이유
1. 처분개요 청구법인은 OOOO시 OOO구 OOO OOO(지하2층～지상5층, 이하 "임대건물"이라 한다)을 사업장으로 하여 1954.1.1.부터 부동산임대업을 영위하고 있고, 임차인인 OOO의원(원장 권OO, 이하 “쟁점업체”라고 한다)은 임대건물 4층 1호에서 1994.11.7.부터 의료업을 하고 있다. 처분청은 2002.5월 청구법인에 대한 법인세 정기조사결과, 청구법인이 특수관계자인 권OO에게 저가임대한 것으로 보아 법인세법 제52조 제1항의 규정에 의하여 부당행위계산부인하여 2002.9.6. 청구법인에게 주문과 같이 1997～2000년 사업연도분 법인세 OO,OOO,OOO원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.11.13. 이 건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 처분청 의견 가. 청구법인 주장 (1) 처분청이 쟁점업체의 부당행위계산부인기준으로 선정한 최치과의원(1996.3.11. 개업)은 개업당시 쟁점업체가 임차하여 사용중인 4층(113평)중 일부(45.2평)에 개업하였던 바, 사실상 최치과의원의 임대료 속에는 쟁점업체의 병원광고비 및 시설비 등이 포함되었다고 볼 수 있으므로 외견상 임대료만을 단순비교하여 쟁점업체의 임대료가 적다고 함은 부당하다. (2) 처분청이 이 건 부당행위계산부인을 하면서 최치과의원의 임대료를 기준임대료로 하여 쟁점업체의 임대료를 비교한 결과, 쟁점업체의 임대료가 1997～2000년 사업연도중 매년 OO,OOO,OOO원이 과소신고한 것으로 하여 청구법인에게 이 건 과세하였으나, 처분청은 쟁점업체의 월세(실제 O,OOOO원)를 착오로 최치과의원의 월세(실제 O,OOOO원)로 하여 환산임대료를 잘못 계산하였으므로 동 과소신고금액을 경정하여야 한다. 나. 처분청 의견 청구법인의 대표이사인 이OO와 쟁점업체의 권OO은 부부사이로 특수관계자에 해당되고, 청구법인은 쟁점업체의 임대료를 같은 층의 임차인 최치과의원보다 부당하게 낮게 받음으로써 청구법인의 각 사업연도 소득금액을 감소시킨 것으로 확인되므로 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점사업장을 특수관계자에게 임대한 데 대하여 저가임대로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분이 정당한지 여부 나. 관련법령 (1) 법인세법 제52조 【부당행위계산의 부인】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)와의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 부당행위계산 이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. ② 제1항의 규정을 적용함에 있어서는 건전한 사회통념 및 상관행과 특수관계자가 아닌 자간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환비율 기타 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 시가 라 한다)을 기준으로 한다. (2) 법인세법시행령 제87조 【특수관계자의 범위】① 법 제52조 제1항에서 대통령령이 정하는 특수관계에 있는 자 라 함은 법인과 다음 각호의 1의 관계에 있는 자(이하 특수관계자 라 한다)를 말한다. 1. 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 당해 법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하고 있다고 인정되는 자( 상법 제401조의 2 제1항의 규정에 의하여 이사로 보는 자를 포함한다)와 그 친족 2. 주주 등(소액주주를 제외한다. 이하 이 관에서 같다)과 그 친족 (3) 법인세법시행령 제88조 【부당행위계산의 유형 등】① 법 제52조 제1항에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우 라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 6. 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 주주 등이나 출연자가 아닌 임원(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주인 임원을 포함한다) 및 사용인에게 사택을 제공하는 경우를 제외한다. (4) 법인세법시행령 제89조 【 시가의 범위 등 】 ① 법 제52조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 당해 거래와 유사한 상황에서 당해 법인이 특수관계자외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계자가 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격에 의한다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 처분청은 2002.5월 청구법인에 대한 법인세 정기조사 결과, 쟁점업체의 권OO은 청구법인의 대주주(51.68%)이며 대표이사인 이OO의 남편으로 특수관계자에 해당되고 쟁점업체의 임대료가 같은 층 임차인인 최치과의원의 경우보다 저가로 확인되어 법인세법 제52조 제1항의 부당 행위계산부인규정을 적용하여 전기 주문과 같이 1997～2000년 사업연도분 법인세 OO,OOO,OOO원을 고지하였음이 법인세결정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다. (2) 청구법인은 처분청이 쟁점업체의 부당행위계산부인기준으로 선정한 최치과의원은 1996.3.11. 쟁점업체가 임차하여 사용중인 임대건물 4층(113평)중 일부(45.2평)에 개업하여 사실상 최치과의원의 임대료 속에는 쟁점업체의 병원광고비 등이 사실상 포함되었다고 볼 수 있으므로 쟁점업체와 최치과의원의 임대료만을 단순하게 비교함은 부당하다고 하나, 이와 같이 주장만 할 뿐 저가임대가 아니라는 사실을 알 수 있는 객관적인 증빙자료의 제시는 없다. (3) 또한 처분청은 최치과의원의 임대료를 기준임대료로 하여 쟁점업체의 임대료를 계산한 결과, 쟁점업체의 임대료가 1997～2000년 사업연도중 매년 OO,OOO,OOO원을 과소신고한 것으로 적출하였으나 이는 쟁점업체의 월세(실제 O,OOOO원)와 기준업체인 최치과의원의 월세(실제 O,OOOO원)를 잘못 계산한 것이라고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 처분청의 이 건 법인세 과세근거인 부당행위계산부인조사서 (2002.5.28)를 보면 아래와 같고 1997～2000년 사업연도중 쟁점업체 및 기준업체(최치과의원)의 월환산임대료를 계산함에 있어 쟁점업체의 임대면적은 340.3㎡(실지임대 162.12㎡ + 공용 178.18㎡)로, 기준업체의 임대면적은 148.19㎡(실지임대 70.6㎡ + 공용 77.59㎡)로 하여 부당행위계산부인하였으며 이에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. O OOOOOOOOOOO O OOOOOOOOOO O OO,OOO,OOOO(OO) OOOOO OOOOO (OO,OOOOOO,O) O OOOO OOOOO(O,OOOOOO,O)O O OOO O OO,OOO,OOOO O OOOOOO OOOO O OOOO(OOOOO) O O,OOO OOO, O OOO(OOO)OOOOO(OOOOOOO)O O O,OOOOO(OO) O O,OOO,OOO O O O,OOO,OOOO O OOOOOO(OOOO) O O,OOOO O OOOO(OOOOO) O OO,OOO OOO, O OOOOO(OOO)OOOOO(OOOOOOO)O O O,OOOOO(OO) O O,OOO,OOOO O O,OOO,OOOO O OOOOOOO (OOOO) O OO,OOOO

