이유
1. 처분개요 청구법인은 별지 목록의 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 서울특별시로부터 1990.11.20 현물출자 받아 심판청구일 현재까지 보유하고 있다. 처분청은 청구법인이 보유한 쟁점토지를 매매용부동산으로 보고 취득일로부터 2년이 경과한 1992.11.21부터 비업무용부동산으로 판정하여 관련된 지급이자를 청구법인의 각사업년도 소득금액 계산시 손금불산입하는등 조사하여 1996.9.16 청구법인에게 1992사업년도(1.1～12.31, 이하 같다) 법인세 146,348,640원, 1993사업년도 법인세 1,122,672,790원, 1994사업년도 법인세 1,008,182,930원 및 농어촌특별세 47,267,650원, 1995사업년도 법인세 960,420,140원 및 농어촌특별세 35,218,630원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1996.11.9 이의신청 및 1997.2.6 심사청구를 거쳐 1997.5.24 심판청구를 제기하였다. 2. 청구 주장 및 국세청장 의견 가. 청구 주장 청구법인은 서울특별시가 100% 출자한 서울특별시 산하 공공법인으로서 서울특별시 OOOO공사 설치조례 제4조(자본금)의 규정에 의하면 서울특별시장은 청구법인의 의사와는 관계없이 일방적으로 청구법인의 자본금의 납입시기와 방법을 정하도록 되어 있어 서울특별시장이 시영아파트 건립후 남은 잔여 토지등을 1990.11.20 청구법인에 일방적으로 현물출자함에 따라 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 것이고, 쟁점토지중 일부는 도로에 편입되어 있고 일부는 학교 및 구민회관등에서 무단점유·사용하고 있어 그 관리나 매각에 상당한 어려움을 겪고 있을 뿐 아니라 쟁점토지는 청구법인의 업무와 직접관련이 없다거나 부동산 투기를 위하여 보유하는 부동산이 아니며, 청구법인이 쟁점토지를 취득하는데 차입금이 전혀 발생하지 않았고 또한 쟁점토지를 활용하기 위하여 일부 토지는 매각을 위해, 일부 토지는 활용가능한 용지로의 변경을 위해 관련기관에 매입촉구 및 용도변경 요구등 최선의 노력을 기울였으나 매각되지 않아 불가피하게 현재까지 보유하고 있는 것이므로 처분청이 쟁점토지를 비업무용부동산으로 보고 관련 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다. 나. 국세청장 의견 비업무용부동산 관련 법령 및 예규를 모두어 보면, 주택신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용토지는 취득후 2년이내에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니한 경우에는 이를 취득시부터 비업무용부동산으로 보되, 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지·제한된 것과 사업장의 진입도로로서 불특정다수인이 이용하는 도로 및 취득후 도시계획법에 의한 도시계획의 변경등 당해 법인의 귀책사유가 아닌 외부의 불가항력적인 정당한 사유가 있는 경우에는 예외적으로 비업무용부동산으로 보지 아니한다고 할 것인 바, 비업무용부동산에서 제외되는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정은 부동산 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 제한 또는 금지되거나 OO공사 또는 OOOO개발공사에 공매를 의뢰하여 2회 이상 유찰된 경우등에 대하여만 적용된다 할 것이므로, 이 건과 같이 부동산 취득전부터 사용이 제한 또는 금지된 부동산에 대하여는 비업무용부동산에서 제외되지 아니한다고 할 것이고, 청구법인이 주장하는 무단점유·사용이나 예산부족 등의 사유로 매각이 지연된 것은 전시한 정당한 사유로 보기는 어렵다 하겠고, 또한 쟁점토지중 불특정다수인이 이용하는 도로부분도 사업장의 진입도로가 아니므로 비업무용부동산에서 제외되는 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제16호에 