이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 인천광역시 ○○구 ○○동 756-250번지외 4필지 대지 10,111㎡에서 조합자체매입한 지분면적 491.49㎡을 제외한 면적 9,619.51㎡(이하 “이 사건 종전토지”라고 한다)을 주택재건축사업을 하고자 2002.9.5.부터 2005.9.5.까지 조합원들로부터 신탁취득 한 다음 재건축사업을 완료하여 2005.6.16. 재건축아파트 등을 사용승인받았는데도 이 사건 종전토지 중 일반분양용 건축물의 부속토지 3,600.39㎡(이하 “이 사건 토지”라고 한다)에 대하여 취득세 등을 신고납부하지 아니하므로 그 과세표준액(2,895,003,428원)을 과세표준으로 지 방세법 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 68,075,650원, 농어촌특별세 5,639,600원 , 합계 73,715,250원(가산세 포함)을 2006.9.19. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 첫째, 신탁법상 신탁관계는 신탁재산의 처분관리권이 수탁자에게 귀속됨에도 그 처분 관리권은 신탁목적에 의하여 제한되면서 그 독립성을 유지하고 있으므로 신탁법상의 신탁에 따른 소유권이전등기는 실질과세의 원칙상 지방세법 제104조 제8호 소정의 취득에 해당된다고 볼 수 없고, 둘째, 지방세법 제110조 제1호에서 신탁에 의한 신탁재산의 취득은 형식적인 소유권의 취득으로 비과세하면서 유독 조합원과 재건축주택조합간의 신탁재산에 대해서만 과세하는 것은 헌법상의 평등권 및 국민의 재산권보호조항에도 위배되며, 셋째, 종전 토지를 조합에 신탁하는 경우 조합원용이든 일반분양용이든 감면조례에 의해 이전에는 과세하지 않다가 1997.8.30. 지방세법 개정을 통해 새로이 과세하려고 하는 것은 아니라고 생각되어지므로 조합이 종전토지를 신탁하는 경우에도 일반분양분 대지지분은 비과세에 포함되어야 할 것이고, 넷째, 지방세법 제110조 제1호의 단서 조항신설과 동법 제105조 제10항의 신설규정이 조합이 종전 토지를 신탁하는 경우에 일반분양분 대지지분이 비과세에서 제외되는 것으로 해석된다 하여도 지금까지 과세되지 않는 사례가 많았으며, 특히 이미 조합이 해산된 경우도 많은바 이러한 이유로 조합간 부담세액이 해당 지방자치단체에 따라 다르게 되는 것은 신의성실의 원칙에 위배되는 것으로 판단되며, 보충적 청구로 조합이 종전 토지를 신탁하는 경우에 신탁 토지 중 일반분양분 대지지분이 비과세에서 제외되는 것으로 해석된다면 당해 신탁을 취득원인으로 보는 것이므로 신탁등기일이 취득시기라고 할 것으로서 과세표준 계산 시에 적용할 평균개별공시지가는 사용승인일의 평균개별공시지가가 아닌 신탁토지등기일의 평균개별공시지가를 적용하여야 하고, 개별 신탁등기일이 취득시기이므로 납부불성실가산세는 지방세법 제121조 제1항의 가산세조항은 2003.12.30. 개정되었으므로 2004년 이후 신탁등기한 것에만 적용되어야 하며, 국민주택규모 이하 주택부수토지 취득에 대한 농어촌특별세 감면에 있어 농어촌특별세법 제4조 본문제11호 및 같은 법시행령 제4조제4항 및 주택법시행령 제3조 의 규정에서 전용면적 기준으로 1세대당 85㎡ 이하인 국민주택과 이에 부수되는 토지의 취득에 대하여 농어촌특별세를 비과세한다고 규정하고 있는바, 이에 따르면 총 주택면적 125.62㎡ 중 85㎡를 초과하는 부분만 농어촌특별세를 부과하여야 한다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 재건축주택조합이 조합원으로부터 신탁 받은 토지 중 일반분양용 공동주택 부속토지에 대하여 취득세 등을 부과 고지한 처분이 적법한지 여부 에 있다 하겠다. