이유
1. 처분개요 청구인은 서울특별시 종로구 OO동 OOOOOO에 소재한 지하1층 지상5층의 사무실 및 점포용 건물인 OO빌딩(대지 787.77㎡, 건물 2,265㎡, 이하 “쟁점부동산”이라 한다)을 임대하고 있는 일반과세사업자이다. 처분청은 청구인에 대한 특별세무조사를 실시하고 쟁점부동산의 임대수입금액의 신고누락된 사실이 있다 하여 ‘95.1.18 청구인에게 부가가치세 66,711,890원(’90년 제1기분 1,893,790원, ‘90년 제2기분 1,911,570원, ’91년 제1기분 8,194,400원, ‘91년 제2기분 8,372,320원, ’92년 제1기분 9,327,860원, ‘92년 제2기분 9,309,670원, ’93년 제1기분 7,930,160원, ‘93년 제2기분 19,772,120원)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 ‘95.3.18 심사청구를 거쳐 ’95.7.14 심판청구를 제기하였다. 2. 청구인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구인 주장 처분청은 청구인에 대한 특별세무조사를 착수할 때 영장없이 청구인의 사업장 및 가택을 수색하여 장부 및 증빙서류를 영치하여 그 서류를 근거로 위와 같이 부가가치세를 결정고지하였는 바, 처분청의 장부 및 증빙의 영치는 헌법 제16조 (주거보장)의 규정을 위배한 것이므로 이에 근거한 과세처분은 무효이며, 처분청이 이 건 과세근거로 삼은 것 중 노트는 비망록으로 계속하여 기록된 것이 아니고 단편적으로 현금입금액의 합계를 기록한 것이어서 이에 의하여는 정확한 임대수입금액을 계산할 수 없으며, 청구서와 호수별 월별 임대료 및 관리비 입금상황을 기록한 노트는 ‘90.1.1～’93.12.31의 과세기간중 ‘93년 제2기분만 기록되어 있으며, 임대차계약서는 계약이 파기된 계약서, 중복된 계약서들이 그대로 보관되어 있었으며 호수별 임차인의 입주 및 퇴실상황을 정확하게 기록한 것이 없어 그 계약이 이행되었는지 중도에 해약되었는지 어느 계약서가 실제 계약서인지를 구별하기 어렵도록 되어 있는 바, 처분청은 계약서가 여러장 있으면 금액이 제일 큰 계약서상 금액을 기준으로 과세하고, 계약서와 청구서나 노트에 기록된 금액을 비교하여 청구서나 노트에 기록된 금액이 큰 것은 청구서나 노트에 기록된 금액으로 과세하였으며, 청구서나 노트에 기록되지 않는 것은 청구인들의 신고금액을 인정하여 과세하였고, 이에 따라 사실상 임대하지 아니한 면적과 기간에 대하여도 임대수입을 계상하여 과세하였다. 따라서 이 건의 경우 정확한 임대수입을 산출할 수 있는 서류가 없으므로 임대수입금액을 추계조사경정하여야 하며, 설령 위 계약서 등을 근거로 실지조사 경정한다 하더라도 사실과 달리 과다하게 과세된 부분은 경정되어야 한다. 나. 국세청장 의견 청구인들은 영장없이 사업장 및 가택을 수색하여 예치한 서류를 근거로 과세한 처분은 무효라고 주장하고 있으나, 처분청은 청구인의 사업장 등을 수색하여 예치하기 전에 참고인들로 부터 관계장부 및 증빙서류를 임의 제시하겠다는 승낙서를 받아 관련증빙을 인수한 사실이 확인되고, 세금을 탈루시킨 수법이나 규모로 보아 통상의 조사방법으로는 조사의 실효를 거두기 어려운 경우에는 탈루혐의에 대한 증거서류를 예치할 수 있으므로 영장없이 예치한 서류를 근거로 과세한 처분은 무효라는 청구인의 주장은 타당하지 아니한다. 또한, 청구인은 사업장 및 가택에서 예치한 서류는 비망기록으로 신빙성이 없어 과세표준을 추계경정하든지 재 제시한 증빙에 의하여 과세표준을 경정하여야 한다고 주장하고 있으나, 부가가치세법 제21조 제2항에서 정부는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액을 경정하는 경우에는 세금계산서, 장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 하되 필요한 세금계산서, 장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때에는 추계경정할 수 있다고 규정하고 있어 세금계산서, 장부 기타의 증빙을 근거로 경정하는 것이 원칙임을 알 수 있으며, 사업장 및 가택에서 예치한 서류는 부동산임대업의 과세표준을 계산하는 데 있어 중요한 계약서 등으로 처분청이 이를 기준으로 부가가치세의 과세표준과 납부세액을 결정한 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이고, 청구인이 제시한 계약서 등은 영수증의 제시도 없는 등 신빙성이 없는 것으로 판단된다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 이건 심판청구는 세무조사에 의하여 예치한 증빙서류에 의하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제21조 제1항에서 「정부는 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다. 1. 확정신고를 하지 아니한 때 2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때」로 규정하고 있고, 같은조 제2항에서는 「정부는 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계경정할 수 있다. 1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 2. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모·종업원수와 원자재·상품·제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때 3. 세금계산서·장부 기타의 증빙의 내용이 원자재사용량·동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때」로 규정하고 있다. (2) 국세청 세무조사운영준칙(국세청훈령 제1169호) 제36조의 2(장부·서류 등의 예치) 제1항에서는 「특별조사를 실시함에 있어서 탈루혐의에 대한 증거서류 등을 확보하기 위하여 부득이한 경우에는 예치를 할 수 있다」라고 규정하고 있고, 같은 조 제2항에서는 「제1항의 규정에 의하여 장부·서류 등을 예치하고자 하는 경우에는 예치승낙서를 받아야 하며 예치증 및 예치목록을 교부하여야 한다」라고 규정하고 있다. 다. 심리 및 판단 (1) 위 관련규정상 특별조사를 실시함에 있어 탈루혐의에 대한 증거서류 등을 확보하기 위하여 부득이한 경우에는 예치승낙서를 받은 후 증빙서류를 예치할 수 있도록 되어 있는 바, 이건 과세를 위한 처분청의 세무조사시 처분청이 청구인 OOO로 부터 예치승낙서를 받은 사실이 확인되므로 예치한 증빙에 의하여 이 과세처분한 것은 타당하며, 설사 예치승낙 없이 증빙서류를 확보한 후 그에 근거하여 과세하였다 하여도 조사공무원의 위법여부는 별론으로 하더라도 증빙에 의한 이건 과세처분은 정당하다할 것이다. (2) 또한 위 관련규정상 정부가 사업자의 각 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 등을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정함이 원칙이며, 다만 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서·장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때 등에 한하여 추계결정할 수 있는 바, 이건 과세는 청구인의 사업장에 대한 특별조사에 의하여 예치한 증빙에 의하여 과세한 사실이 확인되고, 청구인은 처분청이 과세근거로 한 계약서가 무효 또는 미입주 등으로 임대수입금액이 과다산입되었다고 하나 계약파기 등에 따른 계약금반환에 대한 증빙 등 청구인의 주장을 객관적으로 입증할 다른 증빙제시가 없으므로, 이 건 과세처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다. 라. 따라서 이건 심판청구는 청구주장이 모두 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.