의한 도로에 해당되지 않는 것으로 판단되고, 다만, 쟁점토지7중 853㎡는 1994.10.25 도시계획법에 의하여 북부도시 고속도로 건설사업지로 편입고시된 토지로서 취득후 사용이 제한된 토지이므로 법인세법시행규칙 제18조 제4항 제1호의 규정에 의거 그 사용이 제한된 1994.10.25부터 1995.12.31까지 비업무용부동산에서 제외함이 타당한 것으로 인정된다 하겠으므로, 쟁점토지7중 853㎡을 제외한 나머지 쟁점토지에 대하여 처분청이 비업무용부동산으로 보아 과세한 당초 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 서울특별시로부터 현물출자 받아 보유하고 있는 쟁점토지가 비업무용부동산에 해당되는지 여부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 법인세법 제18조의 3 (지급이자의 손금불산입) 제1항은 본문에서「다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업년도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업년도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다」라고 하면서, 제1호에서 「당해법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것」이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항 제1호는 법 제18조의 3 제1항 제1호의 “대통령령이 정하는 것”(비업무용 부동산 등)의 하나로 “부동산 취득 후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산”을 들고 있으며, 제3항은「제1항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등의 판정기준에 관하여는 재무부령으로 정한다」라고 규정하고 있고, 한편, 법인세법 시행규칙(1994.11.8 재무부령 제2006호로 개정된 것) 제18조 제3항은 본문에서 「령 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항에서 “비업무용부동산 등”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산을 말한다」고 하면서, 그 제12호에서 「매매용부동산. 다만, 다음 각목의 부동산으로서 당해 부동산을 취득한 후 2년이 경과되지 아니한 것(도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 취득한 후 2년이 경과한 것과 주택 등 건물의 신축용 토지를 취득한 후 2년 이내에 공사에 착공하고 공사가 진행중인 것을 포함한다)을 제외한다. 가. 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산 나. 주택 신축판매업을 영위하는 법인이 취득한 주택신축용 토지 다. (생략) 라. (생략)」고 규정하고 있으며, 그 부칙 제4항(비업무용부동산에 대한 적용예)에서 “제18조 제3항·제4항 및 제23항의 개정규정은 이 규칙 시행 후 결정하는 과세표준 및 세액분부터 적용한다.”고 규정하고 있다. 다. 사실관계 및 판단 (1) 청구법인은 쟁점토지가 청구법인의 업무와 직접 관련이 없거나 그 취득경위 및 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 부동산이 아니므로 비업무용부동산으로 볼 수 없다고 주장하고 있고, 처분청은 쟁점토지가 법인의 업무에 직접 사용하는 매매용부동산이라 하더라도 그 취득후 2년이 경과한 것은 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호의 규정에 의하여 비업무용부동산에 해당된다는 의견이다. (2) 서울특별시 OOOO공사 설치조례와 서울특별시 OOOO공사 정관을 보면, 제1조(목적)에 서울특별시 OOOO공사는 택지의 개발과 공급, 주택의 건설, 개량, 공급 및 관리등을 통하여 시민의 주거생활의 안정과 복지향상에 기여하게 