이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2016.9.27.부터 2021.2.16.까지 외항선에서 내항선으로 자격전환하면서 외국항행 후 사용하고 남은 선박용 연료유(MFO : Marine Fuel Oil, 중유와 경유의 혼합유, 이하 “쟁점물품”이라 한다)에 대하여 중유[관세통계통합품목분류표(HSK) 제2710.19-4030호]로 수입신고하여 관세, 개별소비세, 교육세, 부가가치세를 납부하였고, 내항선에서 외항선으로 다시 자격전환하면서 국내사용량 공제 후 남은 잔존유에 대하여는 관세, 개별소비세, 교육세를 환급받았다. 나. 처분청은 2021.9.27.부터 2021.12.25.까지 청구법인에 대한 관세조사를 실시한 결과, 쟁점물품에는 적재할 때 교통세를 면제받았던 경유가 포함되어 있음에도 청구법인이 외국항행 후 외항선에서 내항선으로 자격전환하면서 중유로 수입신고하여 개별소비세만 납부하고 쟁점물품에 포함된 경유분에 해당되는 교통세는 누락하였다고 보아, 2021.11.30. 청구법인에게 수입신고번호 OOO 외 OOO건에 대하여 중유와 경유를 각 분리하여 전체를 중유로 신고납부한 세액과 각 분리하여 신고납부할 세액의 차액분에서 원상태수출 환급액을 상계하여 교통세 OOO원, 교육세 OOO원 및 부가가치세 OOO원 합계 OOO원을 경정ㆍ고지(이하 “쟁점처분”이라 한다)하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2022.2.22. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 외항선에서 내항선으로 자격전환시 쟁점물품은 중유로 분류되므로, 교통세 과세대상이 아니다. 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」(이하 “교통세법”이라 한다)에서 혼합유(잔존유)의 경우와 같이 2 이상의 물품에 해당하는 경우 당해 물품의 형태ㆍ용도ㆍ성질 기타 중요한 특성에 따라 과세대상 물품을 판정해야하고, 그 특성이 명확하지 아니한 경우에는 주된 용도에 따라 판정하며, 특성과 주된 용도가 명확하지 아니한 경우에는 높은 세율이 적용되는 물품으로 취급하도록 규정하고 있다. 이 건 관련 선박의 연료유는 중유에 경유가 혼합되어 있지만 중유에 중요한 특성이 있으므로 교통세법상 중유로 판정되고, 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제24조 제1항에 따른 「석유제품의 품질기준과 검사방법 및 검사수수료에 관한 고시」(2019.4.29. 산업통상자원부 고시 제2019-67호로 개정된 것) [별표] 석유제품의 품질기준으로 볼 때 중유에 부합하므로 중유에 해당한다. 또한 공급받은 선박유류 중 경유가 혼합된 부분에 대해 내항선으로 자격전환(수입신고)시 선박 잔존유는 특별법( 「관세법」 제4조 제1항, 「국세기본법」 제3조 제2항) 우선적용에 의거 관세 등은 수입신고 시점의 물품의 성질과 그 수량에 따라 부과되는데, 쟁점물품은 중유(HSK 제2710.19-4030호)로 품목분류된다. 현재 대부분의 선박에서 연료유로 사용하는 저유황유(LSFO)의 경우 정유사에서 단일제품 뿐만 아니라 경유를 블렌딩하여 생산하는 경우나 외국항행 중 해외에서 공급받은 중유에 경유가 혼합되어 있더라도 자격전환(수입통관)시 중유로 신고되며, 경유를 별도로 분리해서 신고하고 있지 않다. 정유사나 유류공급업체는 중유나 경유를 수입하거나 제조장에서 반출할 때 개별소비세나 교통세를 납부하여야 하고, 외국항행선박에 공급할 때 개별소비세나 교통세를 환급 또는 면세받을 수 있으므로 이들 입장에서는 혼합유인 중유보다는 환급액(면세액)이 많은 경유를 구분하여 공급하는 것이 유리하다. 청구법인은 정유사에 MF-120, MF-180 등의 중유를 연료유로 주문하지만 정유사는 제품의 품질을 위해 자의적으로 경유를 혼합(경유비율이 일정하지 않음)하여 공급하면서 ‘환급대상수출물품반입(적재)확인서’(이하 “반입확인서”라 한다)에 중유와 경유를 구분ㆍ기재하여 경유분에 대하여는 중유에 해당하는 개별소비세보다 많은 교통세를 면세 또는 환급받음으로써 결과적으로 혼합된 경유분에 대하여 과다 면세 또는 환급을 받은 것이고, 이에 따라 청구법인은 선박 연료유로 중유를 공급받는 소비자임에도 잔존유에 대해 내항선으로 자격전환시 세관으로부터 중유와 경유를 분리하여 경유에 대하여는 적재시 면제받은 교통세를 추가로 부과받은 것이다. 위와 같이 처분청이 쟁점물품에 대하여 중유와 경유를 분리하여 과세하는 것은 헌법상 자기책임의 원리에 반할 뿐만 아니라 과세의 형평성에도 어긋나며 이중과세의 문제도 있다. 청구법인은 정유사나 유류공급업체로부터 선박유를 공급받을 때 유류공급확인서(Bunker Delivery Receipt, 거래명세서)에 경유가 포함된 사실을 확인할 수 없고 확인할 의무도 없으며, 외국항행 후 내항선으로 자격전환하면서 잔존유류에 대한 수입통관시 공급받은 연료유의 수량을 확인하기 위해 정유사로부터 전달받은 반입확인서를 통해 비로소 경유가 혼합된 사실을 확인할 수 있다. 