이유
1. 처분 개요

가.

청구법인은 2010.10.5. OOO(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 OOO로부터 증여를 원인으로 취득하고 2010.10.15. 처분청에 취득세 등 신고서 및 지방세감면신청서를 제출하자, 처분청은 지방세법(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제287조제2항에 의하여 의료법인이 의료업에 직접 사용하는 부동산으로 하여 취득세와 농어촌특별세를 면제하고, 등록세는 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 과세토록 규정하고 있음에 따라, 이 건 부동산에 대한 과세표준액 OOO에

지방세법 제131조

제1항제2호의 세율을 적용한 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 합계OOO의 납부서를 교부였고, 이에 청구법인은 2010.10.20. 이를 납부하였다.

나.

청구법인은 이에 불복하여 2010.12.2. 이의신청을 거쳐 2011.3.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

이 건 부동산은 청구법인의 설립 취지와 목적에 찬성한

OOO으로부터 출연받은 재산으로

지방세법 제287조

제2항에서 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세토록 규정하고 있지만, 여기서 도청소재지인 시 지역은 지방자치단체의 시를 말한다 할 것이고, 제주특별자치도설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에서 정하고 있는 행

정시인 제주시는

지방세법 제287조

제2항의 도청소재지인 시에 포함되지

않으므로 이 건 부동산에 대한 등록세 부과는 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은

지방세법 제287조

제2항에서 특별시ㆍ광역시 및 도청소재지인 시지역이 지방자치단체의 시를 말한다고 주장하나,

지방세법 제287조

제2항에서

의료법 제48조

의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다. 다만, 지방자치법 제4조제1항에 따라 도청소재지의 시와 통합되는 시·군의 경우에는 종전 도청소재지 시 지역에 한정한다)고 규정하고, 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법 제15조

제1항에서 제주자치도는

지방자치법 제2조

제1항 및 제3조제2항의 규정에 불구하고 그 관할구역 안에 지방자치단체인 시와 군을 두지 아니한다고 하고, 같은 조 제2항에서 제주자치도의 관할구역안에 지방자치단체가 아닌 시(이하 "행정시"라 한다)를 두고, 행정시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 둔다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항에서

지방자치법

의 규정 중 읍·면·동에 관한 사항은 행정시에 두는 읍·면·동에 대하여 적용한다라고 하고 있으며,

지방자치법시행령 제6조

에서 법 제6조에 따른 지방자치단체의 사무소의 소재지는 주사무소를 기준으로 결정하되, 특별시·광역시·도 및 특별자치도(이하 "시·도"라 한다)에서는 시(제주특별자치도설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법 제15조

제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군 또는 자치구를 단위로 결정하고, 시·군 및 자치구에서는 읍·면 또는 동을 단위로 결정한다 라고 규정하고 있다.

이 건 부동산의 토지 소재지는 OOO에 소재하고 있으므로 이 제주시가

지방세법 제287조

제2항에서 규정하고 있는 도청 소재지 시지역인가에 여부에 대해서 살펴보면 제주시는 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특

별법 제15조

제2항에 제주자치도의 관할구역 안에 지방자치단체가

아닌 시(이하 "행정시"라 한다)를 두도록 되어 있고,

지방자치법 시행령 제6조

의 규정에서 지방자치단체의 사무소의 소재지는 주사무소를 기준으로 결정하되 특별시·광역시·도 및 특별자치도에서 시는 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법 제15조

제2항에 따른 행정시를 포함하도록 규정되어 있다.

따라서

지방세법 제287조

제2항에서 규정하는 시는 지방자치단체의 시는 물론 행정시를 포함하도록

지방자치법시행령 제6조

에 규정되어 있으므로 청구법인이 주장하는 법인격 있는 시를 말한다고 하는 주장은 타당성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

지방세법 제287조

제2항의

특별

시·광역시 및 도청소재지인 ‘시지역’의 ‘시지역’이 지방자치단체인 시지역만을 의미하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 지방세법

(2010.3.31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것)

제287조 (국민건강증진사업자 등에 대한 감면) ②

의료법 제48조

의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제(특별시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는 등록세를 과세한다. 다만,

지방자치법 제4조

제1항에 따라 도청소재지의 시와 통합되는 시·군의 경우에는 종전 도청소재지 시 지역에 한정한다)하고, 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 재산세·도시계획세 및 공동시설세를 면제한다. 다만, 그 취득일부터 1년내에 정당한 사유 없이 의료업에 직접 사용하지

아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 의료업에 직접

사용하지

아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당

부분에 대하여는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다.

(2) 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법

제15조 (지방자치단체가 아닌 시 및 읍ㆍ면ㆍ동의 설치) ① 제주자치도는

지방자치법 제2조

제1항 및 제3조제2항의 규정에 불구하고 그 관할구역 안에 지방자치단체인 시와 군을 두지 아니한다.

② 제주자치도의 관할구역 안에 지방자치단체가 아닌 시(이하 "행정시"라 한다)를 두고, 행정시에는 도시의 형태를 갖춘 지역에는 동을, 그 밖의 지역에는 읍ㆍ면을 둔다.

③

지방자치법

의 규정 중 읍·면·동에 관한 사항은 행정시에 두는 읍·면·동에 대하여 적용한다. 다만, 행정시에 두는 읍·면·동의 폐치·분합은

지방자치법 제4조의2

제1항

에도 불구하고 행정안전부장관의 승인을 요하지 아니하되, 도지사는 그 결과를 행정안전부장관에게 보고하여야 한다.