함을 목적으로 한다고 규정하고 있고, 제4조(자본금) 제2항에 자본금의 출자에 관한 납입의 시기와 방법은 시장은 정한다고 규정하고 있어, 청구법인은 택지의 개발과 공급 및 주택의 건설등을 그 본연의 업무로 하고 있는 것과 청구법인의 자본금의 납입방법등에 관하여는 청구법인의 의사와는 관계없이 서울특별시장이 정하도록 규정되어 있는 것을 알 수 있고, (3) 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 경위를 살펴보면, 서울특별시장이 1989.6.26 문서(문서번호 : 주기 OOOOOOOOO호)로 청구법인에 통보한 국민주택비 특별회계 소관 토지 및 건물의 현물출자 이관에 대하여, 청구법인이 1989.10.27 문서(문서번호 : 경관 OOOOOOOOOO호)로 현물출자에 대한 청구법인의 의견 및 문제점(쟁점토지의 경우 서울특별시에서 시영아파트를 건립한 후 남은 자투리 땅으로 단시일내에 매각이 불가능하고 토지의 이용방안이 어려운 실정으로 청구법인이 장기보유관리하게 되는 문제점)을 보고하면서 현물출자방침을 재검토하여 줄 것을 서울특별시장에게 요청하였으나 받아들여지지 않았고, 이에 따라 1990.11.20 서울특별시장이 쟁점토지등을 현물출자하게 된 사실이 관련문서에 의하여 확인되고 있어 청구법인은 쟁점토지를 취득할 의사가 없었음에도 서울특별시장의 현물출자에 의하여 불가피하게 쟁점토지를 취득하게 된 사실을 알 수 있다. (4) 한편, 청구법인이 쟁점토지를 매각 또는 업무에 활용하기 위하여 노력한 내용을 보면, 쟁점토지1의 경우는 도시계획상 학교용지로 지정되어 있고, 청구법인이 현물출자받기 이전부터 OO여상이 운동장의 일부로 무단점유 사용하고 있어 청구법인이 1992.7.29부터 1995.2.8까지 4회에 걸쳐 학교측에 문서로 매입을 촉구하였으나 학교측의 예산상 이유로 현재까지도 매각이 지연되고 있고, 쟁점토지2의 경우는 도시계획상 아파트지구로 지정되어 있고, 이미 쟁점토지2 일부에 교회건물을 신축한 OOOO교회와 공유지분으로 소유하고 있어 매각이 쉽지 않아 청구법인이 송파구청에 지적분할 요청을 하였으나 1994.8.18 송파구청장으로부터 현아파트지구에 대한 개별기본계획사항변경 및 도시계획시설변경결정·지적승인 없이는 토지분할 처리할 수 없음을 통보 받아 매각이 지연되고 있으며, 쟁점토지3의 경우는 도시계획상 학교용지로 지정되어 있고, 청구법인이 현물출자받기 이전부터 OO초등학교에서 교내부지(자연학습장)로 사용하고 있어 청구법인이 강동교육구청에 매입을 촉구한 건에 대하여 1992.8.17 강동교육구청으로부터 예산부족으로 매입하지 못함을 통보받은 것을 비롯하여 1994.3.28까지 6회에 걸쳐 강동교육구청에 매입을 촉구하였으나, 강동교육구청에 매각하는 것이 어렵게 되자 1995.8.2 송파구청에 학교용지를 주위여건에 타당한 기타용지로 용도변경하여 줄 것을 요청하였으나 변경할 수 없음을 통보받아 현재까지 보유하게 되었고, 쟁점토지4의 경우는 도시계획상 종교용지로 지정되어 있고, 청구법인이 현물출자받기 이전부터 동대문구 구민회관에서 담장을 설치하여 주차장으로 사용하고 있어 청구법인과 동대문구청장간에 1990.5.10부터 1995.12.17까지 6회에 걸쳐 문서로 매각협상을 하였으나 동대문구청의 예산부족으로 매각이 지연되고 있으며, 쟁점토지5의 경우는 청구법인이 현물출자받기 이전부터 서울특별시가 도서관건립예정지로 유보한 토지로서 이를 활용할 수 있는 방법은 매각하는 것이므로 OOOO신문등 일간신문을 통하여 여러 차례 매각공고를 하고 입찰을 하였으나 유찰되어 매각이 지연되고 있고, 쟁점토지6의 경우는 송파구청에서 사회복지관의 주차장으로 사용하고 있어 송파구청에 매입할 것을 문서로 요청하였으나 매각이 이루어지지 않았고, 또한 OOOO신문등 일간신문에 여러 차례 매각공고를 하고 입찰을 하였으나 유찰되어 매각이 지연되고 있으며, 쟁점토지7은 도시계획상 일반주거지이나 토지의 모양이 기형적이고 OO천변에 접하고 있어 건물건축시 하천침식작용에 의한 붕괴등으로 일반주거지역으로서의 개발이 불가능한 곳이고, 일부토지(853㎡)는 북부간선도로 건설계획에 따라 도로로 편입되어 보상이 