또한 처분청은 반입확인서를 통해 잔존유류에 대한 수입통관시 경유가 포함된 사실을 확인할 수 있었음에도 쟁점처분이 있기 전까지는 경유의 분리과세 문제를 제기하지 않았고 경정 등의 부과처분도 하지 않았다. 한편, 2021.2.17. 교통세법 시행령 제23조 가 일부 개정되었는데, 개정취지를 보면, 외국항행선박 및 원양어업선박에 사용하는 조건으로 교통세가 면제되었으나 그 외국항행 및 원양어업이 종료되어 국내로 반입된 남은 석유류에 대하여 「관세법」상 과세물건이 되어 관세 등이 부과된 경우에는 용도외 사용에 따른 교통세의 신고ㆍ납부 대상에서 제외함으로써 이중과세를 방지하려는 것임을 밝히고 있다. 위 개정내용으로 볼 때 교통세법 시행령 제23조 일부개정 이전까지 외항선박의 자격변경시 공급된 잔존유류에 대한 교통세 등의 부과는 이중과세의 문제가 있었음을 추정할 수 있다. (2) 쟁점처분은 신의성실원칙과 새로운 해석에 따른 소급과세금지 원칙에 의거 취소되어야 한다. 청구법인은 쟁점처분 이전에 2001년부터 2021년까지 자격변경시 잔존유인 선박 연료유를 수입통관하면서 과세관청이 중유와 경유를 분리과세한 사실은 없고, 쟁점처분 이전에 동일한 사안에 대하여 분리과세한 사실도 없다. 이러한 과세관청의 태도가 「국세기본법」 제18조 제3항 및 「관세법」 제5조 에 규정된 비과세관행의 요건에 해당한다면 쟁점처분은 소급과세에 해당하여 위법한 과세가 된다. 「국세기본법」 제18조 제3항 및 「관세법」 제5조 는 “세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다”고 규정하고 있는데, 비과세관행이 성립되기 위해서는, ① 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하여야 하고, ② 과세관청이 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 하며, ③ 이와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다(대법원 2003.9.5. 선고 2001두7855 판결 등). 이 건과 관련하여 볼 때, 청구법인이 외항운항을 위하여 선박 연료유(조건부 면세)를 공급받고 외국항행 종료 후 내항선으로 자격변경한 후 「관세법」상 수입통관절차에 의하여 잔존 선박 연료유를 수입통관하였다. 자격변경시 선박 연료유는 중유와 경유가 혼합된 물품의 경우에도 수입신고 시점의 물품의 성질과 수량에 따라 부과되므로 중유(HSK 제2710.19-4030호)로 품목분류하고 관세 등(관세 3%와 개별소비세, 부가가치세)을 납부해 왔다. 이에 대해 관세청은 약 20년 동안 경정 또는 결정통지를 하지 않은 사실은 쉽게 입증이 가능하다고 사료되므로, 위 요건 중 ① 요건 즉, 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재하여야 한다는 점은 쉽게 충족될 수 있을 것으로 보인다. 다음으로 과세관청이 자신이 그 사항에 관하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정 때문에 과세하지 않는다는 의사가 있어야 한다는 점에 관하여 볼 때, 사실관계의 측면에서는 관세청의 비과세가 해석상의 착오(만약 현재의 해석이 옳다는 결론에 이를 때)로 인한 것인지, 과세관련 규정 미비인지 아니면 과세할 수 있음을 알면서 과세하지 않은 것인지는 분명하지 않은 면이 있으나, 판례는 과세관청의 과세요건사실의 인식은 실제로 과세할 수 있음을 알아야 하는 것은 아니고 납세자의 입장에서 외관상 과세관청이 그 정을 알 수 있었던 것으로 볼 수 있으면 된다는 취지(대법원 1982.11.23. 선고 81누21 판결 등 참조)이다. 그런데 용도변경된 선박의 잔존유에 대한 과세처분과 관련하여 비과세관행을 인정한 2003년도 감사원 심사청구결정(감심 2003-0096)에서 자격전환시 잔존유를 경유와 중유로 분리과세한 것이 타당하다면 그 이후 과세관청은 잔존유에 대해 분리과세하였어야 하나 청구법인 외 동종업체의 많은 선사들이 자격전환시 과세관청으로부터 지적받거나 분리과세하지 않아 세액경정 등으로 추징받은 바 없다. 이는 청구법인 등 납세자의 입장에선 과세관청이 과세할 수 있음을 알고서도 비과세처리를 하여온 것으로 믿을 수밖에 없다고 보아야 할 것이며, 이는 외관상 과세관청이 그 정을 알 수 있었던 것으로 볼 수 있는 사정에 해당한다고 사료된다. 위와 같은 공적 견해나 의사는 명시적 또는 묵시적으로 표시되어야 한다는 점에 관하여 볼 때, 이 건에서 이러한 공적 견해가 명시적으로 표시되었다는 점에 대한 근거로는 1999.10.23. 관세청 회신과 「관세법」상 품목분류기준을 들 수 있다. 1999.8.17.자 ‘외항항차후 남은 선박유에 대한 교통세 부과 대상여부에 관한 질의(동해해기 제21호)’에 대하여, 관세청장은 1999.10.23. “경유(26.3%)와 중유(73.7%)를 혼합하여 생산된 제품(ㅇㅇ)인 질의물품은 관세율표번호 000.00.0000호에 분류되며 관세는 수입신고 시점의 물품의 질과 그 수량에 따라 부과되는 바 동 물품을 경유와 중유로 분리과세함은 타당하지 아니하고 따라서 교통세 부과대상에도 해당하지 아니한다”고 회신하였다(1999.10.23. 