이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 2000.2.19. 경기도 ○○군 ○○읍 ○○리 265-1번지 임야 8,476.12㎡(이하 “제1토지”라 한다)를, 2000.4.20. 동소 266-2번지 전 173㎡(이하 “제2토지”라 하고, 제1토지를 포함하여 이하 “이 사건 토지”라 한다)를 각각 취득한데 대하여 구 지방세법(2000.12.29. 법률 제6312호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조제1호 및 같은 법 제127조제1항제1호의 규정에 의하여 종교단체가 종교용으로 사용하기 위하여 취득 등기하는 부동산으로 보아 취득세와 등록세를 비과세하였으나, 그 후 2006.4.11. 처분청 세무담당공무원 현지확인 결과 제1토지 중 1,171.18㎡는 교회 주차장으로 사용하고 있으나, 나머지 7,304.94㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)와 제2토지는 나대지 상태로 방치하고 있으므로 이를 유예기간 내에 정당한 사유없이 종교용으로 사용하지 아니한 것으로 보아 이 부분에 대하여 안분계산한 취득가액(196,706,840원)을 과세표준으로 구 지방세법 제112조 제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 4,720,950원 농어촌특별세 432,750원 등록세 6,889,440원, 지방교육세 1,263,060원, 합계 13,306,200원(가산세 포함)을 2006.7.11. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 제1토지의 경우 교회신축 목적으로 이를 취득한 후 건축물 설계계약, 지반조사 등의 준비절차를 거쳐 2004.5.21.에 개발행위(토지형질변경, 토석채취, 공작물 설치, 토지분할, 물건적치)허가 신청을, 2005.1.5.에 건축허가 신청을 하였다가 처분청으로부터 2004.6.1.과 2005.9.20.에 각각 불허가 통보를 받았는바, 이러한 처분청의 불허가 사유는 취득 이후 수립된 경안도시계획(재정비)과 관련된 법령, 조례 등의 규정에 의하여 개발행위허가와 건축허가에 있어서 제한을 받게 된 것이라 하겠으므로, 대법원 판례(97누5121, 1998.11.27)에 비추어 유예기간 내에 제1토지를 취득목적에 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 하겠고, 제2토지의 경우 현 교회건물과는 50m 정도 떨어져 있다고는 하나 교회당과 한 울타리 안에 있는 토지로서 교회 주차장으로 사용하고 있으므로 주차장법에 의한 부설주차장에 해당된다고 봄이 타당하다 할 것임에도, 쟁점 토지와 제2토지에 대하여 유예기간 내에 정당한 사유없이 종교용에 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 취득한 토지를 유예기간 내에 정당한 사유없이 종교용으로 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한지 여부에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제107조 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 취득물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 있고, 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되, 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17052호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제79조제1항 본문 및 제1호에서 법 제107조제1호에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 말한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제94조 제1항에서 법 제127조제1항제1호 본문에서 “대통령령으로 정하는 비영리사업자”라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다고 규정하고 있으며, 구 광주시도시계획조례(2001.1.10. 