진행중에 있으며, 나머지 토지에 대하여도 함께 보상하여 줄 것을 노원구청에 요청한 상태로 현재까지 매각이 지연되고 있어, 쟁점토지8의 경우는 서울특별시에서 시영아파트 건립후 남은 잔여 토지로 도시계획상 아파트지구로 지정되어 있고, 일부토지에 도로(456.02㎡)가 관통하고 있어 토지의 활용이 매우 곤란하며 또한 1991.11.5 서울특별시 지하철건설본부로부터 일부의 토지에 대하여 지하철 5호선 공사에 따른 토사적치장으로 무상사용 요청이 있어 이에 응하였고, 강동구청은 쟁점토지8중 일부를 매입하기 위하여 그 용도를 도시계획시설(공용의 청사)로 변경하기 위한 도시계획(안)을 공고하고 서울특별시에 아파트지구 해제를 요청하였으나 서울특별시로부터 아파트지구 해제불가 통보를 받아 매각이 이루어지지 않았으며, 다시 청구법인이 서울특별시에 토지의 활용을 위하여 주택건설계획 검토를 요청하였으나 서울특별시로부터 주택건설계획은 해당지역이 저밀도지구이고 아파트지구 개발기본계획 미수립지구로서 검토 할 수 없음을 통보받아 부득이 현재까지 보유하고 있는 사실이 관련문서에 의하여 확인되고 있다. (5) 전시한 법령과 위의 사실을 종합하여 볼 때, 비업무용부동산에 대한 세법상의 규제는 기업이 투기목적으로 부동산을 보유하는 것을 억제하는데 그 취지가 있다 할 것이고(대법원 93누 19788, 94.2.8 같은 뜻임), 1994.11.8 재무부령 제2006호로 개정된 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호는 매매용부동산으로서 취득한 후 정당한 사유로 2년이 경과한 것에 대하여는 비업무용부동산에서 제외하도록 규정하고 있고 그 부칙 제4항에서 동 개정규정은 이 규칙 시행후 결정하는 과세표준 및 세액분부터 적용한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 서울특별시 산하 공공법인으로서 청구법인의 설립취지와 목적(토지의 취득·개발 및 공급, 주택의 건설, 도시계획사업의 시행등)에 어긋나는 토지는 보유할 수 없으며, 쟁점토지는 서울특별시가 시영아파트 건립후 남은 자투리 토지로서 토지의 모양과 면적상 그 개발이 곤란할 뿐 아니라 일부토지는 도로로 편입 및 학교, 구민회관등에서 무단점유·사용하고 있어 제3자에 매각하는 것도 사실상 어려운 실정이며, 청구법인이 쟁점토지를 현물출자받기 이전부터 도시계획상 쟁점토지의 용도가 지정되어 있어 다른 용도로의 사용이 제한된 토지로 청구법인이 서울특별시에 쟁점토지의 현물출자를 재검토하여 줄 것을 요청하였으나 서울특별시에서 청구법인의 의사에 반하여 일방적으로 현물출자를 하게되어 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 되었고, 청구법인은 쟁점토지를 현물출자 받은 후 활용 또는 매각하기 위하여 관련 기관에 여러 차례에 걸쳐 매입을 촉구하는등 여러 가지로 노력하였으나 위와 같은 여러 가지 문제점이 있어 매각이 쉽게 이루어지지 않아 현재까지 불가피하게 보유하게 된 것이므로 이는 전시 법인세법시행규칙 제18조 제3항 제12호에서 규정한 취득한 후 정당한 사유로 인하여 2년이 경과한 매매용부동산에 해당된다 하겠고, 더구나 청구법인이 쟁점토지를 취득하게 된 동기나 목적, 업무용으로 사용하기 위하여 청구법인이 취한 그간의 조치 등 일련의 과정으로 미루어 볼 때 쟁점토지는 법인세법 제18조의 3 제1항 제1호에서 규정하고 있는 당해법인의 업무와 직접 관련이 없다거나 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하고 있는 부동산으로도 볼 수 없다 하겠다. 그러하다면, 청구법인이 쟁점토지를 취득한 후 유예기간내에 업무에 사용하지 아니하였다 하여 비업무용부동산으로 보는 것은 청구법인에게 수인의 한도를 넘어 너무 가혹한 처분이라 하겠으므로, 처분청이 쟁점토지를 비업무용 부동산으로 보고 청구법인의 각 사업년도의 소득금액 계산시 관련 지급이자를 손금불산입하여 이 건 법인세등을 과세한 처분은 부당하다고 판단된다. 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.