이유
1. 원처분 개요

청구인은 경기도 부천시 OO동 OOOOO의 사업장(이하 “부천사업장”이라 한다)과 경기도 군포시 OO동 OOO의 사업장(이하 “군포사업장”이라 한다)을 가지고 플라스틱 일반성형제품의 제조업을 영위하는 사업자로서 93.8.13 부천사업장 명의로 청구외 OO유리(주)와 창고 500평의 임대차계약을 체결하고 93년2기 과세기간중 창고임차료 30,417,449원(매입부가가치세 3,041,743원) 및 94년1기 과세기간중 창고임차료 18,387,756원(매입부가가치세 1,838,774원)에 대한 세금계산서를 부천사업장의 사업자등록번호로 교부받아 부천사업장에게 매입세액을 공제하였다.

처분청은 임차한 창고를 군포사업장에게 사용하는데도 부천사업장에서 임차료에 대한 세금계산서를 수취하고 매입세액을 공제받은 것은 부당하다고 하여 위의 매입세액합계 4,880,517원을 매입세액불공제하고 매출누락에 대한 부가가치세를 합산하여 94.8.16 청구인(부천사업장)에게 93년2기분 부가가치세 3,345,910원 및 94년1기분 부가가치세 3,870,650원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 94.10.13 심사청구를 거쳐 95.1.28 심판청구를 하였다.

2. 청구주장 및 국세청장의견

가. 청구인주장

청구인은 군포사업장과 부천사업장에서 공동으로 사용하기 위해 창고를 임차하였으나 부천사업장의 매출금액이 크고 주된 사업장이어서 대내외적인 역할분담은 부천사업장에서 주관하므로 부천사업장 명의로 임차료에 대한 세금계산서를 수취한 것이고, 창고에 보관된 물품을 사업장별로 구분적재하지는 못하였으나 부천사업장에서는 별도의 제품창고가 없어 임차한 창고를 2개의 사업장에서 공동으로 사용한 것이 사실이므로 쟁점매입세액은 부천사업장의 매출세액에서 매입세액으로 공제되어야 한다는 주장이다.

나. 국세청장의견

청구인은 임차한 창고를 부천사업장과 군포사업장에서 공동으로 사용하고 있고 부천사업장이 대외관계를 주관한다고 하고 있으나, 청구주장을 뒷받침할 수 있는 증빙을 제시하지 못하고 있고, 임차한 창고의 위치상 같은동에 소재한 군포사업장의 용도로 사용하기 위하여 임차한 것으로 보여지며, 또한 처분청이 청구인으로부터 징취한 확인서에서도 군포사업장의 제품창고로 사용하였음을 확인하고 있으므로 임차한 창고의 임대료 지급에 대한 쟁점매입세액 공제사업장은 군포사업장이라 할 것이어서 부천사업장에서 공제받은 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 정당하다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부천과 군포에 2개의 사업장을 가지고 있는 사업자가 군포사업장이 주로 사용하는 창고를 부천사업장 명의로 임차하고 임대료에 대한 세금계산서를 부천사업장에서 수취하여 매입세액공제를 받을 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 이 건 관련법령 및 사실관계를 본다.

부가가치세법 제17조

제1항 제1호에서 “자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액”은 매출세액에서 매입세액으로 공제한다고 규정하고 있다.

청구인은 93.8.13 부천사업장 명의로 청구외 OO유리(주)로부터 경기도 군포시 OO동 OOO, OOOOO 소재 창고(2층) 500평을 임차하기로 계약을 체결하고 창고임차료에 대한 세금계산서를 부천사업장 명의로 수취하였다.

과 세 기 간

세금계산서 매수

공 급 가 액

매 입 세 액

93년 2기

5매

30,417,449

3,041,743

94년 1기

3매

18,387,756

1,838,774

계

48,805,205

4,880,517

처분청은 임차한 창고를 군포사업장에서만 사용하는 것으로 보았으나 94년 연간 매출과표를 보면 부천사업장이 1,789,OOO,878원이고 군포사업사업장은 470,950,400원이며 임차한 창고가 500평이고 월임대료가 6,000,000원(연간 7천2백만원)이어서 매출과표와 임차한 창고의 규모 및 부천사업장에는 별도의 제품창고가 없는 점등으로 보아 비록 임차한 창고에 제품을 사업장별로 구분하여 적재하지는 않았다고 하더라도 동 창고를 부천사업장과 군포사업장에서 공동으로 사용한 것으로 인정된다.

이와 같이 2 이상의 사업장을 가진 사업자가 2 이상의 사업장이 공동으로 부담하여야 할 운영경비 등을 어느 한 사업장에서 일괄 지급하고 세금계산서를 교부받은 경우 당해 세금계산서의 매입세액은 그 세금계산서를 교부받은 사업장의 매출세액에서 공제하는 것이므로(같은취지 : 국세청 부가 1265·1-2462, 84.11.19) 부천사업장과 군포사업장이 공동으로 사용한 창고의 임차료에 대한 쟁점매입세액도 세금계산서를 교부받은 부천사업장의 매출세액에서 매입세액으로 공제되어야 할 것으로 판단된다.

다. 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로

국세기본법 제81조

및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.