조례 제1644호) 제1조에서 이 조례는 도시계획법(이하 “법”이라 한다), 동법 시행령(이하 “영”이라 한다), 동법 시행규칙(이하 “규칙”이라 한다) 및 개발제한구역의지정및관리에관한특별조치법시행령에서 조례로 정하도록 한 사항과 그 시행에 관하여 필요한 사항을 규정함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 같은 조례 제12조제1항에서 군수는 도시계획의 구체적인 시행을 위하여 영 제22조제2항에 의한 공람공고를 한 경우에는 법 제49조제2항에 의하여 개발행위허가를 제한할 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조례 제23조제1항 본문 및 제2호에서 법 제49조 및 영 제50조 규정에 의한 영 별표 1의 규정중 제1호 가목의 개발행위로 인하여 당해 지역 및 그 주변지역에 대기오염·수질오염·토질오염·소음·진동·분진 등에 의한 환경오염이나 생태계 파괴 또는 위해의 발생 등이 예상되는 경우라 함은 역사적·문화적·향토적 가치가 있거나 원형보전의 필요성이 높은 경우를 말한다고 규정하고 있고, 구 광주시도시계획조례(2003.6.23. 조례 제71호) 제21조제1항에서 시장은 개발행위허가 신청건에 대하여 별지 제1호서식의 절차에 의거 처리하여야 한다고 하면서, 그 제2항 본문 및 제3호에서 시장은 역사적·문화적·향토적 가치가 있거나 원형보전의 필요가 있을 때에 해당하는 경우에는 영 제54조제2항의 규정에 의하여 개발행위허가에 조건을 붙일 수 있다고 규정하고 있으며, 같은 조례 제23조제1항 본문에서 영 별표1 제1호의 규정에 의하여 시장은 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 토지에 한하여 개발행위를 허가할 수 있다고 하면서, 그 제2호에서 경사도가 15도 미만인 토지로 하되, 다만, 경사도가 15도 이상인 토지중 개발행위허가기준 등에 위배되지 않는 범위내에서 시도시계획위원회의 자문을 거쳐 개발행위허가가 가능한 토지로 인정되는 경우에는 제외한다고 규정하고 있고, 광주시도시계획조례(2004.10.15. 조례 제122호) 제23조제1항 본문에서 영 별표1 제1호의 규정에 의하여 시장은 다음 각호의 요건을 모두 갖춘 토지에 한하여 개발행위를 허가할 수 있다고 하면서, 그 제2호에서 경사도가 20도 미만인 토지로 하되, 다만, 경사도가 20도 이상인 토지중 개발행위허가기준 등에 위배되지 않는 범위내에서 시도시계획위원회의 자문을 거쳐 개발행위허가가 가능한 토지로 인정되는 경우에는 제외한다고 규정하고 있으며, 국토의계획및이용에관한법률 제58조 제3항에서 개발행위허가의 기준 등에 관하여 필요한 세부사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제56조 제1항에서 법 제58조제3항의 규정에 의한 개발행위허가의 기준은 별표1과 같다고 규정하고 있으며, 같은법시행령 별표1 제1호 가목 (2)에서 역사적·문화적·향토적 가치, 국방상 목적 등에 따른 원형보전의 필요가 없을 것이라고 규정하고 있고, 한강수계상수원수질개선및주민지원등에관한법률 제1조 에서 이 법은 한강수계 상수원의 적정한 관리와 상수원상류지역에서의 수질개선 및 주민지원사업을 효율적으로 추진하여 상수원의 수질을 개선함을 목적으로 한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제8조제1항에서 시장·군수는 지역수질관리상 필요하다고 인정하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 오염총량관리계획을 수립·시행할 수 있다고 하면서, 그 제2항 본문 및 제1호 내지 제4호에서 시장·군수가 제1항의 규정에 의한 오염총량관리계획을 수립·시행하고자 하는 때에는 지역개발계획의 구체적인 내용, 지역 안에서 발생하는 오염부하량 총량 및 연차적 삭감계획, 지역개발계획으로 인한 오염부하량 및 오염부하량 삭감계획, 기타 대통령령이 정하는 사항을 포함하여 환경부장관의 승인을 얻어야 한다고 규정하고 있고, 같은법시행령 제5조 제1항에서 환경부장관은 법 제8조제1항의 규정에 의하여 시장·군수가 오염총량관리계획을 수립·시행함에 있어서 그 기본이 되는 지침(이하 “오염총량관리계획수립지침”이라 한다)을 정하여 고시하여야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2000.2.19.에 제1토지를, 같은 해 4.20.에 제2토지를 취득한 후 2003.8.28. 청구외 야긴건축사사무소와 건축물(용도 : 문화 및 집회시설, 층수 : 지하 1층·지상 4층) 기획설계계약을, 2003.9월 청구외 주식회사 ○○종합엔지니어링과 지반조사(교회 신축공사 지반조사 용역) 일반계약을, 2003.12.19. 청구외 야긴건축사사무소와 건축물(용도 : 문화 및 집회시설 - 종교시설, 층수 : 지하 1층·지상 3층, 연면적 합계 : 2,937.65㎡) 설계계약을 각각 체결한 다음 2004.5.21. 처분청에 개발행위허가 신청서(신청내역 : 토지형질변경, 토석채취, 공작물 설치, 토지분할, 물건적치)를 제출하였으나 2004.6.1. 