관세청 통관 00000-0000). 또한 판례는 “일반적으로 납세자에게 받아들여진 국세행정의 관행이 있으려면 반드시 과세관청이 납세자에 대하여 불과세를 시사하는 명시적인 언동이 있어야만 하는 것은 아니고 묵시적인 언동, 다시 말하면 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 계속되는 경우에 그것이 그 사항에 대하여 과세의 대상으로 삼지 아니하는 뜻의 과세관청의 묵시적인 의향표시로 볼 수 있는 경우 등에도 이를 인정할 수 있다”고 판시(대법원 1984.12.26. 선고 81누266 판결)하고 있고, 위 판례는 묵시적인 의향표시와 관련하여 상당기간의 비과세 상태에 대하여 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 것으로 볼 수 있는 ‘특별한 사정’을 필요로 한다는 취지(대법원 1996.1.26. 선고 95누75575 판결)로서, 그와 같은 ‘특별한 사정’으로는 수출확대(대법원 1981.3.10. 선고 81누16 판결의 사안), 법인의 재무구조강화, 투기억제 등과 같은 경제정책상의 목적을 들 수 있다(임승순, 조세법, 박영사, 2003, 제67쪽). 그런데 이 건 관련 관세청의 장기간에 걸쳐 수입통관시 잔존유인 선박 연료유에 대하여 분리과세하지 아니하고 그 품목분류를 중유로 유지한 것은 외항선사들을 지원하기 위한 정책적 목적 등의 특별한 사정이 존재하였을 것으로 합리적으로 추정할 수 있다. 「국세기본법」 제18조 제3항 및 「관세법」 제6조 에 따라 신의성실의 원칙을 적용하기 위해서는, 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다. 청구법인은 과세관청으로부터 쟁점물품이 중유로 분류되고 교통세 납부대상이 아니라는 회신이 있었고, 수입통관 시 중유로 품목분류하여 신고할 때 관할세관에 제출하는 반입확인서 상에 중유에 혼합된 경유의 비율이 표시되어 있음에도 중유와 경유를 분리하여 신고하라는 지적을 받은 바도 없어 계속하여 같은 방법으로 쟁점물품을 수입통관하여 온 것이다. 그리고 쟁점처분시 과세관청으로부터 가산세 면제와 수정수입세금계산서 발급을 받은 것은 청구법인에게 정당한 사유나 청구법인에게 귀책사유가 없음을 확인할 수 있고, 과세관청의 교통세 부과처분으로 청구법인 외 많은 외항선사의 심각한 이익의 침해가 발생하고 있다. 나. 처분청 의견 (1) 외국항행을 조건으로 면세를 받은 경유에 대하여 자격전환시 용도외 사용으로 경유에 대하여 면제된 교통세를 부과하는 것은 적법ㆍ타당하다. 유류제조공급자(정유사)는 외국항행 예정인 선박에 혼합연료유인 쟁점물품을 공급하면서 혼합된 경유와 중유의 양을 각각 구분하여 적재한 후 세관에 ‘반입확인서’를 발급받아, 이를 근거로 세무서에 외국항행선박 면세유류공급명세서(이하 “유류공급명세서”라 한다)를 제출하여 경유에 대해서는 교통세법 제15조 제1항 제3호에 의거 외국항행용 조건부 면세를 받고 중유에 대해서는 「개별소비세법」 제18조 제1항 제9호에 따라 외국항행용 조건부 면세를 받아 양수인인 청구법인에게 공급하였다. 청구법인은 조건부 면세 물품의 양수인으로서 외국항행용 연료로 사용할 조건이행 의무가 있으며, 동 용도외 사용시 조건부 면세액에 대한 신고납부의무가 있음에도 청구법인은 용도외 사용량에 대한 교통세 대신 중유에 부과되는 개별소비세를 신고납부하였다. 청구법인은 외국항행 후 내항선으로 자격전환시 남은 쟁점물품에 대해 외국항행조건 용도를 변경시 교통세법 제15조 제2항 및 「개별소비세법」 제18조 제3항에 따라 관할 세관장에게 수입신고를 하고 세액을 납부하는데, 청구법인은 위 법령에 의거 외국항행 조건으로 내국세를 면세받은 중유 및 경유에 대하여 자격전환(외항선에서 내항선) 후 남은 쟁점물품에 대해 용도변경을 사유로 구성 비율에 따라 경유분에는 교통세를, 중유분에는 개별소비세를 납부하여야 하나, 수입신고시 중유에 해당되는 개별소비세만 납부하여 경유분에 해당되는 교통세가 누락되었기에 쟁점처분을 한 것이다. (2) 쟁점처분은 소급과세금지 및 신의성실원칙에 위배되지 않는다. 관세청장은 1999.10.23. 잔존유 관련 질의에 대해 분리과세는 타당하지 않고 교통세 부과대상에 해당되지 않는다고 회신한 바 있으나, 2002.11.1. 기획재정부장관은 “내항선박으로서 외국항행을 조건으로 면세유를 공급받은 선박이 외국항행 후 국내에 입항하는 경우 당해 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 ∼(중략)∼ 내항선박에 대한 면세유 공급조건인 외국항행이 종료된 것이므로 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 교통세가 과세되는 것”이라고 회신하였다. 이후 관세청장은 2019년, 2020년에 기획재정부장관 및 국세청장으로부터 교통세 과세대상이라는 회신을 받아 동일내용을 일관적으로 일선세관에 시달한 사실이 있고, 2004년 교통세법 시행령 및 「개별소비세법 시행령」이 개정되어 외국항행 선박의 용도 변경시 내국세의 신고ㆍ납부가 세무서장에서 세관장 관할로 변경되면서 ‘외국무역선의 내항선 자격전환시 잔존유류 등에 대한 용도변경 등에 따른 교통세 등 징수업무 지침’을 시달하였으며, 동 지침은 2007년 10월, 2013년 5월 및 2015년 5월에 각 관세청 고시, 관세청 시행세칙 및 훈령으로 개정되어 시행되었다. 