지 아니한다고 할 것이며 같은 조 단서에서 규정하고 있는 “정당한 사유”라 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 경우도 포함 하는 것이나 청구인이 이 사건 건축물을 장례식장으로 사용한 것은 병원 시설을 효율적으로 운영하고자 하는 내부적인 사정에서 기인한 것으로 청구인에게 이 사건 건축물을 의료업에 직접 사용할 수 없는 법령의 금지·제한 등 정당한 사유로 볼 만한 사유가 있다고도 할 수 없다 한편 대법원 판례(1997.9.17 선고, 98두16705)에서 가산세는 과세권의 행사 및 조세 채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유없이 법에 규정된 신고·납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과 하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하는 것이며 법령의 부지는 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다고 판시하고 있음을 볼 때, 처분청이 이 사건 건축물에 대한 취득세 등을 과세면제하였 다가 다시 부과한 처분은 과세관청의 공적인 견해 표명이나 관행 등에 반하는 처분이 아니고 사실관계를 오인 함으로써 관계규정을 잘못 적용하여 위법· 부당하게 된 행정행위를 바로 잡은 경우에 해당된다 하겠으므로, 처분청에서 기 과세 면제한 이 사건 취득세 등에 가산세를 포함하여 부과 고지한 처분은 잘못이 없다고 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 8. 27. 행 정 자 치 부 장 관