이유
1. 원처분 개요

청구인이 1989.5.2 부가가치세 면세사업자로 사업자등록(업태 : 소매, 종목 : 생화)을 하고 1991년 제1기부터 1992년 제2기까지 기간동안 꽃종자를 수입하여 판매한 사실이 있고 1993.6.11 일반사업자로 전환[업태 : 소매, 종목 : 종자(수입품)]하였다.

처분청은 수입꽃종자를 과세재화라 하여 동 과세기간에 청구인이 수입판매한 81,239,100원중 꽃을 재배하여 판매한 6,629,100원은 부가가치세 면세하고 74,609,900원에 대하여 1994.9.1 청구인에게 이 건 부가가치세 8,139,240원(1991년 제1기분 2,209,080원, 1991년 제2기분 1,097,820원, 1992년 제1기분 3,465,160원, 1992년 제2기분 1,367,180원)을 결정고지하였다.

처분청은 위 부가가치세를 과세할 때에 청구인이 부가가치세 면세사업자로 사업자등록을 한 후 과세재화인 꽃종자를 수입하여 판매한 것은 부가가치세 미등록사업자에 해당된다 하여 미등록가산세 및 신고불성실가산세를 가산하여 위와 같이 과세하였다.

청구인은 이에 불복하여 1994.10.28 이의신청, 1995.1.17 심사청구를 거쳐 1995.4.24 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 청구인의 사업자등록신청에 대하여 처분청이 사실조사를 하여 과세사업자등록증을 교부하여야 함에도 면세사업자등록증을 발급한 귀책사유가 있을 뿐만 아니라 이를 신뢰하여 면세로 알고 행한 납세자에게는 신의성실원칙에 의해서도 이 건 과세는 부당하며, 청구인은 사업자등록을 하였으므로 1990년 제1기부터 1992년 제2기까지 꽃종자를 수입하면서 납부한 5,948,830원의 부가가치세를 매출세액에서 공제하여야 하고 미등록가산세를 부과한 것은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

청구인이 1989.4.25 접수한 사업자등록 신청서에는 청구인의 사업업태는 “소매”로, 종목은 “생화”로 되어 있고, 취급품목란에도 수입꽃종자의 판매가 아닌 “생화”로 되어 있는 바, 생화는 면세사업에 해당되므로 면세사업자용 사업자등록증을 발급한 처분은 달리 잘못이 없고, 처분청의 사업자등록증의 검열은 사업의 계속성 여부를 확인하는 단순한 행정행위이므로 이러한 사실만으로는 처분청이 청구인에게 수입꽃종자의 공급이 부가가치세 면세의 대상이라고 신뢰할만한 공적인 견해표명을 한 것이라고 볼 수는 없으므로 신의성실의 원칙에 위배된다고 할 수 없으며, 청구인이 꽃종자를 외국에서 수입하여 국내에 공급한 것은 과세사업에 해당되므로 과세사업자등록을 하여야 함에도 이를 하지 않았기 때문에 청구인은 미등록사업자에 해당되어 매입세액을 공제받을 수 없을 뿐만 아니라 미등록가산세를 부과한 것은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 이 건의 쟁점은

① 면세사업자등록을 한 후 과세사업을 한 경우 미등록사업자로 보고 미등록가산세를 부과한 처분의 당부와

② 청구인이 1990년도 제1기부터 1992년도 제2기까지 기간동안 김포세관에 부가가치세를 납부하고 수취한 수입세금계산서의 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 그 다툼이 있다.

나. 쟁점①에 대해서 본다.

관련법규정을 보면,

부가가치세법 제5조

제1항에서 「신규로 사업을 개시하는 사업자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일내에 정부에 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.」고 규정하고 있으며,

같은법 제22조

제1항에서 「사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 사업개시일 또는 검열을 신청하지 아니한 과세기간의 개시일부터 등록 또는 검열을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.」고 규정하고, 그 제1호에서 「제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 때」라고 규정하고 있다.

청구인이 처분청으로부터 면세사업자등록등을 교부받게 된 경위에 대해서 보면,

청구인이 1989.4.25 접수한 사업자등록신청서를 보면, 취급품목이 생화이고, 주요매입처가 충청남도 서산군 태안읍 OOO으로 되어 있어 적어도 청구인은 사업자등록 당시에는 국내에서 생산되는 생화를 구입하여 판매할 의사표시를 하였을 뿐 꽃종자를 수입한다는 의사표시가 전혀 없었던 것으로 보인다.

