이유
1. 처분개요 가. 청구법인은 2015 ~ 2017사업연도(이하 “쟁점사업연도”라 한다)에 대하여 법인세 과세표준과 동일한 금액을 과세표준으로 하여 법인지방소득세를 신고.납부하였다. 나. 청구법인은 2020.11.25. 2010 ~ 2013사업연도 기간에 지출한 연구ㆍ인력개발비(이하 “이 건 연구개발비”이라 한다)에서 법인세 최저한세 제한 등으로 법인세에서 세액공제 받지 못한 금액 OOO원(이하 “쟁점세액공제액”이라 한다)을 지방소득세에서도 법인세와 마찬가지로 이월공제가 적용되어야 한다는 취지로 쟁점사업연도의 법인지방소득세 OOO원(이하 “이 건 법인지방소득세”라 한다)을 환급하여야 한다며 경정청구(이하 “이 건 경정청구”라 한다)를 하였으나, 처분청은 2021.1.20. 이를 거부(이하 “이 건 경정청구 거부처분”이라 한다)하였다. 다. 청구법인은 이에 불복하여 2021.4.15. 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 2014.1.1. 개정 전 지방세 법인세분과 개정 후 법인지방소득세는 명칭의 차이만 있을 뿐 내국법인의 소득에 대하여 지방자치단체에 납부하는 세목으로 실질에는 차이가 없고, 종전 지방소득세 법인세분의 계산에 있어서는 그 구조상 법인세분과 「조세특례제한법」 규정에 따라 산출된 법인세액에 대한 신뢰가 있었다고 보는 것이 타당하므로 2014.1.1. 법률 제12153호로 개정된 「지방세법」 부칙 제15조의 ‘종전의 규정’에는 지방세법뿐만 아닌 「법인세법」 내지 「조세특례제한법」의 규정이 포함된다고 보아야 한다. (2) 2013사업연도 이전 법인지방소득세의 과세표준은 법인세액을 산정하였는바, 청구법인은 당해 연도에 최저한세 등으로 인하여 공제받지 못한 쟁점세액공제액을 이후 사업연도에 공제할 수 있다는 구 「조세특례제한법」 제10조 및 제144조를 신뢰하였다. 청구법인은 이 신뢰 위에 이 건 연구개발비를 지출하였던 것이고, 이러한 신뢰는 법인세뿐만 아니라 그에 부가하는 법인지방소득세에 있어서도 동일하므로 이는 보호되어야 하는 신뢰에 해당한다. (3) 따라서, 2013사업연도 이전에 발생한 쟁점세액공제를 이월하여 쟁점사업연도에 공제하는 것이 타당하므로 이 건 경정청구를 거부한 처분은 부당하다. 나. 처분청 의견 (1) 2014.1.1. 법률 제12153호로 「지방세법」이 개정되면서, 소득세 및 법인세의 부가세 형태로 징수하던 지방소득세가 독립세 방식으로 전환되었는바, 2014사업연도 이후의 소득에 대한 법인지방소득세부터는 개정된 「지방세법」에서 규정한 과세체계를 적용하여야 한다. 「지방세법」 제103조의22 에서 “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정하는 것”으로 하고 있으나, 현행 법인지방소득세의 경우 법인세의 세액공제 내용과 다르게 「지방세특례제한법」에서 세액공제 및 감면에 관한 사항을 달리 규정하고 있지 않다. (2) 또한, 그 부칙 제15조에서 종전 규정(2014.1.1. 개정 전 「지방세법」)은 개정된 규정이 ‘불리하게 변경’된 경우에 적용될 수 있는 것으로, 이 건의 경우 종전 규정은 ‘법인세 공제조항’이다. 2014.1.1. 「지방세법」 해당 규정이 개정 전·후 달라지지 아니하였고, 연구인력개발비 등 공제규정은 개정 전에도 지방세법에 존재하지 아니하였으므로 위 부칙을 들어 ‘일반적 경과조치’를 적용할 수 없다. (3) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 「지방세법」개정(2014.1.1.) 전에 발생한 2011~2013 사업연도 연구인력개발비의 이월공제를 2014~2017사업연도 법인지방소득세에서 공제하여야 한다는 청구주장의 당부 나. 관련 법률 : ＜별지＞ 기재 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 확인된다. (가) 청구법인은 2011 ~ 2013사업연도에 「조세특례제한법」 제10조 에 따른 이 건 연구개발비를 지출하였고, 해당 사업연도에 법인세 최저한세 제한 등으로 공제받지 못한 쟁점세액공제액은 같은 법 제144조 제1항의 이월공제 규정에 따라 세액공제를 적용하여 쟁점사업연도에 법인세를 신고ㆍ납부하였다. 한편, 같은 사업연도 기간의 법인지방소득세는 쟁점세액공제액에 대한 이월공제를 적용하지 아니하고 이를 신고ㆍ납부하였다. (나) 청구법인이 제출한 경정청구서에는 아래 ＜표1＞, ＜표2＞와 같이 쟁점세액공제와 이 건 경정청구 내역이 나타난다. ＜표1＞ 쟁점세액공제 내역 (단위 : 원) ＜표2＞ 이 건 경정청구 내역 (단위 : 원) (다) 이 건 경정청구 거부처분의 통지서에는 ‘2014.1.1. 