이유
1. 원처분의 개요 청구법인은 부산광역시 수영구 OO동 OOOOO외 2필지(垈 2,027.48㎡) 지상에 국민주택규모이하의 주택 및 상가의 OOOO건물(건축연면적 : 28,342.91㎡ 이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하기 위하여 OOOOO신탁(주)에 위탁하여 97.4.11 시공회사인 (주)OO건설과 공사도급계약(공급가액 : 24,863,816,000원)을 체결한 후 97.5.26 선급금 4,972,763,273원(공급가액)을 지불하고 교부받은 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)상의 매입세액 497,276,327원을 전액 환급받는 세액으로 97년 제1기분 부가가치세 확정신고를 한 바 있다. 처분청은 쟁점매입세금계산서를 과·면세 공통매입세액으로 보아 면세분(국민주택규모이하의 주택 연면적 18,152.78㎡)에 해당하는 매입세액을 안분계산(497,276,327×18,152.78/28,342.91)한후 그 면세분 매입세액 318,490,506원을 공제배제하고 97.11.13 경정 결정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 97.12.8 심사청구를 거쳐 98.4.13 이건 심판청구를 제기하였다. 2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견 가. 청구법인 주장 이건 공사도급금액은 공급가액을 24,863,816,000원(VAT 2,486,380,000원)으로 하고 공사대금지급은 매 3개월 단위로 기성검사한 공사기성율에 따라 지급하는 “완성도 지급기준”으로 97.4.11 공사도급계약을 체결하였고 이건 선급금은 공사착공시 지급하기로 하되, 차후 기성고 대금지급시마다 기성부분의 대가상당액이 도급금액에서 차지하는 비율을 선급금액에 적용하여 산출된 금액만큼을 기성대금으로 충당하여 정산키로 하였는 바, 부가가치세법상 매출세액에서 불공제되는 면세사업관련 매입세액이란 부가가치세 과세대상 용역등을 공급받고 정상적으로 거래징수당한 매입세액이 면세사업과 관련이 있는 경우의 세액을 말하는 것이므로 청구법인이 교부받은 쟁점매입세금계산서를 면세와 과세분으로 구분할 수는 없고 더욱 공통매입세액 안분계산은 적용할 수 없는 것이므로 쟁점매입세금계산서는 전액 과세분으로 환급함이 타당하다. 나. 국세청장 의견 (1) 청구법인은 이건 공사계약내용에 따라 쟁점선급금을 96.5.26 지급하고, 시공회사로부터 전액 과세에 공한 것으로 하여 매입세금계산서를 교부받은 것이 확인되는 바, 부가가치세법 제9조 제2항 및 같은법시행령 제22조 제2호에 의한 완성도지급기준의 경우 공급시기는 기성고대금이 확정되는 때, 즉 대가의 각 부분을 받기로 한 때가 공급시기이나, 같은법 제9조 제3항에 의하여 공급시기 도래전에 세금계산서를 교부하는 때에는 그때를 공급시기로 보도록 규정하고 있어, 공급시기 이전에 수취한 쟁점선급금에 대한 매입세금계산서의 공급시기에 대하여는 다툼은 없다 하더라도 (2) 쟁점건물은 건축허가내용상 과세분과 면세분을 함께 건축하도록 되어 있어, 당해 건설용역은 과·면세 예정면적에 따라 균등하게 공급되는 것으로 보아야 하고 (3) 쟁점선급금은 계약금액중 일부의 금액으로써 계약상 과세분이라는 내용이 없으며 총도급계약금액의 20%를 선급금으로 지급하는 것으로써 기성부분의 댓가지급시마다 “선급금×기성부분의 대가상당액/계약금액”으로 선급금을 정산하여 차감하도록 약정되었으므로 쟁점세금계산서의 매입세액에는 면세분도 포함된 것임이 확인된다. 따라서 처분청이 쟁점세금계산서상의 매입세액을 과·면세 공통매입세액으로 하여 총사용예정면적중 면세분 면적의 비율에 상당하는 세액을 면세관련 매입세액으로 불공제한 당초 처분은 정당하다. 3. 심리 및 판단 가. 쟁점 쟁점매입세금계산서와 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보아 이를 안분하여 산정된 면세매입세액을 매출세액에서 공제배제한 처분의 당부를 가리는데 있다. 