처분청으로부터 “토지형질변경을 수반하는 개발행위는 광주시도시계획조례 제23조(개발행위허가기준) 제1항제2호의 규정에 의거 경사도가 20도 이내로 제한하고 있으나, 신청지는 사면이 각각 20도를 초과하고 있고, 실제로 형질변경되는 면적만을 허가신청면적에 반영하여야 하나 태봉산 전체면적을 대지면적에 포함하였으며, 신청지는 지리적 특성 및 인문적 여건상 역사가 있는 곳으로(조선조 제9대 성종의 태를 묻은 산이라 하여 태봉산으로 부르게 되었고 또 그 기슭에 발달한 자연부락을 태봉이라 일컬을 만큼 역사적·향토적 가치가 있음) 신청지는 보전가치가 있는 곳이므로 개발행위허가가 부적합하다”는 내용의 개발행위허가 신청서 불허가 통보(도시과-8589)를 받았고, 그 후 2005.1.5. 처분청에 건축허가 신청서를 제출하였으나 2005.9.20. 처분청으로부터 “광주시도시계획조례 제23조제1항제2호 규정에 의거 토지형질변경을 수반하는 개발행위는 경사도가 20도 이내로 제한하고 있으나, 신청지는 사면이 20도를 초과하고 있고, 한강수계상수원수질개선및주민지원등에관한법률 제8조 규정 및 광주시 수질오염총량관리계획상 2005년도 지역개발사업 중 도시기반시설 할당량 부족으로 건축물 연면적 800㎡ 이상의 일반건축물은 입지가 불가하므로 개발행위허가 기준에 부적합하다”는 내용의 건축허가 신청서 불허가 통지(건축과-2992)를 받은 사실과 한편 처분청은 2002.5.1. 공고(제2002-97호)와 2003.4.7. 고시(제2003-20호)를 통하여 제1종 일반주거지역인 제1토지에 대한 개발행위허가를 2000.6.3.부터 2003.4.7.까지 제한하고 있었던 사실 및 2003.12.26. 처분청은 한강수계상수원수질개선및주민지원등에관한법률의 규정에 근거하여 환경부장관에게 수질오염총량관리계획(안)에 대한 승인을 요청(환경 67000-24893호)하였고, 이에 환경부장관은 2004.7.5. 그 시행기간은 2003.1.1.부터 2007.12.31.까지로 하고, 대상지역은 서하보 상류의 경안천 유역중 광주시 관할구역으로 하되, 개발사업 중 26㎏/일와 여유부하량 8.2㎏/일에 상당하는 개발사업은 인·허가를 유보하고, 2004년도 및 2005년도의 이행평가 후(2006.4월 이후)에 오염물질 삭감계획, 오염원 지도·점검, 수질 및 유량 모니터링, 할당부하량 초과 우려시 건축허가 제한조치에 대한 정상추진 여부를 평가하여 해제여부를 결정토록 하는 것을 조건으로 하여 이를 승인(유역제도과-677)한 사실, 2005.12.30. 처분청은 홈페이지를 통하여 “규제규모이상(도시기반시설) 행위허가와 관련하여 2005년도 규제규모이상(도시기반시설)의 경우 광주·경안·매산처리권역, 곤지암·만선처리권역 하수처리구역내 지역의 규제규모(일반건축물 연면적 800㎡, 식품접객숙박업 연면적 400㎡)이상 행위허가 신청건은 확보된 부하량 범위내에서 모두 할당하여 2005년도 잔여부하량이 없음을 알려드리며, 아울러 2006년도 이후 규제규모이상(도시기반시설)의 경우 광주·경안·매산처리권역, 곤지암·만선처리권역, 도척처리권역은 버스터미널, 학교, 도척면청사 등 지역주민을 위한 잠정개발부하량으로 계획되어 규제규모이상의 행위허가가 제한됨을 알려드리오니 양지하여 주시기 바란다”는 내용을 공지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 제1토지를 유예기간 내에 종교용에 사용하지 못한 것은 취득 이후 수립된 도시계획(재정비)과 관련된 법령, 조례 등에 의한 제한에 있으므로 정당한 사유가 있다 하겠고, 제2토지는 교회 주차장으로 사용하고 있으므로, 유예기간 내에 정당한 사유없이 종교용에 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세한 취득세 등을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있고, 처분청은 청구인이 토지 취득일부터 유예기간 내에 정당한 사유없이 종교용에 사용하지 아니한 것으로 판단하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법 제107조 제1호 및 제127조제1항제1호, 같은법시행령 제79조 제1항제1호 및 제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 단체가 그 사업에 사용하기 위하여 취득하는 부동산 및 이에 관한 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 하면서, 다만, 취득 등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 취득세와 등록세를 부과한다고 규정하고 있는바, 여기에서 “정당한 사유”란 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 비영리사업자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법취지를 충분히 고려하면서 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하는 것이 타당하다(대법원 판결 95누13104, 1996.1.26) 하겠고, 또한, 위 