개정 전 「지방세법」에 법인지방소득세 자체와 관련된 별도의 공제감면 규정이 없었으므로 2014.1.1. 개정된 「지방세법」 부칙 제15조를 적용할 수 없고, 2014.1.1. 개정된 「지방세법」 제103조의22 에 따라 현행 「지방세특례제한법」에는 법인지방소득세에 관한 세액공제 및 이월공제 규정이 없다’는 사유가 있다. (라) 2014.1.1. 「지방세법」이 개정되기 전까지의 법인지방소득세는 법인세 산출세액을 과세표준으로 하였으므로 법인세 산출세액에서 이월세액공제를 받았다면, 과세표준이 그 만큼 감소하게 되어 법인지방소득세도 감소하게 된다. 한편, 2014.1.1. 법인지방소득세 과세표준에 대한 관련 규정( 「지방세법」제103조의19 )이 개정되면서, “내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」제13조 에 따라 계산한 금액으로 한다”고 되어 있다. 또한, 2014.1.1. 「지방세특례제한법」이 개정되면서, 부칙 제6조에 “이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다”고 되어 있다. (2) 이상의 사실관계 및 관련 법률 등을 종합하여 살펴본다. (가) 청구법인은 2014.1.1. 「지방세법」 개정 이전에 발생한 이 건 연구개발비 중 쟁점세액공제액에 대하여 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치 및 신뢰보호의 원칙에 따라 세액공제를 인정하여야 한다고 주장한다. (나) 그러나, 2014.1.1. 「지방세법」을 개정하여 종전 지방소득세 법인세분을 법인지방소득세로 전환한 취지가 법인세에 대한 세액공제를 배제하여 법인소득에 대한 지방세 과세를 강화하고자 하는데 있는 것이고, 2014.1.1. 개정 전「지방세법」상 법인지방소득세의 산정방식이 법인세액을 법인지방소득세 과세표준으로 삼았던 결과 법인지방소득세 산출시 법인세 이월공제에 따른 세액감소 효과를 보았던 것으로 이는 일종의 반사이익에 불과한 것이다. 또한, 이 건 부칙 제15조의 일반적 경과조치는 지방세법령에 명시적으로 규정한 내용에 한하여 그 효력이 미치는 것인데, 2014.1.1. 개정 전 지방세법령에서 법인세 이월세액공제에 관하여 별도로 규정한 바가 없으므로 법인세 이월세액공제에 따라 지방소득세가 경감되었다 하더라도 이를 일반적 경과 조치의 적용대상이라고 볼 수는 없다. (다) 따라서 처분청이 청구법인에게 이 건 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다. 4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」제96조 제6항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다. ＜별지＞ 관련 법률 (1) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정되기 전의 것) 제91조(신고납부) ① 법인세분의 납세의무자(연결집단의 경우에는 연결모법인을 말한다. 이하 같다)는 제89조에 따라 산출한 세액(이하 이 조에서 “산출세액”이라 한다)을 제87조 제2항 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 연결법인 또는 법인의 각 사업장 소재지 관할 지방자치단체별로 안분계산하여 해당 사업연도 종료일부터 4개월(연결법인의 경우에는 해당 연결사업연도 종료일부터 5개월,「법인세법」 또는「국세기본법」에 따라 세액이 결정되거나 경정되는 경우에는 그 고지서의 납부기한, 신고기한을 연장하는 경우에는 그 연장된 신고기간의 만료일, 수정신고를 하는 경우에는 그 신고일부터 각각 1개월) 내에 관할 지방자치단체의 장에게 신고하고 납부하여야 한다. (단서 생략) 제94조(소득분의 계산방법) ① 소득분은 「소득세법」과「법인세법」에 따라 신고하거나 결정·경정된 소득세 및 법인세(원천징수된 소득세 및 법인세를 포함한다)로서 납세의무자가 납부하여야 할 세액의 총액에 제89조 제1항의 세율을 적용하여 계산한다. 다만, 제87조 제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 부과된 세액은 공제한다. (2) 지방세법(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것) 제103조의19(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법 인지방소득세의 과세표준은 「법인세법」 제13조 에 따라 계산한 금액(「조세특례제한법」 및 다른 법률에 따라 과세표준 산정에 관련한 조세감면 또는 중과세 등의 조세특례가 적용되는 경우에는 이에 따라 계산한 금액)으로 한다. 