이유
1. 원처분 개요 청구법인이 91.1.1～91.12.31 사업년도(이하 “91 사업년도”라 한다) 및 92.1.1～92.12.31 사업년도(이하 “92 사업년도”라 한다)중 당시 청구법인의 임원인 OOO 및 OOO(이하 “임원 등”이라 한다)가 개인적 용도로 사용한 매출누락금액을 발견하여 93.6.30 위 매출누락금액을 매출계정 및 단기대여금 계정으로 계상한 후 93.8.5까지 위 매출누락금액을 그 사용자로부터 회수하고 93.8.6 위 매출누락금액을 익금산입하여 유보처분하는 것 등으로 하여 법인세 과세표준을 수정하는 신고를 한 데 대하여 처분청은 청구법인의 92사업년도의 매출누락금액에 대하여는 그 수정 신고기한내의 신고 등을 근거로 하여 유보로 처분하면서 91사업년도의 매출누락금액에 대하여는 91사업년도분 법인세의 수정신고기한이 경과된 후에 매출누락금액을 회수하여 신고하였음을 이유로 하여 91사업년도의 매출누락금액의 전액에 대하여 그 사용자에 대한 상여로 처분하는 것 등으로 하여 93.12.5 청구법인에게 91사업년도분 법인세 5,716,740원 및 91년도 귀속분 갑종근로소득세 161,361,990원을 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 94.2.3 심사청구를 거쳐 94.4.16 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구주장 및 국세청장 의견 가. 청구주장 1) 청구주장 1 청구법인은 쓰레기처리업의 허가를 받아 사업을 수행하던 중 93.6월초에 회사자체의 경영점검과정에서 91사업년도와 92사업년도 중 임원 등이 장부에 계상하지 아니하고 개인적용도로 가져간 매출누락액을 발견하여 임원중 대표이사인 OOO을 문책하여 사임시키는 한편 91사업년도중 매출누락금액 326,415,350원을 93.6.11부터 93.8.5까지 회수하여 OO중앙회 OOO지점의 보통예금(계좌번호 OOOOOOOOOOOOO)으로 입금되었는 바, 법인세법시행령 제94조의 2 제1항 제1호에서는 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에 상여로 처분하는 것으로 규정하고 있고 같은법기본통칙 4-4-12-32 제3호에서는 매출누락액으로서 사실상 유출되지 아니하였음이 입증되는 경우에는 그 매출누락액을 상여로 처분할 수 없는 것으로 규정하고 있으며, 청구법인이 위 매출누락액을 93.6.30 매출계정 및 단기대여금으로 계상하면서 위 매출누락액을 회수하여 법인세수정신고 등을 이행한 것으로서 위 매출누락액이 외부에 유출되지 아니한 것이 분명함에도 불구하고 처분청이 단순히 법인세수정신고기한이 경과된 후에 매출누락액을 회수하여 수정신고하였다는 이유만으로 위 매출누락액에 대하여 상여처분함은 부당하다는 주장이다. 2) 청구주장 2 소득세법 제150조 및 같은법시행령 제198조 의 규정에 의하면 법인세법에 의하여 처분되는 상여는 법인소득금액을 결정 또는 경정하는 세무서장이 그 결정 또는 경정일로 부터 15일내에 소득금액변동통지서에 의하여 당해법인에게 통지하도록 규정하고 있으며, 당해법인이 소득금액변동통지서를 받은 날에 그 소득금액을 지급한 것으로 보도록 규정하고 있는 바, 설사 처분청이 91사업년도중 청구법인의 매출누락금액에 대하여 상여로 처분한다고 하더라도 청구법인의 매출누락금액에 대한 유보처분의 신고와는 달리 상여처분으로 결정하는 한 소득금액변동통지서를 청구법인에게 통지하여야 할 것이며, 그 통지서를 받은 후에 청구법인이 원천징수납부 및 지급조서의 제출의무를 부여받는 것이라고 할 것이므로 처분청이 청구법인에게 상여처분에 대한 소득금액변동통지서의 통지없이 원천징수납부불성실가산세 및 지급조서미제출가산세등을 과세한 처분은 부당하다는 주장이다. 나. 국세청장 의견 1) 청구주장 1에 대하여 법인세법 기본통칙 4-4-17의2...32(사외유출금액이 신고기한 이전에 회수된 경우의 소득처분)에 의하면, “사업년도 종료일이 경과한 후에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액이 발견되어 법 제26조의 신고기한(수정신고의 경우에는 국세기본법 제45조 의 수정신고기한)이내에 동 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내 유보로 한다 ” 라고 규정하고 있는 바, 청구법인은 91사업년도의 법인세 신고 수입금액에서 누락한 이건 매출누락액을 법인세 수정신고 기한후인 93.8.6일 수정신고하면서, 유보로 소득처분하였음을 알 수 있는 바, 이는 법인세법 제26조 및 국세기본법 제45조 의 규정에 의한 신고기한이내에 동 금액을 회수한 경우가 아니므로 처분청이 동 매출누락금액을 임원 등에 대한 상여로 처분하여 갑종 근로소득세를 과세한 처분은 잘못이 없다는 의견이다. 2) 청구주장 2에 대하여 소득세법 제142조 및 제143조의 규정에 의하면, 갑종근로소득을 지급하는 원천징수의무자는 소득세를 원천징수하여야 하고, 그 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 정부에 납부하여야 한다고 규정하고 있고, 같은 법 기본통칙 8-1-7...142(법인세 수정신고시 처분되는 소득의 지급시기)에는 “ 국세기본법 제45조 제1항의 규정에 의하여 법인세과세표준금액을 수정신고함에 있어서 법인세법 시행령 제94조의 2 의 규정에 의하여 처분되는 소득의 지급시기는 수정신고기일로 한다 ” 라고 규정하고 있다. 