이러한 유권해석과 법령의 개정사항을 살펴보면, 청구법인의 주장과 달리 쟁점물품 중 경유분에 대한 교통세 분리과세는 장기간에 걸쳐 확립되어 왔으므로 쟁점처분은 세법상 소급과세금지의 원칙 및 신의성실의 원칙에 위배되지 않는다. 청구법인은 선박용 연료유의 구성비율에 따라 중유와 경유를 분리하여 과세하는 것은 소급과세금지 원칙에 위배되며, 1999년도에 선박잔존유에 대해 중유와 경유를 분리하여 과세함은 타당하지 않다는 관세청의 공적 견해표명이 존재하였고, 청구법인은 공적견해 표명에 대한 신뢰에 귀책사유가 없다고 주장한다. 이와 관련하여 대법원 2009.12.24. 선고 2008두15350 판결에 따르면 소급과세 금지 원칙이 적용되기 위해서는 ① 장기간에 걸쳐 과세하지 아니한 객관적인 사실이 존재할 것, ② 이러한 비과세사실이 불특정의 일반납세자에게 이의 없이 받아들여졌을 것, ③ 과세관청이 과세할 수 있음을 알면서도 어떠한 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 명시적 또는 묵시적으로 표시되었을 것, 상기 세 가지 조건이 모두 충족되어야 하며, 대법원 2011.5.13. 선고 2008두18250 판결에 의하면 「관세법」 제5조 제2항에 의한 비과세관행이 성립하기 위해서는 과세하지 않은 객관적 사실 뿐만 아니라 과세관청이 과세하지 아니한다는 의사표시가 있어야 하나, 그러한 의사표시는 과세물건에 대한 비과세의 사실상태가 장기간에 걸쳐 지속된 경우 묵시적인 의향의 표시라고 볼 수 있는 정도이면 족하다고 할 것이고, 일단 성립한 비과세 관행이 더 이상 유효하지 아니하다고 하기 위해서는 앞으로 과세하겠다는 과세관청의 확정적인 의사가 표시되어야 하며 그러한 의사표시는 처분 또는 결정과 같이 구체적인 행정작용을 통해 이루어질 필요는 없지만 적어도 공적견해 표명으로서 그로 인해 납세자가 더 이상 종전의 과세관행을 신뢰하는 것이 무리라고 여겨질 정도에 이르러야 한다고 판시한 바 있다. 또한 대법원 1996.1.23. 선고 95누13746 판결에 따르면 신의성실 원칙이 적용되기 위해서는 과세관청이 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하였을 것, 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 납세자에게 귀책사유가 없을 것, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 이에 따라 어떠한 행위를 하였을 것, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 그 견해표명을 신뢰한 납세자의 이익이 침해되었을 것, 상기 네 가지 조건이 모두 충족되어야 한다. 그런데, 앞서 살펴본 바와 같이, (i) 관세청장이 1999.10.23. 잔존유 관련 질의에 대해 분리과세는 타당하지 않으며 교통세 부과대상에 해당되지 않는다고 회신한 이후인 2002년, 2019년, 2020년에 기획재정부장관 및 국세청장으로부터 교통세 과세대상이라는 회신을 받아 동일내용을 일관적으로 일선세관에 시달한 사실이 있고, (ii) 2004년 교통세법 시행령 및 「개별소비세법 시행령」이 개정되어 외국항행 선박의 용도변경시 내국세의 신고ㆍ납부가 세무서장에서 세관장 관할로 변경되면서 ‘외국무역선의 내항선 자격전환시 잔존유류 등에 대한 용도변경 등에 따른 교통세 등 징수업무 지침’을 시달하였고, 동 지침은 2007년 10월, 2013년 5월 및 2015년 5월에 각 관세청 고시, 관세청 시행세칙 및 훈령으로 개정되어 시행된 바 있다. 위와 같이 과세관청의 새로운 공적 견해표명이 수차례에 걸쳐 존재함에도 청구법인은 관련 개정 법령과 후속조치 등을 인지하지 못하였다는 점을 고려하여 보면, 쟁점처분이 신의성실 원칙에 위배된다는 청구법인의 주장은 타당하지 않다고 할 것이다. 또한, 2004년 이후 경정처분 등의 구체적인 행정작용이 없었다 하더라도 관련 법령 개정 및 지침 시달 등으로 종전 비과세관행이 일소되었다고 볼 수 있으므로 쟁점처분이 소급과세 금지 원칙에도 위배된다는 청구법인의 주장도 타당하지 않다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 ① 중유로 품목분류되어 개별소비세 과세대상인 선박용 연료유의 잔존유에 교통세 과세대상인 경유가 포함되어 있다고 하여 이를 분리하여 경유 상당량에 해당하는 교통세와 개별소비세의 차액을 과세한 처분의 당부 ② 쟁점처분이 소급과세금지 및 신의성실원칙에 위배되는지 여부 나. 관련 법령 등 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 쟁점물품은 중유에 경유가 일정 부분 포함되어 있는 혼합유 상태의 선박용 연료유로, 「관세법」 상 HSK 제2710.19-4030호의 중유로 품목분류되고, 중유의 경우 「개별소비세법」상 개별소비세(리터당 17원)과세대상에 해당한다. 