제103조의22(세액공제 및 세액감면) ① 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 세액공제 및 세액감면에 관한 사항은 「지방세특례제한법」에서 정한다. 이 경우 공제 및 감면되는 세액은 법인지방소득세 산출세액(제103조의31에 따른 토지등 양도소득, 「조세특례제한법」 제100조의32 제2항에 따른 미환류소득에 대한 법인지방소득세 세액을 제외한 법인지방소득세 산출세액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 공제한다. ② 제1항에 따른 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 공제세액 또는 감면세액이 법인지방소득세 산출세액을 초과하는 경우에는 그 초과금액은 없는 것으로 한다. 제103조의23(과세표준 및 세액의 확정신고와 납부) ① 「법인세법」 제60조 에 따른 신고의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 지방자치단체의 장에게 신고하여야 한다. ② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. (각 호 생략) ③ 내국법인은 각 사업연도의 소득에 대한 법인지방소득세 산출세액에서 다음 각 호의 법인지방소득세 세액(가산세는 제외한다)을 공제한 금액을 각 사업연도에 대한 법인지방소득세로서 제1항에 따른 신고기한까지 납세지 관할 지방자치단체에 납부하여야 한다. 1. 제103조의22에 따른 해당 사업연도의 공제ㆍ감면 세액 2. 제103조의26에 따른 해당 사업연도의 수시부과세액 3. 제103조의29에 따른 해당 사업연도의 특별징수세액 (3) 지방세법 부칙(2014.1.1. 법률 제12153호로 일부 개정된 것) 제2조(일반적 적용례) 이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 다만, 제8장 지방소득세(제103조의29의 개정규정은 제외한다)에 대해서는 이 법 시행 후 최초로 과세기간이 시작되어 납세의무가 성립하는 분부터 적용한다. 제15조(일반적 경과조치) 이 법 시행 당시 종전의 규정에 따라 부과 또는 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다. (4) 지방세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12175호로 개정된 것) 제3조(지방세 특례의 제한) ① 이 법, 「지방세법」 및 「조세특례 제한법」에 따르지 아니하고는 「지방세법」에서 정한 일반과세에 대한 지방세 특례를 정할 수 없다. ② 관계 행정기관의 장은 이 법에 따라 지방세 특례를 받고 있는 법인 등에 대한 특례 범위를 변경하려고 법률을 개정하려면 미리 안전행정부장관과 협의하여야 한다. 제102조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액의 100분의 10을 해당 과세연도의 개인지방소득세(사업소득에 대한 개인지방소득세만 해당한다)에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (각 호 생략) (5) 법인세법(2017.1.1. 법률 제14386호로 일부 개정된 것) 제13조(과세표준) 내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호에 따른 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 「조세특례제한법」 제5조 제1항에 따른 중소기업과 회생계획을 이행 중인 기업 등 대통령령으로 정하는 법인을 제외한 내국법인의 경우 제1호의 금액에 대한 공제의 범위는 각 사업연도 소득의 100분의 60(2018년 1월 1일부터 2018년 12월 31일까지 개시하는 사업연도는 100분의 70을 말한다)으로 한다. 1. 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액. 이 경우 결손금은 제14조 제2항의 결손금으로서 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정·경정되거나, 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금만 해당한다. 2. 이 법 및 다른 법률에 따른 비과세소득 3. 