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제74조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구를 하고자 할 때에는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 도세에 있어서는 행정자치부장관에게, 시·군세에 있어서는 도지사 또는 행정자치부장관에게 심사청구를 하여야 한다고 하며, 같은 법 제104조제8호에서 취득이란 매매, 교환, 상속, 증여, 기부, 법인에 대한 현물출자, 건축, 개수, 공유수면의 매립, 간척에 의한 토지의 조성등과 기타 이와 유사한 취득으로서 원시취득, 승계취득 또는 유상무상을 불문한 일체의 취득을 말한다고 규정하고 있고, 구 지방세법(2003.5.29. 법률 제6916호로 개정되기 이전의 것) 제105조제10항에서 주택건설촉진법 제44조 의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)은 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 하고 있으며, 같은 법 제110조제1호에서 신탁(신탁법에 의한 신탁으로서 신탁등기가 병행되는 것에 한한다)으로 인한 신탁재산의 취득으로서 그 가목의 위탁자로부터 수탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득 및 그 나목의 신탁의 종료 또는 해지로 인하여 수탁자로부터 위탁자에게 신탁재산을 이전하는 경우의 취득에 해당하는 것에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다고 하면서 그 단서에서 주택건설촉진법 제44조 의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다고 하고 있으며 (※2005.12.31. 법률 제7843호로 개정되기 전의 지방세법에서는 주택건설촉진법 제44조 에 의한 주택조합을 주택법 제32조 에 의한 주택조합으로, 같은 날 개정된 지방세법에서는 주택법 제32조 에 의한 주택조합 및 도시주거환경정비법제16조 제2항에 의한 주택재건축조합으로 각각 개정됨), 구 주택건설촉진법(2002.12.30. 법률 제6836호로 개정되기 전의 것) 제3조제9호에서 "주택조합"이라 함은 동일 또는 인접한 시(특별시 및 광역시를 포함한다)·군에 거주하는 주민이 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합(이하 "지역조합"이라 한다), 동일한 직장의 근로자가 주택을 마련하기 위하여 설립한 조합(이하 "직장조합"이라 한다) 및 대통령령이 정하는 노후·불량한 주택을 철거하고 그 철거한 대지위에 주택을 건설하기 위하여 기존주택의 소유자가 설립한 조합(이하 "재건축조합"이라 한다)을 말한다고 하고 있고, 같은 법 제44조제1항에서 조합을 구성하여 그 구성원의 주택을 건설하고자 할 때에는 관할시장 등의 인가를 받아야 한다고 하고 있으며, 주택법 제2조 제9호에서 "주택조합"이라 함은 다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 결성하는 지역주택조합 및 직장주택조합 및 임대주택조합 및 리모델링주택조합을 말한다고 하면서 같은 법 제32조제1항에서 다수의 구성원이 주택을 마련하거나 리모델링하기 위하여 주택조합을 설립하고자 하는 경우에는 관할 시장·군수·구청장의 인가를 받아야 한다고 하고, 농어촌특별세법 제4조 에서 그 제9호의 대통령령이 정하는 서민주택에 대한 취득세 또는 등록세의 감면 및 그 제11호의 대통령령이 정하는 서민주택 및 농가주택에 대한 취득세에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 하면서 같은 법시행령 제4조제4항에서 법 제4조제9호 및 제11호에서 "대통령령이 정하는 서민주택"이라 함은 주택법 제2조 제3호의 규정에 따른 국민주택 규모이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지로서 주택바닥면적에 별표의 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적이내의 토지를 말한다고 하며, 주택법 제2조 제3호에서 "국민주택"이라 함은 제60조의 규정에 의한 국민주택기금으로부터 자금을 지원받아 건설되거나 개량되는 주택으로서 주거의 용도로만 쓰이는 면적이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2001.9.1. 청구인은 관할관청(부평구청장)으로부터 주택재건축조합설립인가를 받은 다음 대광연립정비사업조합으로 법인을 설립하였고, 2002.6.14. 같은 동 756-269번지외 5필지 10,111분의 491.49를 (주)○○에프로부터 계약금액 250백만원에 취득하였으며, 2002.7.11. 관할관청으로부터 이 사건 종전토지 및 자체매입한 토지를 대상으로 공동주택(아파트) 6개동 298세대 연면적 42,598.613㎡에 대한 주택건설사업계획승인을 받았고, 2002.9.5.부터 2005.9.5.까지 이 사건 종전토지를 조합원으로부터 신탁 받아 신탁등기를 경료하였으며, 2005.6.16. 관할관청으로부터 위 주택재건축건설사업에 대한 사용검사를 받았고, 2006.9.15. 청구인의 법인담당은 처분청으로부터 이 사건 취득세부과고지서를 직접 수령하였으며, 2006.12.18. 청구인은 이 사건 취득세에 대한 심사청구를 행정자치부 장관에게 제출한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통해 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 첫째, 신탁법상의 신탁에 따른 소유권이전등기는 실질과세의 원칙상 지방세법 제104조 제8호 소정의 취득에 해당된다고 볼 수 없다고 주장하여 이를 보면, 구 지방세법 제110조 제1호에서는 신탁법에 의한 신탁으로 인한 신탁재산의 취득은 비과세하도록 규정하면서 주택건설촉진법 제44조 의 규정에 의한 주택조합과 조합원간의 신탁재산 취득을 제외한다고 규정하고 있고, 구 지방세법 제105조 제10항에서 주택건설촉진법 제44조 의 규정에 의한 주택조합이 당해 조합원용으로 취득하는 조합주택용 부동산(공동주택과 부대ㆍ복리시설 및 그 부속토지를 말한다)에 대하여는 그 조합원이 취득한 것으로 본다고 규정한 것을 종합하여 볼 때, 재건축주택조합이 재건축사업을 완료한 후 조합원에게 귀속시키는 아파트의 부속 토지는 조합을 취득자로 보아 취득세를 과세할 수 없지만, 건축 후 조합이 주체가 되어 일반분양하는 아파트 등의 부속토지는 조합이 조합원으로부터 소유권을 사실상 취득하였다가 제3자에게 매각하는 것이라 하겠고, 따라서 재건축조합에게 취득세 납세의무가 성립되는 것(행정자치부 심사결정 제2004-128호, 2004.6.28.)이라고 할 수 있는 바, 청구인의 경우, 2001.9월 관할관청으로부터 주택재건축조합 설립인가를 받아 2002.9월부터 2003.4월사이에 조합원으로부터 이건 토지를 신탁으로 취득한 후, 재건축주택사업을 종료하여 2005.6월 주택재건축건설사업에 대하여 사용승인을 받은 다음 이 건 토지에 대하여 일반분양용 아파트 소유권보존등기시 대지권으로 설정등기를 경료하여 청구인 명의로 제3자에게 분양처분을 하게 되는 과정을 보면, 이 사건 토지는 재건축주택사업이 사용승인 후 신탁이 종료되면서 조합원용 토지가 조합원에게 반환되고 나머지 일반분양용 토지에 대한 청구인 명의의 대지권 등기를 함으로써 이루어진 별도의 새로운 취득(헌재결정 2003헌가19, 2005.6.30.)