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 제1항의 규정에 의하면, 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액은 매출세액에서 매입세액을 공제한 금액으로 하되 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 환급세액으로 한다고 규정하고 있고, 제2항에서는 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하면서 그 제4호에서는 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액을 들고있고, 조세감면규제법 제1항에서는 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다고 규정하고 각호중 제1호에서는 대통령령이 정하는 국민주택 및 당해주택( 조세감면규제법시행령 제63조 제2항에 규정된 규모이하의 주택과 당해주택의 건설용역으로서 건설업법·전기공사업법 또는 소방법에 의하여 면허를 받은 자와 전기통신공사업법에 의하여 허가를 받거나 등록을 한 자 및 주택건설촉진법에 의하여 등록을 한 자가 공급하는 주택건설용역)의 건설용역을 규정하고 있다. 한편, 부가가치세법시행령 제61조 제1항에서는 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(공통매입세액)중 면세사업에 관련된 매입세액은 공통매입세액×면세공급가액/총공급가액으로 계산한다고 규정하고 있고, 같은조 제4항에서는 공급가액이 없는 경우로서 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 총예정사용 면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용 면적의 비율로 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하도록 규정하고 있다. 다. 사실관계 (1) 이건 공사도급계약은 청구법인은 위탁자(병), OOOOO신탁(주)는 수탁자겸 도급자(갑), (주)OO건설은 수탁자(을)로 하여 부산광역시 수영구 OO동 OOOO빌딩인 쟁점건물 신축공사를 공급가액 24,863,816,000원(부가가치세 2,486,382,000원)으로 97.4.11 계약하였는데, 그 계약서 제7조 제1항에 의하면 “갑”은 “갑”이 정하는 바에 따라 “을”에게 선급금을 지급할 수 있으며 “을”은 선급금을 계약목적 달성을 위한 용도 이외에 사용할 수 없다고 되어있고 제2항에서는 갑은 갑에게 지급된 선급금을 기성부분의 댓가지급시마다 “선급금액×기성부문의 대가상당액/계약금액”의 산출방식으로 정산된다고 약정하고 있다. (2) 청구법인은 공급자가 (주)OO건설이고 세금계산서작성 년, 월, 일이 97.5.26, 공급가액이 4,972,763,273원 세액이 497,276,327원으로 되어있는 세금계산서를 교부받아 동 매입세금계산서상의 매입세액 497,276,327원을 전액 환급받는 세액으로 97년 제1기분 부가가치세 확정신고를 한 바 있고, 청구법인이 교부받은 위 세금계산서의 금액이 선급금임에는 다툼이 없다. 라. 판단 (1) 청구법인은 쟁점세금계산서상의 매입세액은 전액 과세용역에 해당되므로 매입세액 전체금액을 환급세액으로 하여야 한다고 주장하고 있으나, 이건 선급금 전체가 과세용역에 해당된다는 거증의 제시가 없고 (2) 비록 청구법인이 (주)OO건설에게 선급금으로 5,470,039,600원을 지급하였다고 하더라도 청구법인이 제공받은 건설용역은 과세분과 면세분의 건설용역이므로 매입세액 공제를 받으려면 과세분에 해당하는 세금계산서만 교부받아야 하는 바, 이와같이 면세용역을 공급받고 착오로 부가가치세를 지급하고 세금계산서를 교부받은 경우, 그 매입세액은 공제되지 아니하며 이는 민사법에 따라 거래상대방에게 청구할 수 있을뿐(국세청 부가22601-1094, 87.6.1 같은 뜻임), 면제되는 매입세액을 공제받지 못함으로써 위법한 부가가치세를 현실적으로 징수당하였다 하여 위 부가가치세법 제17조 제2항 제4호의 적용이 배제되는 것은 아니라고 할 것(대법원 87누1905, 88.4.12 같은 뜻임)이므로 이부분 청구주장은 이유없다. (3) 따라서 청구법인이 지급한 선급금이 과세사업에만 해당한다는 증빙이 없고 쟁점건물은 과세사업과 면세사업에 제공될 예정이므로 쟁점매입세금계산서를 과·면세 공통매입세액으로 보아 면세분에 해당하는 매입세액을 안분계산한 후 그 면세분 매입세액 318,490,327원을 공제배제한 처분청의 처분은 달리 잘못이 없다고 할 것이다. 마. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.