이 법 및 다른 법률에 따른 소득공제액 (6) 조세특례제한법(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다. 이 경우 제1호 및 제2호는 2015년 12월 31일까지 발생한 해당 연구·인력개발비에 대해서만 적용한다. (각 호 생략) 제132조(최저한세액에 미달하는 세액에 대한 감면 등의 배제) ① 내국법인(제72조 제1항을 적용받는 조합법인 등은 제외한다)의 각 사업연도의 소득과 「법인세법」 제91조 제1항을 적용받는 외국법인의 각 사업연도의 국내원천소득에 대한 법인세( 「법인세법」 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 법인세와 같은 법 제96조에 따른 법인세에 추가하여 납부하는 세액, 가산세 및 대통령령으로 정하는 추징세액은 제외하며, 대통령령으로 정하는 세액공제 등을 하지 아니한 법인세를 말한다)를 계산할 때 다음 각 호의 어느 하나에 규정된 감면 등을 적용받은 후의 세액이 제1호 및 제2호에 따른 손금산입 및 소득공제 등을 하지 아니한 경우의 과세표준(제1호에 따른 준비금을 관계 규정에 따라 익금에 산입한 금액을 포함하며, 이하 이 조에서 "과세표준"이라 한다)에 100분의 16[과세표준이 100억원 초과 1천억원 이하 부분은 100분의 12, 과세표준이 100억원 이하 부분은 100분의 10, 중소기업 및 제85조의6에 따른 사회적기업의 경우에는 100분의 7(중소기업이 대통령령으로 정하는 바에 따라 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 그 최초로 중소기업에 해당하지 아니하게 된 과세연도의 개시일부터 3년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 8, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 100분의 9로 한다)]을 곱하여 계산한 세액(이하 "법인세 최저한세액"이라 한다)에 미달하는 경우 그 미달하는 세액에 상당하는 부분에 대해서는 감면 등을 하지 아니한다. 1. 제9조에 따라 각 사업연도의 소득금액계산을 할 때 손금으로 산입하는 연구·인력개발준비금 2. 제8조, 제8조의2, 제10조의2, 제13조, 제14조, 제55조의2 제4항, 제60조 제2항, 제61조 제3항, 제62조 제1항, 제63조의2 제5항에 따른 소득공제금액, 손금산입금액, 익금불산입금액 및 비과세금액 3. 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조(중소기업이 아닌 자만 해당한다. 이하 이 조에서 같다), 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제31조 제6항, 제32조 제4항, 제94조, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22 및 제104조의25에 따른 세액공제금액 4. 제6조, 제7조, 제12조의2, 제21조, 제31조제4항·제5항, 제32조제4항, 제33조의2, 제62조제4항, 제63조(수도권 밖으로 이전하는 경우는 제외한다), 제64조, 제68조(농업소득 외의 소득만 해당한다), 제85조의6, 제102조 및 제121조의22에 따른 법인세의 면제 및 감면 제144조(세액공제액의 이월공제) ① 제5조, 제7조의2, 제8조의3, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조, 제25조, 제25조의2부터 제25조의4까지, 제26조, 제29조의2, 제30조의2, 제30조의4, 제94조, 제104조의5, 제104조의8, 제104조의14, 제104조의15, 제104조의18, 제104조의22, 제104조의25, 제126조의6 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조제2항(종전 제37조의 개정규정만 해당한다)에 따라 공제할 세액 중 해당 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조에 따른 법인세 최저한세액 및 소득세 최저한세액에 미달하여 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 해당 과세연도의 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 끝나는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세[사업소득(제126조의6을 적용하는 경우에는 「소득세법」 제45조 제2항에 따른 부동산임대업에서 발생하는 소득을 포함한다)에 대한 소득세만 해당한다] 또는 법인세에서 공제한다.