이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구인이 1994.12.6.과 1995.9.23. 각각 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ면 ㅇㅇ리 ㅇㅇ번지외 3필지 토지 866㎡(이하 “제 1토지”라 한다)와 같은리ㅇㅇ번지외 1필지 1,012㎡(이하 “제 2토지”라 한다)에 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 이건 토지(6필지)를 취득한 날부터 3년이내에 고유업무에 직접 사용하지 아니하였으므로 비과세된 취득세와 등록세 등 추징 대상 및 법인의 비업무용 토지에 해당된다고 보아, 그 취득가액(235,784,000원)에 구지방세법(1997.8.30. 법률 제5406호로 개정되기 전의 것) 제112조제1항·제131조제1항제3호 및 구지방세법 (1998.12.31. 법률 제5615호로 개정되기 전의 것) 제112조제2항의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 42,441,120원, 농어촌특별세 3,890,430원, 등록세 5,618,310원, 교육세 1,029,990원, 합계 52,979,850원(가산세 포함)을 1999.3.10. 부과 고지하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 비영리학교법인으로서 농업과목을 교과과정으로 채택하고 있었기 때문에 농업을 선택하는 학교는 실습지를 두어야 한다는 학교시설·설비기준령 제4조의 규정에 의거 학생 농업교육용 실습지로 사용하기 위하여 제1토지는 당초 ㅇㅇ초등학교에서 실습지로 사용해 오던 것을 ㅇㅇ도 교육청의 요청에 의거 1994.12.6. 청구인이 학교용지로 사용하던 다른 토지와 교환 취득하였고, 제2토지는 ㅇㅇ초등학교 용지로 편입된 토지 보상금으로 1995.9.23. 취득한 후 호박·콩·옥수수 등의 채소를 심어 학생들의 자연학습장 및 실습지로 활용하거나 무궁화 및 채소를 심어 가정실습자료로 활용해 왔으나, 1997년부터는 옹벽에 금이 가면서 붕괴위험이 있어 대나무를 심어 수익사업용으로 전환하여 활용하였으며, 1998.8월에는 대나무를 잘라내고 매매를 추진하였으나, 매매가 되지 않아 지금도 대나무가 적재되어 있는 상태이고, 앞으로 청구인이 추진중인 ㅇㅇ국제고등학교 설립에 따른 기숙사 또는 다목적 교실을 신축할 계획임에도 고유업무에 직접 사용하지 아니한 것으로 보아 비과세된 취득세와 등록세를 추징하고 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 3. 우리부의 판단 이건 심사청구의 다툼은 비영리학교법인이 토지를 취득한 후 자연학습장 및 실습지 등으로 사용한 경우 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 있는지 여부에 있다. 먼저 관계법령을 보면 지방세법 제107조 제1호, 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제79조 제1항제2호·제94조에서 교육법에 의한 학교를 경영하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산의 취득·등기에 대하여는 취득세·등록세를 비과세 하지만, 취득일로부터 3년 이내에 정당한 사유없이 취득 물건의 전부 또는 일부를 그 사업에 사용하지 아니하는 경우에는 그 부분에 대하여는 그러하지 아니하다고 규정하고 있고, 구지방세법시행령(1996.12.31. 대통령령 제15211호로 개정되기 전의 것) 제84제3항제4호에서 농업 등을 주업으로 하지 아니하는 법인이 취득하는 전·답 등은 법인의 비업무용 토지로 보지만, 1년 이내에 그 지목을 변경하여 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하거나 정당한 사유가 있는 경우에는 그러하지 아니하다고 규정하고 있으며, 학교시설·설비기준령 제4조제3항에서 중학교에 있어서 실업과목 중 농업을 선택하는 학교는 실습지를 두어야 한다고 규정하고 있다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 교육을 목적으로 하는 비영리학교법인으로서 당초 ㅇㅇ도 교육청에서 체육관을 건립하기 위하여 청구인이 운동장으로 사용해 오던 청구인 소유토지를 제1토지와 교환해 달라는 요청이 있었고, 인근 주민들이 학교 옹벽 붕괴 우려를 이유로 민원을 제기함에 따라 농업과목을 채택하고 있던 청구인으로서는 동 토지를 학교시설·설비기준령 제4조제3항의 규정에 의한 학생들의 농업교육용 실습지로 사용하는 것이 바람직한 것으로 판단하여 농지감독관청인 농림부장관으로부터 학교실습 지로 농지인정서를 발급받고 교환에 응하여 농지매매증명서를 받아 소유권 이전 등기를 한 후 운동장 옹벽과 연접되어 있던 제2토지를 학생들의 농업 교육용 실습지로 추가 취득한 후 동 토지에 호박·콩·옥수수 등을 심어 실습지로 활용해 오다가 1997년에 옹벽에 금이 가면서 붕괴 위험이 있고, 농업과목이 실업과목에서 폐지됨에 따라 이건 토지중 도시계획상 도로로 결정된 385번지 토지를 제외한 나머지 토지에는 대나무를 식재하여 관리하였고, 385번지 토지에는 계속 호박·콩·옥수수 등을 재배하면서 현재는 청구인이 설립을 추진중에 있는 국제고등학교의 기숙사 신축 계획이 진행되고 있을 뿐만 아니라 학교부지와 연접되어 나무식재 등으로 운동장주변 경관조성지로 활용되고 있는 사실이 관련공문서 및 인근주민들의 사실확인서 등에 의해 확인되고 있다. 그러함에도 처분청은 이건 토지를 교육용에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 비과세된 취득세 등을 추징하고 나아가 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세 등을 중과세하였으나, 지방세법 제107조 제1호 및 제127조제1항제1호에서의 학교법인이「그 사업에 사용한다」함은 학교 법인이 설치 경영하는 학교의 교지, 체육장 등과 같이 당해 토지의 사용용도가 학교법인의 교육사업 자체에 사용되는 것을 뜻한다 할 것이므로, 비록 이건 토지와 학교 사이에는 옹벽이 설치되어 있으나 학교용지와 연접되어 있어 실제로 학교의 운동장 주변 경관조성지로서의 역할을 하고 있으며, 옹벽의 붕괴에 따른 민원 해소를 위하여 ㅇㅇ도 교육청에 교환 요구에 따라 교환 취득하거나 ㅇㅇ초등학교 용지로 편입된 토지에 대한 보상금으로 대체 취득하여 농업교육용 실습지 등으로 사용하였으므로, 학교의 교지 등으로 사용한 것으로 보아야 함에도 1년 이내에 지목을 변경하지 아니하였다고 하여 비업무용 토지로 판정한 것은 잘못이라 하겠다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 1999. 8. 25. 행 정 자 치 부 장 관