④ 다른 법령에서 시를 인용하는 경우 해당 법령에 특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 행정시는 포함되지 아니한다.

(3) 지방자치법

제4조(지방자치단체의 명칭과 구역) ① 지방자치단체의 명칭과

구역은 종전과 같이 하고, 명칭과 구역을 바꾸거나 지방자치단체를

폐지하거나 설치하거나 나누거나 합칠 때에는 법률로 정한다. 다만,

지방자치단체의 관할 구역 경계변경과 한자 명칭의 변경은 대통령령으로 정한다.

제6조(사무소의 소재지) ① 지방자치단체의 사무소의 소재지와 자치구가 아닌 구 및 읍·면·동의 사무소의 소재지는 종전과 같이 하고, 이를 변경하거나 새로 설정하려면 지방자치단체의 조례로 정한다. 이 경우 면·동은 제4조의2제3항 및 제4항에 따른 행정면(行政面)·행정동(行政洞)을 말한다.

(4) 지방자치법시행령

제6조(사무소의 소재지) 법 제6조에 따른 지방자치단체의 사무소의 소재지는 주사무소를 기준으로 결정하되, 특별시·광역시·도 및 특별자치도(이하 "시·도"라 한다)에서는 시(제주특별자치도설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법 제15조

제2항에 따른 행정시를 포함한다. 이하 이 조에서 같다)·군 또는 자치구를 단위로 결정하고, 시·군 및 자치구에서는 읍·면 또는 동을 단위로 결정한다.

(

5) 제주특별자치도 행정시와 읍ㆍ면ㆍ동 및 리의 명칭과 구역에 관한 조례

제2조(행정시의 명칭과 관할구역) 행정시의 명칭과 관할구역은 다음과 같이 한다.

※ 이 조례는 2006년 7월 1일부터 시행한다.

다. 사실관계 및 판단

청구법인은

지방세법 제287조

제2항의 ‘

특별

시·광역시 및 도청소재지인 시지역’의 ‘시지역’이 지방자치단체인 시지역만을 의미한다고 주장하므로 이에 대하여 본다.

(1) 지방자치법 등에 따르면, 2006.7.1.전까지는 제주도에 지방자치단체인 제주시, 서귀포시, 북제주군 및 남제주군을 두고 있다가 2006.7.1.이후는 제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법에 따라 제주특별자치도의 관할에 위 4개의 지방자치단체인 시·군을 없애고 제주시(종전의 제주시와 북제주군을 통합)와 서귀포시(종전의 서귀포시와 남제주군을 통합) 2개의 행정시를 두게 되었다.

(2)

지방세법 제287조

제2항은,

의료법 제48조

의 규정에 의하여 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하면서 특별

시·광역시 및 도청소재지인 시지역에서 취득하는 부동산에 대하여는

등록세를 과세하되 다만,

지방자치법 제4조

제1항에 따라 도청소재지의 시와 통합되는 시·군의 경우에는 종전 도청소재지 시 지역에 한정하도록 규정하고 있다.

또한,

지방자치법 제6조

제1항은, 지방자치단체의 사무소의 소재지를 규정하고 지방자치법시행령

제6조는

지방자치법 제6조

에 따른 지방자치단체의 사무소의

소재지는 주사무소를 기준으로 결정하되, 특별시·광역시·도 및 특별자치도에서는 시(제주특별자치도설치 및 국제자유도시 조성을 위한

특별법 제15조

제2항에 따른 행정시를

포함한다.)·군 또는 자치구를 단위로 결정하고,

시·군 및 자치구에서는 읍·면 또는 동을 단위로 결정한다고 규정함으로써 시·군에 제주특별자치도의 행정시를 포함하는 것으로 규정하고 있다.

(3) 법리를 살펴보건대,

지방세법 제287조

제2항은 대도시를 제외한 지방의 중소도시 지역주민들의 건강증진과 진료편의 등을 위하여 의료법인으로 하여금 의료시설을 많이 유치하도록 하는 국가정책을 세제면에서 지원하는 조항이고, 같은 조 괄호는 비교적 도시규모가 큰 특별

시·광역시 및 도청소재지인 ‘시지역’은 세제지원의 필요성이 그다지 커지 않아 취득세는 면제하되 등록세는 과세하도록 하는 것이 입법취지라 할 것이고 종전의 자치시인 제주시가 제주도의 특별한 발전을 위해 특별법이 제정됨으로 인해 행정시로 전환되었고 그 이후라 하여 달리 도시의 규모가 작아졌다거나 주민에게 불이익이 간 점도 없어 보이고, 동항 단서에서도

지방자치법 제4조

제1항에 따라 도청소재지의 시와 통합되는 시·군의 경우에는 종전 도청소재지 시 지역에 한정하고 달리

지방자치단체인 시지역으로 국한하지 않은 것도 같은 맥락으로 읽힌다. 그렇다면, 동조 동항 괄호의 시지역은 지방자치단체인 시지역은 물론 행정시 지역을 포함하는 것으로 해석함이 타당하고 세법의 비과세 또는 감면에 있어서의 엄격해석원칙에도 부합한다. 그러므로 종전의 제주시 지역이었었던 이 건 부동산의 소재지는 의료업용 부동산의 등록세 과세대상 지역에 해당된다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로

지방세기본법 제123조

제4항과

국세기본법 제81조

및 제65조제1항제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다