에도 해당된다고 할 것일 뿐만 아니라 청구인이 사업시행자가 되어 주택사업을 진행한 후 사업비 충당 등을 위하여 비조합원에게 이를 분양하는 일종의 수익사업에 해당한다 할 것(서울행정법원 2005.12.29. 선고 2005구합27253)이어서 처분청이 조합이 일반분양분 토지의 취득에 대하여 과세하는 것이 실질과세의 원칙상 합목적성이 있다고 할 것이므로 청구인이 이 사건 취득세 등의 과세처분이 실질과세원칙에 위배된다는 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이며, 둘째, 지방세법 제110조 제1호에서 신탁에 의한 신탁재산의 취득은 형식적인 소유권의 취득으로 비과세하면서 유독 조합원과 재건축주택조합간의 신탁재산에 대해서만 과세하는 것은 헌법상의 평등권 및 국민의 재산권보호조항에도 위배된다고 주장하나, 조세평등주의라 함은 조세입법을 함에 있어서 조세의 부담이 공평하게 주민들 사이에 배분되도록 법을 제정하여야 하고, 그러한 세법의 해석·적용에 있어서 모든 국민을 평등하게 취급하여야 한다는 것으로 국민의 대표기관인 국회에서 국가재정 형편과 주민의 부담능력 등을 종합적으로 고려하여 입법정책으로 판단 결정한 사항을 막연히 헌법에 규정된 평등주의의 원칙에 반한다는 주장은 타당한 이유가 될 수 없다(행정자치부심사결정 제2002-51호, 2002.1.28.) 할 것으로서, 지방세법상 과세요건에 명백하게 해당되는 이상 조세평등의 원칙에 위배된다는 주장은 이유가 없다고 할 것이고, 셋째, 주택재건축조합의 일반분양용 토지도 1997.8.30. 지방세법 개정취지에 의하면 과세대상이 아니라 종전 규정과 같이 비과세되어야 한다고 주장하나, 1997.8.30. 법률 제5406호로 개정된 지방세법 개정취지는 주택조합과 조합원의 관계에 있어서 실제에 있어서는 조합원이 취득자금을 부담하지만 그 명의는 주택조합이 취득한 것이 됨으로써 취득세의 성질상 주택조합이 납세의무자가 되는데도 주택재건축건설공사 완료 후 이를 조합원 명의로 이전하는 때 또다시 조합원이 취득세를 납부해야 하는 문제가 있기 때문에 이를 보완하고자 개정한 것으로서, 이는 이러한 이중과세를 방지하고자 함에 있다 할 것이므로 조합원용이 아닌 일반분양용 아파트의 대지지분도 이에 포함되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 할 것이며, 넷째, 주택재건축조합의 일반분양용 토지의 경우 지금까지 과세되지 않은 사례가 많았을 뿐만 아니라 대부분의 조합은 해산된 경우도 많은데도 과세하는 것은 신의성실의 원칙에 위배된다고 주장하나, 일반적으로 조세법률 관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되기 위하여는 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명하여야 하고, 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 납세자가 그 견해표명을 신뢰하여 이에 따라 무엇인가 행위를 하여야 하고, 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하고, 과세관청의 공적인 견해표명은 원칙적으로 일정한 책임있는 지위에 있는 세무공무원에 의하여 이루어짐을 요한다(대법원 판결 95누 13746, 1996.1.23.)