청구인이 1990년도 제1기부터 1992년도 제2기 기간동안 꽃종자를 수입한 것으로 확인되는 수입면장 및 수입세금계산서를 보면, 수입꽃종자가 부가가치세 과세대상 품목이라는 것이 확인되고 있고, 청구인 역시 동기간동안 이의없이 부가가치세를 납부하였다.

위의 사실들을 종합하여 볼 때, 청구인이 1989.5.2 처분청으로부터 면세사업자용 사용자등록증을 교부받게 된 것은 국내에서 생화를 구입하여 판매한다는 청구인의 의사표시에 의거 처분청이 교부한 것인바

국세기본법 제15조

소정의 신의성실의 원칙에 반하는 처분이라고 할 수 없다.

따라서 청구인은 1989.5.2 국내생화 판매를 위한 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았다 하더라도 수입꽃종자를 수입하기 시작한 1990년도초 면세사업자등록과는 별도로 과세사업자등록을 하여야 함에도 불구하고 과세사업자등록을 하지 않았는 바, 처분청이 위의 규정에 의거 미등록과세사업자로 보고 미등록가산세를 부과한 처분은 달리 잘못이 없다.

당심 선결정(국심 93경3137, ’94.6.21 합동회의)은 외국에서 수입하는 과세물품을 취급한다고 하는 사업자에게 처분청이 잘못하여 면세사업자용 사업자등록증을 교부함에 따라 이를 미등록과세사업자로 보고 미등록가산세를 부과한 처분은 부당하다는 결정을 한 바 있으나, 이 건의 경우 당초 처분청이 면세사업자용 사업자등록을 교부한 것은 국내에서 생화를 구입하여 판매한다는 청구인의 의사표시에 의하여 교부하였고, 청구인이 면세사업을 계속하다 1990년 제1기부터 외국으로부터 꽃종자를 수입판매하는 과세사업자로 전환한 경우에 해당되어 선결정과 달리 미등록가산세가 부과되어야 할 것으로 인정된다.

다. 쟁점②에 대해서 본다.

관련법규정을 보면,

부가가치세법 제12조

제1항은 「다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.」고 하고, 그 제1호에서 「가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물·축산물·수산물과 임산물을 포함한다」 및 「우리나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물·축산물·수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것」이라고 규정하고 있고,

같은법 제16조

제3항에서 「세관장은 수입되는 재화에 대하여 수입세금계산서를 수입자에게 교부하여야 한다.」고 규정하고 있으며, 같은법 기본통칙 5-3-7…17은 「사업자가 자기의 사업과 관련된 재화의 수입에 따른 수입세금계산서를 수입일이 속하는 과세기간 경과후에 교부받은 때에는 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간의 매출세액에서 공제받을 수 있다.」고 규정하고 있다.

이 건 사실관계를 보면,

꽃종자는 식용에 공하지 아니하는 농산물 또는 임산물이고 수입하는 꽃종자는 우리나라에서 생산된 것이 아니므로 면세재화가 아니며 수입꽃종자가 과세재화임에는 다툼이 없다.

청구인은 1990년 제1기부터 1992년 제2기까지(’90.2.28～’92.12.29) 꽃종자를 수입하면서 5,948,830원의 부가가치세를 납부한 것으로 수입면장 및 수입세금계산서에 의거 확인된다.

사실이 위와 같다면, 청구인은 당연히 부가가치세법 관련규정에 의거 부가가치세를 관할세무서에 신고하여야 할 것인데도 불구하고 청구인은 위 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 과세사업을 영위함에도 면세사업자용등록증을 교부받았기 때문에 이를 신고하지 않았고 이를 타사업자에게 판매(매출)할 시에는 간이세금계산서를 교부하였다.

당심 선결정(국심 94부3695, ’95.7.21)에서 위 부가가치세 기본통칙 5-3-7…17에 근거하여 부가가치세를 납부하고서도 수입세관으로부터 수입세금계산서를 과세기간 경과후에 교부받았다 하더라도 수입세금계산서를 교부받은 날이 속하는 과세기간에 신고하여 매출세액에서 이를 공제받을 수 있다는 결정을 내린 바 있다.

그러나 이 건의 경우 청구인은 위에서 살펴본 바와 같이 과세사업자등록을 하지 않았고 김포세관으로부터 수입세금계산서를 교부받고서도 수입일이 속하는 과세기간에 신고한 사실이 없기 때문에 처분청이 매입세액을 불공제하고 이 건 과세한 당초처분에 잘못이 없다.