이유
1. 원처분의 요지 처분청은 청구 인이 2002.9.17. 대전광역시 ○○구 ○○154-13번지 대지 175.2㎡(이하 “이 사건 토지”이라 한다) 및 그 지상 건축물 85.46㎡를 취득한데 대하여 종교단체가 그 사업에 사용하기위한 취득으로 보아 취득세 등을 비과세 하였으나, 2006.2.23. 처분청의 비과세·감면부동산 일제조사 당시 청구외 재단법인기독교대한성결교회 인동교회가 이 사건 토지상의 건축물을 철거하고 잔디를 식재하여 운동장(공터)으로 사용하고 있으므로 청구인이 종교용으로 직접사용하지 아니하는 것으로 보아, 이 사건 부동산의 취득가액 60,000,000원을 과세표준으로 하여 지방세법 제112조 제1항 및 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제131조제1항제3호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,440,000원, 등록세 2,160,000원, 지방교육세 396,000원, 농어촌특별세 132,000원 합계 4,128,000원(가산세 포함)을 2006.7.10. 부과고지 하였다. 2. 청구의 취지 및 이유 청구인은 기독교대한성결교회 ○○교회(대표자 목사 김○○)는 재단법인기독교대한성결교회유지재단(이하 “유지재단”이라 한다)에 소속된 교회로서 그 대표자는 유지재단 인동교회의 대표자이고, 이 사건 부동산을 매입하는데 있어 재정적인 여력이 부족하여 은행에 근저당을 설정하여 매입하고 유지재단 명의로 등기하려 하였으나 은행에 근저당이 설정되었음을 이유로 유지재단에서 헌납을 받아주지 않아 청구인 명의로 등기를 하였을 뿐이며, 교회의 특성상 주말 등 예배시간에 집중되는 주차차량의 증가, 쓰레기 투척, 심야소음 등으로 인한 지역주민의 민원을 해소하고, 신도들의 보유차량이 55대이나 기존 주차장은 12대 밖에 주차할 수 없어 협소한 주차장 문제를 해결하기 위해 이 사건 부동산을 친환경적인 야외주차장으로 조성하여 교회의 부설주차장으로 사용하고 있음에도 평일 주차되어 있지 않은 상태에서 공터로 오인하여 종교용 부동산으로 사용하지 않는 것으로 보는 것은 부당하다고 주장하며 이 사건 취득세 등의 부과처분의 취소를 구 하였다 . 3. 우리부의 판단 이 사건 심사청구의 다툼은 법인격 없는 종교단체의 명의로 교회 교육관 신축을 목적으로 부동산을 취득한 후, 명의가 다른 종교단체가 주차장 등으로 사용하는 경우 종교용에 직접 사용하는 것으로 볼 수 있는지 여부 에 관한 것이라 하겠다. 먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 취득한 부동산을 수익사업에 사용하는 경우와 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 지방세법시행령 제79조 제1항에서 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 하고, 그 제1호에서 “종교 및 제사를 목적으로 하는 단체”로 규정하고 있 다. 다음으로 청구인의 경우를 보면, 2002.9.17. 청구인 명의(기독교대한성결교회 인동교회 대표자 김○○)로 교육관 신축을 목적으로 이 사건 토지 및 그 지상 건축물을 취득(취득가액 : 60,000,000원)하여 취득세 등을 면제받은 후 등기를 하였으며, 2002.12.23. 이 사건 토지상의 건축물을 철거하고 청구외 재단법인기독교대한성결교회유지재단의 주차장 또는 농구장으로 사용하고 있는 사실을 제출된 관련 증빙자료에 의하여 알 수 있다. 이에 대하여 청구인은 청구외 유지재단의 소속의 교회이고, 이 사건 토지는 교회의 주차장으로 사용하고 있으므로 종교용 부동산에 해당된다고 주장하므로 이를 살펴보면, 지방세법 제107조 및 제127조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득·등기일부터 3년 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취·등록세를 부과한다고 규정하고 있으며, 위 규정에서 비영리사업자가 그 사업에 사용의 의미는 종교를 목적으로 하는 단체가 취득하는 부동산이라 하더라도 취득세 등의 비과세 대상이 되는 것은 종교단체 자신의 사업에 직접 사용하는 부동산에 한하는 것이라 할 것이고, 그 용도에 직접 사용의 의미는 종교활동을 하는 비영리사업자의 종교의식, 종교교육, 선교활동 등에 직접 사용되고 있는지 여부를 구체적이고 객관적으로 판단하여야 할 것으로서, 이 사건 부동산과 이 사건 토지와 연접한 본당 예배당(대전광역시 동구 인동 154-8번지, 이하 “본당”이라 한다)의 부속토지의 소유관계를 보면, 이 사건 토지의 소유자는 “기독교대한성결교회인동교회 25114-00381”로 등기되어 법인 아닌 단체로 등기되어 있고, 본당은 “재단법인기독교대한성결교회유지재단”으로 등기된 사실로 보아 “기독교대한성결교회 인동교회”와 “재단법인기독교대한성결교회유지재단”이 동일인으로 볼 수 없다 할 것이므로 이 사건 토지의 사용은 청구인이 아닌 청구외 유지재단이 사용하는 경우로 보아야 할 것이고, 청구인의 명의로 이 사건 토지를 취득한 후 2002.12.23. 그 지상건축물(목조 85.46㎡)을 철거하고 잔디를 식재한 운동장을 조성한 후 평일에는 출입문을 폐쇄하고 주말 등 예배가 있는 날만 신도들을 위한 주차장으로 사용하고 있다하더라도, 처분청의 세무담당 공무원(지방세무주사보 이○○, 지방세무서기 유○○)의 2006.2.23. 현지조사결과보고서에 의하면, 2002.9.17. 이 사건 부동산을 취득 후 3년이 경과한 현제까지 당초 취득목적인 교육관신축에 사용치 않고 공터로 있음을 확인하고 있는 이상 처분청에서 이 사건 토지를 청구인이 종교활동에 직접 사용하지 않는 것으로 보아 이 사건 취득세 등을 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. 따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조 제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다. 2006. 10. 30. 행 정 자 치 부 장 관