고 할 것이며, 비과세 관행이 성립하려면 상당한 기간에 걸쳐 과세를 하지 아니한 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라, 과세관청 자신이 과세할 수 있음을 알면서도 과세하지 않는다는 의사표시가 있어야 하는 것인데, 처분청에서 재건축조합이 취득한 일반분양분 토지에 대하여 취득세를 과세하지 않겠다는 의사표시를 한 사실이 없었을 뿐만 아니라 특히, 재건축조합이 취득한 일반분양분 토지에 대하여 계속하여 취득세 등을 과세하여 왔는데도 재건축조합이 취득한 일반분양분 토지에 대하여 취득세를 비과세하여 온 관행이 성립되었다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 할 것이며, 보충적 주장으로, 신탁등기일이 취득시기이므로 납부불성실가산세는 2004년 이후 신탁등기분에만 적용되어야 한다는 주장과 국민주택규모이상의 아파트(이 사건의 경우, 전용면적 125.62㎡)라도 소정의 85㎡를 초과하는 부분만 농어촌특별세를 부과하여야 한다고 주장은 주택재건축조합의 일반분양분 토지의 취득세 납세의무 성립시기와 관련해서는 종전에는 취득의 시기에 대하여 신탁등기가 완료된 시점에서 취득세 납세의무가 성립된다는 것(행정자치부 심사결정 제2004-128호, 2004.6.28.) 및 신탁시점이나 신탁해지시점(준공인가시점)에 걸쳐 동일한 과세대상(재건축조합의 일반분양용 토지)에 대하여 세액이 부과될 경우 그 신탁해지시점을 기준으로 과세할 경우 신탁시점에 이를 납부하였을 때는 이중과세금지의 원칙상 부과할 수 없는 것(행정자치부 심사결정 제2005-423호, 2005.9.25.)이라고 하고, 법제처 유권해석(법제처 법령해석지원팀-949, 2006.6.12.)에서 도시 및 주거환경법에 의한 주택재건축사업에 있어서 일반분양용 토지의 취득세 납세의무 성립시기와 관련하여 지방세법 제29조 제1항제1호에서 규정하고 있는 ‘취득세 과세 물건을 취득 할 때’라 함은 도시및주거환경정비법에 의한 주택재건축조합이 주택사업에 관한 공사를 완료하여 도시및주거환경정비법에 의하여 준공인가를 받은 날이라고 해석하고 있는 것을 볼 때, 청구인이 신탁등기 완료된 시점에 각각 취득세 등을 납부하지 아니한 이상 이 사건 토지의 취득세 납세의무 성립시기는 사용검사일(2005.6.16.)이라고 할 것이므로 2004년 이후 신탁등기분에만 납부불성실가산세가 적용되어야 한다는 주장과 개별신탁토지등기일 당시 개별공시지가를 적용해야 한다는 주장은 받아들일 수 없다 하겠으며, 또한, 농어촌특별세는 국민주택규모이상의 아파트라도 85㎡를 초과하는 부분만 농어촌특별세를 부과하여야 한다고 하나, 농어촌특별세법 제4조 제9호 및 같은 법시행령 제4조제4항 및 주택법 제2조 제3호들에서 공동주택 각1호 및 주택 1세대당 국민주택 규모(85제곱미터)이하의 주거용 건물과 이에 부수되는 토지에 대하여는 비과세한다고 하고 있으므로 청구인의 경우 국민주택규모이하의 아파트에 대하여는 관련 세액을 비과세하였을 뿐만 아니라 처분청이 부과한 대상은 국민주택규모이상에 대하여 부과한 것이어서 잘못이 없다고 하겠으나 위와 같은 본안 심의에 앞서 이 사건 심사청구가 적법하게 제출되었는지 여부를 살펴보면, 지방세법 제74조 제3항에서 이의신청을 거치지 아니하고 바로 심사청구를 하고자 할 때에는 당해 처분이 있는 것을 안 날부터 90일 이내에 심사청구를 하여야 한다고 하고 있고, 같은 법 제77조제1항제1호에서 위 불복기간이 경과하였을 때는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있으므로, 청구인의 경우, 2006.9.15. 청구인의 직원이 직접 이 사건 취득세고지서를 수령하였음이 고지서송달부에서, 이 사건 심사청구는 2006.12.18. 관할관청(인천광역시)에 접수된 사실이 관할관청 소정의 접수대장에서 각각 확인되고 있는바, 청구인은 이 사건 심사청구를 처분을 안 날(고지서 수령일)로부터 90일 이내에 심사청구를 제기하였어야 함에도 불복청구기간(90일)을 경과하여 이를 제기하였으므로 본안 심의대상이 아니라고 하겠다. 따라서 청구인의 심사청구는 본안 심의를 거치지 아니하고 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2007. 2. 26. 행 정 자 치 부 장 관