청구법인은 91사업년도의 매출누락액에 대한 처분청의 상여처분에 대하여 소득금액변동통지가 없었으므로 원천징수납부 불성실 가산세 및 지급조서 미제출 가산세를 적용함은 부당하다고 주장하나, 법인세 수정신고시 처분되는 소득의 지급시기는 소득세법 기본통칙의 규정에 의하여 수정신고기일인 93.8.6일이라 할 것이고, 그 지급일의 익월 10일인 93.9.10일 원천징수하여 납부하고 근로소득 원천징수영수증을 제출하여야 함에도 이를 불이행하였으므로 처분청이 청구법인에게 이 건 원천징수납부불성실 가산세 및 지급조서미제출 가산세 등을 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다는 의견이다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 1) 매출누락금액을 수정신고기한 후에 법인 스스로 회수하여 신고한 경우 상여처분으로 과세한 처분의 당부 2) 소득금액변동통지없이 원천징수분 갑종근로소득세(이하“갑근세”라 한다) 및 지급조서미제출가산세(법인세)를 과세한 처분의 당부 나. 심리 및 판단 (1) 법인세법 제32조 제5항 및 같은법시행령 제94조의 2 의 규정에 의하면 법인세의 과세표준을 신고하거나 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여·배당·기타 사외유출 등으로 하고 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 한다고 규정하고 있다. (2) 청구법인이 91사업년도의 법인세의 수정신고기한이 경과된 후에 91사업년도의 매출누락금액 326,415,350원 등을 발견하여 이를 93.6.30 장부상 매출계정에 계상하는 한편 93.6.11 부터 93.8.5 사이에 위 매출누락금액을 그 사용자인 임원 등으로 부터 회수한 사실과 93.8.6 위 매출누락금액에 대하여 익금산입 유보처분하는 것으로 하여 91사업년도분 법인세과세표준을 수정하는 신고를 한 사실 등에 대하여는 청구법인과 처분청 간에 다툼이 없으며, 청구법인이 제시한 청구법인의 보통예금장부 및 OO중앙회 OOO지점의 보통예금통장(계좌번호OOOOOOOOOOOOO)과 91사업년도의 매출누락금액에 대한 법인세과세표준을 수정한 신고서 등에 의하여 확인되고 있다. (3) 처분청은 청구법인이 93.8.6 자진신고한 91사업년도 및 92사업년도의 매출누락액을 익금가산함에 있어서 92사업년도분 매출누락액 383,446,870원에 대하여는 그 수정신고기한이 경과되기 전에 회수하여 신고한 것으로 보아 익금가산하여 유보처분하면서 91사업년도분 매출누락액 326,415,350원에 대하여는 그 수정신고기한이 경과된 후에 회수하여 신고하였음을 이유로 하여 익금가산하고 상여처분한 것이나, 법인세법시행령 제94조의2 제1항에서 규정한 바와 같이 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 상여, 기타 사외유출 등으로 처분하고, 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인의 91사업년도분 매출누락액이 그 수정신고기한이 경과되어 회수되었다고 하더라도 처분청의 법인세 조사전에 회수되어 청구법인의 보통예금으로 입금된 사실과 매출액으로 장부에 계상된 사실이 확인되는 경우에는 위 매출누락액을 사외에 유출된 것으로 볼 수 없을 것이므로 이를 상여로 처분할 수 없다고 할 것이다. 따라서 위 매출누락액에 대응하는 자산의 유용 및 회계처리의 지연에 따른 당해 기간 동안에 그 사용자인 임원 등이 이를 무상으로 이용한 것으로 보아 법인세법 제20조 (부당행위계산의 부인)와 같은법시행령 제46조 및 제47조의 규정에 의한 인정이자상당액을 익금에 산입하고 임원 등에 대한 상여로 처분하는 것은 별론으로 하고 위 매출누락액을 청구법인 스스로 회수하여 자산 등으로 운영하고 있는 경우에 있어서는 위 매출누락액에 상당하는 금액은 사내에 유보되어 있는 것으로서 그 수정신고기한이 경과되었다고 하여 이를 사외 유출된 것으로 인정할 수 없는 것이므로 처분청이 청구법인의 91사업년도분 매출누락액을 익금가산함에 있어서 임원 등에 대한 상여로 처분한 것은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. (4) 쟁점1에 대한 예비적 청구인 쟁점2에 대하여는 심리할 실익 없으므로 이를 생략한다. (5) 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.