이유
1. 원처분 개요 가. 청구인은 경상남도 울산시 남구 O동 OOOOOOO(대지 132.2㎡, 건물 314.14㎡ : 지하1층, 지상3층)에서 87.7.1부터 과세특례자로 부동산임대업을 영위하다가 기존건물 314.14㎡를 철거(철거신고는 91.5.18)하고 동 과세특례사업에 대하여 91.7.25 폐업신고를 하였다. 나. 청구인은 경상남도 울산시 남구 O동 OOOOOOO 대지 125.6㎡와 기존대지 132.2㎡를 합병하여 같은동 OOOOO번지 대지 257.8㎡에 건물 1,207.19㎡(지하1층, 지상6층)를 신축하여 부동산임대업을 영위할 목적으로 91.12.28 일반과세자로 사업자등록신청을 하여 92.1.5 사업자등록증을 교부받았으며, 92.4.25 92년 제1기 부가가치세 예정신고를 할 때에 건축물공사대금 250,250,000원(92.3.5분)에 대한 부가가치세 매입세액 25,025,000원에 대하여 조기환급을 신청하였다. 다. 처분청은 과세특례자가 일반과세자로 과세유형을 전환하기 위해서는 부가가치세법 제30조 제2항의 규정에 의하여 일반과세자로 적용받고자 하는 과세기간개시 10일전(청구인의 겨우 91.12.21)에 과세특례포기신고서를 처분청에 제출하여야 하나, 청구인은 이를 이행하지 아니하였으므로 일반과세자가 될 수 없다고 보아 92.5.15 청구인이 신청한 92년 제1기 예정분 부가가치세 25,025,000원 대한 환급을 거부하였다. 라. 청구인은 이에 불복하여 92.7.2 이의신청, 92.8.24 심사청구를 거쳐 92.11.28 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 ① 청구인은 과세기간중에 과세유형전환을 한 것이 아니고 이미 과세특례사업에 대하여 폐업신고를 하고 일정기간이 지난후에 기존보다 더 큰 임대건물을 신축할 예정이므로 과세특례자의 범위에 속하지 아니하기 때문에 신규로 일반과세자로서 사업자등록을 신청하였고 처분청을 일반과세자로 사업자등록증을 교부하였다. ② 청구인은 적법하게 교부된 일반과세자 사업자등록증으로 거래를 하였고 부가가치세법에 의한 사업자등록증 검열도 받았으며 이 건 매입세액도 일반과세자의 사업자등록증에 근거하여 적법하게 거래징수당한 것으로 처분청이 적법하게 일반과세자 사업자등록증을 교부한 후에 기존의 과세특례사업에 대하여 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하였다고 하여 이를 부인한 처분은 부당하다. ③ 청구인의 경우 기존의 과세특례자는 이미 폐업신고(91.7.25)하였으므로 과세기간 개시 10일전인 91.12.21까지 과세특례포기신고를 할 수도 없을 뿐만 아니라 기존의 임대부동산에 비해 대지면적도 다르므로 신규로 개시한 사업은 기존의 과세특례자와는 별개의 사업으로 보아야 하며, 처분청이 부가가치세법 제17조 제2항에 규정한 매입세액 불공제에도 해당되지 아니한 이 건 부가가치세에 대한 환급을 거부한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 청구인이 기존의 임대용 건물을 철거하고 기존 과세특례자 대한 폐업신고를 제출한 것은 91.7.25 이며 새로운 임대건물을 신축하기 위하여 관할 울산시 남구청에서 건축허가를 받은 날이 91.5.17(허가번호 1-211-1)로 확인되는 바, 청구인은 새로운 임대건물을 짓기 위하여 건물을 철거한 것이고, 당해 사업을 계속할 의사가 없어 영업활동을 영구적으로 종료하는 것이 아닌 것으로 보여지므로 기존의 과세특례자에 대하여 폐업신고를 해서는 아니되며 청구인은 92년 제1기부터 일반과세자로 적용받기 위하여는 당해 과세기간 개시10일전인 91.12.21까지 과세특례포기신청을 했어야 적법한 과세유형전환이라고 할 수 있는데 이를 이행하지 아니하였으므로 비록 청구인이 일반과세자로 사업자등록증을 신규교부받았다 하더라도 적법한 처리가 아니며 처분청이 이 건 부가가치세 환급을 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 과세특례자로 부동산임대업을 영위하다가 폐업신고를 하고 일정기간이 지난 후에 일반과세자로 사업자등록을 하여 건물을 신축한 경우 그 건물신축에 관련된 매입세액을 공제받을 수 있는지를 가리는데 다툼이 있다. 나. 관련법령 ① 부가가치세법 제5조 및 같은법시행령 제9조 와 제10조의 규정을 모아보면 “신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 사업개시일부터 20일내에 사업자등록을 하여야 하고, 정부는 등록한 사업자에게 사업자등록번호가 부여된 사업자등록증을 교부하여야 하며, 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 변동사항에 변동이 발생한 때에는 휴업(폐업)신고서에 사업자등록증을 첨부하여 지체없이 소관세무서장에게 신고하여야 한다. 사업자등록증의 교부를 받은 사업자는 매년 1월1일부터 1월 31일까지와 7월1일부터 7월31일까지의 기간내에 소관세무서장에게 사업자등록증의 검열을 신청하여 그 검열을 받아야 한다”고 규정되어 있다. ② 부가가치세법 제17조 제1항에서 “사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. 