한편, 「관세법」상 HSK 제2710.19-3000호에 분류되는 경유는 교통세법상 교통세(리터당 340원) 과세대상에 해당한다. (2) 청구법인이 정유사에 MF-120, MF-180 등 필요한 등급의 선박용 연료유(중유)를 주문하면, 정유사는 해당 등급에 부합하도록 각 탱크에 구분ㆍ보관되고 있는 중유 및 경유를 비율에 맞게 꺼낸 뒤 청구법인에게 공급하기 전에 이를 혼합하여 청구법인이 주문한 중유로 만들어 청구법인에게 공급하는 것으로 나타난다. (3) 정유사는 외국항행선박에 사용하는 선박용 연료유를 「개별소비세법」 제18조 제1항 제9호, 교통세법 제15조 제1항 제3호에 따라 개별소비세 및 교통세를 면세받기 위하여 선박회사 등에게 공급할 때, 선박용 연료유의 품목번호는 중유(HSK 제2710.19-4030호)로 기재하였으면서도 중유와 경유를 각각 구분하여 기재한 적재확인서를 세관장에게 제출하여 확인받고, 이를 근거로 적재확인서의 기재내용과 같이 중유와 경유가 각각 구분되어 기재되어 있는 “외국항행선박 면세유류 공급명세서”를 세무서장에게 제출하여 각 해당 유량에 상당하는 개별소비세와 교통세를 면세받는 것으로 나타난다. (4) 「개별소비세법」 제18조 제3항 및 교통세법 제15조 제2항은 위 조건부 면세를 받고 외국항행에 사용한 후 남은 중유 및 경유를 국내로 반입하는 등 그 용도를 변경하는 경우 해당 유류의 반입자는 개별소비세 및 교통세를 납부하여야 한다고 규정하고 있으나, 이중과세를 방지하기 위하여 2021.2.17. 「개별소비세법 시행령」 제33조 제1항 제4호 및 교통세법 시행령 제23조 제1항 제3호에 각각 단서를 신설하여 「관세법」 제14조 에 따른 과세물건에 해당하게 되어 개별소비세 또는 교통세가 부과된 경우에는 용도 변경에 따른 개별소비세 또는 교통세를 징수하지 아니하도록 개정하였다. 위 시행령 개정에 따라 처분청은 2021.2.17. 이후 자격변경에 따른 잔존 선박용 연료유 수입신고분에 대하여는 교통세를 추징하지 아니하였다. (5) 외국항행 후 남은 잔존유인 선박용 연료유의 교통세 과세관련 유권해석을 보면 아래와 같다. (가) 관세청장은 1999.10.23. 통관 47240-1227호로 ‘외국항행 후 남은 잔존유인 질의물품은 벙커씨유에 분류되며, 관세는 수입신고시점의 성질과 수량에 따라 부과되므로 질의물품을 경유와 벙커씨유로 분리과세함은 타당하지 아니하고, 따라서 교통세 부과대상에도 해당하지 아니한다’고 회신하였다. (나) 기획재정부장관은 2002.11.1. 소비 46018-278호로 ‘내항선박으로서 외국항행을 조건으로 면세유를 공급받은 선박이 외국항행 후 국내에 입항하는 경우 당해 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 교통세법 제15조 제2항 및 동법 시행령 제23조 제1항 제3호의 규정에서 정하고 있는 내항선박에 대한 면세유 공급조건인 외국항행이 종료된 것이므로 선박에 적재된 잔존유류에 대해서는 교통세가 과세된다’고 회신하였다. 또한 기획재정부장관은 2020.10.27. 관세청장의 ‘외국항행 종료 후의 잔존 선박유에 대하여 수입시 부과하는 수입분 유류세 부과ㆍ징수 외에 별도로 추가적인 용도외 징수(면세조건 불이행 조치) 절차를 이행해야 하는지에 대한 질의’에 대하여 위 2002.11.1.자 유권해석을 유지한다는 입장을 국세청을 통하여 회신하였다. (6) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 처분청은 정유사가 외국항행선박에 사용한다는 조건으로 쟁점물품을 선박에 적재하면서 중유가 아닌 중유와 경유로 각각 구분하여 개별소비세와 교통세를 면세받은 것이고, 자격전환에 따라 국내로 반입하는 경우 외국항행이 종료되어 용도외 사용이 되는 것이므로 기획재정부장관의 2002.11.1.자 유권해석에 따라 수입신고시 중유에 포함된 경유분에 대하여는 이를 분리하여 기면세된 교통세를 징수하는 것이 적법ㆍ타당하다고 주장하나, 쟁점물품은 청구법인과 정유사 간 계약시에도 중유와 경유가 아닌 ‘혼합된 연료유’이고, 외국항행 후 수입신고할 때는 물론이고 위 계약에 따라 선박에 적재할 당시에도 중유에 경유가 혼합된 상태로서, 이 혼합된 연료유는 공급하기 전에 정유사가 직접 만들어 청구법인에게 공급하는 것이며, 혼합된 상태의 쟁점물품의 특성은 중유에 있으므로 「관세법」상 중유로 품목분류될뿐만 아니라 「개별소비세법」에 따르더라도 개별소비세 과세대상인 중유로 보이는 점, 정유사가 외국항행선박에 사용하는 조건으로 면세신청한 중유 또는 경유의 상태(혼합 이전)와 달리 청구법인이 공급받을 당시 중유에 경유가 혼합된 상태로 제공되는 이상 경유분에 대하여 교통세와 개별소비세의 차액에 해당하는 만큼 과다면세된 것인지는 별론으로 하더라도 쟁점물품이 청구법인의 선박에 적재될 때 교통세 과세대상으로 보기 어려운 점, 개별소비세 또는 교통세를 면세받아 외국항행에 사용한 후 남은 중유 또는 경유를 국내로 반입하는 경우 「관세법」 제14조 의 과세물건으로 보아 수입신고할 때 개별소비세 또는 교통세를 부과하는 것 이외에 위 잔존유에 대하여 「개별소비세법」 제18조 제3항 및 교통세법 제15조 제2항에 따라 용도외 사용으로 보아 면세된 개별소비세 또는 교통세를 징수하는 것은 이중과세에 해당하는 것으로 보이고, 이를 방지하기 위하여 2021.2.17. 