과세기간

쟁점업체(OOO의원)

기준업체(최치과의원)

보증금

월 세

보증금

월세

1997.4.1 ～

1998.3.31

100,000

(100,000)

1,000

(1,184)

30,000

(30,000)

1,000

(1,290)

1998.4.1 ～

1999.9.30

100,000

(100,000)

1,220

(1,184)

30,000

(30,000)

1,184

(1,290)

1999.10.1 ～

1999.12.31

100,000

(100,000)

1,290

(1,184)

30,000

(30,000)

1,219

(1,290)

2000.1.1 ～

2000.4.30

100,000

(100,000)

1,220

(1,184)

30,000

(30,000)

1,184

(1,290)

2000.5.1 ～

2000.6.30

100,000

(100,000)

1,290

(1,184)

30,000

(30,000)

1,184

(1,290)

2000.7.1 ～

2001.3.31

100,000

(100,000)

1,220

(1,184)

30,000

(30,000)

1,184

(1,290)

(나) 청구법인이 제출한 1997.4.1～1999.3.31 기간중 부가가치세 신고서 및 동 신고서의 첨부서류인 부동산임대공급가액명세서에 의하면 쟁점업체와 최치과의원의 임대료는 아래 1)과 같으며, 월세란 하단( )금액은 처분청이 월환산임대료 계산시 적용한 월세로서 쟁점업체와 최치과의원의 월세가 바뀌어 적용되었음을 알 수 있고, 쟁점업체의 임대료 부당행위계산부인금액을 재계산하면 아래 2)와 같이 산정되고 있다. O) OOO OO (OO O O) O) OOOOOOOOOO OO (OO O O) (4) 위 사실관계 등을 종합하여 보면, 처분청이 쟁점업체의 저가임대에 대하여 비교실례로 본 최치과의원은 임대건물내에 다른 임차인에 비하여 임대료가 과다하지 않고, 쟁점업체와 동일한 4층내의 임차인으로서 부당행위계산의 임대실례가 된다고 보이는 반면, 청구법인은 최치과의원의 임대료에는 쟁점업체의 병원시설비, 광고비 등이 사실상 포함되어 외관적인 임대료만을 비교하는 것은 부당하다고 주장하나 저가임대가 아니라는 사실을 입증할 수 있는 객관적인 증빙의 제시가 없으므로 이에 대한 청구주장은 신빙성이 없어 보인다. 다만, 처분청이 쟁점업체의 과소신고 임대료금액을 계산함에 있어서 위의 사실(3)과 같이 쟁점업체와 최치과의원의 월임대료를 잘못 적용하여 쟁점업체의 환산임대료를 산정하였음이 확인되므로, 실제 임대료에 의하여 산정된 부당행위계산부인금액에 의하여 그 과세표준과 세액을 경정함이 타당하다고 판단된다. 라. 결 론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.