규정에 의하여 취득세와 등록세를 비과세하였다가 다시 과세하기 위하여는 취득 등기일로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 사업에 직접 사용하지 아니할 경우에 한하며, 어떤 토지에 대하여 취득 등기 당시부터 관계 법령의 규정에 의한 사용의 제한 또는 금지가 있었던 경우에는 그 제한 또는 금지가 계속되는 한에 있어서는 사업에 직접 사용하지 못함에 정당한 사유가 있다고 할 것이고, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 풀이함이 상당하다(같은 취지의 대법원 판결 91누13281, 1992.6.23) 할 것으로, 제1토지의 경우를 보면 처분청이 2002.5.1. 공고(제2002-97호)한 공고문에서 “경안도시계획(재정비) 수립과 관련하여 지난 2000.6.3.부터 시행하여 온 건축허가 제한이 2002.5.1. 해제됨에 따라 지형도면고시 및 지구단위계획 결정·고시일까지 도시계획법 제49조 규정에 의한 개발행위허가를 제한하고자 다음과 같이 공고”한다고 하면서 경안도시계획(재정비)에 의거 용도지역이 제1종 일반주거지역으로 결정되는 지역은 지형도면고시에 의한 도시계획 효력발생일까지 도시계획법 제49조 규정에 의한 개발행위허가를 제한한다고 하고 있고, 2003.4.7. 고시(제2003-20호)한 고시문에서 “우리시 경안도시계획(재정비) 2002년 5월 15일 경기도고시 제2002-98호로 결정 고시됨에 따라 도시계획결정 권한중 시 위임사항인 도시계획도로, 학교 등 도시계획시설 일부에 대해 국토의계획및이용에관한법률 제30조 규정에 의한 도시관리계획으로 도시계획시설(변경) 결정 및 고시하며, 금회 도시관리계획에 의한 도시계획시설(변경) 결정 사항을 국토의계획및이용에관한법률 제32조 규정에 의거 지형도면 승인하고 이를 고시”한다고 하고 있어 용도지역이 제1종 일반주거지역인 제1토지는 취득(2000.2.19.) 이후인 2000.6.3.부터 2003.4.7.까지 관계법령에 의한 개발행위허가의 제한으로 건축행위를 할 수 없었다 하겠고, 이에 청구인이 취득 당시 이미 제1토지상에 건물신축이 어렵다고 하는 사유가 있음을 알았거나 조금만 주의를 기울였더라면 그러한 장애사유의 존재를 쉽게 알 수 있었던 상황하에 있었다고 보기는 어렵다 하겠으므로, 이때까지는 그 사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있다 할 것이고, 그러한 경우에는 관계 법령에 의한 사용의 제한 또는 금지가 해제된 날로부터 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 사업에 직접 사용하지 아니하고 위 기간을 경과할 때 비로소 과세할 수 있다고 봄이 상당하다 하겠으므로, 청구인은 2003.4.8.부터 3년 이내에 쟁점 토지를 그 취득목적에 사용하였어야 할 것이나, 이러한 법령, 조례에 의하여 건축행위가 제한받고 있는 상태에서 구 광주시도시계획조례(2003.6.23. 조례 제71호, 2004.10.15. 조례 제122호) 제23조(개발행위허가의 기준)제1항제2호(경사도가 15도 또는 20도 미만인 토지)의 규정과 처분청이 2004.7.5. 환경부로부터 승인받은 수질오염총량관리계획에 의하여 제1토지상에서의 개발행위허가 제한[2005.12.30. 처분청이 홈페이지를 통해 공지한 규제규모이상(도시기반시설) 행위허가 관련 공지사항에서 2006년도부터 2007년도까지 연면적 800제곱미터 이상의 건축물에 대하여는 개발행위허가 제한]이 지속되고 있는 사실로 볼 때, 처분청이 유예기간 내에 정당한 사유없이 쟁점 토지를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 이 부분에 대하여 비과세한 취득세와 등록세를 부과한 처분은 잘못이 있다 할 것이나, 다만, 제2토지의 경우를 보면 청구인이 이를 교회 주차장으로 사용하고 있다고는 하나 이는 주차장법에 의한 건축물의 부설 주차장에 해당되지 아니할 뿐만 아니라 제1토지 일부(면적 1,171.18㎡)를 주차장으로 사용하고 있는 사실이 2006.4.12. 처분청 세무담당공무원(지방세무주사보 이○○)의 출장복명서에서 확인되고 있음을 볼 때, 이러한 주차장이 교회를 이용하는 소속 신도들의 접근편리성을 위하여 확보되어져야 할 필수적인 시설물이라고 인정하기는 어렵다 하겠고, 그렇다면 청구인 소속의 교인 뿐만 아니라 불특정 다수인이 주차장으로 활용하고 있다고 하여 이를 종교용에 직접 사용하고 있는 것으로 보기는 어렵다고 하겠으므로, 이 부분에 대하여 비과세한 취득세와 등록세를 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 따라서 청구인의 주장은 일부 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2006. 12. 27. 행 정 자 치 부 장 관