「개별소비세법 시행령」 제33조 제1항 제4호 및 교통세법 시행령 제23조 제1항 제3호에 각각 단서 조항을 신설한 것으로 나타나는 점 등에 비추어 처분청이 쟁점물품에 포함된 경유분을 분리하여 교통세와 개별소비세의 차액만큼을 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (나) 쟁점②는 쟁점①이 인용되어 심리의 실익이 없으므로 심리를 생략한다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「관세법」제131조 , 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법령 등 (1) 관세법 제4조[내국세등의 부과ㆍ징수] ① 수입물품에 대하여 세관장이 부과ㆍ징수하는 부가가치세, 지방소비세, 담배소비세, 지방교육세, 개소세, 주세, 교육세, 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 및 농어촌특별세(이하 “내국세등”이라 하되, 내국세등의 가산세 및 강제징수비를 포함한다)의 부과ㆍ징수ㆍ환급 등에 관하여 「국세기본법」, 「국세징수법」, 「부가가치세법」, 「지방세법」, 「개소세법」, 「주세법」, 「교육세법」, 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」 및 「농어촌특별세법」의 규정과 이 법의 규정이 상충되는 경우에는 이 법의 규정을 우선하여 적용한다. 제85조[품목분류의 적용기준 등] ① 기획재정부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 품목분류를 적용하는 데에 필요한 기준을 정할 수 있다. (2) 관세법 시행령 제99조[품목분류의 적용기준] ① 법 제85조 제1항에 따른 품목분류의 적용기준은 기획재정부령으로 정한다. (3) 관세법 제85조 에 따른 품목분류의 적용기준에 관한 규칙[별표] ＜품목분류의 적용기준＞

번호

품명

적용기준

40

등유·중유·경유

가. 등유로서 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제24조 제1항에서 정한 품질기준에 적합한 것은 품목번호 제2710.19호 또는 제2710.20호의 “등유”에 분류한다.

나. 경유로서 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제24조 제1항에서 정한 품질기준에 적합한 것은 품목번호 제2710.19호 또는 제2710.20호의 “경유”에 분류한다.

다. 중유로서 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제24조 제1항에서 정한 품질기준에 적합한 것은 품목번호 제2710.19호 또는 제2710.20호의 “중유”에 분류한다.

(4) 교통·에너지·환경세법 제2조[과세대상과 세율] ① 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 부과할 물품(이하 “과세물품”이라 한다)과 그 세율은 다음과 같다. 2. 경유 및 이와 유사한 대체유류 리터당 340원 ② 과세물품의 세목과 종류는 대통령령으로 정한다. ④ 과세물품의 판정은 그 명칭여하에 불구하고 당해 물품의 형태ㆍ용도ㆍ성질 기타 중요한 특성에 의한다. ⑤ 과세물품이 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 구분된 2이상의 물품에 해당하는 경우에는 당해 물품의 특성에 따라 이를 판정하고, 그 특성이 명확하지 아니한 경우에는 주된 용도에 따라 판정하며, 특성과 주된 용도가 명확하지 아니한 경우에는 높은 세율이 적용되는 물품으로 취급한다. 제7조[과세표준의 신고] ① 제3조 제1호의 규정에 의한 납세의무자는 매월 제조장으로부터 반출한 물품의 물품별 수량 및 가격과 산출세액ㆍ미납세액ㆍ면제세액ㆍ공제세액ㆍ환급세액ㆍ납부세액등을 기재한 신고서를 다음달 말일까지 제조장을 관할하는 세무서장에게 제출하여야 한다. 제15조[조건부면세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장 또는 세관장의 승인을 얻은 경우에는 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 면제한다. 3. 의료용ㆍ의약품제조용ㆍ비료제조용ㆍ농약제조용 또는 석유화학공업용 원료로 사용하는 것과 외국항행선박ㆍ원양어업선박 또는 항공기에 사용하는 것 ② 제1항에 따른 물품으로서 대통령령이 정하는 바에 따라 반입지에 반입한 사실을 증명하지 아니한 것에 대하여는 관할 세무서장 또는 세관장이 그 반출자 또는 수입신고인으로부터 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수하며, 반입지에 반입된 후에 면세를 받은 물품의 용도를 변경하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생한 경우에 반입자는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지 제7조에 따른 신고서를 반입지 관할 세무서장 또는 세관장에게 제출하고 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 납부하여야 한다. 