1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한세액. 2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세액”이라고 규정되어 있다. ③ 부가가치세법 제24조 제1항과 제2항 및 같은법시행령 제72조 제1항과 제73조 제1항·제2항에서 “정부는 각 과세기간별로 당해과세기간에 대한 환급세액을 확정신고기한 경과후 30일내에 사업자에게 환급하여야 하며, 법 제11조의 규정(영세율)이 적용되는 때나 사업설비를 신축·취득·확장 또는 증축하는때(사업설비투자 실적명세서 첨부)에는 각 예정신고 기간별로 그 예정신고기한 경과후 20일 이내에 사업자에게 환급(조기환급)하여야 한다”고 규정되어 있다. 다. 부가가치세의 납부세액계산 방법과 과세유형전환 ① 부가가치세는 사업자를 일반과세자와 과세특례자로 구별하여 납부세액의 계산방법을 O리하고 있다. 즉, 일반과세자는 부가가치세법 제17조 의 규정에 의하여 매출세액에서 매입세액을 공제하여 납부세액을 계산하지만, 과세특례자는 부가가치세법 제26조 의 규정에 의하여 공급대가의 일정비율을 납부세액으로 하고 있다. 위와 같이 사업자의 과세유형에 따라 납부세액이 다르기 때문에 부가가치세법에서 과세유형의 전환에는 일정한 절차와 요건을 갖추도록 규정하고 있다. ② 과세특례자로 부동산임대업을 영위하는 사업자가 일반과세자로 과세유형을 전환하여 임대용건물을 신축할 경우 국가는 그 건물신축에 관련된 매입세액을 사업자에게 공제(환급)하여야 하는 결과가 되므로, 세부담의 형평을 기하고 과세기간단위로 구분하여 부가가치세를 과세하기 위하여 부가가치세법 제30조 에서 과세특례자가 일반과세자로 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 과세특례포기신고를 하도록 규정하고 그 후 3년간은 다시 과세특례자로 적용받을 수 없도록 하는 등 사후 관리규정을 두고 있다. ③ 부가가치세법시행령 제10조 에서 사업의 폐업에 관하여 규정하고 있는 바, 과세특례자로 부동산임대사업을 영위하는 사업자가 기존건물을 철거하고 새로운 건물을 신축하면서 임대사업의 계속성과 동일성이 유지되고 있는 경우 과세특례자로서의 사업을 폐업신고하고 일반과세자로 신규로 사업자등록을 신청하였다 하더라고 이는 실질적으로 사업을 폐업하고 새로운 사업을 개시한 것이라고 볼 수 없으므로 부가가치세법 제30조 제2항에 규정한 과세특례포기신고서를 제출하지 아니하면 일반과세자로 적용받을 수 없다 할 것이다. 라. 청구인이 87.1.1부터 91.7.25(폐업신고일)까지 과세특례자로 사업을 영위한 부동산임대업과 92.1.5(사업자등록 신청일 91.12.28)이후 일반과세자로 부동산임대업을 영위한 이 건의 경우, 사업의 계속성과 동일성이 유지되고 있다고 볼 수 있는지에 대하여 ① 청구인은 과세특례자로 부동산임대업을 영위하던 경상남도 울산시 남구 O동 OOOOOOO 대지 132.2㎡의 지상건물 314.14㎡(지하1층, 지상3층)를 새로이 신축한 건물을 준공한 날인 92.4.7보다 약 11개월전인 91.5.18 이미 철거한 사실이 있고, ② 청구인은 기존의 임대용 건물과 인접한 대지 125.6㎡(같은동 OOOOOOO)를 추가로 확보하여 기존대지 132.2㎡와 합병한 후 그 지상 257.8㎡에 기존건물의 건축면적보다 약 4배가 더 넓은 건물 1,207.19㎡(지하1층, 지상6층)를 신축하였으며, ③ 청구인은 91.5.18 기존건물을 철거하고 91.7.25 과세특례사업을 폐업신고 한 후인 91.10.2 OOOO건설주식회사(사업장: 서울특별시 강남구 OO동 OOOOOOO, 사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO)와 새로운 건물의 신축공사계약(공사기간 91.10.27～92.3.28)을 체결(민간건설공사표준도급계약서 91.10.2)하여 91.10.27 공사를 착공한 사실이 있고, ④ 청구인은 과세특례자로서의 사업을 폐업신고한 91.7.25부터 약 5개월 후인 91.12.28 일반과세자로 사업자등록을 신청한 것으로 보아 건물을 철거하고 폐업할 때부터 계속해서 부동산임대사업을 영위할 목적이 있었다고 보기도 어렵다. ⑤ 처분청이 91.7.25 과세특례사업에 대한 폐업신고를 받아들이고 92.1.5 일반과세자로 사업자등록증을 신규로 교부한 바 있어 그 귀책사유를 모두 청구인에게만 부담시키는 것은 국세기본법 제15조 에 규정한 신의성실의 원칙에 비추어 볼 때 바람직스럽지 아니하다고 보여진다. ⑥ 위의 사실로 미루어 볼 때, 청구인의 기존 과세특례자로서의 부동산임대용역업과 신규 일반과세자로서의 부동산임대용역업은 계속성과 동일성이 유지되지 아니한다고 보여진다. 마. 위의 관계법령과 사실등을 종합하여 볼 때, 청구인은 실질적으로 과세특례자로서의 기존의 부동산임대업을 폐업하고 일정기간이 지난 후에 신규로 일반과세자로 사업자등록을 하여 종전과는 다른 부동산임대업을 영위한 것으로 보여지므로 정당하게 교부된 일반과세자 사업자등록증으로 거래상대방(OOOO건설주식회사)과 거래한 이 건 부가가치세 매입세액을 공제(환급)하여야 한다고 판단된다. 바. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 93.4.2 국세심판관 합동회의의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제 65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.