제17조[세액의 공제와 환급] ② 이미 교통ㆍ에너지ㆍ환경세가 납부되었거나 납부할 물품 또는 원재료가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 이미 납부한 세액을 환급한다. 이 경우 납부할 세액이 있는 때에는 이를 공제한다. 1. 과세물품 또는 과세물품을 사용하여 제조ㆍ가공한 물품을 수출하거나 주한외국군에 납품하는 경우 2. 제조장 또는 보세구역으로부터 반출한 과세물품을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 과세물품이 교통ㆍ에너지ㆍ환경세가 면제되는 경우 3. 제조장으로부터 반출한 과세물품을 제조장에 환입한 것으로서 대통령령이 정하는 바에 따라 관할세무서장의 확인을 받은 경우 4. 과세물품이 의료용ㆍ의약품제조용ㆍ비료제조용 또는 농약제조용 원료로 사용되는 경우와 항공기ㆍ외국항행선박ㆍ원양어업선박 또는 주한외교공관등에서 사용되는 경우 ⑧ 제2항 제4호의 규정에 해당하여 환급 또는 공제를 받은 물품이 소정의 용도에 사용되지 아니한 사실이 확인된 때에는 환급 또는 공제된 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 징수한다. (5) 교통·에너지·환경세법 시행령 제3조[과세물품의 세목] 법 제2조 제2항에 따른 과세물품의 세목은 다음과 같다. 2. 경유 및 이와 유사한 대체유류 가. 경유 나. 「석유 및 석유대체연료 사업법」 제2조 제10호의 규정에 의한 경유와 유사한 가짜석유제품 다. 법 제11조 제1항 제2호 각 목에 따른 차량 또는 기계 중 경유를 연료로 사용하는 것의 연료로 판매된 등유, 부생연료유(副生燃料油) 및 용제(溶劑) 라. 「자동차관리법」 제2조 제1호에 따른 자동차, 같은 법 시행령 제2조 각 호에 따른 기계 또는 차량(경유를 연료로 사용하는 것으로 한정한다)의 연료로 사용이 가능한 것으로서 가목부터 다목까지의 규정에 해당하지 않는 것 제22조[면세승인신청] ① 법 제15조 제1항 각 호 또는 법 제16조 각 호의 규정에 의하여 면세를 받고자 하는 자는 다음 각 호의 사항을 기재한 신청서를 당해 물품을 반출할 때에(수입물품의 경우에는 그 수입신고시부터 수입면허전까지) 관할세무서장 또는 세관장에게 제출하여 그 승인을 얻어야 한다. 1. 신청인의 주소ㆍ성명ㆍ명칭ㆍ주민등록번호 또는 사업자등록번호 2. 반출장소 3. 품명ㆍ수량ㆍ규격ㆍ단가ㆍ가격 및 세액 4. 반입장소 5. 반입자의 주소ㆍ성명 및 명칭 6. 반출예정연월일 7. 반입증명서, 물품반입확인서, 유류공급명세서(내항선인 원양어업선박의 경우에는 반입자의 반입보고서) 또는 기적허가서 제출기한 8. 신청사유 9. 기타 참고사항 제23조[조건부 면세물품의 반입자에 의한 용도변경등] ① 법 제15조 제1항의 물품이 반입지에 반입된 후에 해당 물품에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 때에는 반입자는 법 제15조 제2항에 따라 반입지 관할 세무서장(제3호의 경우에는 관할 세관장)에게 교통ㆍ에너지ㆍ환경세를 신고ㆍ납부해야 한다. 3. 법 제15조 제1항 제3호 중 외국항행선박 및 원양어업선박에 사용하는 석유류에 대하여 제17조 제2항 제2호에 따른 유류공급명세서(내항선인 원양어업선박의 경우에는 반입자의 반입보고서)를 제출한 후 그 용도를 변경하거나 양도한 때. 다만, 외국항행선박 및 원양어업선박이 외국항행 및 원양어업을 종료하여 사용하고 남은 석유류를 다시 국내로 반입함에 따라 「관세법」 제14조 에 따른 과세물건에 해당하게 되어 교통ㆍ에너지ㆍ환경세 또는 「개별소비세법」에 따른 개별소비세가 부과된 경우는 제외한다. (6) 개별소비세법 제1조[과세대상과 세율] ② 개별소비세를 부과할 물품(이하 “과세물품”이라 한다)과 그 세율은 다음과 같다. 4. 다음 각 목의 물품에 대해서는 그 수량에 해당 세율을 적용한다. 나. 경유 및 이와 유사한 대체유류: 리터당 340원 라. 중유(重油) 및 이와 유사한 대체유류: 리터당 17원 ⑧ 과세물품의 판정은 그 명칭이 무엇이든 상관없이 그 물품의 형태ㆍ용도ㆍ성질이나 그 밖의 중요한 특성에 의한다. ⑨ 동일한 과세물품이 제2항의 품목 중 둘 이상에 해당하는 경우에는 그 과세물품의 특성에 맞는 물품으로 취급하되 그 특성이 명확하지 아니한 경우에는 주된 용도로 사용되는 물품으로 취급하고, 주된 용도가 명확하지 아니한 경우에는 높은 세율이 적용되는 물품으로 취급한다. 제9조[과세표준의 신고] ① 제3조 제2호와 제6조 제1항 제1호에 따라 납세의무가 있는 자는 매 분기(제1조 제2항 제4호 또는 같은 항 제6호에 해당하는 물품은 매월) 판매장에서 판매하거나 제조장에서 반출한 물품의 물품별 수량, 가격, 과세표준, 산출세액, 미납세액, 면제세액, 공제세액, 환급세액, 납부세액 등을 적은 신고서를 판매 또는 반출한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일(제1조 제2항 제4호 또는 같은 항 제6호에 해당하는 물품은 판매 또는 반출한 날이 속하는 달의 다음 달 말일)까지 판매장 또는 제조장 관할 세무서장에게 제출(국세정보통신망을 통하여 제출하는 경우는 국세정보통신망에 입력하는 것을 말한다. 이하 같다)하여야 한다. 제18조[조건부면세] ① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대해서는 대통령령으로 정하는 바에 따라 개별소비세를 면제한다. 9. 외국항행선박, 원양어업선박 또는 항공기에 사용하는 석유류 ③ 제1항의 물품으로서 반입지에 반입된 후에 면세를 받은 물품의 용도를 변경하는 등 대통령령으로 정하는 사유가 발생하는 경우에는 반입자는 사유가 발생한 날이 속하는 분기의 다음 달 25일까지(제1조 제2항 제4호 또는 같은 항 제6호에 해당하는 물품은 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 다음 달 말일까지) 제9조에 따른 신고서를 반입지 관할 세무서장 또는 세관장에게 제출하고 개별소비세를 납부하여야 한다. (7) 개별소비세법 시행령 제30조[면세 승인신청] ① 법 제18조 제1항 각 호 및 제19조 각 호에 따른 물품에 대하여 면세를 받으려는 자는 다음 각 호의 사항을 적은 신청서를 해당 물품을 판매 또는 반출할 때에(수입물품의 경우에는 그 수입신고 시부터 수입신고수리 전까지) 관할 세무서장 또는 세관장에게 제출(국세정보통신망을 통한 제출을 포함한다)하여 그 승인을 받아야 한다. 1. 신청인의 인적사항 2. 판매 또는 반출 장소 3. 면세대상물품의 명세 4. 반입장소 5. 반입자의 인적사항 6. 반출 예정 연월일 7. 반입증명서, 물품반입확인서, 유류공급명세서, 선(기)적허가서(내항선인 원양어업선박의 경우에는 반입자의 반입보고서) 제출기한 8. 신청 사유 9. 그 밖의 참고사항 제33조[조건부 면세물품의 반입자에 의한 용도변경 등] ① 법 제18조 제1항의 물품으로서 반입지에 반입된 후에 해당 물품에 대하여 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하는 경우 반입자는 법 제18조 제3항에 따라 반입지 관할 세무서장(제4호의 경우에는 관할 세관장)에게 개별소비세를 신고ㆍ납부해야 한다. 4. 법 제18조 제1항 제9호(항공기에 사용하는 석유류는 제외한다) 및 제11호에 따른 물품: 제20조 제2항 제3호 및 제4호에 따른 유류공급명세서, 선(기)적허가서(내항선인 원양어업선박의 경우에는 반입자의 반입보고서)를 제출한 후 그 용도를 변경하거나 양도한 경우. 다만, 외국항행선박 및 원양어업선박이 외국항행 및 원양어업을 종료하여 사용하고 남은 석유류를 다시 국내로 반입함에 따라 「관세법」 제14조 에 따른 과세물건에 해당하게 되어 개별소비세 또는 「교통ㆍ에너지ㆍ환경세법」에 따른 교통ㆍ에너지ㆍ환경세가 부과된 경우는 제외한다. (8) 외국무역선의 내항선 전환시 잔존유류 과세방법에 관한 훈령 제1조[목적] 이 훈령은 외국무역선(원양어업선박을 포함한다)에 사용하기 위하여 공급하는 유류와 관련하여 외국무역선이 내항선으로 전환 시 잔존유류에 대하여 「교통·에너지· 환경세법」 제15조 , 제17조, 같은 법 시행령 제23조, 제24조, 「개별소비세법」 제18조 , 제20조, 같은 법 시행령 제33조 및 제34조에 따른 용도변경 등에 따라 세무서장의 조건부면세·공제 또는 환급분에 해당하는 교통·에너지·환경세 또는 개별소비세 등에 대한 적정한 과세방법 등을 정함을 목적으로 한다. 제2조[적용대상] 이 훈령은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 물품에 대하여 적용한다. 1. 「교통·에너지· 환경세법」 제15조 제1항 제3호 및 제17조 제2항 제4호 중 외국항행선박 및 원양어업선박에 사용하는 석유류 2. 「개별소비세법」 제18조 제1항 제11호 및 제20조 제2항 제2호 중 외국항행선박·원양어업선박에 사용하는 석유류 제5조[잔존유류에 대한 과세] ① 세관장은 제4조에 따라 확인된 잔존유류에 대하여 관세와 교통·에너지·환경세 또는 개별소비세와 교육세 등을 선입선출법 방식으로 산정된 과세표준에 대하여 부과·징수하여야 한다. ② 제1항의 과세대상 잔존유류는 제4조에 따라 확인된 잔존유류에서 내항선에서 외국무역선으로 자격전환을 하기 전의 기존 적재유류는 제외한다. 다만, 기존 적재유류에 대해 「수출용원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시」 제61조에 따라 환급대상수출물품적재확인서를 발급받았거나 이미 환급을 받은 경우에는 과세대상 잔존유류에 포함하여야 한다. ③ 제2조의 각 호의 물품을 외국무역선에 적재한 후 양도한 경우에는 계약서, 물품인수증 등에 의하여 양도사실을 확인한 후 양도인으로부터 면세분에 해당하는 교통·에너지·환경세 또는 개별소비세 등을 징수한다.